genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.177.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57657792--57658436	47	13.7	47	97	1	1179	32	8	30	29	1.87
57658553--57658630	36	2.1	36	86	6	104	25	17	30	25	1.97
57664477--57664546	36	1.9	36	94	0	122	64	8	2	24	1.36
57664627--57664726	41	2.4	42	73	9	98	26	17	16	41	1.89
57666492--57666693	43	4.7	44	88	4	261	33	24	14	27	1.94
57669600--57669819	48	4.6	47	78	2	197	25	16	30	26	1.97
57669584--57669770	96	1.9	94	82	6	232	27	14	29	28	1.96
57669641--57669819	96	1.9	96	83	0	232	25	16	31	26	1.97
57678279--57678318	21	1.9	21	84	0	53	67	12	12	7	1.41
57683340--57683383	14	2.8	16	86	10	56	29	2	4	63	1.26
57685716--57685749	6	5.7	6	100	0	68	17	17	47	17	1.84
57687096--57687130	17	2.1	17	89	10	54	40	5	2	51	1.40
57687340--57687370	16	2.0	15	93	6	53	90	0	9	0	0.46
57692862--57692933	37	1.9	37	83	5	92	27	4	26	41	1.74
57694801--57694848	23	2.0	25	84	8	64	41	6	4	47	1.48
57695097--57695155	30	2.0	30	86	0	82	64	1	0	33	1.04
57695104--57695174	30	2.3	31	80	9	83	60	1	0	38	1.06
57699963--57700013	22	2.3	22	80	6	59	52	0	3	43	1.19
57704456--57704540	26	3.2	26	83	5	100	17	10	29	42	1.83
57710102--57710153	27	1.9	27	92	0	86	28	32	23	15	1.95
57710112--57710261	71	2.1	71	90	3	232	30	28	17	23	1.97
57710181--57710403	104	2.2	104	92	2	369	31	31	19	17	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57710732--57710795	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
57710739--57710795	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
57712641--57712731	45	2.0	45	89	0	137	26	13	27	32	1.93
57712651--57712755	45	2.3	43	78	12	122	20	14	29	35	1.92
57712771--57712878	52	2.1	52	82	3	128	22	14	26	36	1.93
57723153--57723314	47	3.4	47	89	3	236	27	31	6	33	1.83
57731654--57731705	20	2.5	20	84	3	68	53	5	9	30	1.57
57737719--57737826	55	2.0	55	81	0	126	25	28	25	20	1.99
57738345--57738391	23	2.0	23	83	0	58	23	31	8	36	1.85
57739911--57739945	15	2.4	15	90	4	54	20	20	2	57	1.54
57740021--57740429	48	8.7	47	75	12	274	23	29	18	27	1.98
57740021--57740429	45	8.7	48	74	13	293	23	29	18	27	1.98
57740768--57740824	30	1.9	30	92	0	96	31	28	8	31	1.87
57746367--57746409	19	2.3	20	80	15	56	72	2	16	9	1.21
57750524--57750557	16	2.1	16	100	0	68	88	0	0	11	0.52
57751449--57751484	17	2.1	17	94	0	63	25	13	19	41	1.88
57755433--57755608	46	3.8	46	78	14	200	21	19	28	30	1.98
57755430--57755601	93	1.8	93	93	2	301	21	20	29	29	1.98
57762923--57763090	43	3.7	46	77	17	174	21	19	29	29	1.98
57770813--57770859	20	2.4	21	79	13	55	48	12	31	6	1.66
57775027--57775070	21	2.1	21	100	0	88	43	0	0	56	0.99
57776203--57776333	48	2.7	49	81	6	160	19	17	27	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57781537--57781644	26	4.2	26	97	0	180	32	5	25	37	1.79
57783266--57783379	27	4.2	27	85	3	131	16	23	22	36	1.94
57783264--57783379	54	2.1	54	88	3	171	16	23	23	37	1.94
57787080--57787189	26	4.2	26	96	0	184	34	5	24	35	1.79
57788808--57788916	27	4.0	27	84	3	121	17	23	22	35	1.95
57788802--57788916	54	2.1	54	87	3	160	17	23	22	36	1.95
57820319--57820361	21	2.1	20	83	12	52	23	20	20	34	1.96
57821353--57821466	44	2.7	43	80	10	119	29	28	20	21	1.98
57828382--57828526	40	3.6	40	99	0	281	25	28	23	22	1.99
57836356--57836501	40	3.7	39	86	6	195	26	26	24	22	2.00
57839607--57839771	43	3.9	42	73	12	113	33	24	18	23	1.96
57843157--57843199	5	7.8	5	80	19	50	74	0	23	2	0.93
57843157--57843199	17	2.5	17	92	7	70	74	0	23	2	0.93
57843157--57843213	11	4.9	12	77	12	57	70	0	28	1	0.98
57844256--57844289	16	2.1	16	100	0	68	35	20	0	44	1.52
57845827--57846088	49	5.5	46	75	13	194	25	29	18	26	1.98
