genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.182.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   

This is table  182  of  253  ( 30316 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59382083--59382113	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
59383810--59383882	37	2.0	37	97	0	137	34	16	20	28	1.94
59385064--59385095	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
59385174--59385215	19	2.4	19	80	11	54	59	2	0	38	1.10
59385337--59385400	22	3.0	21	77	6	65	48	7	7	35	1.61
59385503--59385564	3	20.7	3	84	12	83	64	1	0	33	1.03
59385752--59386001	3	80.7	3	66	21	92	58	4	5	32	1.38
59385731--59385789	24	2.5	24	78	10	66	57	0	6	35	1.25
59385796--59385832	19	1.9	19	94	0	65	62	5	5	27	1.39
59385713--59386050	164	2.0	167	95	2	610	59	4	4	31	1.38
59386026--59386058	16	2.1	16	88	5	50	66	0	0	33	0.92
59388028--59389093	72	14.1	73	78	11	900	33	19	15	31	1.93
59388129--59389013	232	3.8	232	89	5	1250	33	19	15	31	1.93
59388022--59389093	151	7.1	144	78	12	842	33	19	15	30	1.93
59388578--59389081	223	2.2	223	86	4	683	32	19	16	31	1.94
59397273--59397526	96	2.6	96	98	0	490	34	7	28	29	1.85
59397273--59397526	47	5.3	49	91	3	421	34	7	28	29	1.85
59397645--59397752	37	2.9	37	92	0	180	24	20	30	25	1.98
59399015--59399366	40	8.8	40	92	1	562	23	20	28	26	1.99
59402614--59402771	49	3.3	47	90	4	255	34	6	28	30	1.84
59402890--59402996	36	2.9	37	90	2	171	24	19	30	25	1.98
59404226--59404615	40	9.8	40	92	2	624	23	20	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59408124--59408671	96	5.6	96	95	2	979	33	8	28	30	1.86
59408124--59408671	49	11.3	49	92	4	918	33	8	28	30	1.86
59408124--59408671	294	1.9	292	97	0	1042	33	8	28	30	1.86
59408790--59408891	37	2.8	37	93	0	177	25	18	30	25	1.98
59416379--59416429	3	16.7	3	80	11	59	62	1	0	35	1.06
59416616--59416868	3	82.7	3	65	21	84	58	3	5	32	1.39
59416660--59416696	19	1.9	19	94	0	65	62	5	5	27	1.39
59416578--59416917	161	2.0	166	91	6	555	59	4	5	31	1.39
59416893--59416925	16	2.1	16	88	5	50	66	0	0	33	0.92
59425300--59425335	18	1.9	18	88	5	54	38	2	0	58	1.13
59425300--59425348	19	2.5	19	83	9	55	40	2	0	57	1.10
59425555--59425593	20	2.0	20	94	0	69	48	2	0	48	1.15
59429466--59429511	16	2.9	16	86	0	65	34	36	8	19	1.83
59429469--59429564	49	2.0	49	85	8	133	34	32	9	23	1.87
59430909--59430955	24	2.0	24	91	0	76	42	10	36	10	1.74
59433819--59433864	11	3.9	12	81	13	60	47	0	6	45	1.28
59433819--59433868	24	2.1	24	100	0	100	46	0	8	46	1.32
59433845--59434127	138	2.1	138	93	3	482	44	5	8	40	1.58
59437435--59437460	13	2.0	13	100	0	52	53	0	7	38	1.30
59437961--59438097	72	2.0	72	86	5	201	40	3	5	50	1.44
59457359--59457523	88	1.9	87	86	3	233	36	21	21	20	1.95
59457407--59457561	44	3.6	42	75	11	143	36	22	18	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59457720--59457873	43	3.6	43	81	3	157	36	20	21	22	1.95
59457675--59457914	44	5.5	44	74	4	164	37	20	22	20	1.95
59457678--59457932	87	2.9	87	74	8	230	37	19	21	21	1.94
59458968--59459013	24	2.0	23	82	4	56	78	2	6	13	1.04
59460123--59460159	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
59471375--59471405	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
59471372--59471411	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
59471425--59471472	24	2.0	24	100	0	96	16	25	8	50	1.73
59471621--59471875	55	4.8	54	77	11	235	20	25	18	35	1.95
59478925--59478955	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
59478922--59478961	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
59479147--59479401	55	4.8	54	80	7	256	21	25	17	35	1.95
59479194--59479391	108	1.8	110	87	4	303	22	25	17	34	1.96
59481523--59481565	14	3.1	14	90	3	70	51	11	2	34	1.51
