genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21744825--21744911	43	2.0	43	86	0	120	28	27	19	24	1.98
21746623--21747277	339	1.9	338	87	2	956	33	12	14	39	1.83
21748694--21749009	46	6.7	47	73	12	206	27	19	28	24	1.98
21748694--21749009	96	3.3	94	71	16	228	27	19	28	24	1.98
21756355--21756392	19	2.0	19	100	0	76	31	26	15	26	1.96
21756542--21756653	46	2.5	44	81	7	127	28	17	28	25	1.98
21756587--21756852	49	5.6	47	75	9	177	25	16	31	26	1.97
21761453--21761513	25	2.4	25	86	5	79	22	19	24	32	1.97
21761477--21761535	25	2.4	25	85	0	73	25	16	25	32	1.97
21763590--21763761	79	2.2	78	83	7	213	25	22	28	24	1.99
21763537--21763759	40	5.6	39	79	7	207	25	21	27	24	1.99
21763617--21763794	79	2.2	80	82	3	200	25	22	28	23	1.99
21771512--21771683	79	2.2	78	83	7	213	25	22	28	24	1.99
21771459--21771681	40	5.6	39	79	7	207	25	21	27	24	1.99
21771539--21771716	79	2.2	80	82	3	200	25	22	28	23	1.99
21774095--21774141	24	2.0	22	88	8	67	10	8	14	65	1.45
21776647--21776925	48	5.8	49	78	5	282	26	27	17	28	1.98
21776647--21776925	96	2.9	96	88	3	400	26	27	17	28	1.98
21776639--21776917	144	1.9	146	82	2	348	26	26	17	28	1.98
21779035--21779060	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
21779466--21779563	27	3.5	28	87	2	126	27	13	27	31	1.94
21779494--21779576	27	3.0	27	84	5	78	31	12	24	32	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21784879--21784909	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
21784876--21784915	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
21785101--21785356	55	4.8	53	80	8	245	21	25	17	35	1.95
21785148--21785348	108	1.8	110	87	4	300	22	25	18	33	1.97
21801756--21801793	20	2.0	20	89	5	60	52	0	2	44	1.14
21801773--21801836	31	2.0	32	85	8	87	45	0	7	46	1.32
21802762--21802809	15	3.3	15	82	2	62	37	2	12	47	1.53
21803316--21803356	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
21814830--21814854	13	1.9	13	100	0	50	8	40	36	16	1.77
21817344--21817521	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
21817365--21817520	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
21823204--21823360	27	5.8	26	78	10	147	33	25	14	26	1.94
21823204--21823360	55	2.9	54	78	10	151	33	25	14	26	1.94
21827180--21827277	27	3.5	28	88	5	128	32	28	13	25	1.93
21835440--21835537	27	3.5	28	88	5	128	32	28	13	25	1.93
21851416--21851457	14	2.7	16	78	17	52	69	2	28	0	1.01
21851440--21851468	11	2.7	11	94	5	51	65	0	34	0	0.93
21859381--21859535	53	2.9	52	79	8	150	21	23	15	38	1.92
21868456--21868805	138	2.5	137	88	3	513	43	13	22	20	1.86
21868456--21868805	46	7.6	47	85	5	439	43	13	22	20	1.86
21875978--21876002	13	1.9	13	100	0	50	88	0	0	12	0.53
21879750--21879802	4	13.0	4	76	11	54	71	0	0	28	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21879747--21879800	21	2.7	19	83	8	72	74	0	0	25	0.83
21879754--21879802	17	2.7	18	87	9	64	71	0	0	28	0.86
21879746--21879802	24	2.4	24	85	5	71	73	0	0	26	0.83
21881325--21881446	47	2.6	47	90	0	199	26	22	14	36	1.93
21882209--21882266	30	1.9	31	82	3	73	27	24	10	37	1.88
21885782--21885834	21	2.5	21	87	0	79	16	30	28	24	1.97
21887852--21887927	34	2.2	34	90	0	116	31	21	19	27	1.97
21894706--21894910	43	4.9	43	92	1	314	25	20	28	25	1.99
21894713--21894936	40	5.5	40	90	3	299	25	22	27	24	2.00
21894706--21894936	86	2.8	82	88	5	308	26	21	27	24	1.99
21897946--21898228	47	5.9	47	91	3	449	28	30	8	31	1.87
21897946--21898228	96	3.0	94	91	3	449	28	30	8	31	1.87
21903962--21904145	40	4.6	40	82	6	196	23	20	27	28	1.99
21903962--21904142	80	2.3	81	83	9	221	23	20	27	27	1.99
21904043--21904192	40	3.8	38	80	10	131	25	22	28	24	1.99
21911796--21911979	40	4.6	40	82	6	196	23	20	27	28	1.99
