genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.134.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42758429--42758475	20	2.3	20	85	0	58	36	12	2	48	1.53
42762156--42762375	46	4.8	46	76	10	175	27	19	29	24	1.98
42762158--42762374	93	2.3	92	80	9	212	26	19	29	24	1.98
42776151--42776231	42	1.9	42	82	5	101	20	25	30	22	1.98
42776333--42776388	20	2.8	20	86	2	67	17	32	33	16	1.92
42776341--42776388	20	2.3	21	89	3	71	14	31	35	18	1.91
42779157--42779375	108	2.0	108	94	0	384	39	21	9	29	1.85
42781338--42781436	43	2.3	43	91	1	155	26	34	24	15	1.94
42783930--42784030	40	2.5	40	83	3	123	20	14	26	37	1.92
42786612--42786741	42	3.1	41	73	14	113	29	26	17	26	1.98
42786735--42786829	48	2.0	48	80	0	109	26	26	22	25	2.00
42797210--42797378	47	3.6	47	80	13	222	29	28	18	22	1.98
42797163--42797427	93	2.8	93	96	0	476	28	29	20	22	1.98
42797156--42797424	46	5.8	46	76	14	275	28	29	19	21	1.98
42801398--42801426	15	1.9	15	100	0	58	34	37	6	20	1.80
42804791--42804970	46	3.9	47	79	13	228	28	29	21	20	1.98
42804798--42804966	93	1.8	93	96	0	311	28	29	21	20	1.98
42820908--42821082	46	3.8	46	76	13	187	29	29	20	20	1.98
42820962--42821133	47	3.7	47	79	13	219	29	29	19	22	1.98
42820915--42821135	93	2.4	93	92	0	370	28	29	19	21	1.98
42823640--42823794	42	3.7	42	74	6	143	29	25	16	29	1.97
42824853--42824880	13	2.2	13	100	0	56	64	7	0	28	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42826949--42827049	44	2.3	43	81	11	109	26	14	23	34	1.94
42826990--42827115	43	3.0	42	78	10	130	23	12	26	37	1.91
42829773--42829948	51	3.6	47	79	8	181	27	19	23	29	1.98
42829773--42829960	49	3.7	51	78	7	179	27	19	23	29	1.98
42835083--42835119	19	1.9	20	94	5	58	35	5	0	59	1.20
42839480--42839702	119	1.9	120	83	6	292	25	27	21	25	2.00
42839478--42839702	40	5.7	40	84	6	278	25	28	21	24	1.99
42847489--42847713	40	5.7	40	86	5	269	25	28	21	24	1.99
42847489--42847713	79	2.8	80	85	5	269	25	28	21	24	1.99
42847495--42847713	119	1.8	120	83	6	293	25	28	21	24	1.99
42850995--42851106	43	2.6	42	84	2	152	32	15	22	30	1.94
42858566--42858663	43	2.3	42	80	3	115	29	14	26	29	1.95
42874549--42874701	42	3.6	42	77	3	155	29	25	16	28	1.97
42877865--42878026	43	3.8	42	80	11	168	24	16	26	32	1.96
42880684--42880858	50	3.5	49	82	3	217	25	18	25	30	1.98
42880680--42880870	100	1.9	100	88	1	285	25	18	25	29	1.98
42888094--42888335	50	4.9	49	76	5	216	26	19	25	28	1.99
42896127--42896239	42	2.7	41	79	4	127	31	15	22	30	1.95
42903644--42903755	43	2.6	42	83	2	143	31	14	24	30	1.94
42905459--42905545	43	2.1	40	81	12	97	25	13	28	32	1.94
42913007--42913183	40	4.5	40	87	4	227	24	22	27	26	2.00
42913007--42913183	79	2.2	79	85	5	225	24	22	27	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42923867--42923998	47	2.8	46	85	10	171	22	29	18	28	1.98
42927612--42927705	49	1.9	49	88	0	143	26	22	7	43	1.79
42938997--42939083	43	2.0	43	88	0	129	37	19	6	35	1.79
42948639--42948807	46	3.6	46	75	13	123	23	31	15	28	1.96
42948728--42948849	46	2.6	46	84	5	147	21	28	18	31	1.97
42950964--42951138	94	1.9	92	84	7	237	22	29	20	28	1.98
42958191--42958380	55	3.5	55	77	2	222	37	20	22	20	1.94
42958132--42958443	53	5.8	53	74	3	237	37	17	23	21	1.94
42958140--42958433	108	2.7	108	90	0	435	37	18	23	20	1.94
42960649--42960688	21	2.0	21	90	5	64	20	27	40	12	1.88
42961921--42962179	46	5.5	47	71	14	180	22	30	18	28	1.97
42971621--42971740	42	2.8	44	85	6	138	31	25	15	27	1.96
42971623--42971740	44	2.8	40	83	8	128	31	25	16	27	1.96
42976133--42976254	43	2.9	42	81	4	138	25	14	25	34	1.94
42985998--42986049	26	2.0	26	96	0	95	28	34	23	13	1.92
42985758--42986127	103	3.6	103	92	2	591	30	30	20	19	1.97
