genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.158.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51095507--51095567	30	2.0	30	83	0	77	31	21	8	39	1.82
51096418--51096529	27	4.2	26	82	10	118	35	24	22	17	1.95
51096418--51096529	54	2.1	54	83	6	138	35	24	22	17	1.95
51104219--51104325	27	4.0	26	80	8	99	37	21	22	18	1.94
51104255--51104325	25	2.8	25	81	12	81	33	22	23	19	1.97
51104219--51104325	52	2.0	54	81	3	128	37	21	22	18	1.94
51112262--51112330	6	11.3	6	75	14	52	49	11	18	20	1.78
51112283--51112351	31	2.2	31	89	0	102	47	11	20	20	1.80
51112313--51112380	25	2.7	25	77	8	75	50	16	16	17	1.79
51112601--51112655	20	2.8	20	97	0	101	43	29	14	12	1.82
51112658--51112720	22	2.9	22	74	9	65	34	22	25	17	1.95
51113234--51113404	27	6.3	27	80	4	148	25	21	17	35	1.95
51113245--51113402	54	2.9	54	88	0	235	26	23	17	32	1.96
51115433--51115563	6	21.3	6	72	16	99	48	12	18	19	1.80
51115454--51115563	25	4.7	25	75	15	99	48	12	19	20	1.81
51115435--51115559	43	2.9	43	85	3	153	48	13	18	19	1.80
51115445--51115563	31	3.9	30	78	13	118	48	12	18	20	1.80
51115791--51115846	22	2.5	22	75	11	60	35	25	23	16	1.94
51116363--51116521	27	5.9	27	85	2	167	23	22	17	35	1.95
51116364--51116525	54	3.0	54	86	3	193	24	22	17	35	1.95
51116389--51116528	27	5.2	27	87	0	172	25	21	15	37	1.93
51118529--51118620	6	14.8	6	72	18	73	46	15	20	17	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51118529--51118620	25	3.7	25	92	0	157	46	15	20	17	1.84
51119413--51119544	27	4.9	27	72	7	88	26	22	18	32	1.97
51119415--51119546	54	2.4	54	79	7	151	26	22	16	34	1.95
51121633--51121712	25	3.2	25	89	0	115	46	12	22	18	1.83
51121645--51121712	6	11.0	6	73	17	59	47	13	20	19	1.82
51121939--51121994	22	2.5	22	75	11	60	35	23	23	17	1.95
51122540--51122632	27	3.4	27	100	0	186	25	27	12	33	1.93
51122522--51122653	54	2.4	54	80	9	178	27	23	15	33	1.95
51124663--51124749	37	2.4	37	86	0	111	50	16	16	17	1.78
51124683--51124750	19	3.6	19	78	11	77	47	16	19	17	1.83
51124654--51124724	18	3.9	18	70	14	56	52	18	12	16	1.75
51125020--51125073	22	2.5	22	76	11	65	35	22	24	18	1.96
51126122--51126393	40	6.8	41	85	4	349	25	20	28	25	1.99
51126132--51126413	120	2.4	120	94	0	485	25	20	28	26	1.99
51133421--51133692	40	6.8	40	83	2	323	24	19	28	27	1.98
51133431--51133712	120	2.4	120	92	0	449	24	19	28	28	1.98
51135410--51135571	27	6.0	27	85	1	191	27	22	15	34	1.94
51135414--51135575	54	3.0	54	86	2	211	28	22	14	34	1.93
51135412--51135580	81	2.1	81	88	2	250	28	21	13	36	1.92
51135438--51135608	81	2.1	81	81	6	204	30	19	15	35	1.92
51140706--51140752	20	2.2	23	82	17	66	53	0	10	36	1.36
51141021--51141178	49	3.2	48	95	2	273	31	7	31	30	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51141296--51141374	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
51144172--51144246	25	3.0	25	84	2	96	29	21	16	33	1.95
51144309--51144369	13	4.5	13	73	18	52	37	6	18	37	1.76
51145874--51146136	40	6.6	40	87	3	316	24	20	28	26	1.99
51145913--51146171	80	3.3	80	84	3	238	25	20	28	25	1.99
51153174--51153397	40	5.6	40	87	3	281	25	20	28	26	1.99
51153248--51153432	80	2.3	80	85	2	248	26	20	28	24	1.99
51153174--51153432	120	2.2	120	79	4	265	25	20	28	25	1.99
51157660--51157846	100	1.9	101	90	1	304	28	27	18	25	1.98
51157666--51157841	49	3.5	48	77	8	183	28	27	17	25	1.98
51167903--51168143	49	4.9	49	82	3	284	29	26	18	25	1.98
51167947--51168139	101	1.9	100	88	1	287	30	26	17	25	1.97
51173897--51173939	8	5.4	8	94	0	68	53	18	23	4	1.63
51184075--51184173	26	3.8	26	79	4	74	21	19	21	38	1.94
51184108--51184183	26	2.9	25	84	3	89	18	17	22	42	1.89
51188328--51188392	27	2.4	28	94	2	114	20	12	24	43	1.86
