genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.46.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12018608--12018839	46	5.0	46	86	4	299	41	14	23	20	1.89
12018622--12018834	92	2.3	92	92	3	349	42	15	23	18	1.89
12030325--12030361	14	2.6	15	83	12	51	37	5	0	56	1.22
12032443--12032475	14	2.3	15	89	5	50	33	0	9	57	1.30
12034082--12034130	22	2.1	23	88	7	73	34	4	2	59	1.28
12035019--12035119	36	2.9	35	74	15	100	37	3	6	51	1.48
12047067--12047252	73	2.5	72	86	5	257	26	19	26	27	1.99
12047304--12047720	73	5.5	72	76	13	399	24	17	25	32	1.97
12047070--12047915	234	3.6	233	93	2	1352	23	18	24	33	1.97
12047685--12048156	83	5.4	86	75	8	386	27	16	19	36	1.93
12047851--12048156	87	3.4	90	76	7	266	30	15	18	35	1.92
12048087--12048119	15	2.2	15	94	0	57	21	6	3	69	1.24
12049388--12049436	25	2.0	25	100	0	98	18	36	36	8	1.81
12049463--12049494	11	2.9	11	95	0	55	0	46	0	53	1.00
12049948--12049996	22	2.1	23	88	7	73	34	4	2	59	1.28
12053520--12053721	54	3.8	54	82	5	248	35	18	24	21	1.95
12053533--12053746	107	2.0	107	83	4	270	36	16	25	21	1.94
12059001--12059122	47	2.6	47	94	0	217	36	11	24	27	1.90
12059110--12059295	55	3.4	54	80	6	182	34	17	25	21	1.95
12063824--12063860	9	4.1	9	85	0	56	48	13	8	29	1.71
12064362--12064418	17	3.2	17	73	14	53	35	3	3	57	1.33
12066499--12066531	15	2.2	15	94	0	57	30	30	12	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12068049--12068091	19	2.1	21	87	8	63	30	2	2	65	1.18
12072566--12072623	10	5.9	10	80	11	75	18	12	1	67	1.31
12072567--12072623	29	1.9	30	86	10	82	19	12	1	66	1.32
12075088--12075319	46	5.0	46	88	2	306	22	22	14	40	1.90
12082070--12082145	5	14.8	5	76	17	68	18	2	0	78	0.86
12082071--12082142	15	4.6	16	76	15	78	19	2	0	77	0.88
12082070--12082145	21	3.4	22	77	19	77	18	2	0	78	0.86
12082074--12082142	31	2.2	32	87	7	97	20	2	0	76	0.91
12082459--12082489	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
12082970--12083153	99	1.9	99	85	0	260	25	13	27	33	1.93
12083171--12083222	19	2.8	18	83	13	61	82	1	9	5	0.90
12083851--12083899	10	4.9	10	82	9	64	18	8	2	71	1.21
12088506--12088557	20	2.6	20	84	6	70	17	36	21	25	1.94
12093746--12093816	29	2.4	29	79	11	81	61	5	1	30	1.27
12100277--12100309	15	2.2	15	94	0	57	30	30	12	27	1.92
12101848--12101889	13	3.2	13	75	18	50	33	0	9	57	1.31
12103176--12103222	18	2.5	19	82	6	60	31	12	8	46	1.72
12108618--12108697	40	2.0	40	95	0	142	18	21	21	38	1.93
12109975--12110000	9	2.9	9	100	0	52	23	11	23	42	1.86
12115242--12115273	16	1.9	17	93	6	57	0	28	9	62	1.26
12116079--12116111	15	2.2	15	94	0	57	30	30	12	27	1.92
12120425--12120460	18	1.9	18	88	5	54	47	5	25	22	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12122622--12122648	14	1.9	14	100	0	54	40	0	0	59	0.98
12124315--12124386	16	4.4	15	71	13	54	38	13	11	36	1.81
12124983--12125049	24	2.9	23	80	12	66	1	40	0	58	1.07
12127374--12127727	47	7.3	47	80	7	325	25	16	27	30	1.96
12127457--12127645	100	1.9	99	88	1	288	25	14	26	32	1.95
12127348--12127696	147	2.4	147	94	1	614	25	16	28	30	1.97
12127356--12127728	194	1.9	198	82	5	470	25	15	27	30	1.96
12130062--12130122	21	2.9	21	75	2	59	19	14	21	44	1.86
12142952--12142981	13	2.3	13	94	0	51	6	26	46	20	1.75
12145862--12146082	78	2.8	79	77	5	225	29	19	21	28	1.98
12145907--12146082	40	4.5	39	80	6	160	28	19	21	30	1.98
12145862--12146091	39	5.8	40	78	8	195	29	20	22	28	1.98
12149716--12149769	27	2.0	27	88	0	81	37	20	24	18	1.94
12161027--12161081	26	2.1	26	86	0	74	36	23	20	20	1.95
12161069--12161122	27	2.0	27	88	0	81	37	20	24	18	1.94
12175991--12176195	27	7.6	27	82	3	214	26	15	28	28	1.96
12175992--12176195	54	3.8	54	82	3	248	26	15	28	28	1.96
