genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18553920--18553998	33	2.4	34	91	2	124	37	15	22	24	1.92
18554724--18554758	18	1.9	18	88	0	52	31	28	14	25	1.95
18559163--18559285	47	2.6	46	77	5	129	31	20	26	21	1.98
18559161--18559379	46	4.7	47	72	9	137	30	20	27	21	1.98
18559202--18559377	46	3.8	47	74	6	160	31	19	27	21	1.97
18559161--18559379	94	2.3	94	80	6	239	30	20	27	21	1.98
18562325--18562365	16	2.4	18	88	8	59	60	0	4	34	1.18
18569375--18569433	29	2.0	29	100	0	118	16	13	13	55	1.68
18572164--18572194	14	2.2	14	100	0	62	12	0	45	41	1.42
18572610--18572726	29	4.1	29	83	2	137	41	4	10	44	1.58
18572662--18572726	14	4.6	14	81	14	80	44	1	7	46	1.41
18572610--18572726	57	2.0	58	81	1	137	41	4	10	44	1.58
18576849--18576911	30	2.1	30	96	0	117	26	3	12	57	1.51
18580213--18580349	56	2.4	56	87	0	202	34	23	15	27	1.94
18596982--18597041	30	2.0	30	90	0	93	28	25	8	38	1.84
18598627--18598760	56	2.4	57	87	3	200	32	20	15	30	1.94
18605825--18606009	40	4.6	40	96	1	327	22	23	28	25	1.99
18605821--18606041	80	2.8	79	89	4	320	25	22	26	25	2.00
18606268--18606311	22	2.0	21	83	16	54	31	18	13	36	1.90
18613839--18614020	40	4.6	40	89	6	282	23	21	27	27	1.99
18613835--18614052	80	2.8	77	84	10	298	25	21	26	27	1.99
18623053--18623340	35	8.0	36	76	6	201	33	22	20	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18623055--18623393	178	1.9	178	88	0	507	32	23	21	22	1.98
18625509--18625542	15	2.3	15	94	0	59	5	17	0	76	0.98
18641281--18641385	47	2.2	47	96	0	192	27	30	7	34	1.85
18645181--18645221	16	2.5	16	84	4	55	78	4	9	7	1.10
18646782--18646814	3	11.0	3	93	0	57	63	0	3	33	1.10
18663629--18663653	13	1.9	13	100	0	50	16	40	32	12	1.84
18665638--18665677	6	6.7	6	82	0	53	77	0	7	15	0.98
18667221--18667363	72	2.0	71	98	1	277	54	7	23	13	1.65
18675596--18675849	40	6.4	40	91	4	349	24	22	26	26	2.00
18675596--18675849	118	2.1	120	86	6	349	24	22	26	26	2.00
18683666--18683907	40	6.1	40	90	2	330	23	21	28	26	1.99
18688394--18688469	36	2.1	37	82	2	91	46	2	3	47	1.35
18690139--18690215	35	2.1	38	81	15	92	41	2	3	51	1.34
18690139--18690215	34	2.2	38	80	17	94	41	2	3	51	1.34
18690198--18690248	12	4.0	13	74	20	54	45	1	3	49	1.32
18690512--18690557	22	2.1	22	84	8	58	34	0	6	58	1.24
18690762--18690810	19	2.5	19	80	12	55	57	10	2	30	1.43
18696687--18696765	20	4.0	20	68	12	54	43	13	5	37	1.67
18697372--18697414	22	2.0	22	81	9	52	37	13	6	41	1.72
18698494--18698533	21	1.9	21	85	10	55	30	22	0	47	1.52
18702373--18702548	47	3.8	46	79	14	216	28	28	21	21	1.98
18702381--18702552	94	1.8	94	94	1	310	28	28	21	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18704933--18704980	14	3.4	14	77	5	51	60	14	16	8	1.57
18704933--18704998	28	2.3	29	86	2	98	56	18	16	9	1.66
18712001--18712061	24	2.5	24	86	0	86	32	29	16	21	1.95
18720027--18720115	24	3.7	24	89	0	124	34	28	13	23	1.93
18720013--18720115	48	2.1	48	83	0	125	34	26	12	26	1.92
18724824--18724977	76	2.0	76	93	0	263	34	16	19	29	1.94
18728586--18728624	21	1.9	20	84	5	51	43	0	0	56	0.99
18739214--18739398	40	4.7	39	88	5	223	24	23	27	24	2.00
18739255--18739398	40	3.6	39	93	1	225	24	23	27	25	2.00
18739211--18739417	40	5.2	40	80	11	210	25	22	27	25	2.00
18740986--18741141	82	1.9	81	85	3	215	26	16	28	28	1.97
18740985--18741138	55	2.9	52	82	7	175	27	16	27	27	1.97
18740986--18741141	27	5.7	27	81	6	163	26	16	28	28	1.97
18740978--18741162	27	6.8	27	75	9	101	26	16	28	29	1.97
18740978--18741162	82	2.3	81	78	2	210	26	16	28	29	1.97
18746077--18746141	34	1.9	34	96	0	121	24	4	12	58	1.53
18757941--18758221	49	5.7	49	83	5	341	25	17	27	30	1.97
