genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.238.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77204764--77204790	14	1.9	14	100	0	54	14	0	0	85	0.61
77204758--77204799	20	2.1	20	82	8	50	16	0	2	80	0.81
77209886--77209923	10	3.9	10	89	3	51	50	2	0	47	1.15
77217973--77218032	30	2.0	30	93	0	102	25	1	15	58	1.46
77218064--77218116	24	2.4	22	77	20	56	30	1	3	64	1.22
77226488--77226526	15	2.7	15	84	7	55	89	0	10	0	0.48
77226490--77226526	19	1.9	19	94	0	65	89	0	10	0	0.49
77227428--77227553	63	2.0	63	100	0	252	20	12	33	33	1.90
77227448--77227547	31	3.2	31	64	23	82	22	11	34	33	1.89
77231743--77231781	15	2.7	15	80	4	53	30	7	7	53	1.57
77233902--77233958	28	2.1	27	83	3	69	33	3	3	59	1.31
77234118--77234220	23	4.4	23	73	23	81	32	3	6	57	1.43
77234341--77234376	17	2.0	19	89	10	58	27	0	13	58	1.36
77234343--77234393	18	2.8	17	80	13	50	29	3	9	56	1.49
77246986--77247027	2	21.0	2	100	0	84	0	50	0	50	1.00
77248379--77248411	6	5.5	6	100	0	66	51	0	48	0	1.00
77249968--77249997	15	1.9	16	93	6	53	13	10	0	76	1.01
77250807--77250831	13	1.9	13	100	0	50	44	0	0	56	0.99
77251419--77251455	19	2.0	18	89	5	56	24	24	2	48	1.64
77252697--77252778	31	2.7	29	86	5	101	29	13	12	45	1.80
77252697--77252789	29	3.1	29	83	7	98	29	15	11	44	1.81
77259766--77259807	21	1.9	23	85	9	61	54	2	0	42	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77270963--77271091	30	4.4	29	71	19	108	55	0	0	44	1.05
77271025--77271066	17	2.4	18	85	14	54	59	0	0	40	0.97
77271054--77271095	22	1.9	22	85	9	59	52	0	2	45	1.13
77272844--77272877	14	2.4	14	95	0	59	8	26	14	50	1.72
77274727--77274771	21	2.1	22	87	4	65	35	4	8	51	1.54
77275180--77275236	19	2.9	20	79	10	55	33	7	1	57	1.36
77275199--77275236	19	2.0	19	89	0	58	34	5	0	60	1.19
77287199--77287551	74	4.9	71	79	6	341	28	15	22	33	1.95
77287199--77287513	144	2.2	145	81	5	375	27	15	22	33	1.95
77287444--77287902	210	2.2	211	96	0	857	27	16	20	35	1.94
77287570--77287731	85	1.9	86	83	1	209	28	15	21	34	1.94
77287923--77287949	14	1.9	14	100	0	54	25	14	7	51	1.68
77287656--77288337	313	2.2	312	96	0	1238	27	16	19	36	1.93
77288334--77288368	14	2.5	14	90	0	52	20	22	2	54	1.58
77288423--77288456	13	2.5	13	90	4	50	20	11	8	58	1.59
77288988--77289090	45	2.3	45	96	0	188	33	16	22	28	1.95
77289880--77289924	21	2.1	22	87	4	65	35	4	8	51	1.54
77290333--77290389	19	2.9	20	79	10	55	33	7	1	57	1.36
77290352--77290389	19	2.0	19	89	0	58	34	5	0	60	1.19
77292357--77292387	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
77292357--77292406	12	4.2	12	90	10	52	68	2	0	30	1.01
77293550--77293593	10	4.5	10	82	5	63	9	0	9	81	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77293550--77293592	14	3.0	14	81	18	61	9	0	6	83	0.80
77293554--77293591	19	2.0	20	89	5	60	10	0	7	81	0.87
77296411--77296443	4	8.2	4	100	0	66	51	24	0	24	1.48
77297768--77297820	18	2.9	18	91	0	88	11	20	22	45	1.83
77298853--77298892	21	1.9	20	85	10	53	32	0	7	60	1.25
77300068--77300126	30	2.0	30	86	6	84	25	10	23	40	1.86
77301287--77301328	22	1.9	22	85	0	57	45	0	0	54	0.99
77302897--77302935	16	2.4	16	82	0	51	35	15	17	30	1.91
77304581--77304610	14	2.1	14	93	0	51	70	6	0	23	1.11
77311099--77311126	13	2.2	13	100	0	56	57	7	14	21	1.61
77319070--77319113	22	2.0	22	82	8	54	38	0	2	59	1.10
77320466--77320505	21	1.9	21	84	0	53	57	5	0	37	1.21
77320467--77320533	10	6.7	10	69	19	50	58	4	0	37	1.19
77320683--77320724	20	2.1	20	86	8	59	61	2	7	28	1.35
77327621--77327676	27	2.1	27	96	0	103	30	21	12	35	1.90
77330182--77330506	39	8.3	39	91	0	481	28	29	23	18	1.98
