genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.208.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68534985--68535430	115	3.9	115	91	3	695	32	0	14	51	1.49
68535488--68535519	15	2.1	16	94	5	57	37	0	6	56	1.25
68537606--68537684	33	2.4	33	84	0	95	18	45	10	25	1.81
68539825--68539885	28	2.3	27	82	5	70	31	11	19	37	1.87
68541331--68541438	26	4.2	26	91	2	155	36	21	7	35	1.81
68541331--68541438	52	2.1	52	91	0	171	36	21	7	35	1.81
68544376--68544438	27	2.3	27	83	0	81	26	23	26	22	2.00
68559005--68559059	25	2.2	24	81	12	58	50	1	3	43	1.30
68563676--68563925	50	5.3	49	67	17	143	32	17	16	34	1.92
68563525--68563914	93	4.2	94	80	4	387	30	18	16	35	1.93
68563916--68564288	94	4.0	93	80	3	347	30	19	16	33	1.94
68563916--68564286	188	2.0	188	82	4	453	30	19	16	33	1.94
68564237--68564324	44	2.0	44	90	0	140	29	20	15	34	1.94
68564137--68564429	138	2.1	138	82	2	347	29	18	19	32	1.96
68564264--68565056	94	8.4	94	84	2	950	29	19	19	31	1.97
68564061--68564519	232	2.0	233	81	4	534	29	19	18	32	1.95
68564275--68565056	377	2.1	375	86	3	1074	29	19	20	31	1.97
68568279--68568323	23	2.0	23	100	0	90	24	31	13	31	1.93
68567814--68569251	485	3.0	485	99	0	2831	26	21	18	34	1.96
68577830--68577888	29	2.0	29	100	0	118	22	37	6	33	1.80
68580396--68580497	25	4.2	25	71	16	79	22	23	17	36	1.95
68581936--68581978	21	2.0	21	100	0	86	27	13	30	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68593755--68593826	26	2.8	25	78	2	81	15	26	23	34	1.94
68593855--68593914	25	2.4	25	97	0	111	23	18	20	38	1.93
68597345--68597391	19	2.4	19	76	20	51	36	23	4	36	1.75
68600141--68600228	6	14.8	6	71	18	51	2	14	4	78	1.01
68604800--68604840	21	2.0	21	90	0	64	21	12	26	39	1.89
68618501--68618527	3	9.0	3	100	0	54	0	33	0	66	0.92
68628942--68628978	9	4.3	9	86	13	51	56	0	5	37	1.22
68628948--68628978	16	1.9	16	93	0	53	61	0	3	35	1.12
68632524--68632567	20	2.4	19	85	11	56	45	13	15	25	1.83
68632529--68632578	20	2.5	20	83	6	66	44	16	14	26	1.85
68632919--68632985	33	2.0	33	88	5	100	34	17	5	41	1.74
68640531--68640634	51	2.0	51	98	0	199	30	17	7	44	1.77
68643476--68643569	32	3.0	32	74	12	97	28	23	11	36	1.90
68643476--68643593	61	1.9	61	85	0	164	26	24	13	35	1.93
68647096--68647195	27	3.7	28	80	9	100	41	17	10	32	1.82
68647180--68647240	27	2.3	27	88	0	86	32	29	6	31	1.83
68647191--68647347	27	5.8	27	90	0	197	28	23	7	40	1.82
68647178--68647358	81	2.2	81	80	0	209	32	23	7	37	1.82
68647178--68647358	54	3.4	54	79	0	164	32	23	7	37	1.82
68647340--68647578	27	8.8	27	78	3	201	38	19	10	31	1.85
68647609--68647695	27	3.2	27	91	3	131	33	19	27	19	1.96
68648500--68648598	26	3.8	26	93	2	164	27	23	23	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68648743--68648834	42	2.2	42	90	3	141	30	13	21	34	1.91
68648858--68648936	31	2.6	32	86	8	101	30	17	25	26	1.97
68651133--68651231	27	3.7	27	81	5	103	42	17	10	30	1.82
68651217--68651323	54	2.0	54	86	0	151	31	24	4	39	1.76
68651244--68651438	81	2.4	81	87	1	275	28	21	8	41	1.83
68651228--68651440	54	3.9	54	84	1	239	28	22	7	40	1.82
68651236--68651439	27	7.6	27	84	1	212	28	21	8	42	1.81
68651417--68651584	27	6.2	27	77	6	117	39	23	7	29	1.83
68651417--68651556	54	2.6	54	82	6	167	38	24	7	29	1.83
68651432--68651585	81	1.9	81	81	5	186	40	22	7	29	1.82
68651595--68651646	27	1.9	27	85	14	72	38	11	13	36	1.81
68651700--68651786	27	3.2	27	88	3	122	33	18	27	20	1.96
68652591--68652688	26	3.8	26	89	1	153	24	25	23	26	2.00
68652833--68652924	42	2.2	42	88	0	130	29	14	21	34	1.93
68652948--68653026	31	2.5	31	88	8	124	30	18	25	25	1.98
68654723--68654838	50	2.4	50	94	2	209	32	5	0	62	1.18
