genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.27.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7425456--7425481	11	2.4	11	100	0	52	7	23	7	61	1.49
7436666--7436692	14	1.9	14	100	0	54	44	11	0	44	1.39
7444647--7444776	28	4.6	28	80	5	147	27	20	19	33	1.96
7444881--7444959	14	5.6	14	72	0	50	31	16	13	37	1.88
7444881--7444964	28	3.0	28	73	0	87	30	16	14	38	1.89
7446709--7446758	10	4.7	10	80	11	55	38	0	0	62	0.96
7447994--7448044	23	2.2	23	92	0	84	45	3	0	50	1.20
7450626--7450788	28	5.8	28	84	1	175	27	20	19	32	1.97
7450635--7450788	84	1.8	84	87	0	227	27	18	20	33	1.96
7450904--7450952	14	3.5	14	71	0	53	32	16	14	36	1.89
7450884--7450979	28	3.4	28	86	0	120	32	17	15	34	1.92
7451846--7451882	18	2.1	18	100	0	74	21	21	16	40	1.91
7453159--7453215	29	2.0	29	89	0	87	33	12	15	38	1.85
7453542--7453600	26	2.4	26	83	10	72	66	5	0	28	1.13
7455096--7455134	6	6.5	6	93	0	69	84	2	0	12	0.72
7462666--7462757	46	2.0	46	95	0	166	38	10	19	31	1.86
7464508--7464554	16	2.9	16	74	20	53	61	0	21	17	1.34
7478033--7478203	85	2.0	85	100	0	342	35	10	26	27	1.89
7479184--7479220	18	2.1	18	89	0	56	27	8	13	51	1.69
7484742--7484782	16	2.6	16	84	0	55	51	0	0	48	1.00
7487915--7487951	16	2.2	18	85	9	51	40	0	2	56	1.13
7488521--7488587	35	1.9	35	82	11	84	58	1	2	37	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7494062--7494105	22	2.0	23	90	4	72	47	0	2	50	1.13
7495373--7495426	27	2.0	28	85	10	76	33	1	1	62	1.16
7497197--7497750	276	2.0	277	95	0	1002	33	19	20	26	1.97
7499882--7499973	45	2.0	45	89	0	139	40	17	16	26	1.90
7500978--7501020	22	2.0	22	85	0	59	48	2	0	48	1.14
7502195--7502282	29	3.0	29	94	0	158	32	7	31	27	1.86
7510142--7510171	15	2.0	15	100	0	60	20	6	13	60	1.55
7511699--7511729	14	2.1	15	94	5	55	67	0	0	32	0.91
7513096--7513173	23	3.3	23	76	7	77	23	33	15	28	1.95
7519601--7519802	105	1.9	105	84	2	271	32	14	24	28	1.95
7522390--7522454	32	2.0	32	96	0	121	21	13	15	49	1.79
7525389--7525429	7	5.9	7	100	0	82	14	14	29	41	1.86
7527593--7527633	21	2.0	21	85	0	55	31	4	4	58	1.40
7540745--7540844	3	33.0	3	84	2	65	33	10	3	54	1.49
7543321--7543362	13	3.1	14	84	15	54	38	0	0	61	0.96
7545136--7545181	17	2.8	18	84	15	64	28	41	30	0	1.56
7546094--7546139	19	2.4	19	85	0	65	8	10	2	78	1.05
7546086--7546165	18	4.3	18	74	17	58	15	8	2	73	1.18
7546200--7546254	22	2.4	24	75	9	60	47	0	5	47	1.25
7546200--7546315	20	5.4	21	71	12	85	46	0	2	50	1.15
7546233--7546300	33	2.0	36	85	8	97	44	0	0	55	0.99
7546514--7546550	10	3.7	10	85	0	56	21	2	0	75	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7546515--7546576	19	3.2	20	78	17	78	16	4	1	77	1.02
7546514--7546629	8	13.4	8	70	16	63	19	3	1	75	1.04
7546514--7546626	9	12.4	9	70	12	61	19	3	1	75	1.04
7546585--7546639	13	3.9	14	79	20	53	23	1	0	74	0.91
7546598--7546639	17	2.6	16	92	3	66	26	0	0	73	0.83
7546641--7546667	13	2.1	13	100	0	54	44	0	14	40	1.46
7546668--7546769	21	4.7	22	76	20	92	42	0	0	57	0.98
7546676--7546769	33	2.9	32	87	12	147	43	0	0	56	0.99
7546688--7546775	12	7.7	12	70	24	66	44	0	0	55	0.99
7546740--7546800	22	2.8	22	80	12	63	44	1	0	54	1.10
7546885--7546914	13	2.4	13	94	5	53	56	0	0	43	0.99
7547056--7547116	22	2.7	22	85	10	70	57	0	1	40	1.08
7547088--7547150	34	1.9	32	93	6	108	55	1	1	41	1.19
7547122--7547182	21	2.8	21	87	7	77	57	0	0	42	0.98
7547222--7547254	9	3.7	9	84	15	50	78	3	0	18	0.87
7547219--7547250	13	2.5	13	94	0	55	78	3	0	18	0.89
