genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19700183--19700213	4	7.8	4	100	0	62	77	0	0	22	0.77
19704626--19704803	80	2.2	80	85	8	231	23	23	27	26	2.00
19704629--19704803	40	4.4	40	86	6	207	23	22	27	26	1.99
19712676--19712893	40	5.5	40	91	1	323	23	22	27	26	2.00
19714585--19714796	46	4.6	46	88	2	293	21	24	12	41	1.87
19714585--19714796	91	2.3	92	86	2	293	21	24	12	41	1.87
19718168--19718247	29	2.8	28	84	3	106	26	33	16	23	1.95
19741481--19741521	21	1.9	22	85	5	57	21	4	31	41	1.74
19741933--19741985	24	2.2	24	96	0	97	26	7	33	32	1.84
19744399--19744426	13	2.2	13	100	0	56	14	32	35	17	1.90
19749607--19749653	20	2.3	20	88	0	67	36	8	27	27	1.86
19755546--19755743	50	4.0	50	78	2	227	30	10	18	40	1.84
19755545--19755748	100	2.0	100	84	1	266	30	10	18	41	1.83
19759300--19759468	69	2.5	69	81	2	207	34	18	16	29	1.93
19759499--19759658	71	2.3	69	82	4	196	35	20	15	28	1.93
19764081--19764111	10	3.1	10	95	0	53	38	25	19	16	1.92
19766780--19766954	42	4.2	42	73	7	104	30	24	14	30	1.94
19774081--19774247	42	4.0	42	79	4	149	29	23	15	30	1.96
19782469--19782636	92	1.8	91	81	7	205	28	19	27	24	1.99
19790039--19790070	16	2.0	16	93	0	55	50	28	6	15	1.68
19792749--19792862	56	2.0	56	96	0	210	38	15	7	37	1.77
19802272--19802386	29	4.0	29	82	6	128	26	15	29	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19802285--19802395	57	1.9	58	85	1	152	27	16	29	27	1.97
19806672--19806696	9	2.8	9	100	0	50	32	12	36	20	1.89
19806802--19806894	29	3.2	29	75	1	89	31	12	25	30	1.93
19809950--19810080	46	2.8	46	85	0	181	20	20	27	31	1.98
19817989--19818137	43	3.7	43	80	17	183	34	24	14	25	1.94
19818048--19818114	33	2.0	33	97	0	125	38	23	13	23	1.91
19818081--19818179	43	2.3	43	83	10	114	36	23	13	27	1.92
19820889--19820958	28	2.5	28	80	0	68	31	8	28	31	1.87
19820906--19820967	28	2.2	28	79	0	70	38	6	25	29	1.81
19823220--19823377	41	3.9	41	76	12	164	22	21	29	27	1.99
19831880--19831904	11	2.3	11	100	0	50	72	0	0	28	0.86
19845414--19845495	40	2.0	40	92	0	137	32	13	20	32	1.91
19847149--19847249	50	2.0	50	100	0	202	19	5	17	56	1.61
19851265--19851291	13	2.1	13	100	0	54	29	22	14	33	1.94
19866771--19866945	43	4.1	43	81	6	196	32	25	13	28	1.94
19868242--19868283	18	2.3	19	91	4	68	7	30	0	61	1.22
19881400--19881463	31	2.1	31	87	0	92	20	25	15	39	1.92
19881676--19881740	24	2.7	23	86	9	78	29	18	24	27	1.98
19881804--19881860	9	5.9	9	76	15	60	38	22	7	31	1.81
19881796--19881882	20	4.3	20	91	2	140	35	20	10	33	1.87
19881796--19881871	11	7.5	11	70	16	65	35	21	10	32	1.87
19885322--19885579	40	6.5	40	88	2	333	27	28	22	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19886176--19886214	21	1.9	20	84	5	51	23	28	10	38	1.87
19893424--19893681	40	6.5	40	89	2	351	27	27	22	22	1.99
19900971--19901034	31	2.1	31	87	0	92	21	25	14	39	1.91
19901243--19901324	24	3.4	24	85	10	96	28	21	20	29	1.98
19901368--19901414	20	2.3	20	92	7	78	34	19	10	36	1.86
19907237--19907329	47	2.0	47	95	0	168	41	15	20	22	1.89
19909767--19909866	49	2.0	49	86	7	141	30	17	11	42	1.83
19910719--19910802	42	2.0	42	83	4	107	36	13	28	21	1.91
19912336--19912429	40	2.3	41	83	3	111	31	26	13	27	1.94
19919764--19919827	25	2.6	24	80	11	69	23	29	14	32	1.94
19919798--19919862	32	2.0	32	96	0	121	23	27	16	32	1.96
19919843--19919907	24	2.7	24	87	0	85	26	30	18	24	1.98
19921179--19921217	20	1.9	21	89	5	62	17	7	2	71	1.21
19926843--19926874	15	2.0	17	88	11	50	43	31	0	25	1.55
19947231--19947729	47	10.6	47	94	0	863	33	8	29	29	1.87
19964977--19965002	7	3.7	7	100	0	52	84	0	15	0	0.62
19971020--19971097	38	2.1	38	97	0	147	46	11	7	34	1.69
19971514--19971538	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