51193378--51193405	8	3.5	8	100	0	56	53	10	0	35	1.36
51194207--51194321	29	4.0	29	80	6	119	29	28	14	26	1.95
51194538--51194576	16	2.4	16	91	0	60	15	23	15	46	1.83
51195269--51195391	43	2.9	42	84	2	165	24	17	26	31	1.97
51199287--51199338	21	2.5	21	96	0	95	48	5	11	34	1.63
51205277--51205319	23	1.9	22	86	13	61	60	4	11	23	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51207047--51207072	13	2.0	13	100	0	52	7	30	46	15	1.74
51211904--51212077	27	6.4	27	84	4	215	27	14	27	30	1.95
51211905--51212060	82	1.9	81	89	3	242	26	15	28	30	1.96
51211901--51212077	82	2.2	81	84	3	239	27	15	26	30	1.96
51219156--51219329	27	6.4	27	84	4	215	26	14	27	31	1.95
51219157--51219312	82	1.9	81	90	3	251	25	15	28	30	1.96
51221786--51221846	28	2.2	28	81	0	77	34	21	16	27	1.95
51229295--51229477	79	2.3	81	85	4	248	26	27	21	24	1.99
51229276--51229477	40	5.1	40	86	5	250	25	27	21	24	1.99
51236408--51236481	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
51251507--51251542	16	2.3	15	86	9	54	30	8	11	50	1.67
51252502--51252613	27	4.2	26	80	7	116	35	22	24	17	1.95
51256850--51256887	14	2.9	13	81	11	51	57	10	13	18	1.63
51262552--51262608	29	2.0	28	83	12	73	33	5	26	35	1.79
51263013--51263133	44	2.8	42	73	10	111	24	17	24	33	1.96
51263013--51263149	42	3.2	42	71	13	107	25	16	25	32	1.96
51265308--51265338	15	2.1	15	100	0	62	22	25	19	32	1.97
51269368--51269539	46	3.7	46	77	13	190	28	27	21	22	1.99
51269373--51269543	93	1.8	93	92	0	288	28	28	21	21	1.99
51269962--51270021	30	2.0	30	87	6	86	31	25	6	36	1.82
51272177--51272249	36	2.0	36	100	0	146	34	24	2	38	1.70
51272941--51272984	19	2.4	19	84	3	54	47	11	2	38	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51287144--51287173	14	2.1	14	100	0	60	26	6	13	53	1.64
51299047--51299228	79	2.3	81	82	7	221	24	21	28	25	1.99
51299046--51299230	40	4.7	40	81	6	207	23	21	28	26	1.99
51299047--51299263	79	2.7	78	77	12	219	25	21	27	25	1.99
51304461--51304494	16	2.1	16	100	0	68	26	5	35	32	1.81
51313070--51313108	19	2.1	19	95	4	71	56	20	10	12	1.65
51313652--51313871	40	5.6	40	84	4	277	27	26	23	22	2.00
51317672--51317864	47	4.1	47	87	0	262	32	11	29	26	1.91
51317745--51317820	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
51317835--51318018	98	1.9	96	91	4	298	35	7	26	30	1.83
51317834--51318018	48	3.8	48	87	5	291	35	7	25	31	1.83
51317858--51318057	98	2.1	97	83	4	246	35	8	27	30	1.85
51318163--51318271	37	2.9	37	93	0	182	22	19	32	26	1.97
51319539--51319809	40	6.8	40	91	0	427	24	20	28	26	1.99
51322905--51323098	47	4.1	47	89	0	280	33	10	28	26	1.90
51322979--51323054	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
51323068--51323252	48	3.8	48	91	2	307	36	7	25	30	1.84
51323069--51323266	98	2.0	96	91	1	315	35	8	26	29	1.85
51323398--51323506	37	2.9	37	95	0	191	22	19	31	26	1.98
51330235--51330455	40	5.6	40	88	5	297	27	27	22	23	1.99
51335917--51336128	47	4.5	47	90	2	309	29	30	8	31	1.87
51338759--51338857	34	2.9	34	77	12	105	23	21	25	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51342742--51342834	39	2.4	39	92	0	159	23	30	21	24	1.99
51353277--51353466	96	2.0	96	92	0	317	40	16	33	10	1.83
51360431--51360518	6	14.3	6	75	17	83	50	14	15	19	1.79
51360431--51360518	19	4.8	18	76	16	83	50	14	15	19	1.79
51360440--51360518	31	2.5	31	93	0	131	50	13	16	18	1.78
51360445--51360515	25	2.8	25	81	10	83	49	15	16	18	1.80
51360878--51360940	27	2.3	28	78	8	76	39	22	17	20	1.92
51360921--51361330	27	15.3	27	88	0	563	24	21	19	34	1.96
51361342--51361508	27	6.2	27	83	0	82	30	4	25	38	1.77
51361350--51361553	81	2.5	81	83	1	248	34	4	23	37	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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