genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.216.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71197859--71197909	21	2.3	23	70	12	54	43	39	5	11	1.66
71198220--71198265	23	2.0	23	86	4	65	47	2	2	47	1.26
71199039--71199133	3	31.3	3	74	10	68	32	5	2	60	1.31
71210278--71210343	20	3.3	20	73	12	64	36	0	7	56	1.28
71210287--71210349	19	3.3	19	78	8	65	31	0	6	61	1.21
71210306--71210349	20	2.2	20	88	4	63	27	0	9	63	1.24
71210414--71210726	156	2.0	157	94	1	558	35	17	6	40	1.75
71211087--71211112	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
71211239--71211275	19	2.0	19	89	5	58	37	0	8	54	1.30
71211244--71211293	19	2.6	19	78	12	50	36	0	10	54	1.34
71215676--71215744	16	4.2	16	92	3	120	24	1	37	36	1.65
71215676--71215744	33	2.1	32	94	2	120	24	1	37	36	1.65
71215725--71215815	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
71215980--71216014	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
71215963--71216346	120	3.2	120	95	2	716	47	5	2	44	1.40
71216221--71216255	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
71219369--71219478	33	3.3	33	80	11	127	32	8	17	41	1.79
71219425--71219527	51	2.0	50	94	5	181	28	7	18	45	1.77
71219594--71219774	86	2.1	86	98	1	355	47	7	4	40	1.52
71234593--71234661	16	4.2	16	90	3	111	26	1	36	36	1.66
71234642--71234732	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
71234897--71234931	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71235017--71235051	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
71234880--71235285	120	3.4	120	94	2	692	48	4	2	43	1.38
71235308--71235516	92	2.3	91	84	6	217	46	4	3	44	1.42
71241457--71241520	24	2.7	24	87	0	83	37	4	9	48	1.56
71243949--71244019	21	3.5	21	71	11	76	32	16	19	30	1.95
71243970--71244027	18	3.1	18	67	13	53	34	18	20	25	1.96
71243949--71244027	39	2.0	39	100	0	158	32	17	20	29	1.95
71245288--71245340	24	2.2	24	83	6	63	35	5	13	45	1.67
71255400--71255612	103	2.1	102	80	6	243	31	23	23	21	1.98
71257850--71257882	6	5.5	6	100	0	66	30	0	0	69	0.88
71258439--71258546	54	2.0	54	100	0	216	31	12	12	42	1.81
71258927--71258969	9	5.0	9	94	5	72	88	0	11	0	0.52
71258929--71258968	8	4.9	8	96	3	71	90	0	10	0	0.47
71261552--71261632	25	3.2	25	67	0	81	18	16	28	37	1.92
71261516--71261663	50	3.0	49	91	4	224	18	18	26	36	1.94
71264185--71264239	3	18.3	3	100	0	110	67	0	0	32	0.91
71263388--71265494	889	2.4	876	85	4	2780	38	17	13	31	1.88
71263282--71265494	877	2.5	875	83	5	2877	38	16	13	31	1.88
71265889--71265931	14	3.1	13	83	10	50	32	20	16	30	1.95
71265934--71266003	13	5.2	13	69	6	50	25	11	27	35	1.90
71265911--71266050	41	3.4	41	91	4	210	30	15	21	32	1.95
71266046--71266223	24	7.5	24	70	9	96	35	13	17	33	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71266052--71266223	47	3.7	47	77	9	147	36	12	18	33	1.88
71266205--71266426	58	3.8	58	80	8	220	37	10	18	33	1.85
71266404--71266462	18	3.3	18	83	2	75	33	8	22	35	1.84
71268961--71269000	22	1.9	21	90	10	64	65	5	0	30	1.14
71269609--71269646	19	2.1	19	85	9	53	36	0	2	60	1.11
71269849--71269890	22	1.9	22	85	0	57	26	2	9	61	1.39
71270569--71270685	53	2.2	53	96	1	218	51	11	5	31	1.61
71279759--71279811	26	2.0	27	85	7	74	26	11	22	39	1.88
71281301--71281408	26	4.2	26	97	0	207	36	26	6	30	1.82
71288398--71288479	26	3.2	26	94	0	146	37	26	4	30	1.77
71296322--71296361	19	2.0	20	85	4	55	45	5	7	42	1.54
71298326--71298373	24	2.0	24	95	0	87	52	8	14	25	1.69
71298953--71299040	44	2.0	44	97	0	167	34	17	14	34	1.90
