genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.25.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6933518--6933567	26	2.0	25	84	4	64	54	8	6	32	1.54
6933623--6933703	25	3.2	25	71	10	76	46	2	14	35	1.58
6934420--6934468	13	3.6	14	73	15	50	67	0	4	28	1.09
6934635--6934698	3	20.7	3	80	6	65	62	0	4	32	1.16
6950223--6950379	78	2.0	78	98	0	305	35	27	8	28	1.87
6951805--6951837	16	2.1	16	100	0	66	33	18	6	42	1.75
6953763--6954012	41	6.1	40	79	9	161	36	22	21	20	1.95
6953794--6954012	41	5.4	41	82	4	248	36	22	21	19	1.96
6954169--6954222	7	7.7	7	78	0	54	24	0	25	50	1.50
6954177--6954261	21	3.9	21	75	11	89	28	1	25	44	1.61
6954188--6954276	46	1.9	46	95	0	160	29	2	24	43	1.66
6954295--6954352	21	2.7	21	91	2	89	24	0	32	43	1.55
6954304--6954430	7	18.1	7	72	8	89	20	0	40	39	1.53
6954703--6954747	14	3.2	14	81	12	65	24	0	26	48	1.51
6956347--6956407	25	2.4	25	94	2	104	1	45	18	34	1.59
6959568--6959689	9	12.9	9	77	10	118	46	19	0	32	1.56
6959579--6959656	39	2.0	39	92	0	129	46	19	0	34	1.50
6959573--6959687	48	2.4	48	82	2	133	45	20	0	33	1.58
6959568--6959685	57	2.1	57	88	0	173	47	19	0	32	1.55
6964573--6964627	18	3.2	18	76	23	73	38	9	0	52	1.33
6964562--6964629	33	2.1	33	100	0	136	39	8	0	51	1.33
6965224--6965274	21	2.4	21	83	0	66	31	15	49	3	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6965649--6965747	43	2.3	42	79	8	110	25	23	21	30	1.99
6970717--6970837	61	2.0	60	83	4	154	28	26	9	36	1.87
6973771--6973802	16	2.0	16	93	0	55	37	3	0	59	1.13
6978451--6978603	39	3.9	39	93	2	245	46	3	19	30	1.66
6991152--6991710	203	2.8	204	93	1	948	31	17	21	28	1.97
6992999--6993151	39	3.9	39	93	2	245	46	3	20	30	1.66
6997734--6997775	19	2.3	19	95	4	77	21	26	26	26	1.99
6998604--6998665	19	3.1	19	71	17	54	62	3	4	29	1.31
6998604--6998665	21	3.1	20	72	4	54	62	3	4	29	1.31
7011210--7011452	130	1.8	132	79	7	280	34	20	18	26	1.95
7012018--7012074	9	6.4	9	78	11	64	61	1	7	29	1.32
7012038--7012101	22	2.9	22	81	11	69	68	1	4	25	1.17
7012267--7012328	11	5.7	11	78	14	67	58	1	1	38	1.18
7012253--7012330	34	2.3	34	86	4	104	57	3	2	35	1.30
7012382--7012417	14	2.6	14	90	0	54	50	11	0	38	1.38
7012525--7012581	24	2.4	24	81	0	69	61	8	3	26	1.42
7013276--7013305	11	2.6	11	94	5	51	90	0	10	0	0.47
7014074--7014552	138	3.5	132	75	14	415	26	21	20	31	1.98
7014252--7014552	45	6.8	41	75	9	163	27	21	19	30	1.98
7014165--7014713	268	2.0	270	82	7	679	26	22	19	31	1.98
7075517--7075663	40	3.7	40	92	2	242	25	21	27	24	1.99
7083485--7083735	40	6.3	40	89	5	359	26	22	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7091096--7091175	23	3.6	23	81	9	103	26	2	8	62	1.37
7090757--7091209	3	146.7	3	68	16	143	30	4	5	59	1.40
7091261--7091333	3	24.3	3	70	10	51	30	5	1	63	1.26
7093976--7094025	12	4.5	11	76	19	50	78	2	0	20	0.86
7093974--7094009	14	2.6	14	91	4	56	75	2	0	22	0.94
7093977--7094022	22	2.0	23	87	12	67	76	2	0	21	0.90
7093985--7094025	21	2.0	20	90	9	66	78	0	0	21	0.76
7094624--7094745	3	40.0	3	69	12	61	31	5	4	59	1.40
7094648--7094723	38	1.9	41	86	7	113	31	3	5	59	1.38
7095180--7095235	30	2.0	27	86	10	76	35	5	3	55	1.40
7098694--7098726	17	2.0	17	88	5	50	33	15	3	48	1.60
7099022--7099283	91	2.9	91	89	0	380	20	23	14	41	1.89
7099012--7099283	46	5.9	46	88	1	341	20	23	14	41	1.89
7104195--7104227	17	2.0	17	88	5	50	33	15	3	48	1.60
7104508--7104826	46	7.0	46	88	2	408	20	23	15	41	1.90
7116951--7117201	76	3.3	76	79	9	285	29	17	21	31	1.96
