genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.181.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59158120--59158297	54	3.3	54	74	12	150	29	26	16	28	1.97
59164661--59164836	71	2.5	70	85	1	219	28	14	22	34	1.94
59164854--59165192	72	4.5	74	87	5	459	31	15	20	32	1.94
59165077--59165435	125	2.8	125	77	11	356	27	15	22	35	1.94
59165473--59165669	73	2.8	71	83	4	247	30	14	21	33	1.93
59165689--59165723	14	2.5	14	95	0	61	17	14	8	60	1.58
59165613--59165787	88	2.0	85	85	7	237	24	16	21	37	1.94
59165334--59166063	231	3.2	225	81	12	733	27	16	21	34	1.95
59165704--59166063	74	4.8	72	69	20	234	27	16	21	34	1.95
59165315--59166090	389	2.0	391	86	6	1092	26	16	21	35	1.94
59165850--59165877	14	2.0	14	100	0	56	14	21	7	57	1.61
59165543--59166028	161	3.0	159	87	5	633	26	16	21	34	1.95
59165864--59166063	74	2.7	74	90	3	298	31	15	20	33	1.94
59166776--59166948	30	5.8	30	91	2	287	25	49	3	21	1.65
59166776--59166948	58	2.9	58	95	3	301	25	49	3	21	1.65
59167443--59167645	25	8.4	25	74	8	134	33	4	4	57	1.39
59167429--59167645	98	2.3	94	80	10	228	33	4	4	58	1.38
59167619--59167674	19	2.8	20	81	8	69	32	5	5	57	1.44
59167796--59167829	8	4.5	8	96	3	54	29	0	5	64	1.17
59167796--59167829	15	2.3	15	90	10	52	29	0	5	64	1.17
59176416--59176463	11	4.4	11	81	0	60	60	0	12	27	1.32
59176905--59176970	26	2.6	25	75	17	66	45	0	7	46	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59177146--59177182	3	12.7	3	94	5	67	67	0	0	32	0.91
59177527--59177569	23	2.0	21	81	9	50	23	9	0	67	1.19
59177667--59177696	15	2.0	15	100	0	60	60	20	0	20	1.37
59178547--59178630	26	3.2	26	96	0	150	34	4	23	36	1.76
59180246--59180348	27	3.8	27	84	0	107	21	25	21	32	1.98
59180242--59180381	54	2.6	55	83	2	167	19	24	21	35	1.96
59180443--59180482	19	2.0	22	85	14	59	17	2	47	32	1.61
59182153--59182233	40	2.0	40	100	0	162	27	7	34	30	1.84
59185421--59185595	46	3.8	46	80	13	205	29	28	21	21	1.98
59185429--59185599	93	1.8	93	92	0	288	28	28	21	21	1.98
59188142--59188277	26	5.2	26	98	0	236	33	5	24	36	1.80
59189897--59190036	27	5.2	27	83	5	158	18	24	22	35	1.96
59189897--59190036	54	2.6	55	86	4	178	18	24	22	35	1.96
59190098--59190137	19	2.0	22	85	14	59	17	2	47	32	1.61
59191725--59191813	30	3.0	28	80	11	90	58	2	0	39	1.11
59191725--59191784	28	2.0	28	87	9	84	63	1	0	35	1.05
59191726--59191815	29	3.0	29	79	10	94	57	2	0	40	1.11
59193344--59193413	10	6.9	10	73	18	56	61	2	1	34	1.20
59194623--59194667	17	2.7	18	83	13	60	37	0	0	62	0.96
59198806--59198853	21	2.2	21	85	3	60	50	6	4	39	1.47
59199979--59200069	39	2.3	39	86	0	128	39	18	21	19	1.92
59200009--59200294	93	3.1	92	88	3	394	39	17	21	22	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59200265--59200475	54	4.0	53	82	3	237	40	14	18	25	1.89
59200485--59200635	78	1.9	78	87	0	221	40	17	19	23	1.91
59200777--59200897	42	3.0	41	78	6	120	38	12	24	24	1.90
59201855--59201977	43	2.9	43	81	2	131	27	17	24	30	1.97
59203795--59204006	42	5.1	42	79	6	191	41	15	23	20	1.89
59203795--59204006	84	2.6	84	82	5	236	41	15	23	20	1.89
59203831--59204052	84	2.6	84	79	6	234	41	14	22	21	1.89
59204039--59204218	54	3.3	54	80	0	207	40	16	17	25	1.90
59204099--59204376	147	1.9	147	81	0	340	41	15	18	24	1.89
59204503--59204711	42	5.0	42	75	3	152	40	12	24	22	1.89
59204544--59204707	84	2.0	84	81	2	195	40	12	24	22	1.89
59204692--59204863	54	3.2	54	86	0	218	36	15	22	26	1.94
59204885--59204999	54	2.1	54	85	0	149	42	15	16	25	1.87
59210650--59210677	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
59213916--59213957	21	2.0	21	86	4	59	57	7	2	33	1.39
59217424--59217470	19	2.4	18	80	13	58	46	17	10	25	1.79
