genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.250.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80165473--80165511	19	2.1	19	90	4	62	33	0	0	66	0.92
80176660--80176700	21	1.9	22	90	5	66	65	0	7	26	1.18
80177712--80177766	28	2.0	28	88	0	83	34	14	3	47	1.62
80188700--80188725	13	2.0	13	100	0	52	30	15	0	53	1.42
80197726--80197789	28	2.3	29	83	8	87	31	0	7	60	1.25
80206943--80206989	23	2.0	23	100	0	94	27	4	12	55	1.56
80209026--80209236	109	1.9	108	95	0	377	21	23	15	39	1.91
80213851--80213906	28	2.0	28	100	0	112	39	3	21	35	1.71
80215299--80215348	24	2.1	24	92	0	82	46	28	14	12	1.79
80216149--80216208	28	2.1	28	90	0	93	25	1	25	48	1.61
80216697--80216721	11	2.3	11	100	0	50	64	0	8	28	1.22
80218703--80218973	137	2.0	137	97	0	515	38	23	18	19	1.93
80225819--80225849	15	2.1	15	93	0	53	41	0	0	58	0.98
80236308--80236360	26	2.0	26	96	0	97	37	11	16	33	1.85
80242004--80242061	29	1.9	30	82	6	73	27	8	5	58	1.49
80242185--80242213	12	2.3	13	94	5	51	68	6	0	24	1.13
80252595--80252625	10	3.1	10	90	0	53	35	0	35	29	1.58
80253157--80253207	9	5.7	9	90	0	66	35	39	0	25	1.56
80253170--80253204	3	11.7	3	100	0	70	34	34	0	31	1.58
80253217--80253246	3	10.0	3	92	0	51	0	63	0	36	0.95
80253314--80253393	39	2.1	39	90	4	126	32	43	3	20	1.69
80256041--80256071	15	2.1	15	100	0	62	32	6	19	41	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80262276--80262343	33	2.1	33	86	5	93	26	33	5	33	1.81
80265108--80265149	22	1.9	22	85	9	59	47	7	7	38	1.58
80266200--80266228	12	2.3	13	94	5	51	37	0	0	62	0.96
80268946--80268987	14	2.7	15	78	14	50	71	0	28	0	0.86
80268946--80268992	19	2.5	19	83	10	60	70	0	29	0	0.88
80273052--80273535	257	1.9	257	93	0	835	27	15	18	37	1.92
80280881--80280914	17	2.0	17	88	11	52	73	5	2	17	1.16
80281146--80281252	52	2.1	52	87	1	153	23	10	24	42	1.85
80281689--80281731	20	2.2	20	100	0	86	48	0	0	51	1.00
80287145--80287288	30	4.8	30	86	0	173	26	47	4	22	1.69
80287921--80287985	25	2.8	24	88	6	89	35	7	4	52	1.51
80288141--80288174	8	4.6	7	92	3	50	32	0	2	64	1.08
80288095--80288174	7	11.1	7	75	15	51	28	3	1	66	1.17
80288134--80288181	16	3.1	15	90	6	69	31	2	2	64	1.16
80300089--80300271	72	2.5	72	84	1	231	32	16	18	32	1.94
80300290--80300318	14	2.1	14	100	0	58	13	13	6	65	1.45
80300326--80300753	73	5.5	73	74	14	351	29	16	21	32	1.95
80300563--80300790	76	3.0	74	82	5	280	29	15	21	33	1.94
80300089--80300798	239	3.0	238	92	1	1136	28	16	19	34	1.94
80300769--80300811	15	2.9	15	86	3	52	18	16	2	62	1.43
80300784--80300816	15	2.2	15	100	0	66	18	12	0	69	1.18
80300770--80300819	14	3.6	14	84	7	66	20	14	2	64	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80301563--80301719	30	5.3	30	92	3	264	26	47	3	22	1.68
80301563--80301719	59	2.7	59	94	3	280	26	47	3	22	1.68
80302293--80302358	24	2.8	24	79	6	71	34	4	1	59	1.27
80302392--80302437	24	2.0	23	87	12	67	36	8	4	50	1.53
80302417--80302473	20	2.8	21	71	13	55	33	7	5	54	1.50
80302594--80302630	7	4.9	8	90	6	51	32	0	0	67	0.91
80302596--80302626	7	4.3	7	95	4	53	32	0	0	67	0.91
80303416--80303458	14	3.2	14	74	12	54	39	2	0	58	1.11
80314459--80314550	38	2.3	40	85	7	125	40	1	6	52	1.35
80316045--80316177	70	1.9	70	96	0	248	36	3	12	48	1.58
80317716--80317740	11	2.3	11	100	0	50	92	0	8	0	0.40
80318009--80318083	35	2.2	35	88	7	109	28	14	13	44	1.83
80318914--80318944	16	1.9	16	93	0	53	32	0	0	67	0.91
80318929--80319006	20	4.2	19	73	12	72	34	3	6	55	1.44
