genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1412326--1412355	15	1.9	16	93	6	53	63	10	6	20	1.47
1414416--1414526	47	2.4	47	83	6	145	25	15	23	36	1.94
1418096--1418133	20	1.9	20	84	10	51	42	10	0	47	1.38
1423034--1423094	32	1.9	32	83	12	81	60	0	9	29	1.29
1423140--1423273	14	8.9	15	67	17	64	57	0	8	33	1.34
1423612--1423657	22	2.1	21	88	11	67	73	0	4	21	1.00
1423612--1423657	21	2.1	22	88	11	69	73	0	4	21	1.00
1430798--1430825	8	3.5	8	100	0	56	32	53	0	14	1.41
1432889--1432929	21	2.0	21	90	9	66	34	0	4	60	1.18
1433001--1433069	34	2.0	34	97	0	129	33	13	14	39	1.85
1436136--1436178	21	2.0	22	86	8	63	48	0	0	51	1.00
1436144--1436181	19	2.1	19	85	5	51	52	0	0	47	1.00
1437602--1437641	15	2.6	15	88	4	53	85	2	10	2	0.80
1451342--1451460	62	1.9	62	86	3	168	42	17	9	31	1.81
1452057--1452172	61	1.9	61	85	0	160	38	5	16	39	1.71
1453137--1453227	29	3.0	31	76	7	98	24	21	10	42	1.85
1453289--1453386	29	3.3	29	71	16	76	24	19	13	42	1.87
1454219--1454278	31	1.9	31	93	0	102	53	13	13	20	1.72
1460555--1460641	39	2.2	39	78	15	99	35	8	16	40	1.78
1460758--1461878	477	2.3	478	87	2	1583	39	21	16	23	1.92
1460758--1461878	162	7.0	162	85	4	1454	39	21	16	23	1.92
1460759--1461798	317	3.3	314	83	7	1294	39	20	16	23	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1466884--1466925	20	2.3	19	84	15	61	14	0	4	80	0.86
1473651--1473720	29	2.4	29	73	15	74	47	17	18	17	1.83
1474825--1474888	32	2.0	32	100	0	128	25	34	3	37	1.72
1475885--1476003	63	1.9	63	98	0	229	26	10	39	22	1.87
1477504--1477556	22	2.4	22	87	6	72	33	28	11	26	1.91
1479298--1479330	7	4.7	7	92	0	57	0	12	0	87	0.53
1480391--1480432	22	1.9	22	90	0	66	64	2	0	33	1.07
1493564--1493598	16	2.2	16	89	0	52	28	14	14	42	1.84
1493627--1493679	16	3.4	16	76	10	56	24	9	18	47	1.78
1505031--1505073	22	1.9	22	86	13	61	41	9	4	44	1.57
1507025--1507273	50	4.8	50	84	4	284	20	29	24	26	1.99
1507024--1507273	100	2.4	104	86	6	339	20	29	24	26	1.99
1507368--1507399	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
1519345--1519383	20	1.9	21	89	5	62	35	0	0	64	0.94
1521670--1521716	22	2.1	22	96	0	85	23	12	23	40	1.89
1526156--1526324	44	3.7	45	79	16	179	21	21	28	28	1.98
1526160--1526332	46	3.8	45	79	13	201	20	20	29	28	1.98
1536869--1536941	30	2.5	30	80	10	80	58	5	6	28	1.46
1536922--1536974	22	2.5	21	77	17	56	49	5	1	43	1.37
1537340--1537365	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
1538342--1538611	127	2.1	126	85	4	348	29	17	15	36	1.92
1538682--1538747	34	1.9	35	90	3	107	40	15	0	43	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1541672--1541734	31	2.0	32	90	3	101	49	1	1	47	1.20
1543188--1543246	31	1.9	30	89	3	91	25	1	13	59	1.44
1547126--1547379	9	28.3	9	79	6	257	46	21	0	31	1.54
1547131--1547336	44	4.9	44	74	11	205	47	20	0	32	1.51
1547124--1547355	62	3.8	61	92	2	376	47	20	0	31	1.54
1547131--1547382	124	2.0	121	87	7	355	46	21	0	31	1.55
1549981--1550019	19	2.1	19	95	0	69	33	12	0	53	1.39
1549989--1550030	19	2.2	19	83	8	50	35	9	0	54	1.33
1550165--1550285	43	2.8	43	80	5	120	31	16	23	28	1.96
1550260--1550312	26	2.0	26	92	0	88	32	13	24	30	1.93
1550217--1550352	69	2.0	69	85	5	186	29	16	25	29	1.96
1550295--1550376	43	1.9	43	84	0	110	31	18	20	29	1.96
1551411--1551446	19	1.9	19	88	5	56	0	8	8	83	0.82
1554809--1554876	15	4.6	15	77	13	52	61	2	2	32	1.26
1557010--1557088	19	3.9	19	71	19	52	15	34	5	45	1.68
1560709--1560747	16	2.5	15	84	12	51	23	0	2	74	0.94
