genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18988350--18988410	25	2.4	27	76	13	67	36	3	1	59	1.24
18996281--18996329	25	2.0	25	91	0	80	32	18	6	42	1.75
18996603--18996690	29	3.1	29	85	1	115	26	12	30	30	1.93
19003657--19003687	8	3.9	8	95	0	53	41	25	25	6	1.79
19003898--19004022	29	4.3	29	87	2	171	28	14	29	28	1.95
19010043--19010086	22	2.0	22	86	0	61	52	4	2	40	1.34
19013565--19013634	28	2.5	28	88	9	99	31	27	14	27	1.95
19017715--19018346	212	3.0	211	96	0	1176	36	20	7	35	1.82
19018800--19018836	15	2.5	15	86	0	56	16	27	13	43	1.85
19019944--19019990	23	2.0	23	87	0	67	42	23	6	27	1.78
19025511--19025554	21	2.1	21	83	8	54	15	11	34	38	1.84
19025542--19025581	21	1.9	21	85	10	55	15	7	27	50	1.70
19049284--19049317	18	1.9	18	94	5	61	29	14	8	47	1.75
19051942--19052039	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
19059932--19059990	31	1.9	31	92	0	100	27	6	11	54	1.62
19060737--19060806	31	2.3	31	78	11	74	34	14	7	44	1.72
19063921--19063984	34	1.9	34	87	3	94	29	20	23	26	1.99
19066337--19066559	48	4.7	46	79	9	209	25	31	17	25	1.97
19066337--19066651	46	6.7	47	76	12	213	25	31	17	26	1.97
19073167--19073223	27	2.1	27	100	0	114	50	3	12	33	1.57
19073771--19073819	25	2.0	25	83	0	62	36	6	14	42	1.70
19077162--19077264	42	2.5	41	78	15	113	30	24	17	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19089506--19089536	14	2.2	14	94	0	53	45	0	0	54	0.99
19090463--19090494	5	6.2	5	92	7	55	0	21	0	78	0.76
19090463--19090518	15	3.6	16	80	7	62	3	26	0	69	1.04
19093595--19093630	17	2.1	17	100	0	72	47	11	30	11	1.74
19094144--19094205	25	2.4	27	81	5	74	38	1	4	54	1.31
19104928--19104976	25	2.0	25	83	0	62	36	6	14	42	1.70
19111186--19111423	49	4.8	49	84	3	314	28	26	18	26	1.98
19111199--19111430	100	2.3	98	86	2	320	28	26	18	25	1.98
19114594--19114676	42	2.0	43	85	7	116	28	16	20	33	1.95
19118911--19118957	25	1.9	25	86	4	69	40	8	29	21	1.83
19123859--19123919	25	2.6	23	73	23	63	37	14	0	47	1.45
19125121--19125154	9	3.7	9	84	7	50	70	0	0	29	0.87
19125118--19125205	10	9.3	9	71	13	61	61	2	3	32	1.25
19128328--19128357	4	7.8	4	92	7	53	23	0	0	76	0.78
19134378--19134407	11	2.6	12	89	10	53	66	0	0	33	0.92
19135700--19135732	5	6.4	5	93	6	57	60	0	0	39	0.97
19136758--19136791	17	2.0	17	94	0	59	38	0	0	61	0.96
19136944--19137002	17	3.4	16	78	15	64	54	1	5	38	1.33
19136937--19137010	35	2.1	36	85	10	98	51	1	4	43	1.29
19136937--19137001	18	3.6	18	76	17	62	52	1	4	41	1.31
19140661--19141037	189	2.0	189	91	2	605	25	24	15	34	1.94
19142780--19142816	6	6.2	6	93	0	56	2	48	2	45	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19144345--19144433	43	2.1	43	100	0	178	47	16	8	26	1.77
19149688--19149726	18	2.2	18	85	0	51	43	7	0	48	1.31
19156540--19156567	11	2.5	11	100	0	56	32	0	10	57	1.33
19162264--19162347	41	2.0	41	97	0	159	28	13	29	28	1.94
19170676--19170895	41	5.3	41	90	4	318	35	24	20	20	1.96
19170676--19170895	84	2.7	83	89	2	327	35	24	20	20	1.96
19175218--19175499	50	5.6	50	80	3	298	25	16	25	32	1.96
19175218--19175499	101	2.8	101	81	3	320	25	16	25	32	1.96
19175711--19175740	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
19177725--19177776	20	2.6	20	96	0	95	23	34	28	13	1.92
19187173--19187378	40	5.2	40	89	1	308	23	21	27	27	1.99
19191942--19192119	27	6.6	27	82	3	187	29	27	15	27	1.96
19191963--19192118	82	1.9	81	85	3	215	28	27	16	27	1.97
19199914--19200091	27	6.6	27	82	3	187	29	27	15	27	1.96
19199935--19200090	82	1.9	81	85	3	215	28	27	16	27	1.97
19213572--19213749	27	6.6	27	81	5	173	28	15	27	28	1.96
19213573--19213729	83	1.9	82	85	3	217	28	15	27	28	1.96
19246760--19247131	145	2.6	143	84	7	441	25	27	19	27	1.99