80322493--80322532	17	2.3	18	86	4	55	55	5	0	40	1.22
80322498--80322550	25	2.2	24	83	10	63	54	5	1	37	1.35
80322483--80322532	18	2.8	17	81	6	55	56	6	0	38	1.24
80324741--80325448	204	3.5	204	87	2	971	18	16	12	53	1.73
80325429--80325939	235	2.2	239	97	1	976	25	12	12	49	1.75
80326073--80326501	233	1.9	231	82	6	546	31	10	16	41	1.82
80330410--80330572	80	2.0	80	98	0	317	45	23	5	25	1.74
80330490--80330695	99	2.1	99	99	0	403	46	22	4	26	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80339893--80339965	37	2.0	36	82	12	87	54	2	4	38	1.34
80340037--80340082	19	2.3	20	85	7	67	50	13	8	28	1.70
80340410--80340450	20	2.0	20	95	0	73	39	4	2	53	1.35
80340417--80340459	20	2.1	20	86	4	59	46	2	2	48	1.27
80341302--80342016	175	4.1	176	86	3	897	22	12	21	44	1.85
80342286--80342346	25	2.4	24	76	10	68	47	24	1	26	1.61
80346463--80346576	56	2.0	56	98	0	219	45	19	10	24	1.81
80346599--80346638	12	3.3	12	96	0	71	17	7	5	70	1.30
80346695--80346844	74	2.0	74	100	0	300	44	9	9	37	1.69
80346835--80346872	18	2.2	17	95	4	67	63	0	5	31	1.17
80346895--80347327	175	2.5	176	87	2	595	22	13	20	44	1.86
80347603--80347663	25	2.4	24	76	10	68	47	24	1	26	1.61
80350615--80350741	31	4.0	31	74	15	123	54	19	6	19	1.65
80350595--80350729	66	2.0	66	98	0	261	52	19	7	20	1.69
80352289--80352340	25	2.1	25	100	0	104	48	7	11	32	1.68
80354267--80354359	47	2.0	46	95	2	168	29	6	17	47	1.72
80359418--80359469	16	3.2	16	94	0	86	28	0	36	34	1.58
80359450--80359544	45	2.1	44	88	1	136	34	5	27	32	1.79
80359686--80359727	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
80359695--80359736	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
80359858--80360018	47	3.6	46	69	18	140	48	3	3	45	1.34
80368115--80368181	25	2.6	26	75	13	68	32	16	22	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80370370--80370409	19	2.1	19	86	9	55	40	0	0	60	0.97
80374342--80374394	26	2.0	28	88	7	83	47	3	1	47	1.31
80388206--80388246	11	3.7	11	80	0	55	19	14	9	56	1.66
80390037--80390065	14	2.1	14	100	0	58	34	20	13	31	1.92
80400483--80400735	87	2.9	86	84	4	321	46	16	12	24	1.82
80405701--80405746	23	2.0	23	100	0	92	21	21	17	39	1.93
80405989--80406037	25	1.9	26	87	4	73	51	4	6	38	1.46
80406052--80406142	46	2.0	46	89	2	139	48	15	1	35	1.52
80410480--80412897	120	20.2	120	98	0	4648	43	1	6	48	1.39
80410480--80412897	359	6.7	359	98	0	4674	43	1	6	48	1.39
80410480--80412897	719	3.4	719	98	0	4685	43	1	6	48	1.39
80412367--80412401	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
80412846--80412880	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
80413045--80413135	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
80413116--80413184	16	4.2	16	92	3	120	36	37	1	24	1.65
80413116--80413184	33	2.1	32	94	2	120	36	37	1	24	1.65
80422833--80422865	15	2.2	15	89	10	50	0	30	18	51	1.46
80429735--80429782	3	15.7	3	86	4	51	60	2	6	31	1.33
80429756--80429780	13	1.9	13	100	0	50	68	0	0	32	0.90
80430798--80430848	15	3.4	15	100	0	102	7	0	47	45	1.32
80430800--80430842	8	5.6	8	78	10	54	4	0	48	46	1.22
80431028--80431212	44	4.4	41	74	10	156	28	21	21	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80431058--80431255	44	4.6	43	73	7	159	27	21	19	31	1.97
80431028--80431349	129	2.5	128	83	5	378	27	21	21	30	1.98
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Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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