57845870--57846088	93	2.3	98	83	5	261	25	30	18	25	1.98
57848718--57848767	18	2.8	18	90	0	73	32	24	6	38	1.79
57852967--57853156	95	2.0	95	100	0	380	47	23	9	20	1.79
57853608--57853714	49	2.2	47	86	3	142	24	28	17	28	1.97
57856100--57856144	22	2.0	22	83	12	56	55	4	20	20	1.60
57857713--57857762	25	2.0	25	100	0	100	44	8	24	24	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57861622--57861655	13	2.5	13	95	4	59	29	0	17	52	1.45
57864183--57864261	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
57864379--57864757	47	8.0	47	95	2	645	29	30	8	31	1.88
57864379--57864757	144	2.7	140	93	3	650	29	30	8	31	1.88
57874345--57874442	47	2.1	47	96	0	178	27	13	14	44	1.82
57875208--57875370	45	3.6	45	94	1	274	23	20	27	27	1.99
57875347--57875454	42	2.6	41	79	7	101	29	20	26	23	1.99
57879046--57879183	43	3.2	42	86	8	197	34	23	21	21	1.97
57879477--57879524	21	2.3	21	92	0	78	0	56	20	22	1.43
57885066--57885232	9	17.6	9	74	10	136	31	0	20	47	1.55
57885070--57885232	39	4.2	40	83	9	150	31	0	20	47	1.54
57885081--57885220	39	3.4	44	84	10	156	31	0	21	46	1.57
57885066--57885232	57	2.9	57	79	7	178	31	0	20	47	1.55
57885066--57885221	48	3.2	48	80	3	179	32	0	21	46	1.56
57886661--57887034	183	2.0	183	95	0	685	43	14	14	26	1.85
57887102--57887131	14	2.2	13	94	5	51	36	13	0	50	1.42
57889396--57889465	28	2.4	29	88	9	108	41	28	1	28	1.65
57889433--57889485	21	2.6	21	90	3	81	41	30	1	26	1.66
57889602--57889747	28	5.6	27	72	18	121	41	29	2	26	1.67
57889638--57889690	21	2.5	21	90	6	81	41	32	0	26	1.56
57889615--57889747	53	2.6	52	83	5	157	41	29	2	27	1.68
57889701--57889741	20	2.0	21	85	4	57	39	34	0	26	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57889412--57889883	256	1.9	252	92	2	802	43	26	2	26	1.67
57889947--57890026	22	3.7	22	75	12	67	38	41	1	18	1.59
57889948--57890066	15	8.3	15	71	19	58	41	39	2	16	1.62
57890637--57890761	40	3.1	41	89	3	200	24	24	19	31	1.98
57892618--57892654	19	1.9	19	94	0	65	35	29	8	27	1.85
57893205--57893265	28	2.2	28	79	5	70	37	0	45	16	1.47
57893751--57893784	16	2.2	16	89	5	52	38	0	2	58	1.13
57893829--57894010	93	1.9	93	93	3	312	32	9	9	47	1.69
57896523--57896573	26	2.0	26	92	0	84	33	17	17	31	1.94
57902677--57902717	5	7.8	5	88	5	55	24	2	0	73	0.96
57902677--57902717	15	2.6	16	88	7	66	24	2	0	73	0.96
57908761--57908796	19	1.9	19	88	5	56	44	11	0	44	1.39
57960975--57961004	15	2.1	14	93	6	51	50	0	13	36	1.42
57964004--57964148	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
57970779--57970853	38	2.0	38	97	2	143	30	13	24	32	1.93
57970784--57970862	38	2.1	37	88	4	115	29	12	26	31	1.93
57981145--57981186	17	2.5	17	84	0	57	52	2	2	42	1.27
57993984--57994093	42	2.6	42	79	4	123	24	19	24	31	1.98
57993930--57994101	43	4.0	43	70	15	131	24	16	25	33	1.95
57997454--57997518	21	3.2	20	70	12	62	10	24	23	41	1.86
57997436--57997536	39	2.6	39	88	0	157	11	25	24	37	1.90
58001116--58001234	50	2.4	50	79	13	138	27	29	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58001054--58001459	47	8.7	45	69	19	150	24	30	17	26	1.97
58004096--58004148	26	2.1	26	86	6	74	24	22	22	30	1.99
58004154--58004207	24	2.3	24	83	3	74	48	20	12	18	1.81
58008221--58008378	43	3.7	42	76	10	137	24	18	25	31	1.98
58018325--58018448	45	2.7	45	82	1	131	39	11	19	29	1.86
58027842--58027889	21	2.3	21	82	7	53	31	52	2	14	1.54
58029620--58029727	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
58031428--58031462	17	2.1	17	100	0	70	34	25	17	22	1.96
58033158--58033216	29	2.0	29	100	0	118	23	35	13	27	1.92
58035131--58035238	26	4.2	26	91	2	173	32	7	24	36	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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