19246762--19247139	48	7.8	47	77	9	298	24	27	20	27	1.99
19248134--19248173	17	2.4	17	95	0	71	15	25	15	45	1.84
19252441--19252675	48	4.9	48	73	4	202	25	26	18	28	1.98
19252440--19252625	98	1.9	98	83	2	239	25	26	18	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19267234--19267267	17	2.0	17	94	0	59	35	8	23	32	1.86
19271297--19271504	55	3.8	53	78	9	206	33	16	25	24	1.96
19271305--19271504	108	1.8	110	83	4	271	32	16	26	25	1.96
19271743--19271773	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
19278985--19279194	55	3.9	53	81	8	185	33	17	23	24	1.96
19278985--19279213	53	4.2	52	80	8	203	33	17	23	24	1.96
19279476--19279506	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
19280745--19280851	22	4.8	22	70	18	69	24	20	22	32	1.98
19286126--19286310	40	4.7	40	83	6	216	26	27	21	24	1.99
19286126--19286308	79	2.3	80	82	7	212	26	27	21	24	1.99
19293498--19293682	40	4.7	40	82	6	216	26	26	22	24	2.00
19293498--19293682	79	2.3	80	81	7	216	26	26	22	24	2.00
19304974--19305190	40	5.5	40	82	8	239	23	22	29	25	1.99
19304973--19305190	79	2.8	79	79	12	234	23	22	28	25	1.99
19304974--19305190	119	1.8	118	81	9	271	23	22	29	25	1.99
19307439--19307538	28	3.5	29	91	4	168	33	25	12	30	1.92
19307439--19307566	29	4.5	28	87	4	168	32	25	12	29	1.92
19316291--19316709	210	2.0	209	88	1	624	28	9	29	31	1.89
19317167--19317779	209	2.9	209	86	4	818	28	9	29	32	1.88
19318259--19318657	209	1.9	210	90	0	638	28	8	29	34	1.86
19319131--19319550	211	2.0	209	84	2	556	28	9	29	32	1.89
19317381--19321072	876	4.2	876	85	3	4658	36	10	26	26	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19320011--19320448	211	2.1	208	90	2	671	27	8	31	32	1.87
19321548--19321940	210	1.9	210	89	1	608	25	9	30	34	1.88
19320863--19323027	876	2.5	873	86	2	2989	35	10	27	25	1.89
19322405--19322817	210	2.0	210	91	0	664	28	8	29	33	1.87
19324190--19324271	33	2.3	38	83	12	102	52	0	13	34	1.41
19324256--19324297	19	2.3	18	87	4	57	69	2	2	26	1.13
19324676--19324810	13	11.6	13	70	23	106	15	0	48	36	1.46
19324700--19324810	22	4.9	22	82	10	143	15	0	47	36	1.45
19324695--19324792	48	2.0	48	92	0	160	15	0	45	38	1.46
19324676--19324810	35	3.9	35	76	7	148	15	0	48	36	1.46
19325067--19325832	44	17.4	44	76	8	650	26	24	17	30	1.97
19325074--19325817	132	5.6	132	91	0	1141	26	24	18	30	1.98
19325844--19326332	205	2.4	205	91	0	789	29	21	18	30	1.97
19326477--19326601	61	2.0	64	89	7	195	36	12	17	32	1.88
19330988--19331034	19	2.5	20	89	6	71	42	6	21	29	1.77
19334197--19334340	13	11.6	13	73	23	125	14	0	48	36	1.49
19334197--19334340	22	5.8	26	76	20	125	14	0	48	36	1.49
19334197--19334340	35	3.9	34	77	19	153	14	0	48	36	1.49
19334411--19334436	12	2.2	12	100	0	52	7	7	38	46	1.61
19334777--19335171	212	1.9	208	88	2	601	28	9	28	32	1.89
19335650--19336052	210	1.9	208	90	2	637	28	9	30	32	1.88
19334512--19336928	875	2.8	874	87	3	3403	35	10	26	27	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19336524--19337155	211	3.0	211	92	0	998	28	7	30	33	1.85
19337614--19338242	210	3.0	208	85	4	850	27	8	30	33	1.87
19338701--19339098	210	1.9	210	92	0	661	28	8	29	33	1.86
19339548--19339948	212	1.9	208	85	2	550	27	9	29	33	1.88
19340422--19340821	211	1.9	208	84	6	538	28	10	29	32	1.90
19339103--19342592	877	4.0	876	86	3	4542	35	10	27	26	1.89
19341297--19341713	211	2.0	210	92	1	692	28	8	31	32	1.87
19342174--19342812	211	3.0	208	82	6	735	27	9	29	33	1.88
19343267--19343674	210	1.9	210	90	1	649	28	7	31	32	1.85
19344335--19344362	13	2.2	13	100	0	56	32	7	39	21	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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