genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.52.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14146469--14146517	25	2.0	25	100	0	98	30	20	4	44	1.70
14153425--14153573	26	6.0	26	71	15	116	38	20	19	20	1.93
14153425--14153636	26	8.6	25	67	13	109	38	21	20	19	1.94
14153626--14153790	65	2.6	65	81	3	192	37	22	17	22	1.94
14157117--14158432	454	2.9	453	91	1	2120	28	10	22	38	1.87
14159328--14159363	17	2.1	18	89	5	56	41	19	0	38	1.52
14161920--14162003	43	2.0	43	90	0	132	21	20	28	29	1.98
14163934--14163975	19	2.1	21	86	8	61	35	0	28	35	1.58
14164236--14164270	12	2.9	12	95	0	61	40	2	8	48	1.49
14168118--14168164	20	2.4	19	78	3	58	57	4	2	36	1.30
14171361--14171466	31	3.4	30	94	2	176	28	26	16	29	1.96
14171491--14171581	42	2.2	42	85	0	128	35	19	14	30	1.92
14171714--14171849	26	5.3	26	87	3	181	27	23	20	27	1.99
14171714--14171849	52	2.7	51	92	5	224	27	23	20	27	1.99
14171899--14171961	20	3.4	19	79	20	71	31	19	11	38	1.86
14171912--14171954	16	2.7	15	89	10	68	34	20	9	34	1.85
14172785--14172893	27	3.9	27	74	15	87	34	9	15	40	1.79
14172762--14172899	27	5.0	26	70	11	69	34	10	16	38	1.83
14172977--14173284	27	11.4	27	83	1	366	39	6	24	29	1.80
14172977--14173307	54	6.1	54	87	0	410	38	6	23	30	1.80
14173209--14173382	27	6.5	27	76	4	82	33	6	21	37	1.80
14173317--14173376	26	2.3	25	83	13	68	26	8	23	41	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14175701--14175788	42	2.1	42	89	0	131	36	18	13	31	1.90
14175921--14176055	26	5.3	26	80	7	138	28	24	20	27	1.99
14175921--14176055	52	2.7	50	86	8	186	28	24	20	27	1.99
14176105--14176167	20	3.4	19	79	20	71	31	19	11	38	1.86
14176118--14176160	16	2.7	15	89	10	68	34	20	9	34	1.85
14176967--14177192	27	8.3	27	69	11	95	32	11	17	38	1.85
14177182--14177481	27	11.1	27	81	2	334	40	5	23	30	1.78
14177182--14177481	54	5.6	54	85	2	379	40	5	23	30	1.78
14177486--14177581	27	3.6	26	74	12	79	27	8	22	41	1.82
14179901--14179992	42	2.2	42	90	0	139	34	20	14	30	1.92
14180125--14180259	26	5.3	26	78	6	145	27	25	20	26	1.99
14180125--14180259	52	2.7	50	85	8	186	27	25	20	26	1.99
14180309--14180371	20	3.4	19	79	20	71	31	19	11	38	1.86
14180322--14180364	16	2.7	15	89	10	68	34	20	9	34	1.85
14180407--14180454	25	1.9	25	86	0	69	27	14	22	35	1.93
14180606--14180910	27	11.3	27	81	5	269	39	7	21	31	1.81
14180606--14180833	81	2.8	81	87	1	323	40	7	21	29	1.81
14180606--14180856	54	4.6	54	88	2	335	41	7	21	29	1.80
14180863--14180926	27	2.4	26	86	2	92	34	7	18	39	1.80
14185591--14185674	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
14187463--14187743	136	2.1	136	97	1	528	24	17	25	32	1.97
14191508--14191591	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14193375--14193658	137	2.1	137	96	0	523	25	18	25	31	1.97
14199008--14199045	18	2.1	18	85	9	51	39	10	13	36	1.79
14199531--14199762	99	2.3	103	78	10	235	43	2	2	52	1.25
14205946--14205982	6	6.2	6	90	0	56	18	21	13	45	1.84
14205855--14205962	51	2.1	51	82	6	128	15	20	22	41	1.90
14206234--14206284	18	2.8	18	85	11	52	41	11	11	35	1.78
14206826--14206873	19	2.6	19	86	3	71	35	2	14	47	1.56
14206890--14206980	42	2.2	42	93	0	155	28	5	14	51	1.64
14219562--14219649	42	2.1	42	93	0	149	29	3	15	51	1.60
14221460--14221504	24	1.9	23	81	4	54	46	2	8	42	1.47
14232516--14232565	25	2.0	25	100	0	100	36	12	20	32	1.89
14234899--14234942	20	2.1	21	91	4	72	25	4	4	65	1.30
14260479--14260539	28	2.2	28	81	0	77	27	6	21	44	1.77
14268891--14269114	40	5.6	40	87	3	306	25	23	25	25	2.00
14268899--14269114	83	2.7	80	88	5	303	24	23	26	25	2.00
14286869--14286978	22	4.8	22	71	15	73	32	17	23	26	1.96