18757941--18758228	99	2.9	101	84	4	379	25	17	27	30	1.97
18757940--18758227	150	1.9	150	85	2	366	25	17	27	30	1.97
18768952--18768988	18	2.1	18	100	0	74	56	5	5	32	1.45
18775305--18775367	24	2.6	25	82	5	76	39	17	25	17	1.91
18787135--18787222	37	2.3	38	86	11	119	42	1	3	53	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18788274--18788344	36	2.0	36	91	0	115	22	16	18	42	1.89
18791045--18791101	27	2.1	27	83	6	71	22	15	26	35	1.94
18792845--18793029	40	4.7	40	88	5	243	24	21	27	26	1.99
18792845--18793029	79	2.3	82	84	7	247	24	21	27	26	1.99
18792898--18793062	79	2.1	79	85	6	219	26	20	27	26	1.99
18792845--18793062	119	1.8	119	81	7	273	25	21	27	26	1.99
18806656--18806699	12	3.6	12	87	3	61	70	6	2	20	1.21
18806664--18806697	6	5.7	6	92	0	50	73	8	0	17	1.08
18811692--18811751	30	2.0	30	83	0	75	31	25	3	40	1.72
18812832--18812945	43	2.7	42	89	2	174	29	16	25	28	1.97
18814727--18814912	92	2.0	92	92	0	309	20	23	16	39	1.92
18820356--18820385	15	2.0	15	93	0	51	10	13	36	40	1.78
18824783--18824817	10	3.5	10	96	0	61	25	0	34	40	1.56
18831940--18832000	19	3.2	19	97	0	113	36	14	22	26	1.93
18849793--18849888	33	2.9	33	86	4	124	36	11	22	29	1.89
18849833--18849993	66	2.5	66	78	3	173	32	14	24	27	1.94
18849871--18849987	33	3.6	33	83	1	137	30	14	26	28	1.95
18859298--18859369	36	2.0	36	97	0	135	25	16	4	54	1.60
18863939--18863998	26	2.3	26	82	5	77	36	30	13	20	1.90
18870871--18870910	18	2.3	17	95	4	71	40	0	5	55	1.22
18871817--18871929	41	2.8	41	75	10	122	21	19	26	32	1.97
18878689--18878815	28	4.5	28	88	3	173	33	24	12	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18878689--18878816	29	4.5	29	86	4	163	32	25	12	29	1.92
18878688--18878815	57	2.2	57	88	2	195	32	25	12	29	1.92
18880681--18880791	40	2.8	40	83	1	98	25	28	23	22	1.99
18880704--18880848	40	3.6	40	85	4	184	23	25	24	26	2.00
18882035--18882110	38	2.0	38	100	0	152	31	23	13	31	1.93
18885993--18886166	49	3.5	49	84	4	242	32	26	15	25	1.95
18885993--18886174	99	1.8	99	92	2	312	31	26	15	25	1.96
18892521--18892778	101	2.6	100	85	3	322	31	15	25	26	1.96
18895470--18895500	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
18895467--18895506	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
18895719--18895952	55	4.4	54	76	8	196	23	24	16	35	1.95
18895745--18895889	53	2.7	53	79	4	148	23	24	17	34	1.96
18903045--18903083	5	7.6	5	88	5	60	0	20	2	76	0.90
18911822--18911926	43	2.5	42	82	3	138	29	24	16	29	1.96
18916435--18916489	22	2.5	21	72	18	58	10	21	0	67	1.21
18924673--18924707	16	2.2	16	89	0	52	22	0	2	74	0.95
18925794--18925842	23	2.0	25	84	7	66	73	4	16	6	1.19
18927328--18927382	29	1.9	28	88	3	83	20	18	25	36	1.94
18928763--18928983	92	2.3	92	81	6	237	26	20	30	21	1.98
18929903--18929928	13	2.0	13	100	0	52	38	23	38	0	1.55
18933501--18933741	48	5.0	48	92	0	394	36	7	24	31	1.82
18933882--18933991	37	3.0	37	94	0	193	23	19	31	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18939023--18939244	40	5.6	40	92	1	286	24	20	27	27	1.99
18961509--18961534	9	2.9	9	100	0	52	46	0	11	42	1.40
18968543--18968628	42	2.0	42	100	0	172	23	29	18	29	1.98
18974160--18974284	47	2.7	48	85	6	168	23	30	17	28	1.97
18974255--18974380	46	2.7	46	81	7	148	21	28	21	28	1.99
18978228--18978403	46	3.8	46	75	14	173	22	19	27	30	1.98
18978225--18978396	93	1.8	93	90	2	274	22	20	27	29	1.98
18985292--18985348	30	1.9	30	85	0	78	43	5	22	28	1.75
18985771--18985946	46	3.8	46	79	12	198	22	20	27	29	1.98
18985768--18985938	93	1.8	93	92	0	288	22	21	28	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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