19974687--19974818	28	4.8	28	83	3	133	21	13	7	56	1.62
19975317--19975474	84	1.9	86	85	7	225	29	18	20	31	1.97
19976494--19976728	116	2.0	116	98	0	452	33	8	25	33	1.85
19976769--19976806	20	1.9	20	88	0	58	5	28	18	47	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19976769--19976827	20	3.0	20	82	5	57	8	27	18	45	1.78
19979829--19979894	27	2.4	28	89	2	98	21	16	6	56	1.62
19979811--19979923	29	4.0	28	77	5	102	23	17	4	54	1.60
19980755--19980794	22	1.9	20	85	10	53	2	7	15	75	1.14
19984382--19984452	27	2.6	27	81	0	88	39	19	7	33	1.79
19984406--19984533	27	4.7	27	77	5	89	39	21	7	31	1.81
19984517--19984570	27	2.0	27	88	0	81	38	16	18	25	1.92
19984525--19984579	27	2.0	27	89	0	83	34	20	21	23	1.97
19985223--19985274	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
19985290--19985351	31	2.0	32	87	3	90	20	22	20	35	1.96
19991723--19991748	13	2.0	13	100	0	52	53	7	15	23	1.67
19991979--19992105	27	4.7	27	79	0	110	37	21	9	31	1.85
19991973--19992103	54	2.4	54	83	2	147	37	20	9	32	1.86
19992801--19992852	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
19992868--19992929	31	2.0	32	87	3	90	20	24	19	35	1.96
19994963--19995079	57	2.1	57	95	0	207	35	22	9	32	1.86
19995609--19995633	13	1.9	13	100	0	50	16	40	32	12	1.84
19999334--19999401	9	7.6	9	78	6	75	27	10	19	42	1.83
19999334--19999402	36	1.9	36	90	0	111	27	10	18	43	1.82
19999334--19999401	18	3.8	18	80	7	84	27	10	19	42	1.83
19999476--19999552	28	2.8	28	92	4	120	32	6	16	44	1.74
20001153--20001202	25	2.0	25	88	0	73	40	20	6	34	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20006245--20006274	14	2.1	14	100	0	60	50	6	0	43	1.28
20006721--20006818	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
20006749--20006831	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
20013257--20013413	27	5.7	27	76	9	131	27	15	28	28	1.96
20013256--20013408	55	2.8	54	79	8	166	28	16	28	27	1.97
20018388--20018643	40	6.4	40	89	2	340	25	21	26	26	1.99
20021049--20021074	11	2.4	11	100	0	52	38	19	19	23	1.93
20024601--20024633	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
20026666--20026749	32	2.6	32	83	3	107	22	20	28	28	1.98
20028648--20028690	21	2.0	23	86	9	63	41	27	0	30	1.56
20031390--20031536	46	3.1	46	63	18	120	23	14	19	42	1.89
20031365--20031542	96	1.9	96	100	0	356	23	14	19	43	1.87
20034195--20034241	21	2.2	21	96	0	85	36	6	27	29	1.82
20038466--20038525	30	2.0	30	96	0	111	33	5	31	30	1.79
20058768--20058954	49	3.8	49	76	6	198	29	16	25	28	1.97
20058767--20058949	100	1.8	99	91	1	303	28	16	26	28	1.97
20061921--20061989	15	4.7	15	85	1	86	7	14	18	59	1.58
20063769--20063806	14	2.5	16	87	8	53	42	2	21	34	1.67
20064115--20064302	49	3.8	49	82	2	241	26	18	26	29	1.98
20064112--20064297	100	1.9	100	93	0	318	25	18	26	29	1.98
20065829--20065855	12	2.2	12	100	0	54	33	25	0	40	1.56
20069509--20069610	29	3.6	28	77	6	98	29	14	29	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20069517--20069621	28	3.7	28	75	6	95	28	16	29	25	1.97
20073005--20073117	28	4.0	28	77	5	102	28	15	28	27	1.96
20081053--20081187	49	2.8	47	81	8	121	25	28	17	28	1.98
20088640--20088728	24	3.7	24	78	3	97	28	26	16	28	1.97
20088594--20088728	49	2.8	47	82	8	139	25	28	17	28	1.98
20093021--20093045	13	1.9	13	100	0	50	68	24	0	8	1.16
20095612--20095707	28	3.4	28	89	1	129	26	13	28	32	1.94
20107401--20107509	37	2.9	37	95	0	191	26	31	19	22	1.98
20107655--20107798	50	2.9	48	86	8	191	30	26	6	36	1.83
20107655--20107845	100	1.9	96	85	7	258	29	26	8	36	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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