71299104--71299145	21	2.0	21	100	0	84	47	28	23	0	1.52
71308338--71308447	45	2.5	44	77	4	105	24	24	12	38	1.90
71310039--71310119	42	1.9	42	85	7	110	49	3	20	25	1.66
71313389--71313462	36	2.1	36	97	0	139	29	18	4	47	1.67
71314737--71314806	12	6.2	12	73	14	60	2	18	2	75	1.05
71314773--71314812	21	1.9	21	85	10	55	5	15	0	80	0.88
71321319--71321472	70	2.2	70	83	6	188	44	16	7	30	1.76
71321366--71321480	35	3.3	36	81	6	137	44	18	6	30	1.76
71328634--71328787	35	4.4	35	74	8	89	44	20	7	27	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71331762--71331831	33	2.1	33	82	15	83	40	0	5	54	1.24
71331751--71331853	33	3.0	33	74	9	82	45	0	4	48	1.30
71333090--71333193	45	2.3	45	90	3	156	23	17	17	42	1.89
71336485--71336522	19	2.0	19	100	0	76	36	5	15	42	1.70
71336601--71336713	29	3.9	30	75	4	88	38	21	15	23	1.92
71341936--71342008	29	2.5	28	80	10	76	45	1	19	34	1.59
71343850--71343907	28	2.1	28	100	0	116	31	17	10	41	1.83
71346222--71346294	26	2.8	26	79	4	85	27	16	12	43	1.83
71346442--71346491	24	2.1	24	92	0	82	18	24	2	56	1.52
71346442--71346489	18	2.7	18	83	0	51	18	22	2	56	1.52
71348477--71348532	27	2.1	27	86	0	76	21	30	17	30	1.96
71348485--71348544	27	2.2	27	84	0	75	21	25	16	36	1.94
71348750--71348839	44	2.1	43	82	2	108	23	23	11	42	1.86
71349524--71349608	37	2.3	37	80	8	91	38	2	2	56	1.25
71349597--71349641	18	2.5	19	82	10	58	35	0	4	60	1.17
71350369--71350401	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
71356406--71356450	21	2.1	21	84	8	56	33	22	17	26	1.96
71356480--71356535	26	2.1	28	83	6	71	30	3	0	66	1.09
71357151--71357190	5	7.8	5	84	15	55	20	0	2	77	0.88
71357151--71357181	14	2.1	14	94	5	53	19	0	0	80	0.71
71358348--71358396	21	2.4	21	82	3	64	67	0	4	28	1.09
71361047--71361112	28	2.3	29	87	5	100	57	3	1	37	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71372867--71372909	22	1.9	23	85	4	61	48	0	0	51	1.00
71382492--71382583	47	2.0	47	91	0	148	29	15	15	40	1.87
71382552--71382699	52	2.7	53	83	10	167	32	11	10	45	1.74
71383490--71383545	22	2.6	22	82	2	60	37	3	14	44	1.62
71386472--71386513	23	1.9	21	85	9	57	35	0	11	52	1.38
71392967--71393037	22	3.3	22	80	3	83	14	11	43	30	1.80
71397384--71397478	48	2.0	48	91	0	154	30	23	18	27	1.98
71397455--71397499	21	2.1	22	91	4	74	28	15	22	33	1.95
71397405--71397543	69	2.0	70	92	1	235	28	23	20	28	1.99
71397384--71397595	117	1.8	117	91	0	352	28	24	20	27	1.99
71397477--71397643	48	3.5	48	93	0	282	27	23	20	28	1.99
71403833--71403972	48	2.9	48	91	0	226	25	21	26	27	1.99
71406088--71406123	18	2.0	18	94	0	63	19	27	19	33	1.96
71410353--71410437	26	3.2	26	66	21	75	40	20	7	32	1.79
71410336--71410445	55	2.0	55	100	0	220	38	21	5	34	1.77
71412990--71413016	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
71413100--71413271	3	57.3	3	77	11	129	59	2	6	30	1.38
71417771--71417878	26	4.2	26	95	0	198	36	25	6	31	1.82
71419231--71419263	6	5.5	6	96	0	57	15	18	12	54	1.71
71425663--71425689	14	1.9	14	100	0	54	14	11	0	74	1.08
71429753--71429813	30	2.0	30	87	0	86	31	22	6	39	1.80
71431901--71432219	46	7.0	46	90	2	466	21	22	13	42	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71445430--71445947	259	2.0	259	95	0	937	27	18	15	38	1.91
71450261--71450293	10	3.4	10	95	4	59	66	15	0	18	1.25
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71461110--71461182	25	3.0	22	71	23	58	42	0	1	56	1.08
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Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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