42986456--42986520	30	2.2	29	81	8	76	30	27	6	35	1.81
42986463--42986520	30	1.9	30	85	0	80	31	24	6	37	1.82
42989174--42989325	40	3.8	40	89	2	207	25	28	21	24	1.99
42997322--42997513	40	4.8	40	92	1	226	27	27	21	23	1.99
42997293--42997512	80	2.8	80	81	4	248	28	27	20	23	1.99
43005179--43005281	43	2.4	42	79	6	109	33	24	18	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43005210--43005333	44	2.9	43	80	8	110	33	25	17	23	1.96
43006735--43006859	29	4.3	29	86	1	180	30	31	13	24	1.94
43008764--43008842	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
43016877--43016955	29	2.7	29	84	5	97	29	32	13	24	1.94
43022103--43022156	24	2.2	24	84	12	67	29	38	16	14	1.89
43025011--43025096	43	2.0	43	88	0	127	22	19	3	54	1.59
43026212--43026256	23	2.0	23	86	0	63	2	22	0	75	0.91
43030944--43031144	39	5.2	39	84	0	267	33	20	28	16	1.95
43030971--43031034	19	3.3	19	69	4	56	34	21	32	10	1.89
43030990--43031132	20	7.3	20	62	13	64	31	21	30	16	1.95
43031079--43031146	20	3.5	20	69	16	61	30	20	29	19	1.97
43036767--43036796	7	4.1	7	95	4	51	56	0	0	43	0.99
43036927--43036961	17	2.1	17	89	5	54	62	0	8	28	1.24
43038771--43039919	206	5.6	206	88	2	1697	29	22	18	30	1.97
43038771--43039918	403	2.8	405	90	1	1737	29	22	18	30	1.97
43040799--43040837	18	2.2	17	86	4	51	2	17	0	79	0.84
43040806--43040848	20	2.2	19	87	4	59	4	11	0	83	0.78
43048259--43048487	48	4.7	49	80	4	211	23	28	20	27	1.99
43050821--43051133	46	6.6	48	78	11	233	26	18	30	24	1.98
43050956--43051133	49	3.7	49	86	8	222	25	18	30	25	1.98
43050815--43051133	96	3.4	93	76	14	280	26	18	30	24	1.98
43057845--43057898	25	2.2	25	83	12	67	53	25	1	18	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43058490--43058770	141	2.0	143	92	1	467	38	22	9	28	1.87
43060900--43060954	7	8.3	7	81	4	53	49	40	0	10	1.38
43060901--43060937	6	5.8	6	90	9	56	48	48	0	2	1.15
43066615--43066881	48	5.6	48	78	4	225	25	27	20	26	1.99
43066615--43066881	96	2.8	96	82	4	299	25	27	20	26	1.99
43066581--43066881	144	2.1	144	81	9	346	25	27	20	27	1.99
43066865--43066897	16	2.1	16	100	0	66	24	27	18	30	1.98
43071670--43071701	16	2.1	15	94	5	55	43	31	12	12	1.80
43072576--43072605	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
43072817--43072935	49	2.4	50	87	4	170	31	29	15	23	1.96
43072817--43072945	50	2.6	49	86	3	170	31	28	17	22	1.96
43074233--43074559	50	6.5	50	75	6	302	29	18	24	28	1.98
43074283--43074560	151	1.8	151	85	0	385	29	17	23	29	1.97
43076156--43076274	29	4.2	29	82	2	143	27	13	28	30	1.94
43082346--43082406	30	2.0	30	83	0	77	37	6	24	31	1.81
43083072--43083323	68	3.8	64	76	13	228	30	15	28	24	1.96
43086030--43086070	20	2.0	20	95	0	73	24	21	14	39	1.91
43086185--43086466	96	2.9	96	79	4	275	28	25	17	28	1.98
43086246--43086481	48	4.9	48	76	7	176	29	27	16	27	1.97
43086196--43086464	144	1.9	146	82	7	352	27	26	17	28	1.98
43089339--43089472	26	5.2	26	92	0	205	33	6	22	37	1.80
43090958--43091010	26	2.0	26	85	7	72	37	18	15	28	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43095347--43095405	24	2.6	22	84	10	91	25	22	18	33	1.96
43097785--43097940	78	2.0	78	97	0	294	28	6	30	33	1.82
43107793--43107822	15	2.0	15	100	0	60	26	26	6	40	1.81
43121930--43122121	40	4.8	40	88	1	145	27	27	20	24	1.99
43121910--43122120	80	2.6	81	80	5	223	28	27	19	23	1.99
43130256--43130403	40	3.6	41	77	4	138	23	26	20	29	1.99
43130584--43130654	28	2.5	28	86	0	88	30	26	11	30	1.91
43132630--43132666	17	2.1	18	85	14	51	54	2	10	32	1.49
43132952--43133201	3	85.0	3	64	12	65	59	5	8	26	1.48
43139654--43139691	19	2.0	20	89	5	60	28	0	18	52	1.45

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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