7547222--7547254	13	2.4	14	90	5	50	78	3	0	18	0.87
7548429--7548464	8	4.5	8	90	10	56	8	11	0	80	0.90
7548434--7548464	9	3.6	9	91	8	55	9	9	0	80	0.90
7548423--7548464	17	2.4	17	92	4	66	7	14	0	78	0.95
7548477--7548531	18	3.1	17	84	10	65	14	3	1	80	0.94
7548501--7548542	14	3.1	13	86	10	57	21	2	2	73	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7548501--7548542	9	4.6	9	82	14	50	21	2	2	73	1.06
7548482--7548540	19	3.2	18	83	11	66	16	3	1	77	0.98
7548569--7548611	9	4.4	9	81	16	50	44	0	2	53	1.13
7548568--7548613	21	2.2	20	92	3	74	43	0	2	54	1.12
7548616--7548670	20	2.8	20	83	5	58	41	1	1	54	1.21
7548658--7548707	23	2.1	24	82	14	68	56	2	0	42	1.11
7548658--7548707	12	4.3	11	80	12	55	56	2	0	42	1.11
7548662--7548752	19	4.2	22	78	20	95	52	1	2	43	1.20
7548658--7548727	11	6.3	12	74	22	57	54	1	0	44	1.09
7548687--7548811	34	3.5	35	75	20	107	54	0	2	43	1.13
7548667--7548797	19	6.7	19	70	21	76	54	0	2	41	1.18
7548762--7548809	23	2.1	22	88	11	71	58	0	0	41	0.98
7548837--7548900	14	4.7	14	72	1	51	79	4	7	7	1.04
7549599--7549660	22	2.7	22	79	13	63	74	3	1	20	1.05
7549606--7549663	25	2.3	25	76	5	64	75	3	1	18	1.03
7552219--7552261	21	2.0	22	86	8	63	58	0	6	34	1.25
7555092--7555131	20	2.0	21	85	5	55	20	22	17	40	1.92
7555173--7555272	39	2.6	39	88	0	146	15	25	21	39	1.91
7555910--7555945	5	7.2	5	90	0	54	75	19	2	2	1.06
7555900--7555949	20	2.5	20	87	9	68	70	20	6	4	1.25
7555904--7555970	34	2.0	34	81	0	80	67	17	11	2	1.35
7556904--7557388	260	1.9	260	87	3	717	38	20	13	27	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7557669--7557720	23	2.3	23	82	0	59	57	5	7	28	1.50
7559731--7559793	30	2.1	30	90	0	99	25	4	14	55	1.58
7562228--7562331	52	2.0	52	98	0	199	40	18	9	31	1.83
7562541--7562609	21	3.3	21	71	18	72	65	0	2	31	1.08
7562535--7562631	41	2.3	42	86	12	137	62	0	2	35	1.07
7564791--7564834	9	4.9	9	86	8	63	79	2	0	18	0.83
7564791--7564903	5	23.8	5	72	18	64	78	3	4	13	1.03
7564793--7564873	28	2.9	27	78	12	83	76	4	2	16	1.06
7564791--7564896	14	7.6	14	74	18	73	78	3	3	14	1.03
7564871--7564910	15	2.6	16	84	8	55	85	0	10	5	0.75
7565342--7565381	21	1.9	21	94	0	71	55	0	5	40	1.22
7565345--7565386	21	2.0	22	86	9	61	57	0	7	35	1.26
7566189--7566224	5	7.2	5	90	0	54	75	19	2	2	1.06
7566632--7566691	20	3.0	20	82	4	68	21	13	1	63	1.38
7566645--7566691	10	4.7	10	79	10	60	21	10	2	65	1.33
7567400--7567433	18	1.9	18	94	5	61	26	11	5	55	1.58
7568554--7568617	9	6.7	10	69	16	55	65	0	0	34	0.93
7569161--7569209	17	2.9	17	96	0	89	44	12	2	40	1.53
7570573--7570739	57	3.0	55	95	3	307	63	3	10	22	1.42
7574325--7574409	27	3.1	26	76	10	73	64	0	2	32	1.06
7574325--7574405	26	3.0	26	77	12	67	65	0	2	32	1.06
7576746--7576888	70	2.0	70	100	0	286	34	12	4	48	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7579101--7579133	12	2.8	12	100	0	66	51	0	0	48	1.00
7585871--7585923	24	2.2	24	83	6	63	60	7	7	24	1.50
7586310--7586358	22	2.4	20	86	10	64	48	14	16	20	1.80
7586511--7586536	10	2.6	10	100	0	52	57	0	0	42	0.98
7586535--7586584	25	1.9	27	84	15	70	46	2	2	50	1.24
7588319--7588548	90	2.5	91	82	6	281	33	17	12	36	1.87
7588657--7588718	29	2.1	29	85	5	81	64	3	1	30	1.19
7588886--7588978	39	2.3	40	83	9	109	26	6	1	65	1.23
7588918--7588978	30	2.1	30	84	3	79	27	4	0	67	1.11
7588892--7588958	18	3.6	17	74	20	62	26	7	1	64	1.29

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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