genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.24.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6704698--6704732	15	2.4	15	95	4	63	48	28	0	22	1.51
6705733--6705847	29	4.0	29	72	1	97	26	28	13	30	1.94
6706081--6706110	8	3.8	8	90	0	51	3	23	23	50	1.64
6713435--6713523	29	3.1	29	80	6	99	25	25	14	33	1.94
6717726--6717756	15	2.1	14	94	5	53	32	0	6	61	1.21
6724000--6724092	45	2.1	45	93	0	159	22	16	22	38	1.92
6727226--6727684	162	2.8	161	83	3	537	27	17	17	37	1.92
6730708--6730753	15	2.9	16	78	12	51	63	4	6	26	1.38
6731803--6731871	31	2.2	32	82	10	90	44	15	11	27	1.81
6732411--6732444	6	5.7	6	92	0	50	20	2	14	61	1.46
6732411--6732546	12	11.3	12	71	13	66	23	8	13	53	1.68
6732482--6732546	18	3.6	18	73	10	53	24	7	10	56	1.59
6732799--6732937	62	2.3	60	83	6	181	23	8	17	49	1.74
6733042--6733071	15	2.0	15	93	0	51	16	6	36	40	1.75
6733210--6733265	28	2.0	28	100	0	112	35	14	21	28	1.92
6735789--6735838	25	2.0	25	96	0	91	24	22	8	46	1.78
6739844--6740154	130	2.4	129	79	8	317	38	18	17	26	1.92
6740092--6740428	130	2.6	130	80	6	353	33	18	21	27	1.96
6743077--6743124	20	2.3	21	82	3	62	27	2	27	43	1.66
6744588--6744666	19	4.2	19	88	9	117	36	16	8	37	1.80
6744588--6744666	36	2.1	39	88	9	119	36	16	8	37	1.80
6747543--6747590	24	2.0	24	95	0	87	29	6	20	43	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6749395--6749629	129	1.8	131	83	3	314	35	15	15	33	1.89
6750774--6750848	23	3.4	21	76	18	64	61	2	5	30	1.32
6750805--6750868	3	22.0	3	77	6	60	62	3	4	29	1.31
6750802--6750865	20	3.2	20	79	0	65	62	3	4	29	1.31
6750807--6750868	23	2.7	23	82	0	70	62	3	4	29	1.31
6751141--6751325	3	59.3	3	67	15	56	61	4	5	28	1.39
6752634--6752662	9	3.2	9	100	0	58	0	20	41	37	1.53
6755830--6755864	12	2.9	12	86	0	52	31	0	2	65	1.07
6755939--6756052	34	3.6	29	73	19	86	35	4	3	57	1.36
6755953--6756021	34	2.0	36	88	5	106	33	5	2	57	1.37
6757562--6757616	25	2.2	25	83	6	67	36	14	16	32	1.89
6757575--6757625	25	2.1	24	85	3	66	35	19	15	29	1.93
6763187--6763219	13	2.5	13	95	0	57	45	45	0	9	1.35
6763282--6763332	12	3.9	13	82	7	59	9	13	45	31	1.76
6763283--6763332	25	1.9	27	84	8	68	10	14	44	32	1.78
6768145--6768352	54	3.8	54	87	5	301	37	16	14	31	1.89
6768145--6768366	110	2.0	109	88	4	331	37	15	15	30	1.89
6784549--6784582	14	2.4	14	85	14	52	32	0	0	67	0.91
6787361--6787416	22	2.8	20	77	17	53	33	8	1	55	1.42
6787425--6787459	13	2.6	13	86	4	52	14	5	11	68	1.37
6787501--6787540	16	2.6	15	88	7	62	25	5	0	70	1.08
6787961--6788065	26	4.0	26	94	0	192	32	7	24	35	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6789851--6790137	137	2.1	137	98	0	547	24	18	25	31	1.98
6792007--6792124	51	2.4	51	91	5	197	22	8	12	55	1.64
6792038--6792120	26	3.2	26	73	10	98	24	10	8	56	1.61
6792019--6792121	51	2.0	51	100	0	206	23	9	10	56	1.63
6795107--6795161	26	2.2	26	83	9	69	32	29	16	21	1.95
6795144--6795199	25	2.2	26	87	6	80	33	16	17	32	1.92
6795157--6795207	25	2.1	24	81	3	57	37	17	15	29	1.91
6798241--6798306	29	2.2	29	78	10	71	48	6	16	28	1.70
6798358--6798411	4	13.5	4	96	0	99	50	22	1	25	1.59
6800832--6800896	27	2.4	26	78	21	71	66	4	1	27	1.20
6805078--6805105	3	9.3	3	100	0	56	35	0	0	64	0.94
6805783--6805878	10	10.0	10	71	13	51	58	1	4	36	1.24
6806993--6807053	22	2.8	23	73	14	58	6	11	13	68	1.37
6806989--6807057	33	2.1	33	84	10	88	5	10	15	68	1.37
6806993--6807053	21	2.8	22	73	14	56	6	11	13	68	1.37
6809234--6809318	39	2.2	39	89	4	127	15	25	21	37	1.92
6809253--6809334	39	2.1	39	90	0	128	12	28	21	37	1.90