21911796--21911976	80	2.3	81	83	9	221	23	20	27	27	1.99
21911877--21912026	40	3.8	38	80	10	131	25	22	28	24	1.99
21919466--21920029	27	21.1	27	81	5	558	31	11	18	38	1.86
21919466--21920029	53	10.6	54	79	8	293	31	11	18	38	1.86
21919466--21920032	133	4.3	134	81	6	607	31	11	18	38	1.87
21926489--21926672	39	4.6	41	82	11	206	24	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21926489--21926672	79	2.3	80	83	8	225	24	22	27	25	2.00
21926542--21926705	78	2.1	79	83	7	201	26	21	27	25	1.99
21929990--21930071	26	3.2	26	98	0	155	31	7	25	35	1.84
21931663--21931774	27	4.1	27	80	5	102	19	22	21	36	1.95
21934569--21934683	27	4.3	26	79	5	113	36	21	21	20	1.95
21934569--21934683	54	2.1	54	85	3	151	36	21	21	20	1.95
21936280--21936360	26	3.1	26	98	0	153	34	25	7	32	1.84
21941791--21942015	49	4.5	49	78	4	245	30	26	17	25	1.97
21941840--21942020	100	1.8	100	87	1	272	30	25	17	25	1.97
21948818--21949062	48	5.2	44	74	14	133	26	28	19	26	1.99
21948843--21949062	48	4.6	49	80	3	259	26	29	19	25	1.99
21948842--21949062	96	2.3	96	88	3	311	26	28	19	25	1.99
21956895--21956996	39	2.6	39	92	0	168	24	29	25	20	1.99
21965017--21965080	28	2.3	28	83	0	83	20	15	35	28	1.93
21965397--21965962	27	21.1	27	80	7	577	38	19	11	31	1.86
21965394--21965919	134	3.9	134	82	4	598	38	19	11	31	1.87
21965875--21965989	54	2.1	54	80	6	126	40	17	13	28	1.87
21972482--21972521	16	2.4	18	84	12	50	10	22	2	65	1.35
21974983--21975105	43	2.9	43	80	11	144	28	27	20	23	1.99
21977467--21977505	16	2.4	17	86	4	53	30	0	2	66	1.05
21978633--21978663	8	3.9	8	100	0	62	22	12	12	51	1.74
21979014--21979047	16	2.1	16	88	0	50	52	8	8	29	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21980302--21980426	50	2.5	50	89	2	189	38	14	14	32	1.86
21986200--21986263	31	2.1	31	87	0	92	25	21	15	37	1.93
21986457--21986717	24	11.0	24	90	4	388	24	21	24	29	1.99
21986767--21986833	20	3.3	20	89	0	107	31	20	13	34	1.92
21988077--21988153	27	2.9	27	79	11	86	20	20	22	36	1.95
21988198--21988598	27	14.8	27	77	7	161	34	8	19	37	1.83
21988284--21988745	81	5.7	80	74	4	282	36	7	21	35	1.82
21988179--21988396	54	4.0	54	76	4	213	31	9	19	40	1.83
21988373--21988799	54	7.9	54	76	8	296	37	7	21	33	1.82
21988631--21988799	27	6.3	27	88	1	232	39	5	24	30	1.79
21988374--21988799	81	5.3	81	78	4	358	37	7	21	33	1.82
21988375--21988799	27	15.8	26	80	8	193	37	7	21	33	1.82
21988632--21988844	81	2.6	81	82	1	185	38	6	23	32	1.79
21993670--21993722	27	2.0	27	92	0	88	37	18	20	22	1.94
21993859--21993959	27	3.8	27	75	6	89	19	21	20	37	1.94
22006291--22006324	17	2.1	16	88	5	50	55	0	2	41	1.15
22006290--22006335	22	2.1	22	84	8	58	54	0	4	41	1.20
22009273--22009310	12	3.2	12	85	3	51	2	23	0	73	0.95
22013644--22013690	22	2.1	22	96	0	85	23	40	4	31	1.74
22013989--22014023	15	2.3	15	90	0	52	68	0	11	20	1.20
22018631--22018677	22	2.1	22	96	0	85	23	40	4	31	1.74
22026394--22026469	34	2.3	33	88	6	109	30	21	21	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22029705--22029749	23	2.0	22	82	4	54	40	22	6	31	1.80
22034173--22034767	47	12.6	47	93	1	965	33	8	28	29	1.87
22036424--22036521	27	3.5	28	88	5	128	32	28	13	25	1.93
22038049--22038150	37	2.8	37	95	0	177	24	18	30	26	1.98
22039658--22039721	27	2.4	27	84	2	76	40	20	18	20	1.91
22043812--22043870	18	3.1	18	70	13	55	40	15	1	42	1.57
22043796--22043870	39	1.9	39	94	0	132	44	14	1	40	1.54
22043798--22043861	21	3.2	21	69	13	62	46	15	1	35	1.56
22045403--22045541	42	3.2	42	75	7	127	29	23	15	30	1.96
22050232--22050414	40	4.6	38	85	8	172	26	27	22	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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