68654749--68654835	40	2.2	40	84	10	108	31	5	0	63	1.18
68654720--68654838	60	2.0	60	80	6	134	32	5	0	62	1.17
68654695--68654838	10	14.4	10	71	15	66	32	4	0	61	1.22
68662456--68662488	16	2.0	17	88	5	50	51	3	9	36	1.49
68663923--68663986	31	2.1	31	87	0	92	25	21	15	37	1.93
68664200--68664319	23	5.1	23	94	4	213	28	20	21	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68664179--68664319	47	3.0	47	94	3	239	27	21	21	28	1.99
68664179--68664320	24	6.0	24	91	5	227	27	21	21	28	1.99
68664378--68664434	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
68664374--68664436	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
68669271--68669352	41	2.0	41	100	0	164	36	17	14	31	1.90
68669352--68669419	31	2.2	31	84	5	84	29	17	8	44	1.79
68677644--68677691	18	2.7	18	86	0	60	39	16	12	31	1.86
68679157--68679239	41	2.0	41	97	0	157	22	32	16	27	1.96
68683728--68683784	6	9.7	6	78	3	53	61	3	1	33	1.23
68703455--68703482	6	4.7	6	100	0	56	85	0	0	14	0.59
68708518--68708555	16	2.3	17	81	9	51	18	26	15	39	1.91
68723070--68723120	25	2.0	25	100	0	102	49	7	11	31	1.68
68723740--68723956	47	4.7	46	81	7	219	23	28	21	26	1.99
68723687--68723956	94	2.9	90	76	9	258	22	28	20	27	1.99
68730234--68730354	55	2.2	55	80	2	145	24	34	20	19	1.96
68731217--68731389	47	3.7	45	76	11	129	24	30	16	27	1.97
68744597--68744637	20	2.0	20	100	0	82	39	19	9	31	1.84
68768483--68768521	19	2.0	20	85	5	53	48	7	5	38	1.54
68771558--68771615	21	2.8	21	86	0	80	27	13	27	31	1.94
68774686--68774719	14	2.4	14	85	0	50	76	0	2	20	0.92
68774696--68774721	11	2.4	11	100	0	52	73	0	0	26	0.84
68774825--68774905	9	8.8	9	72	14	67	33	3	3	59	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68776433--68776560	65	2.0	65	95	3	233	53	1	2	42	1.23
68776545--68776624	33	2.4	32	80	11	90	65	3	3	27	1.27
68777487--68777602	60	1.9	60	83	0	151	25	16	24	34	1.95
68778195--68778342	66	2.2	66	91	2	244	27	26	26	19	1.99
68778377--68778442	30	2.2	30	100	0	132	25	37	18	18	1.93
68794707--68794732	11	2.4	11	100	0	52	46	11	15	26	1.80
68795219--68795255	17	2.1	18	95	5	67	35	10	0	54	1.36
68795830--68795875	21	2.2	21	84	7	58	45	6	6	41	1.56
68797117--68797349	116	2.0	118	94	3	409	30	9	21	38	1.86
68801478--68801535	28	2.0	29	87	9	84	15	37	22	24	1.93
68802549--68802760	46	4.6	45	71	10	117	24	29	18	27	1.98
68818003--68818067	30	2.2	30	88	0	94	33	23	16	26	1.96
68819953--68820079	47	2.7	46	79	7	139	23	33	18	24	1.97
68822460--68822767	46	6.6	46	72	10	153	26	27	17	27	1.98
68826214--68826526	40	7.9	40	81	6	332	32	16	28	23	1.96
68826249--68826314	20	3.3	20	66	8	62	31	13	33	21	1.92
68832866--68832897	16	2.0	16	100	0	64	43	6	12	37	1.68
68840380--68840413	17	1.9	18	88	5	52	11	44	29	14	1.81
68849472--68849509	13	3.2	12	89	10	53	7	7	13	71	1.31
68850379--68850522	40	3.7	39	78	3	146	36	19	19	24	1.95
68850378--68850518	20	7.1	20	66	1	77	35	19	19	24	1.96
68855862--68855951	40	2.2	40	92	0	144	32	16	31	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68855885--68855949	20	3.2	20	66	0	58	27	16	35	20	1.94
68856706--68856747	22	2.0	21	85	4	57	23	4	2	69	1.20
68860442--68860489	22	2.2	21	78	10	53	22	27	18	31	1.97
68863080--68863265	40	4.7	40	87	5	234	24	21	27	26	1.99
68863133--68863298	80	2.1	79	85	5	219	25	19	27	27	1.99
68868600--68868775	46	3.8	46	76	12	189	19	20	29	30	1.97
68868598--68868768	93	1.8	93	92	0	288	20	21	29	29	1.98
68874235--68874408	45	3.8	46	76	14	189	20	21	29	28	1.98
68874233--68874401	92	1.8	92	92	2	286	21	21	29	27	1.99
68905174--68905324	28	5.4	28	92	1	223	25	11	28	33	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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