genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.95.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29758486--29758634	27	5.6	27	76	7	124	28	16	28	26	1.97
29762325--29762479	27	5.7	27	78	7	145	27	27	16	28	1.97
29762330--29762480	54	2.8	55	80	5	182	27	27	16	29	1.97
29766193--29766262	28	2.6	27	86	2	86	28	20	28	22	1.98
29766138--29766289	55	2.8	53	81	4	178	28	16	27	26	1.97
29766139--29766294	27	5.7	27	78	6	145	28	16	28	27	1.97
29774134--29774258	46	2.7	47	88	6	184	31	29	18	20	1.96
29778617--29778731	29	4.0	29	84	6	146	30	27	14	26	1.95
29778608--29778723	57	2.0	57	88	3	171	29	29	15	25	1.96
29778950--29778996	8	5.9	8	84	0	67	19	23	17	40	1.91
29778950--29778996	16	2.9	16	90	0	76	19	23	17	40	1.91
29785336--29785399	33	2.0	33	87	3	94	21	35	26	15	1.94
29786588--29786876	122	2.4	122	82	9	358	33	26	16	23	1.96
29786565--29786876	41	7.7	41	83	6	357	32	26	16	23	1.96
29786571--29786875	81	3.8	80	85	4	382	33	26	17	23	1.96
29794197--29794327	40	3.2	40	82	4	140	34	24	17	23	1.96
29795408--29795462	7	7.9	7	100	0	110	29	0	56	14	1.39
29798766--29799225	48	9.6	48	73	2	325	29	16	27	26	1.97
29798753--29799225	144	3.3	143	83	2	502	28	16	27	26	1.97
29804086--29804308	49	4.7	49	75	13	189	23	28	20	28	1.99
29804084--29804308	96	2.3	95	85	8	296	23	28	20	28	1.99
29808293--29808321	12	2.4	12	100	0	58	41	34	6	17	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29811684--29811768	28	3.2	28	69	24	85	25	15	28	30	1.96
29811636--29811824	50	3.8	49	80	2	198	25	17	26	29	1.97
29811640--29811823	99	1.8	101	82	2	237	26	17	26	29	1.98
29813964--29814283	47	6.8	47	73	10	228	24	29	19	26	1.98
29813964--29814281	141	2.2	140	78	6	329	23	29	19	27	1.98
29813964--29814285	94	3.4	92	74	10	287	24	29	19	27	1.98
29820193--29820367	46	3.8	46	76	13	189	21	20	28	29	1.98
29825989--29826048	30	2.0	30	83	6	77	40	8	25	26	1.84
29826481--29826549	20	3.1	20	65	31	50	17	18	33	30	1.94
29830915--29831384	144	3.3	142	86	2	591	27	17	29	25	1.97
29830915--29831384	48	9.8	48	77	5	387	27	17	29	25	1.97
29840412--29840467	27	2.1	27	96	0	103	17	16	23	42	1.88
29841457--29841505	21	2.3	21	82	0	71	34	0	46	18	1.49
29841464--29841503	7	5.7	7	96	0	71	32	0	52	15	1.43
29842237--29842348	58	1.9	58	92	0	188	33	26	11	27	1.91
29844092--29844214	43	2.9	42	81	11	142	33	23	18	24	1.97
29844114--29844224	42	2.6	43	83	9	138	33	22	18	25	1.97
29852977--29853115	43	3.2	43	81	11	160	30	22	18	28	1.97
29852977--29853115	44	3.2	42	84	10	158	30	22	18	28	1.97
29857264--29857318	27	2.0	27	82	0	65	29	16	21	32	1.95
29857309--29857359	26	1.9	26	84	4	66	43	21	9	25	1.83
29857320--29857616	81	3.7	81	80	4	289	40	18	9	31	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29857276--29857627	81	4.4	80	76	8	277	39	17	10	31	1.85
29857309--29857616	27	11.4	27	77	4	246	40	18	9	31	1.82
29858077--29858135	22	2.7	22	81	0	64	22	23	20	33	1.97
29860690--29860787	27	3.5	27	87	5	124	26	13	29	30	1.94
29860718--29860800	27	3.0	27	89	5	96	30	12	26	31	1.92
29860690--29860801	28	4.0	27	83	6	98	28	12	26	32	1.93
29865186--29865364	85	2.1	84	96	2	331	38	8	26	26	1.85
29866523--29866706	40	4.6	40	76	8	171	25	21	27	26	1.99
29868209--29868952	48	15.6	49	85	11	989	29	29	9	31	1.88
29868209--29868952	237	3.1	238	86	9	1006	29	29	9	31	1.88
29870974--29870998	10	2.5	10	100	0	50	0	0	12	88	0.53
29870974--29871059	37	2.3	36	77	14	95	0	2	23	74	0.93
29870975--29871059	34	2.5	35	75	11	95	0	2	23	74	0.94
29871155--29871323	38	4.5	38	86	12	242	27	30	18	23	1.98
29887478--29887573	27	3.5	27	88	4	122	31	29	13	26	1.94
29892302--29892335	14	2.4	14	85	0	50	52	0	5	41	1.25