12179901--12179970	27	2.6	26	84	8	86	41	20	7	31	1.79
12179928--12180016	27	3.3	27	81	9	92	39	16	7	35	1.78
12180023--12180378	27	13.2	27	86	0	442	30	20	8	41	1.82
12180704--12180763	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
12180882--12180985	31	3.4	31	87	0	154	21	18	11	49	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12180942--12181006	6	10.7	6	71	15	53	18	18	13	49	1.80
12185075--12185119	11	3.9	11	80	11	54	35	0	2	62	1.08
12186964--12187314	46	7.6	46	87	0	443	40	13	25	20	1.89
12186974--12187329	138	2.6	138	86	0	505	40	14	24	20	1.90
12189914--12190148	43	5.5	43	86	0	301	29	25	19	25	1.98
12194813--12194856	15	3.0	14	80	9	52	27	0	2	70	0.99
12194809--12194881	7	8.9	8	75	19	62	31	0	4	64	1.12
12195619--12195666	21	2.3	21	78	7	53	39	41	2	16	1.60
12195660--12195688	14	2.0	15	93	6	51	41	34	0	24	1.55
12195721--12195765	14	3.2	14	87	0	63	48	28	0	22	1.50
12195859--12195972	7	16.0	7	71	13	63	42	35	0	21	1.59
12195859--12195906	22	2.2	22	85	10	64	43	33	0	22	1.54
12196303--12196448	40	3.7	40	83	1	168	32	19	21	26	1.97
12196300--12196485	80	2.3	80	79	4	189	31	18	22	26	1.97
12196300--12196485	40	4.7	39	78	5	142	31	18	22	26	1.97
12196347--12196509	40	4.1	39	79	5	123	27	17	22	32	1.96
12212540--12212940	47	8.6	46	74	11	298	21	29	19	29	1.98
12212678--12212940	140	1.9	139	84	2	357	22	29	19	29	1.98
12223331--12223363	12	2.8	12	100	0	66	39	9	0	51	1.34
12228889--12229008	41	2.9	41	83	2	152	21	23	30	25	1.99
12228991--12229066	29	2.6	29	83	4	91	23	21	30	25	1.99
12229020--12229129	41	2.7	41	81	0	121	21	20	33	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12235772--12235930	27	5.9	27	82	11	184	34	22	23	18	1.96
12235790--12235930	54	2.6	54	93	2	239	34	24	23	17	1.96
12237525--12237606	26	3.2	26	94	0	137	36	23	7	32	1.82
12242849--12242988	27	5.2	27	79	11	162	36	22	22	17	1.95
12242849--12242989	54	2.6	54	92	2	230	36	22	22	17	1.94
12244562--12244643	26	3.2	26	98	0	155	35	25	7	31	1.84
12259499--12259549	18	2.8	19	76	8	61	37	17	21	23	1.94
12259943--12260105	27	5.9	27	84	8	202	26	19	17	35	1.94
12259960--12260070	58	1.9	58	96	0	204	28	21	16	33	1.95
12260108--12260184	27	2.9	27	90	0	127	33	16	12	36	1.88
12269282--12269403	47	2.6	47	96	0	217	36	13	23	25	1.92
12269382--12269650	54	4.8	54	81	10	290	34	18	25	21	1.96
12269390--12269610	116	1.9	116	88	3	338	34	19	25	20	1.96
12281699--12281862	43	3.9	42	73	11	156	20	20	27	31	1.97
12287985--12288156	46	3.7	46	79	13	208	29	29	20	20	1.98
12287992--12288161	93	1.8	93	94	0	304	28	28	21	21	1.99
12287988--12288179	46	4.2	46	74	14	153	29	28	20	21	1.98
12292409--12292472	18	3.6	18	78	0	74	37	10	10	40	1.76
12292375--12292482	36	3.0	36	79	1	110	39	13	8	37	1.75
12292427--12292556	18	6.7	19	66	18	63	41	13	10	35	1.77
12292687--12292790	47	2.2	47	89	3	156	40	21	20	18	1.92
12292963--12292996	16	2.1	16	89	10	52	35	8	0	55	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12297591--12297667	37	2.1	37	100	0	154	33	7	19	38	1.81
12300410--12300439	15	1.9	16	93	6	53	36	0	0	63	0.95
12300412--12300456	21	2.1	22	83	4	56	42	0	0	57	0.98
12305243--12305337	33	3.0	33	84	4	106	53	7	0	38	1.29
12306178--12306211	17	2.0	17	100	0	68	47	5	29	17	1.71
12317465--12317514	23	2.2	23	100	0	100	28	12	26	34	1.92
12323366--12323403	20	2.1	19	85	14	53	31	15	15	36	1.90
12324240--12324278	20	2.0	20	84	0	51	58	5	10	25	1.51
12327059--12327098	20	2.0	20	85	0	53	12	25	17	45	1.83
12329992--12330037	21	2.2	21	84	0	56	47	15	21	15	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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