6811281--6811597	3	103.7	3	68	14	148	60	3	7	29	1.39
6818292--6818518	112	2.0	113	95	0	411	33	17	3	45	1.66
6818821--6818845	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
6822861--6822914	10	4.9	11	75	20	51	18	11	0	70	1.16
6825430--6825465	10	3.6	10	88	0	54	30	0	8	61	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6828389--6828489	18	5.5	17	72	17	69	60	1	2	34	1.23
6828383--6828439	10	5.9	9	76	12	51	61	1	3	33	1.23
6828389--6828489	39	2.7	37	76	13	100	60	1	2	34	1.23
6832284--6832322	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
6832535--6832595	18	3.2	18	74	17	61	59	1	1	37	1.17
6832521--6832595	39	2.0	39	87	10	111	60	2	1	36	1.20
6832517--6832590	25	3.0	24	81	15	71	60	2	1	35	1.19
6832521--6832595	23	3.2	23	76	22	75	60	2	1	36	1.20
6832785--6832852	24	2.8	24	80	4	75	63	8	2	25	1.38
6834384--6834830	44	10.2	44	88	1	659	22	29	16	31	1.96
6834394--6834828	172	2.5	173	91	1	683	22	30	17	30	1.96
6844396--6844448	23	2.3	23	87	6	72	50	0	1	47	1.12
6844408--6844440	17	2.0	16	94	5	57	54	0	0	45	0.99
6847540--6847595	25	2.3	25	79	11	62	69	3	0	26	1.04
6848829--6848869	20	2.0	21	86	13	59	31	7	2	58	1.38
6849862--6849913	25	2.1	25	88	0	77	46	9	23	21	1.80
6855977--6857220	63	19.8	61	67	10	452	21	16	34	27	1.95
6856174--6856573	189	2.1	186	86	3	543	20	17	33	29	1.95
6856665--6857218	252	2.2	253	91	0	894	22	16	34	26	1.95
6857117--6857323	105	2.0	105	85	1	281	21	18	36	23	1.95
6862176--6862205	10	2.9	10	95	5	51	90	0	10	0	0.47
6862175--6862205	16	2.0	15	93	6	53	90	0	9	0	0.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6868276--6868315	20	2.0	20	95	0	71	42	15	20	22	1.88
6871720--6871754	11	3.1	11	92	8	61	34	17	17	31	1.93
6871720--6871751	12	2.8	12	95	4	57	34	15	18	31	1.93
6874374--6874411	18	2.2	18	86	13	53	60	0	5	34	1.19
6874212--6875170	488	2.0	476	91	6	1559	37	7	12	41	1.73
6883452--6883492	20	2.2	18	86	8	55	63	0	2	34	1.08
6883452--6883503	19	2.7	18	85	8	59	61	0	1	36	1.07
6883458--6883606	10	15.4	10	68	14	57	56	1	5	36	1.31
6883587--6883661	39	1.9	39	83	5	98	50	0	6	42	1.28
6888341--6888391	20	2.3	21	83	12	59	41	0	0	58	0.98
6888862--6888918	19	3.0	18	70	12	51	63	3	3	29	1.28
6891453--6891496	16	2.8	16	82	3	54	34	4	13	47	1.63
6891867--6891910	21	2.0	22	83	12	56	38	25	0	36	1.56
6899592--6899848	131	2.0	131	88	1	381	26	17	19	35	1.95
6906880--6906950	20	3.6	21	73	21	73	60	0	1	38	1.06
6906909--6906963	22	2.7	20	81	10	65	61	0	1	36	1.06
6907271--6907395	9	13.6	9	67	20	53	30	4	0	64	1.20
6907271--6907314	19	2.3	19	88	7	63	25	6	0	68	1.14
6907214--6907327	58	2.0	58	81	10	135	31	4	0	63	1.20
6907322--6907359	19	2.0	20	84	5	51	39	2	0	57	1.12
6909310--6909377	34	2.0	34	97	0	127	25	23	20	30	1.98
6912845--6912905	22	2.6	24	77	12	72	59	0	1	39	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6912852--6912894	11	3.9	11	82	8	52	62	0	2	34	1.08
6914081--6914118	20	2.0	20	89	5	60	65	0	10	23	1.23
6917969--6918029	24	2.5	24	86	5	79	34	27	16	21	1.95
6921846--6921934	44	2.0	44	97	0	169	37	6	23	32	1.81
6922268--6922522	55	4.8	54	80	9	269	35	18	24	21	1.95
6922275--6922475	108	1.8	110	91	4	336	33	17	25	22	1.96
6922591--6922635	23	1.9	24	86	13	67	44	8	24	22	1.81
6922714--6922744	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
6928524--6928592	21	3.4	21	75	16	65	66	0	1	31	1.00
6930711--6931283	284	2.0	283	90	3	920	37	15	12	34	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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