genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.225.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73712619--73712646	6	4.7	6	100	0	56	85	0	0	14	0.59
73720874--73720918	22	2.0	22	100	0	90	26	26	28	17	1.98
73724306--73724345	20	2.0	20	100	0	80	20	15	30	35	1.93
73727261--73727300	20	2.0	20	100	0	80	10	25	20	45	1.81
73729651--73729729	28	2.8	28	82	0	95	32	11	26	29	1.91
73734698--73734776	28	2.8	28	86	0	104	34	11	25	29	1.91
73739742--73739810	27	2.5	27	85	2	75	30	11	27	30	1.92
73743908--73744040	49	2.7	49	78	3	151	24	29	21	25	1.99
73744058--73744085	11	2.5	11	100	0	56	25	35	10	28	1.89
73744013--73744131	57	2.1	56	84	7	152	25	30	18	26	1.98
73744112--73744233	47	2.6	45	79	12	131	26	30	15	27	1.96
73747875--73747911	9	4.1	9	85	0	56	45	10	10	32	1.74
73748286--73748325	19	2.2	19	86	4	55	22	25	0	52	1.47
73755426--73755457	15	2.1	15	100	0	64	43	0	31	25	1.55
73759771--73759824	19	2.9	18	78	10	56	50	9	0	40	1.35
73759771--73759809	18	2.1	19	85	4	53	53	7	0	38	1.30
73759789--73759838	26	1.9	26	83	0	64	48	8	0	44	1.32
73762558--73762601	2	22.0	2	90	0	70	4	50	0	45	1.22
73803844--73803875	15	2.0	17	88	11	50	62	6	0	31	1.20
73804386--73804426	11	3.9	11	75	12	50	65	0	34	0	0.93
73804446--73804492	19	2.4	20	96	3	87	17	38	40	4	1.69
73804908--73804960	19	2.7	20	88	5	90	3	0	43	52	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73804906--73804958	18	2.8	18	88	8	79	3	0	43	52	1.19
73806400--73806457	27	2.1	27	87	0	80	48	25	12	13	1.77
73810943--73810980	20	1.9	20	88	0	58	65	0	5	28	1.14
73811251--73811289	19	2.0	20	85	5	53	48	10	0	41	1.37
73813664--73813709	17	2.7	17	82	0	56	17	2	10	69	1.27
73817477--73817512	9	3.9	9	92	7	63	33	0	0	66	0.92
73817471--73817532	20	3.1	20	88	4	81	35	0	3	61	1.12
73818317--73818367	24	2.2	24	89	3	77	56	15	5	21	1.60
73819131--73819177	15	2.8	17	75	18	53	31	4	4	59	1.36
73822974--73823006	16	2.1	16	94	0	57	51	0	0	48	1.00
73823018--73823077	5	11.6	5	92	7	102	40	0	1	58	1.08
73824415--73824450	18	2.0	18	88	0	54	36	8	16	38	1.79
73842351--73842442	45	2.0	45	97	0	175	31	10	16	41	1.83
73843749--73843787	18	2.1	18	85	4	51	41	10	15	33	1.81
73843937--73844004	21	3.2	21	81	10	75	50	25	1	23	1.58
73843935--73844004	14	4.9	14	70	8	52	50	25	1	22	1.58
73844090--73844136	21	2.2	21	92	0	76	53	27	0	19	1.45
73844699--73844723	12	2.1	12	100	0	50	40	0	8	52	1.31
73847961--73847993	18	1.9	17	88	11	50	42	12	15	30	1.83
73848082--73848107	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
73848213--73848626	188	2.2	190	83	8	506	34	18	16	30	1.94
73849742--73849819	39	2.0	38	90	2	120	39	14	3	42	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73852321--73852414	39	2.4	39	96	1	172	42	0	4	53	1.20
73852380--73852446	29	2.3	28	85	7	89	43	0	0	56	0.99
73852719--73852800	18	4.1	22	75	19	72	42	23	0	34	1.54
73852741--73852887	9	16.6	9	83	4	165	44	21	0	33	1.57
73852718--73852856	27	5.1	27	83	5	120	45	21	0	32	1.57
73857946--73857974	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
73864713--73864791	31	2.6	30	81	2	95	55	7	12	24	1.62
73869882--73870065	94	2.0	94	100	0	368	42	17	2	36	1.63
73871993--73872112	15	8.0	15	68	19	63	41	0	10	47	1.43
73872622--73872661	19	2.2	18	86	13	55	47	0	22	30	1.52
73873555--73873597	21	2.0	23	86	9	63	46	0	0	53	1.00
73873599--73873640	20	2.0	20	86	4	57	59	2	2	35	1.23
73875606--73875705	40	2.4	44	80	8	118	29	26	18	27	1.98
73881587--73881765	39	4.6	39	89	0	268	37	23	25	13	1.92
73883976--73884132	43	3.7	43	73	13	144	33	27	13	26	1.93
73884065--73884190	43	2.9	44	83	5	139	32	27	12	26	1.93