59240265--59240322	20	2.7	21	86	10	82	31	25	0	43	1.55
59240271--59240322	11	4.9	11	86	9	81	28	26	0	44	1.55
59240271--59240333	20	2.9	22	83	9	58	28	26	1	42	1.65
59240349--59240379	15	2.1	15	93	0	53	22	6	0	70	1.09
59241455--59241481	7	3.9	7	100	0	54	25	0	14	59	1.36
59242089--59242131	18	2.4	18	92	0	68	16	27	11	44	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59242519--59243129	116	5.3	116	96	0	1116	39	3	9	47	1.52
59242590--59243117	55	9.2	54	68	21	324	40	3	8	47	1.51
59246139--59246677	126	4.3	126	88	0	774	27	20	17	34	1.95
59246765--59246960	95	2.0	98	84	4	256	42	16	1	39	1.58
59248624--59248685	31	2.0	31	96	0	115	25	24	25	24	2.00
59255600--59255629	14	2.1	14	93	0	51	16	0	36	46	1.47
59255690--59255719	7	4.3	7	100	0	60	86	0	0	13	0.57
59259750--59259811	23	2.6	24	80	10	65	41	3	19	35	1.67
59262255--59262307	17	3.1	17	91	0	70	33	22	13	30	1.92
59264733--59264802	32	2.2	32	97	2	133	41	10	8	40	1.69
59265317--59265377	30	2.0	30	83	0	77	32	22	4	39	1.76
59267591--59267727	58	2.4	57	79	8	145	29	21	18	29	1.97
59269235--59269259	6	4.2	6	100	0	50	84	0	16	0	0.63
59269416--59269505	44	2.0	44	95	0	162	35	20	13	31	1.91
59271859--59272032	46	3.8	46	78	11	185	21	20	28	29	1.98
59271855--59272026	93	1.8	93	90	2	274	21	20	29	27	1.98
59274006--59274045	6	6.5	6	83	16	55	77	0	2	20	0.88
59276886--59276918	17	1.9	17	88	11	50	15	24	0	60	1.35
59278408--59278622	46	4.6	46	75	16	167	22	27	20	29	1.98
59281039--59281090	13	3.8	13	72	22	52	50	9	0	40	1.35
59285288--59285426	73	1.9	73	86	1	197	29	13	9	47	1.74
59289642--59289720	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59289839--59290275	47	9.3	47	94	1	759	29	30	8	32	1.87
59289839--59290275	236	1.9	235	94	1	777	29	30	8	32	1.87
59293180--59293611	40	10.8	40	90	0	675	25	26	21	26	1.99
59294825--59294903	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
59295022--59295459	47	9.3	47	95	1	768	28	29	8	32	1.87
59295022--59295459	143	3.1	143	94	2	767	28	29	8	32	1.87
59297697--59297981	44	6.5	44	87	0	381	48	9	4	37	1.56
59298466--59298498	6	5.7	6	96	3	59	54	0	27	18	1.44
59298665--59298718	25	2.1	26	83	10	67	46	0	11	42	1.39
59298895--59298933	5	7.2	5	83	16	51	56	0	17	25	1.41
59298895--59298972	27	2.8	29	75	11	83	48	1	20	29	1.57
59298895--59298934	16	2.4	16	88	12	55	55	0	17	27	1.43
59298987--59299021	18	1.9	18	88	0	52	68	5	14	11	1.37
59299045--59299102	19	2.9	19	87	5	71	67	1	8	22	1.27
59299095--59299142	6	8.7	6	82	13	59	56	0	25	18	1.42
59299096--59299138	22	2.0	22	95	0	77	53	0	27	18	1.45
59301713--59301955	89	2.7	87	75	6	254	57	12	5	24	1.56
59305818--59305853	7	5.1	7	86	0	54	72	0	27	0	0.85
59306444--59306515	30	2.4	30	86	6	103	40	0	1	58	1.07
59309154--59309298	40	3.7	40	87	0	175	30	20	22	26	1.98
59310745--59310815	8	8.4	8	85	11	97	63	2	0	33	1.09
59310769--59310821	16	3.4	16	86	2	63	71	0	0	28	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59325073--59325223	42	3.6	43	75	4	128	21	15	29	33	1.95
59327415--59327602	101	1.9	101	83	0	250	29	25	14	30	1.95
59332478--59332507	15	2.0	15	93	0	51	16	6	10	66	1.41
59333588--59333612	13	1.9	13	100	0	50	48	0	12	40	1.40
59334134--59334226	17	5.5	17	71	16	68	46	1	3	49	1.25
59362937--59363206	48	5.6	50	79	8	231	23	31	19	25	1.98
59362984--59363168	98	1.9	98	87	3	273	23	31	19	25	1.98
59366794--59366828	17	2.1	17	94	0	61	37	8	20	34	1.83
59371383--59371825	232	1.9	230	82	4	543	37	13	7	40	1.74
59380413--59380445	14	2.4	14	90	10	50	9	9	9	72	1.28

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
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