29899161--29899239	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
29899406--29899857	46	10.0	46	90	7	680	29	30	9	30	1.88
29899357--29899855	93	5.5	93	86	8	690	28	30	9	31	1.89
29899406--29899855	173	2.5	178	89	7	691	29	30	9	30	1.88
29899574--29899857	139	2.0	141	94	1	500	29	30	9	31	1.88
29903771--29903849	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29903831--29903975	43	3.4	43	99	0	283	26	35	15	22	1.94
29905798--29905875	36	2.1	37	88	2	113	25	32	19	23	1.98
29906042--29906550	47	11.0	47	92	4	795	29	29	8	32	1.87
29906042--29906550	93	5.5	92	91	5	771	29	29	8	32	1.87
29910101--29910134	14	2.4	14	85	0	50	52	0	5	41	1.25
29918109--29918142	18	1.9	17	88	5	50	38	17	2	41	1.65
29920097--29920239	48	3.0	48	92	0	232	33	30	20	16	1.94
29920463--29920531	27	2.5	27	83	2	75	18	21	10	49	1.77
29920486--29920539	27	2.0	27	100	0	108	22	14	7	55	1.64
29928290--29928367	38	2.1	37	95	2	138	28	19	24	28	1.98
29930347--29930437	46	2.0	46	84	0	119	31	20	16	30	1.95
29932171--29932518	70	5.0	70	91	1	556	31	10	17	40	1.83
29937749--29937835	20	4.3	20	85	2	122	35	10	19	34	1.86
29937759--29937828	9	7.0	10	73	16	65	34	10	20	35	1.86
29943446--29943532	20	4.3	20	92	2	140	34	9	19	36	1.84
29943457--29943524	9	6.9	9	76	15	55	33	8	20	36	1.84
29943468--29943526	9	6.1	9	81	14	73	33	6	20	38	1.79
29943460--29943546	40	2.2	39	86	12	115	34	10	18	36	1.85
29943580--29943662	25	3.4	24	86	8	105	28	22	22	25	1.99
29958016--29958059	20	2.3	19	84	4	52	43	2	25	29	1.67
29969783--29969890	26	4.2	26	96	0	198	37	26	5	30	1.79
29976635--29976742	26	4.2	26	96	0	198	37	26	6	29	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29977082--29977228	43	3.5	42	80	10	156	26	27	19	27	1.99
29983084--29983267	67	2.8	64	80	8	203	28	17	30	23	1.97
29983060--29983213	67	2.3	64	83	7	182	32	16	29	22	1.95
29991163--29991215	22	2.3	24	81	12	67	62	3	28	5	1.35
29997099--29997177	37	2.1	37	90	0	122	29	29	17	24	1.97
29997162--29997211	25	2.0	25	100	0	100	36	20	16	28	1.93
29997276--29997743	49	9.7	49	93	3	776	30	28	7	33	1.86
29997276--29997743	96	4.9	95	94	2	760	30	28	7	33	1.86
29999986--30000164	79	2.3	79	80	9	197	28	27	20	23	1.99
29999983--30000164	40	4.6	39	79	8	172	29	27	19	23	1.98
30004449--30004896	39	11.8	39	81	13	503	27	29	19	23	1.98
30004552--30004896	38	8.9	40	80	14	397	27	30	19	23	1.98
30004615--30004871	40	6.6	34	77	15	115	27	29	18	24	1.98
30004560--30004896	116	2.9	115	84	12	435	27	30	19	23	1.98
30005855--30006301	227	2.0	223	93	6	769	32	20	13	33	1.91
30006522--30006927	45	8.7	47	87	9	575	29	29	6	33	1.83
30006524--30006927	92	4.3	92	86	9	545	29	29	6	33	1.84
30014086--30014129	24	1.9	24	86	9	65	38	18	15	27	1.91
30014196--30014617	49	8.7	46	84	12	528	31	29	7	32	1.84
30014196--30014617	149	2.9	144	85	11	576	31	29	7	32	1.84
30014214--30014594	198	1.9	197	88	6	585	30	29	7	32	1.86
30025360--30026096	47	15.7	47	91	4	1132	32	8	29	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30025360--30026096	96	7.9	94	92	3	1132	32	8	29	29	1.86
30027541--30027803	40	6.8	40	86	3	328	23	20	28	26	1.99
30031613--30032502	96	9.4	92	90	5	752	32	8	28	29	1.87
30031618--30032502	47	18.6	47	89	4	1325	32	8	28	29	1.87
30038700--30038827	39	3.3	39	91	0	211	32	21	25	21	1.98
30038719--30038845	39	3.3	39	79	6	141	29	22	25	21	1.99
30038699--30038853	78	2.0	76	86	5	213	30	21	26	20	1.98
30043341--30043587	27	9.1	27	84	3	282	27	21	9	40	1.85
30043342--30043583	81	3.0	80	85	2	333	28	22	9	40	1.84
30043592--30043787	27	7.3	27	81	2	214	36	16	18	28	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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