1562025--1562064	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
1563670--1563712	3	14.3	3	95	0	77	67	2	30	0	1.03
1563778--1563826	26	2.0	26	88	8	75	40	6	2	51	1.38
1564005--1564048	21	2.1	21	82	0	52	56	0	9	34	1.31
1564561--1564608	24	2.0	23	84	4	60	14	10	2	72	1.19
1565916--1565975	31	1.9	31	86	6	86	50	3	6	40	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1570744--1570778	18	1.9	18	88	0	52	80	17	0	2	0.84
1572188--1572255	27	2.5	27	70	2	64	57	2	2	36	1.29
1576590--1576783	48	4.0	48	80	6	196	24	24	21	28	1.99
1576598--1576774	96	1.8	96	82	0	228	24	25	22	27	2.00
1586297--1586949	204	3.2	205	93	0	1094	31	19	20	28	1.97
1588588--1588629	20	2.2	19	87	12	59	30	4	0	64	1.14
1588588--1588629	19	2.2	18	87	12	57	30	4	0	64	1.14
1588748--1588856	38	2.8	38	78	13	91	33	3	0	62	1.19
1588769--1588810	16	2.5	17	88	7	59	35	2	0	61	1.09
1588746--1588900	57	2.6	59	74	19	151	34	4	0	60	1.22
1588805--1588856	19	2.7	19	74	8	61	30	3	1	63	1.23
1588900--1588946	23	2.0	23	84	8	60	25	6	4	63	1.36
1593249--1593279	4	7.8	4	100	0	62	0	77	0	22	0.77
1593552--1593583	10	3.1	11	86	13	50	43	0	0	56	0.99
1593792--1593823	15	2.1	16	94	5	57	37	0	6	56	1.25
1595887--1595988	33	3.1	33	80	9	111	17	47	10	24	1.80
1601296--1601347	25	2.0	26	85	3	70	36	17	9	36	1.82
1603604--1603640	19	1.9	19	88	0	56	2	16	0	81	0.81
1604295--1604350	28	2.0	28	100	0	112	39	25	17	17	1.92
1605651--1605789	48	2.9	48	83	0	161	25	21	22	30	1.99
1605706--1605889	102	1.8	102	80	4	228	28	23	20	27	1.99
1610306--1610354	24	2.1	23	88	11	73	18	10	2	69	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1615143--1615268	60	2.1	60	89	0	198	34	0	11	53	1.43
1615429--1615465	18	2.2	18	85	9	51	27	0	8	64	1.21
1615446--1615660	103	2.1	103	83	8	278	31	1	15	50	1.55
1615696--1615727	15	2.1	16	94	5	57	37	0	6	56	1.25
1615985--1616030	23	2.0	22	83	4	56	43	0	4	52	1.21
1620644--1620686	19	2.2	19	83	4	50	39	2	2	55	1.25
1621418--1621442	3	8.3	3	100	0	50	68	0	32	0	0.90
1632983--1633025	21	2.0	21	82	8	52	34	2	6	55	1.39
1635026--1635054	3	9.7	3	100	0	58	0	34	0	65	0.93
1636215--1636239	13	1.9	13	100	0	50	80	4	16	0	0.87
1638209--1638269	30	2.0	31	93	3	106	37	24	16	21	1.93
1640738--1640776	15	2.6	15	83	0	51	66	0	5	28	1.12
1641107--1641279	3	57.0	3	68	17	74	63	3	3	30	1.28
1641008--1641535	138	3.7	137	75	13	421	60	5	4	30	1.38
1641388--1641417	3	10.0	3	92	0	51	66	3	0	30	1.07
1641409--1641723	115	2.7	115	91	4	474	59	7	4	28	1.43
1641595--1641651	22	2.5	24	76	21	61	54	5	0	40	1.23
1641598--1641651	12	4.3	12	80	4	63	55	5	0	38	1.23
1641595--1641651	14	4.2	13	78	12	62	54	5	0	40	1.23
1641486--1641766	115	2.5	110	87	8	326	58	9	3	28	1.45
1642478--1642520	19	2.3	18	81	14	52	65	4	9	20	1.40
1643390--1643434	19	2.5	17	79	13	54	40	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1645091--1645147	21	2.6	22	73	15	64	28	0	5	66	1.13
1645737--1645777	23	1.9	21	85	14	57	53	0	21	24	1.46
1646100--1646156	15	3.9	15	88	2	89	35	0	12	52	1.39
1653389--1653479	43	2.1	43	100	0	182	50	10	7	30	1.66
1656531--1656558	3	9.3	3	100	0	56	67	0	32	0	0.91
1657539--1657574	19	2.0	18	89	10	56	30	0	5	63	1.17
1660027--1660083	28	2.0	28	100	0	114	57	7	3	31	1.42
1670455--1670623	39	4.3	39	86	0	239	30	17	15	36	1.91
1671360--1671397	16	2.3	17	90	4	60	23	2	18	55	1.55
1671754--1671796	23	1.9	23	90	4	70	37	18	6	37	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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