genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.33.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8572639--8572678	18	2.2	18	86	13	55	62	7	17	12	1.52
8573008--8573050	11	4.0	11	84	6	61	20	46	4	27	1.71
8573008--8573049	21	2.0	22	90	4	68	21	47	2	28	1.63
8573588--8573637	18	2.8	17	87	6	64	38	20	4	38	1.71
8577698--8577740	11	4.0	11	78	6	52	20	44	4	30	1.72
8589938--8590045	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
8591533--8591585	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
8595777--8595826	26	2.0	24	88	7	73	64	6	0	30	1.18
8595797--8595855	21	2.8	21	78	12	59	69	8	0	22	1.15
8598927--8598982	21	2.6	21	73	18	53	37	8	0	53	1.32
8598977--8599024	25	1.9	25	87	8	71	31	10	8	50	1.66
8598988--8599035	25	1.9	25	86	0	69	31	14	8	45	1.74
8599134--8599174	20	2.0	20	90	4	64	31	7	4	56	1.48
8604107--8604139	8	4.2	8	88	7	50	78	0	0	21	0.75
8604099--8604150	20	2.6	19	85	8	68	78	1	0	19	0.84
8606848--8606910	21	3.0	21	77	6	67	22	25	36	15	1.94
8607631--8607678	5	9.4	5	82	17	55	79	2	0	18	0.84
8607625--8607678	17	3.1	17	83	5	63	79	1	1	16	0.91
8607631--8607678	17	2.7	18	93	6	80	79	2	0	18	0.84
8612353--8612393	16	2.4	17	88	8	57	46	0	0	53	1.00
8612950--8613012	18	3.5	18	74	23	69	41	4	14	39	1.67
8612943--8613017	36	2.1	36	97	0	141	36	5	13	45	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8614730--8616330	626	2.6	614	89	4	2310	33	14	16	34	1.90
8616296--8616361	30	2.2	31	91	5	116	45	3	19	31	1.66
8617852--8619861	626	3.2	626	99	0	3903	33	16	16	34	1.91
8619927--8619993	30	2.2	31	91	5	118	44	2	19	32	1.66
8624355--8624381	13	2.1	13	100	0	54	14	0	25	59	1.36
8627025--8627081	29	1.9	29	89	10	89	35	3	0	61	1.13
8626941--8627082	7	19.1	7	70	21	60	29	2	2	64	1.22
8627679--8627926	41	6.3	40	74	15	178	31	22	18	27	1.97
8627763--8627903	72	2.0	71	83	4	176	31	24	17	27	1.97
8627830--8627945	41	2.8	40	80	5	142	32	22	18	26	1.97
8628021--8628073	26	2.0	26	81	7	61	30	3	7	58	1.43
8628229--8628295	28	2.4	28	82	7	73	50	22	0	26	1.49
8630252--8630281	14	2.1	15	93	6	53	50	13	0	36	1.42
8632768--8632817	23	2.2	23	100	0	100	34	16	16	34	1.90
8632940--8633373	241	1.8	241	99	0	859	33	18	15	32	1.92
8633494--8633621	9	13.6	9	76	9	121	46	21	0	31	1.57
8633512--8633588	39	2.0	39	97	0	145	44	23	0	32	1.54
8633507--8633619	57	2.0	57	87	0	163	45	23	0	30	1.59
8639639--8639887	43	5.8	43	88	0	374	24	32	18	24	1.97
8639639--8639886	128	1.9	128	90	0	397	24	32	18	24	1.97
8641151--8641270	41	2.9	41	96	0	222	32	24	27	15	1.96
8641428--8641469	14	3.0	14	89	0	57	30	0	21	47	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8642320--8642351	15	2.1	15	94	0	55	59	0	9	31	1.29
8642323--8642390	24	2.8	24	76	10	75	57	0	4	38	1.19
8645674--8645925	133	1.9	133	100	0	504	19	10	18	51	1.74
8647994--8648033	21	1.9	21	94	0	71	30	10	12	47	1.74
8648452--8648491	21	1.9	21	94	0	71	30	10	12	47	1.74
8647615--8648846	458	2.7	459	99	0	2414	35	11	11	42	1.77
8654633--8654675	21	2.0	21	90	0	68	30	16	51	2	1.57
8654977--8655249	43	6.4	42	78	6	217	24	18	22	34	1.96
8654980--8655250	86	3.2	85	76	7	269	24	18	22	33	1.96
8654977--8655221	129	1.9	129	83	3	314	25	19	22	33	1.97
8658729--8658768	9	4.6	9	87	3	55	55	5	0	40	1.22
8660161--8660186	10	2.6	10	100	0	52	57	0	42	0	0.98
8660157--8660195	14	2.8	14	88	0	51	56	0	41	2	1.13
8668257--8668405	45	3.3	45	66	14	126	34	16	23	26	1.95
8668228--8668767	90	6.2	90	83	7	720	30	15	27	26	1.96
8668395--8668702	45	7.2	45	67	20	187	30	14	29	25	1.95
