genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
316013--316065	4	13.2	4	95	0	97	50	22	0	26	1.49
317836--317866	16	1.9	16	93	0	53	45	25	6	22	1.76
318173--318250	24	3.2	24	66	10	68	32	12	8	46	1.73
320698--320728	16	1.9	16	93	0	53	48	6	0	45	1.28
320824--320877	20	2.6	21	82	11	67	35	0	7	57	1.27
320867--320894	11	2.5	11	100	0	56	28	0	0	71	0.86
323034--323265	46	5.0	46	89	1	313	41	13	22	21	1.89
326065--326155	45	2.0	45	100	0	182	15	21	19	42	1.88
326482--326511	9	3.2	9	95	4	51	66	0	33	0	0.92
335087--335320	126	1.9	126	85	5	330	52	3	10	32	1.52
336486--336535	23	2.1	24	85	10	68	40	4	2	54	1.31
340569--340596	2	14.0	2	100	0	56	50	50	0	0	1.00
342677--342734	27	2.1	28	84	9	75	62	3	0	34	1.12
342687--342751	23	2.6	25	81	18	66	63	1	0	35	1.04
342723--342747	13	1.9	13	100	0	50	64	0	0	36	0.94
347039--347079	13	3.2	13	83	12	50	85	4	9	0	0.73
347039--347072	17	2.1	17	89	10	54	88	2	8	0	0.62
353052--353086	14	2.5	14	90	0	52	48	2	17	31	1.61
353809--353833	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
356887--356911	13	1.9	13	100	0	50	4	32	56	8	1.47
357628--357684	24	2.4	24	81	0	69	26	3	8	61	1.42
357895--357946	11	4.5	11	75	17	52	34	0	3	61	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
357895--357946	16	3.1	16	80	8	59	34	0	3	61	1.14
357853--357946	23	4.2	22	71	21	61	32	2	5	59	1.32
357876--357946	37	2.0	37	86	10	103	35	1	2	60	1.20
357881--357947	23	2.9	23	80	12	75	34	1	2	61	1.20
358122--358192	3	23.0	3	75	11	63	26	7	2	63	1.34
368555--368589	1	35.0	1	94	0	61	97	0	2	0	0.19
380447--380510	13	4.9	13	81	14	87	29	7	23	39	1.83
380447--380511	26	2.5	25	90	7	103	29	7	23	40	1.82
381055--381102	19	2.5	19	86	0	60	14	31	31	22	1.94
382065--382112	21	2.3	21	85	0	60	22	12	8	56	1.63
382966--382999	13	2.6	13	90	0	50	41	41	2	14	1.61
383027--383076	20	2.4	21	86	3	66	62	10	6	22	1.48
384022--384050	15	1.9	15	100	0	58	65	6	20	6	1.40
384020--384065	15	2.9	15	83	9	56	58	6	26	8	1.52
384431--384471	23	1.9	21	85	14	57	53	0	21	24	1.46
384790--384839	15	3.3	15	82	0	73	36	2	12	50	1.51
385477--385517	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
388129--388175	20	2.3	20	100	0	94	17	8	34	40	1.79
408643--408702	17	3.5	17	74	21	63	65	0	1	33	1.03
409188--409295	17	5.9	19	88	6	154	36	14	10	38	1.80
426537--426581	23	2.0	23	82	8	56	37	26	22	13	1.91
427461--427531	27	2.6	27	84	8	83	60	2	1	35	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
443027--443078	21	2.5	21	87	6	70	21	3	0	75	0.97
448010--448042	14	2.2	15	89	10	50	75	0	0	24	0.80
448010--448044	16	2.2	16	89	0	52	77	0	0	22	0.78
448010--448043	15	2.2	16	89	5	52	76	0	0	23	0.79
450981--451011	14	2.2	14	94	0	53	48	0	0	51	1.00
465838--466230	197	2.0	197	98	1	761	38	18	18	25	1.93
471133--471164	16	2.0	16	100	0	64	31	18	12	37	1.88
472003--472067	32	2.0	31	85	11	87	66	3	1	29	1.16
477402--477443	21	2.0	21	100	0	84	61	19	4	14	1.49
478852--479014	82	2.0	81	93	1	281	34	11	13	40	1.80
487994--488054	28	2.1	29	81	6	70	59	22	1	16	1.46
491235--491264	12	2.5	12	94	0	51	50	13	0	36	1.42
493700--493750	25	2.1	25	92	7	88	25	3	9	60	1.45
493803--493833	15	2.1	15	93	0	53	22	0	0	77	0.77
501584--501616	2	16.5	2	93	0	57	54	0	45	0	0.99
502235--502264	13	2.3	13	94	0	51	50	0	3	46	1.18
506565--506589	13	1.9	13	100	0	50	88	0	12	0	0.53
508736--508771	7	5.1	7	100	0	72	41	0	44	13	1.44