73884113--73884208	45	2.1	45	100	0	192	29	26	13	31	1.94
73885035--73885081	17	2.7	17	78	15	51	34	12	0	53	1.39
73886089--73886159	32	2.2	33	82	7	92	23	42	5	28	1.77
73886945--73886990	13	3.5	13	87	0	74	26	8	26	39	1.85
73887934--73888015	26	3.2	26	100	0	164	30	7	26	35	1.84
73893327--73893368	22	1.9	22	85	0	57	14	2	21	61	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73893483--73893526	19	2.3	19	92	0	70	13	9	25	52	1.70
73895564--73895616	21	2.5	21	84	6	72	1	24	0	73	0.93
73895564--73895627	21	3.2	20	72	22	55	3	23	0	73	0.97
73896433--73896498	21	3.0	23	63	17	57	21	24	36	18	1.95
73896308--73896629	149	2.2	148	92	3	551	24	25	28	21	1.99
73899498--73899536	20	1.9	20	84	5	51	38	0	17	43	1.50
73899807--73899909	43	2.4	41	78	12	109	31	13	22	33	1.93
73903732--73903851	51	2.6	44	80	15	143	25	18	27	29	1.98
73903763--73903859	51	1.9	51	91	0	158	24	19	26	28	1.99
73904168--73904220	22	2.4	22	96	0	97	30	15	15	39	1.87
73913213--73913252	20	2.0	21	90	5	64	40	2	0	57	1.12
73921462--73921495	16	2.1	16	88	0	50	58	2	5	32	1.37
73926662--73926723	3	20.7	3	93	0	88	61	1	4	32	1.27
73927764--73927793	15	1.9	16	93	6	53	6	0	46	46	1.29
73931982--73932006	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
73934195--73934268	37	2.0	37	94	0	130	20	36	14	28	1.92
73940860--73940914	29	1.9	28	85	3	74	54	10	10	23	1.67
73947506--73947569	24	2.7	23	74	16	58	29	3	4	62	1.31
73947524--73947570	24	1.9	25	83	12	62	29	4	6	59	1.41
73947506--73947570	25	2.7	23	77	18	62	29	3	4	63	1.30
73950601--73950758	43	3.6	44	79	9	173	25	15	29	29	1.96
73950612--73950770	86	1.8	86	85	6	223	24	14	28	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73955919--73956031	27	4.2	27	84	7	124	38	23	22	16	1.93
73955923--73956029	54	2.0	54	85	3	144	38	22	21	17	1.93
73956135--73956209	26	2.8	26	87	4	96	30	9	22	37	1.86
73957643--73957726	26	3.2	26	96	0	150	38	26	3	32	1.73
73961366--73961432	31	2.2	32	81	13	86	35	34	2	26	1.72
73961383--73961442	31	2.0	30	93	3	102	33	36	3	26	1.73
73961386--73961439	14	3.6	14	79	13	63	33	38	1	25	1.67
73961393--73961446	14	3.6	15	80	14	67	35	35	1	27	1.68
73961779--73961835	14	4.1	14	75	6	62	49	24	1	24	1.60
73961949--73962021	36	2.0	36	91	0	119	19	0	32	47	1.49
73961943--73961998	15	3.8	15	76	4	60	16	0	32	51	1.44
73962066--73962154	40	2.2	40	78	11	101	15	24	20	39	1.91
73962631--73962657	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
73967095--73967167	24	3.2	23	77	16	71	38	6	0	54	1.27
73967118--73967167	22	2.2	24	89	10	79	42	2	0	56	1.11
73967378--73967487	24	4.6	24	70	19	70	26	5	8	60	1.47
73967578--73967654	26	3.0	26	77	7	75	25	3	9	61	1.44
73975242--73975298	21	2.7	21	73	15	55	12	22	38	26	1.89
73990044--73990068	3	8.3	3	100	0	50	32	68	0	0	0.90
73993621--73993681	3	20.7	3	79	3	52	59	3	6	31	1.39
73994975--73995010	14	2.6	14	91	8	56	13	0	8	77	0.98
74001260--74001292	15	2.1	16	94	5	59	51	12	12	24	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74002553--74002587	4	9.2	4	87	12	56	74	0	25	0	0.82
74003794--74003827	12	2.8	12	95	0	59	26	0	0	73	0.83
74004011--74004070	22	2.7	22	73	0	57	58	10	15	16	1.63
74016065--74016110	21	2.2	21	84	7	58	32	0	4	63	1.14
74016021--74016146	58	2.2	58	95	0	225	38	2	5	53	1.37
74026182--74026245	18	3.3	19	84	10	76	34	3	6	56	1.40
74026233--74026295	23	2.8	23	83	11	69	38	4	1	55	1.31
74026342--74026427	44	1.9	45	92	2	147	29	10	2	58	1.44
74026388--74026435	16	3.1	16	90	3	71	27	10	0	62	1.27
74026329--74026410	3	27.0	3	72	16	62	30	8	2	58	1.41

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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