8668390--8668767	81	4.4	81	82	8	450	29	15	29	25	1.96
8668228--8668767	171	3.1	171	91	2	801	30	15	27	26	1.96
8668805--8669140	45	7.5	45	65	13	172	32	15	26	25	1.95
8668650--8668881	117	2.0	118	90	0	367	29	15	27	27	1.96
8668768--8669171	90	4.5	90	89	2	575	31	15	26	25	1.96
8668768--8669155	179	2.2	180	89	2	586	31	15	26	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8670653--8670727	19	3.7	19	70	16	62	32	4	1	62	1.22
8670655--8670768	26	4.5	26	68	14	78	33	4	0	61	1.22
8670660--8670723	14	4.6	14	81	16	80	32	4	1	60	1.26
8670615--8670786	12	14.2	12	69	17	81	30	2	2	63	1.23
8670660--8670724	15	4.7	15	78	16	77	32	4	1	61	1.26
8670655--8670780	14	8.9	15	72	17	76	33	3	1	61	1.24
8670716--8670772	29	1.9	29	89	10	89	35	3	0	61	1.13
8670784--8670846	22	2.9	22	75	11	67	46	1	3	49	1.27
8674410--8674474	28	2.4	27	76	19	71	29	29	23	18	1.98
8685379--8685444	26	2.5	26	95	0	114	24	25	28	21	1.99
8686642--8686682	20	2.1	20	90	4	66	56	4	7	31	1.48
8688436--8688497	31	2.0	31	100	0	124	25	16	19	38	1.92
8688499--8688554	16	3.5	16	78	7	60	39	5	25	30	1.78
8688799--8688831	17	1.9	17	93	0	57	66	0	0	33	0.92
8689391--8689499	40	2.7	40	89	1	173	32	16	9	42	1.80
8689474--8689517	21	2.1	21	100	0	88	34	22	9	34	1.86
8689435--8689552	61	1.9	61	98	0	227	33	19	7	38	1.80
8691442--8691471	15	1.9	16	93	6	53	43	0	40	16	1.48
8694400--8694619	25	8.8	24	68	17	110	30	6	3	58	1.41
8694400--8694463	26	2.5	25	89	2	92	34	4	0	60	1.17
8694400--8694522	54	2.4	51	79	14	135	33	4	1	60	1.28
8694403--8694519	27	4.5	25	76	12	96	34	5	1	58	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8694865--8694906	22	2.0	21	85	4	57	28	2	9	59	1.41
8700155--8700234	9	8.6	9	86	8	88	71	0	28	0	0.87
8700152--8700255	12	8.8	12	86	5	104	72	0	26	0	0.91
8700152--8700240	15	6.1	15	87	7	130	71	0	28	0	0.86
8700152--8700240	6	14.8	6	89	0	124	71	0	28	0	0.86
8701085--8701204	46	2.6	46	92	2	197	29	16	24	30	1.97
8701227--8701725	94	5.3	94	90	0	737	30	19	20	29	1.97
8701230--8701783	282	2.0	276	85	3	752	29	18	21	29	1.97
8701655--8702132	44	10.5	44	67	13	144	31	18	21	28	1.97
8701891--8702132	44	5.5	44	74	9	179	33	17	21	28	1.96
8701891--8702132	88	2.7	88	79	1	243	33	17	21	28	1.96
8702059--8702175	45	2.6	44	81	2	126	30	17	22	29	1.97
8701553--8702154	322	1.9	327	83	4	797	32	17	21	28	1.96
8703652--8703775	25	4.7	25	72	19	101	32	4	2	60	1.31
8703659--8703714	26	2.2	25	87	3	76	35	3	1	58	1.26
8703666--8703772	26	3.9	28	71	17	100	32	4	2	59	1.32
8704118--8704159	22	2.0	21	85	4	57	28	2	9	59	1.41
8706787--8706847	31	2.0	31	83	6	79	31	16	9	42	1.81
8707062--8707122	10	6.3	10	75	19	58	57	0	4	37	1.20
8707100--8707162	27	2.2	29	81	10	69	63	3	7	25	1.37
8707694--8707759	9	6.9	10	72	14	50	33	0	3	63	1.10
8708093--8708130	9	4.2	9	86	0	58	42	0	0	57	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8714062--8714126	28	2.3	27	76	7	67	63	0	7	29	1.22
8715927--8716039	56	2.0	56	92	0	190	35	22	9	32	1.87
8717608--8717658	22	2.3	22	83	16	70	5	17	0	76	0.98
8717619--8717654	13	2.8	13	91	0	54	0	16	0	83	0.65
8717620--8717653	16	2.1	16	89	10	52	0	17	0	82	0.67
8718584--8718628	6	7.5	6	82	0	54	75	6	0	17	1.01
8718585--8718623	18	2.2	17	90	4	60	74	7	0	17	1.05
8725328--8725369	22	1.9	22	90	0	66	50	14	11	23	1.76
8735577--8735614	17	2.2	17	95	0	67	50	31	0	18	1.47
8750229--8750384	44	3.5	44	79	1	159	31	19	16	32	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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