14295048--14295090	21	2.0	21	86	0	59	37	16	0	46	1.47
14311200--14311431	84	2.8	82	83	5	254	44	10	12	32	1.76
14311395--14311595	87	2.3	86	83	2	251	38	13	12	35	1.82
14313882--14313950	34	2.0	34	94	0	120	23	8	23	44	1.80
14315429--14315479	15	3.4	15	74	15	52	35	0	3	60	1.15
14327469--14327620	44	3.5	44	83	9	211	25	23	28	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14335320--14335475	44	3.5	44	86	6	217	25	21	28	25	1.99
14344712--14345173	27	17.1	27	85	3	572	29	22	7	40	1.82
14345178--14345373	27	7.3	27	84	2	223	36	17	17	27	1.93
14345765--14345838	27	2.8	27	85	6	89	17	24	21	36	1.95
14345956--14346088	31	4.4	30	86	6	178	20	16	13	49	1.79
14345981--14346088	6	17.8	6	76	16	98	20	16	12	50	1.78
14346948--14346992	10	4.8	10	81	10	51	46	13	2	37	1.55
14347925--14347996	35	2.1	35	94	0	126	30	22	16	30	1.96
14348113--14348222	22	5.0	22	82	9	127	33	20	16	29	1.95
14353862--14353890	15	1.9	15	100	0	58	37	27	13	20	1.91
14366239--14366830	47	12.5	47	93	1	995	30	29	7	32	1.85
14366377--14366457	25	3.4	25	63	16	71	30	28	4	35	1.78
14366243--14366830	143	4.1	143	94	1	1013	30	28	7	32	1.85
14394111--14394149	20	2.0	20	94	0	69	35	15	20	28	1.93
14394193--14394321	25	5.2	25	86	11	151	31	20	22	26	1.98
14394506--14394566	31	2.0	31	90	0	95	31	16	27	24	1.96
14402195--14402247	9	5.4	9	75	16	52	33	7	20	37	1.81
14402199--14402255	11	5.5	11	74	16	59	35	10	19	35	1.86
14402189--14402255	20	3.3	20	89	0	107	34	10	20	34	1.87
14402298--14402426	25	5.2	25	83	6	131	31	18	22	27	1.97
14402298--14402392	50	1.9	48	89	4	145	28	20	22	29	1.98
14402611--14402671	31	2.0	31	90	0	95	31	16	27	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14404218--14404286	34	2.0	34	97	0	129	30	4	14	50	1.62
14407591--14407623	17	1.9	17	93	0	57	24	9	9	57	1.58
14408275--14408316	21	2.0	22	81	13	52	23	26	4	45	1.73
14416555--14416658	48	2.2	47	84	5	129	40	15	2	41	1.62
14420057--14420201	48	3.0	48	80	4	175	37	17	4	40	1.69
14424439--14424935	47	10.6	47	92	3	747	28	29	8	33	1.87
14424439--14424935	138	3.5	139	90	5	743	28	29	8	33	1.87
14424439--14424935	185	2.6	187	90	5	745	28	29	8	33	1.87
14426145--14426318	83	2.1	84	92	6	302	25	27	8	37	1.85
14427487--14427886	40	10.1	40	92	1	635	25	28	22	24	1.99
14427487--14427886	79	5.0	80	91	2	635	25	28	22	24	1.99
14427487--14427886	119	3.3	120	93	2	653	25	28	22	24	1.99
14427940--14428014	38	2.0	38	86	5	107	24	26	18	30	1.98
14430438--14430517	25	3.3	25	65	10	76	28	33	5	32	1.79
14430435--14431030	47	12.6	47	92	2	869	27	29	9	33	1.88
14432296--14432474	85	2.1	85	98	0	349	26	27	8	37	1.85
14438157--14438195	13	3.0	13	92	0	60	17	28	41	12	1.87
14455925--14455966	16	2.6	16	100	0	84	19	11	11	57	1.65
14458804--14458847	21	2.1	21	86	0	61	13	9	0	77	0.99
14458839--14458899	13	4.5	13	76	13	61	37	1	1	59	1.17
14477356--14477392	19	1.9	19	88	0	56	51	8	0	40	1.32
14480144--14480202	29	2.0	29	83	6	75	30	10	8	50	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14480760--14480875	39	3.0	39	92	0	187	58	14	8	18	1.61
14481113--14481233	3	41.7	3	85	6	151	2	31	1	64	1.16
14482627--14482799	43	4.0	44	71	12	135	24	17	24	33	1.96
14484487--14484546	7	8.4	7	96	3	111	13	0	0	86	0.57
14484491--14484547	1	57.0	1	75	0	51	12	0	0	87	0.54
14484482--14484546	22	3.0	22	93	6	114	13	0	0	86	0.58
14488112--14488141	10	3.0	10	100	0	60	60	0	0	40	0.97
14489486--14489597	28	4.0	29	78	6	106	25	14	30	30	1.95
14492841--14492938	44	2.3	42	81	11	119	31	24	18	25	1.97
14495668--14495842	46	3.8	45	80	10	210	28	29	20	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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