7116951--7117186	80	3.1	77	80	8	284	29	16	22	30	1.96
7117367--7117456	45	2.0	45	82	0	108	24	15	26	33	1.95
7117999--7118028	14	2.1	14	100	0	60	6	56	6	30	1.51
7120221--7120268	26	1.9	25	91	8	80	60	0	12	27	1.32
7122187--7123225	133	7.9	133	85	5	1251	28	26	17	27	1.98
7122944--7123223	45	6.3	44	65	14	139	31	23	16	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7122193--7123225	132	7.9	131	82	7	908	28	25	18	27	1.98
7129057--7129096	20	2.0	20	100	0	80	35	30	30	5	1.79
7136778--7136899	3	40.0	3	67	12	52	31	5	4	57	1.44
7137328--7137383	30	2.0	27	86	10	76	35	5	3	55	1.40
7142695--7142756	30	2.0	31	90	3	99	30	3	9	56	1.47
7150075--7150138	5	13.0	5	76	20	64	20	0	0	79	0.73
7150074--7150137	12	5.3	12	75	25	64	18	0	0	81	0.70
7150082--7150137	8	5.8	10	75	25	50	19	0	0	80	0.71
7150080--7150130	20	2.7	20	90	6	79	19	0	0	80	0.71
7151451--7151476	11	2.4	11	100	0	52	92	0	0	7	0.39
7151450--7151502	18	2.9	18	82	2	61	83	0	9	7	0.83
7151906--7151939	18	1.9	18	88	5	52	52	5	23	17	1.66
7155728--7155766	19	2.1	18	85	4	51	48	15	0	35	1.45
7156363--7156423	22	2.6	22	87	7	77	42	16	22	18	1.89
7156367--7156441	25	3.1	25	84	7	93	37	17	24	21	1.94
7159669--7159896	50	4.5	50	92	0	366	37	15	21	25	1.93
7159905--7159980	31	2.5	31	86	0	107	27	23	25	23	2.00
7159938--7160026	46	1.9	46	84	4	117	28	22	22	26	1.99
7159876--7160050	77	2.3	77	92	0	287	26	20	25	27	1.99
7159984--7160050	31	2.2	31	83	5	82	25	17	26	29	1.98
7165981--7166040	31	1.9	31	96	0	111	48	5	11	35	1.61
7170549--7170578	15	2.1	15	93	6	53	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7172838--7172919	39	2.1	38	84	4	101	50	1	1	47	1.16
7176258--7176296	18	2.2	18	90	0	60	25	30	17	25	1.97
7184023--7184063	14	2.9	14	81	3	55	39	2	0	58	1.11
7184115--7184154	17	2.3	17	95	4	71	25	5	5	65	1.34
7184113--7184172	17	3.7	16	80	10	68	28	3	5	63	1.31
7187180--7187685	115	4.5	106	76	15	409	32	17	18	31	1.94
7187344--7187637	54	5.0	61	73	15	253	31	15	18	34	1.92
7187429--7187637	61	3.5	61	75	15	213	30	16	19	33	1.94
7190625--7190696	21	3.3	21	79	13	58	51	4	15	29	1.62
7190664--7190708	21	2.1	21	91	0	72	42	4	20	33	1.72
7190813--7190894	26	3.0	26	86	12	112	64	0	13	21	1.28
7190764--7190883	49	2.5	50	81	9	124	61	0	13	24	1.37
7190813--7190929	53	2.2	53	83	8	141	60	0	11	26	1.37
7190747--7190929	27	7.0	26	72	18	125	59	1	13	25	1.44
7190792--7190927	27	5.1	26	80	8	141	60	0	12	26	1.37
7190921--7191080	48	3.5	46	74	13	125	60	1	12	25	1.40
7191093--7191186	5	17.6	5	76	16	75	59	0	19	21	1.38
7191093--7191186	11	8.8	10	76	17	75	59	0	19	21	1.38
7191088--7191186	16	6.1	16	78	14	89	58	0	18	23	1.39
7191289--7191368	11	7.3	11	73	5	63	22	20	0	57	1.41
7191290--7191373	16	5.1	16	78	4	78	25	19	0	55	1.42
7191285--7191329	21	2.1	21	83	0	54	20	13	0	66	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7191290--7191368	5	14.6	5	73	15	59	22	20	0	56	1.42
7191361--7191428	22	3.1	22	75	8	66	25	10	1	63	1.35
7191531--7191637	27	4.0	27	82	6	128	28	14	0	57	1.44
7191527--7191639	54	2.1	54	86	6	158	28	13	0	57	1.42
7191602--7191713	49	2.3	49	83	7	138	25	16	1	56	1.50
7191570--7191710	27	5.5	24	72	17	99	24	16	1	57	1.47
7191691--7191777	44	2.0	43	88	4	131	25	17	2	55	1.54
7194766--7195235	108	4.3	108	83	4	545	32	18	17	31	1.95
7194766--7195235	109	4.3	109	83	4	515	32	18	17	31	1.95
7194835--7195289	54	8.4	54	66	5	225	32	19	16	30	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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