59483361--59483460	42	2.3	43	81	10	116	32	26	15	27	1.95
59483391--59483506	44	2.7	44	84	6	139	30	28	18	23	1.97
59487357--59487407	19	2.6	20	81	6	68	39	0	35	25	1.56
59488472--59488542	15	4.8	14	72	16	54	28	1	25	45	1.62
59488555--59488630	21	3.6	21	74	13	75	21	2	30	46	1.65
59489156--59489308	41	3.8	40	77	9	148	30	22	18	28	1.97
59489126--59489317	82	2.4	81	80	6	208	30	22	17	29	1.97
59491689--59491869	96	1.9	93	84	5	238	37	12	7	43	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59491857--59491916	31	1.9	31	82	0	75	33	13	5	48	1.64
59493719--59493787	29	2.4	29	83	7	79	57	1	1	39	1.16
59496623--59496652	7	4.4	7	91	8	53	46	0	0	53	1.00
59496623--59496652	13	2.2	13	94	5	51	46	0	0	53	1.00
59497106--59497135	10	2.9	10	95	5	51	70	6	0	23	1.11
59499340--59499382	22	2.0	22	90	9	70	48	20	6	23	1.73
59504488--59504603	61	1.9	61	89	7	182	52	0	2	43	1.20
59509332--59509426	21	4.7	21	77	3	88	1	51	6	41	1.34
59509332--59509453	39	3.0	41	86	9	148	1	53	5	39	1.35
59509332--59509394	18	3.3	18	79	12	81	1	52	6	39	1.37
59509335--59509428	24	4.4	22	74	17	99	1	51	5	42	1.31
59509390--59509456	21	3.3	20	72	19	68	1	55	5	37	1.34
59512514--59512538	13	1.9	13	100	0	50	32	4	0	64	1.12
59512684--59512731	25	2.0	25	84	12	64	47	2	2	47	1.25
59513740--59513818	30	2.7	28	67	11	68	48	5	7	39	1.54
59514843--59514919	32	2.5	31	81	8	84	41	7	6	44	1.59
59518427--59518471	19	2.3	20	88	7	74	51	6	11	31	1.63
59518978--59519019	6	6.5	6	86	13	57	78	2	0	19	0.86
59518978--59519019	14	3.2	12	84	15	57	78	2	0	19	0.86
59518973--59519019	20	2.4	19	89	10	76	74	2	0	23	0.93
59519040--59519071	9	3.6	9	100	0	64	25	9	18	46	1.79
59527396--59527436	22	2.0	19	86	13	55	26	2	7	63	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59528765--59528994	119	1.9	119	87	0	334	52	17	13	17	1.75
59532519--59532692	46	3.7	46	74	15	142	27	20	29	21	1.98
59534828--59534945	27	4.4	27	71	9	89	28	22	9	38	1.85
59534828--59534996	54	3.2	53	76	9	139	28	22	8	40	1.84
59544232--59544283	25	2.1	25	100	0	104	40	28	7	23	1.82
59544498--59544551	24	2.3	25	75	12	60	31	18	5	44	1.73
59546726--59547671	474	2.0	475	88	1	1425	38	14	11	35	1.82
59549107--59549574	105	4.6	104	79	9	445	38	14	15	31	1.88
59549954--59550201	95	2.5	96	85	6	311	22	15	16	44	1.86
59550055--59550438	108	3.7	103	79	7	391	31	15	14	38	1.87
59550055--59550438	109	3.7	105	82	6	426	31	15	14	38	1.87
59551221--59551692	109	4.6	104	81	8	474	40	14	14	30	1.86
59552004--59552178	86	2.0	87	89	1	271	32	17	13	36	1.89
59552091--59552298	97	2.1	98	77	13	223	35	14	12	38	1.83
59552276--59552761	102	4.8	101	81	11	525	29	14	13	41	1.85
59554568--59554609	17	2.4	17	88	4	57	66	0	4	28	1.12
59554568--59554609	6	7.2	6	81	5	50	66	0	4	28	1.12
59557889--59558039	43	3.5	42	80	8	162	25	19	24	30	1.98
59557889--59558039	44	3.5	43	78	12	139	25	19	24	30	1.98
59559095--59559259	66	2.5	65	76	9	165	21	25	28	24	1.99
59565615--59565639	12	2.1	12	100	0	50	48	8	8	36	1.62
59570234--59570276	21	2.0	21	100	0	86	30	23	13	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59576235--59576274	19	2.1	19	86	9	55	57	5	5	32	1.42
59581815--59581972	43	3.7	43	76	12	139	29	25	18	25	1.98
59592210--59592365	42	3.7	42	74	10	147	32	25	17	25	1.97
59593754--59593790	16	2.2	17	81	18	51	27	18	2	51	1.60
59607273--59607401	48	2.7	48	84	1	152	31	31	14	22	1.94
59611966--59612159	85	2.3	85	90	0	307	24	30	20	24	1.98
59612121--59612201	42	1.9	42	82	5	101	20	37	22	19	1.95
59613034--59613150	46	2.5	46	84	6	148	25	31	16	26	1.96
59613074--59613258	46	4.0	44	69	12	113	25	28	20	26	1.99
59615448--59615557	26	4.2	26	96	0	175	34	5	24	35	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253