genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.245.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78927243--78927306	26	2.5	26	82	5	76	34	4	3	57	1.35
78928929--78928984	21	2.6	22	78	13	55	53	5	5	35	1.47
78929028--78929073	13	3.2	14	82	11	58	58	6	0	34	1.24
78929167--78929210	19	2.4	19	88	7	65	61	2	0	36	1.09
78929390--78929477	17	5.3	17	68	22	62	57	4	3	34	1.35
78929573--78929608	3	12.3	3	94	5	65	69	0	0	30	0.89
78929575--78929609	17	2.1	17	100	0	70	71	0	0	28	0.86
78931404--78931438	18	1.9	18	88	0	52	45	8	8	37	1.65
78936158--78936241	26	3.2	26	94	0	141	33	4	26	35	1.77
78939083--78939134	15	3.2	15	73	19	50	44	0	0	55	0.99
78939113--78939221	13	7.6	14	68	24	50	50	0	1	46	1.18
78939165--78939201	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
78939209--78939268	22	2.8	22	85	5	70	51	0	0	48	1.00
78939886--78939958	31	2.4	31	88	0	110	35	8	9	46	1.66
78948540--78948568	13	2.2	13	100	0	58	86	0	0	13	0.58
78950174--78950237	33	1.9	33	84	6	85	67	4	6	21	1.32
78955204--78955351	75	2.0	75	91	1	244	44	13	17	24	1.85
78966001--78966059	29	2.0	29	96	0	109	42	16	1	38	1.59
78974210--78974245	17	2.1	17	94	0	63	36	8	8	47	1.64
78975129--78975163	17	2.0	17	88	5	52	42	2	0	54	1.15
78975933--78975974	17	2.4	18	84	7	52	42	0	0	57	0.99
78978658--78978700	22	1.9	23	86	13	63	58	9	4	27	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78978724--78978799	11	6.5	11	75	14	62	52	3	3	39	1.38
78978685--78978808	13	9.9	13	70	20	52	54	5	3	36	1.40
78984043--78984105	28	2.2	28	85	0	81	31	30	6	31	1.83
78984600--78984685	44	2.0	43	88	4	129	46	24	6	22	1.76
78987673--78987706	12	2.9	12	86	4	52	32	0	0	67	0.91
78987708--78987747	18	2.2	18	86	8	55	67	12	0	20	1.22
78987830--78987891	30	2.1	29	93	3	106	58	14	3	24	1.51
78988061--78988094	17	2.0	17	94	0	59	23	32	11	32	1.91
78992093--78992198	21	5.0	21	74	4	79	18	21	16	43	1.88
79000357--79000398	21	2.0	21	90	4	66	0	28	0	71	0.86
79000369--79000405	16	2.2	17	90	4	58	0	24	0	75	0.80
79002159--79002192	4	8.5	4	86	0	50	20	2	2	73	1.09
79003936--79004062	45	2.9	45	83	8	138	23	27	23	25	2.00
79004341--79004620	38	7.3	38	86	3	389	29	26	22	21	1.99
79004341--79004620	78	3.6	75	86	4	380	29	26	22	21	1.99
79004340--79004620	116	2.4	116	94	0	481	29	26	22	21	1.99
79015871--79015901	15	2.1	15	93	0	53	22	22	41	12	1.88
79016583--79016612	3	10.3	3	92	7	53	0	30	0	70	0.88
79016583--79016614	11	2.8	11	95	4	55	0	28	0	71	0.86
79016585--79016621	17	2.2	17	90	9	58	0	27	2	70	1.01
79026286--79026351	31	2.1	31	88	0	96	40	13	13	31	1.84
79030044--79030111	21	3.3	20	67	27	52	25	0	7	67	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79031781--79031834	27	2.0	27	100	0	108	44	18	7	29	1.77
79036239--79036320	39	2.1	38	84	2	101	17	29	18	35	1.93
79039836--79039895	10	6.6	9	75	16	52	58	3	0	38	1.15
79039836--79039895	27	2.2	28	82	14	72	58	3	0	38	1.15
79041011--79041079	35	2.0	35	100	0	138	20	11	50	17	1.76
79042147--79042540	72	5.4	72	89	3	538	31	18	17	32	1.94
79042465--79042726	88	3.0	87	84	6	323	35	18	16	29	1.93
79042648--79042859	75	2.8	75	94	2	372	28	21	16	32	1.96
79042893--79044077	72	16.4	72	94	1	1960	33	18	16	31	1.93
79046265--79046321	26	2.2	26	84	9	71	0	12	5	82	0.82
79046281--79046321	11	3.8	11	87	12	59	0	9	4	85	0.73
79051897--79051965	35	2.0	35	100	0	138	20	11	50	17	1.76
79053952--79054022	29	2.4	30	85	4	99	43	12	11	32	1.78
79055590--79055630	14	2.8	15	78	14	50	0	19	4	75	0.98
79061699--79061787	44	2.0	45	84	4	117	31	13	26	28	1.94
79065130--79065190	32	1.9	32	86	0	86	19	26	22	31	1.98