509753--509833	40	2.1	39	97	2	153	48	14	12	24	1.79
509881--509917	18	2.1	18	90	5	58	21	0	10	67	1.21
515545--515628	26	3.2	26	96	0	150	33	5	25	35	1.80
517250--517361	27	4.2	26	85	7	143	15	24	24	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
517250--517361	54	2.1	54	91	3	181	15	24	24	36	1.93
517423--517462	19	2.0	22	85	14	59	17	2	47	32	1.61
518704--518757	24	2.2	24	84	12	67	48	5	9	37	1.59
521768--521938	93	1.8	93	88	2	263	29	26	20	23	1.99
522356--522416	30	2.0	30	90	0	95	31	24	8	36	1.85
547405--547500	49	2.0	48	95	2	174	32	20	16	30	1.95
547448--547662	68	3.0	73	87	6	291	31	19	16	33	1.94
547712--547745	13	2.5	13	90	4	50	58	8	11	20	1.59
547593--548202	136	4.4	137	94	5	1058	37	20	17	25	1.94
547593--548202	276	2.2	272	95	4	1086	37	20	17	25	1.94
548129--548157	13	2.1	14	93	6	51	62	6	13	17	1.52
548135--548299	71	2.3	71	87	5	235	41	21	14	22	1.89
548175--548419	122	2.0	122	89	4	379	40	22	13	24	1.90
548299--548472	70	2.5	69	85	2	224	35	22	14	27	1.93
558858--558888	10	3.1	10	100	0	62	9	61	29	0	1.28
559485--559533	12	4.0	12	84	7	55	6	24	0	69	1.11
561405--561452	23	2.1	23	100	0	96	33	16	8	41	1.78
562096--562205	42	2.6	42	86	2	150	29	22	16	31	1.96
562227--562375	31	4.8	31	92	3	255	26	28	19	25	1.99
562351--562527	50	3.5	50	91	0	282	25	22	16	35	1.95
566777--566875	19	5.3	18	71	10	65	40	0	2	57	1.10
566808--566844	19	2.0	19	94	5	67	43	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
567454--567508	29	2.0	29	85	7	78	60	0	0	40	0.97
569120--569175	19	3.0	18	76	20	53	41	5	1	51	1.35
570781--570861	33	2.5	33	92	4	139	38	0	6	55	1.25
570776--570861	3	28.7	3	67	9	50	37	0	5	56	1.23
585465--585494	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
589431--589476	21	2.1	22	92	4	76	36	0	2	60	1.09
589422--589477	21	2.8	21	82	15	73	35	0	3	60	1.14
591910--591951	3	14.3	3	80	5	50	64	2	4	28	1.26
604905--604973	34	2.0	34	100	0	138	42	11	17	28	1.84
607152--607341	37	5.0	36	67	16	105	25	18	14	40	1.89
607178--607301	40	3.2	38	71	13	101	29	18	12	39	1.87
607157--607398	77	3.1	76	80	1	268	24	18	14	42	1.88
612273--612319	13	3.5	13	82	5	58	31	34	14	19	1.92
612362--612423	27	2.3	27	83	5	72	32	35	11	20	1.88
612362--612410	7	7.1	7	76	4	55	28	34	14	22	1.93
612433--612483	20	2.5	19	81	12	57	23	3	29	43	1.72
612453--612490	20	2.0	18	90	10	58	21	5	31	42	1.75
612448--612499	25	2.0	27	88	7	81	23	5	30	40	1.78
614825--614911	23	3.9	23	84	4	97	16	20	25	37	1.93
614848--614911	21	3.0	21	88	4	83	15	23	26	34	1.95
616809--616902	18	5.4	18	91	3	122	27	9	26	36	1.88
617836--617919	42	2.0	42	97	0	159	38	15	4	41	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
619929--619958	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
620555--620695	71	2.0	71	97	0	264	28	12	12	46	1.78
622019--622079	32	1.9	32	96	0	113	31	6	16	45	1.73
627675--627717	18	2.4	18	88	7	61	53	0	0	46	1.00
636772--636816	22	2.0	22	100	0	90	40	33	8	17	1.81
638752--638818	34	1.9	35	84	3	91	31	8	13	46	1.74
639371--639406	18	2.0	18	100	0	72	38	16	22	22	1.93
639510--639769	143	1.8	143	79	5	301	29	12	11	45	1.78
640867--640895	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
642917--642950	6	5.7	6	92	0	59	32	14	0	52	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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