77340290--77340340	20	2.6	19	82	14	59	33	0	7	58	1.27
77348728--77348773	7	6.4	7	85	14	67	43	0	0	56	0.99
77362522--77362562	21	2.0	21	85	4	57	53	0	2	43	1.13
77362817--77362876	17	3.5	17	68	11	50	33	0	6	60	1.23
77363524--77363561	18	2.2	18	90	4	60	60	10	2	26	1.43
77363735--77363793	29	2.0	29	81	12	68	55	8	1	33	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77372633--77372700	31	2.2	30	80	10	75	50	1	7	41	1.39
77374359--77374383	13	1.9	13	100	0	50	64	12	0	24	1.27
77374424--77374469	22	2.1	21	84	4	56	73	0	6	19	1.04
77398795--77398916	46	2.6	47	84	5	147	26	22	14	36	1.93
77402743--77402792	25	2.0	26	84	4	66	32	0	2	66	1.03
77402733--77402790	30	1.9	30	86	6	82	32	0	1	65	1.03
77403101--77403164	30	2.3	30	81	10	82	78	0	20	1	0.84
77403113--77403144	17	1.9	16	93	6	55	78	0	21	0	0.76
77403103--77403164	26	2.6	23	80	14	72	77	0	20	1	0.85
77403103--77403166	23	2.8	23	81	9	69	76	0	21	1	0.87
77403322--77403440	60	2.0	60	90	3	186	36	0	11	51	1.39
77412574--77412608	15	2.3	15	90	0	52	14	31	40	14	1.86
77417693--77417721	14	2.0	15	93	6	51	55	10	6	27	1.59
77418047--77418101	28	2.0	28	85	0	74	58	1	18	21	1.49
77419383--77419425	22	2.0	22	95	0	77	25	30	9	34	1.87
77421809--77421861	3	17.0	3	92	7	88	32	32	3	32	1.76
77424385--77424415	12	2.7	11	90	9	53	6	3	9	80	0.99
77424772--77424816	19	2.3	20	80	7	56	51	0	2	46	1.13
77428041--77428148	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
77429636--77429688	26	2.0	26	82	7	63	39	20	11	28	1.87
77433188--77433244	29	2.0	29	89	6	89	35	0	0	64	0.93
77433276--77433413	22	6.2	21	72	24	65	31	2	0	65	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77433284--77433416	3	44.0	3	70	24	77	30	2	0	66	1.09
77433276--77433413	29	4.7	29	73	18	99	31	2	0	65	1.10
77433276--77433414	56	2.5	56	82	10	178	31	2	0	65	1.10
77435047--77435118	20	3.7	19	82	14	76	56	6	0	36	1.26
77435047--77435123	19	4.1	19	82	12	63	55	6	0	37	1.26
77440597--77440672	24	3.2	24	70	10	84	43	3	2	50	1.34
77440610--77440683	23	3.2	23	70	11	78	45	2	1	50	1.24
77440582--77440641	29	2.0	30	83	3	77	46	1	1	50	1.21
77440595--77440693	47	2.1	47	94	5	173	44	4	2	49	1.32
77440611--77440686	24	3.2	24	66	15	68	47	2	1	48	1.24
77457434--77457481	19	2.6	19	83	9	64	43	2	0	54	1.12
77457445--77457486	16	2.4	19	84	11	54	50	2	0	47	1.14
77464408--77464440	15	2.2	15	89	10	50	45	0	0	54	0.99
77465321--77465346	12	2.2	12	100	0	52	0	34	7	57	1.27
77465354--77465414	26	2.3	26	83	13	72	8	9	3	78	1.06
77465359--77465428	31	2.3	31	87	7	99	10	10	1	78	1.03
77465376--77465428	22	2.4	21	74	17	54	9	7	1	81	0.96
77465560--77465702	37	4.0	34	73	13	119	38	2	2	56	1.26
77465839--77465913	20	3.7	20	65	28	59	48	10	4	37	1.57
77465930--77466039	34	3.1	35	79	7	116	60	3	2	33	1.29
77466240--77466287	21	2.3	20	86	10	62	70	0	6	22	1.09
77466339--77466365	14	1.9	14	100	0	54	55	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77466339--77466480	37	4.0	35	75	10	135	57	2	1	39	1.20
77466530--77466618	17	5.1	16	69	18	54	77	3	6	12	1.08
77466576--77466643	30	2.2	30	86	5	100	77	1	8	11	1.04
77466554--77466643	19	5.3	17	70	18	62	77	2	8	11	1.07
77466536--77466644	23	4.7	23	74	18	86	77	3	7	11	1.08
77466778--77466871	47	2.0	47	97	0	179	32	27	13	25	1.94
77469134--77469161	13	2.2	13	100	0	56	53	17	7	21	1.67
77469265--77469326	20	3.3	20	70	21	71	38	14	11	35	1.82
77472032--77472096	18	3.6	18	78	12	78	63	9	6	21	1.46
77472032--77472105	37	2.0	37	97	0	139	62	12	5	20	1.49

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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