79065835--79065884	24	2.1	24	96	0	91	38	16	10	36	1.82
79069969--79070005	17	2.2	17	100	0	74	24	0	0	75	0.80
79070593--79070619	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
79076316--79076349	3	11.3	3	93	0	59	67	2	0	29	1.05
79079476--79079514	17	2.3	17	86	8	53	48	2	43	5	1.38
79080847--79080883	14	2.8	13	84	8	56	37	2	0	59	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79083182--79083240	21	2.9	19	75	20	57	59	1	0	38	1.08
79083181--79083238	24	2.3	25	82	5	73	62	1	0	36	1.06
79083247--79083276	6	5.0	6	100	0	60	50	0	0	50	1.00
79083247--79083281	18	2.0	18	88	5	54	54	0	0	45	0.99
79083737--79083767	10	3.1	10	95	0	53	22	0	6	70	1.09
79084239--79084274	17	2.2	17	90	5	56	30	11	11	47	1.74
79085296--79085321	10	2.6	10	100	0	52	30	7	19	42	1.79
79085902--79085937	18	1.9	19	88	5	56	38	0	27	33	1.57
79087680--79087724	20	2.3	20	85	11	58	28	8	0	62	1.25
79087663--79087724	21	3.0	21	74	23	60	30	6	0	62	1.20
79089662--79089704	21	2.1	20	82	4	50	37	0	20	41	1.53
79091157--79091227	25	2.7	26	84	4	99	54	5	5	33	1.47
79091149--79091227	25	3.1	25	83	7	97	54	6	6	32	1.51
79091303--79091358	24	2.3	23	82	14	67	53	3	3	39	1.36
79091408--79091470	23	2.9	22	86	9	76	55	4	1	38	1.31
79091408--79091458	23	2.3	23	89	3	77	54	5	1	37	1.36
79091482--79091550	24	2.9	22	82	10	75	60	2	1	34	1.20
79091493--79091575	27	3.1	27	76	15	91	57	4	2	34	1.33
79091688--79091726	18	2.1	19	90	4	62	58	0	0	41	0.98
79091759--79091816	26	2.2	26	82	11	66	62	3	3	31	1.29
79091769--79091832	15	4.3	14	77	15	58	64	3	3	29	1.24
79091884--79091941	21	2.8	20	85	12	73	60	1	8	29	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79091884--79091946	22	3.0	21	77	15	67	60	1	7	30	1.35
79091929--79091974	14	3.4	14	79	11	51	56	2	2	39	1.24
79091968--79092015	21	2.3	21	83	16	57	56	10	0	33	1.34
79092182--79092219	20	1.9	20	94	0	67	65	5	2	26	1.27
79092234--79092277	15	3.0	14	83	9	52	70	0	4	25	1.06
79092707--79092762	30	1.9	28	85	7	76	30	16	3	50	1.62
79094106--79094207	49	2.1	49	81	0	114	24	13	27	34	1.93
79100442--79100493	17	3.1	16	73	15	52	44	0	9	46	1.36
79107799--79107854	25	2.3	25	96	3	105	7	8	28	55	1.57
79108903--79108960	27	2.1	28	81	9	66	36	6	17	39	1.76
79110122--79110263	31	4.7	29	75	9	124	44	7	11	37	1.68
79112133--79112205	32	2.4	31	80	15	80	64	1	1	32	1.11
79113693--79113733	15	2.6	16	78	21	50	56	2	4	36	1.34
79119905--79120004	44	2.2	45	84	7	123	31	23	12	34	1.91
79119921--79120009	46	2.0	44	89	8	135	29	25	12	32	1.92
79123412--79123500	46	2.0	45	91	4	144	32	13	25	28	1.94
79123414--79123516	44	2.3	45	86	3	136	33	13	23	29	1.93
79130573--79130675	44	2.3	45	84	3	127	30	21	13	34	1.92
79130595--79130680	46	1.9	44	90	4	136	29	24	13	32	1.94
79135421--79135452	16	2.1	15	94	5	55	34	0	0	65	0.93
79147464--79147530	34	2.0	34	93	0	116	23	11	13	50	1.75
79153308--79153338	12	2.7	11	90	9	53	29	0	0	70	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79153306--79153339	17	2.0	17	88	11	52	29	0	0	70	0.87
79171063--79171184	42	2.8	42	92	3	190	36	18	30	13	1.90
79174910--79174978	33	2.1	33	97	0	129	44	5	7	42	1.56
79176844--79176980	51	2.7	52	79	6	138	40	8	15	35	1.77
79180652--79180681	15	2.1	14	93	6	51	63	13	10	13	1.52
79183048--79183107	28	2.1	28	90	0	93	31	6	30	31	1.83
79185623--79186644	510	2.0	510	97	0	1909	32	17	20	29	1.95
79188129--79188218	44	2.0	44	97	0	171	23	23	6	46	1.75
79188980--79189039	28	2.1	28	87	6	86	33	6	28	31	1.83
79192970--79193072	53	1.9	53	88	0	152	33	23	16	26	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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