genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22412796--22413089	47	6.1	47	78	8	311	27	29	11	31	1.92
22412796--22413089	98	3.0	98	90	5	465	27	29	11	31	1.92
22415271--22415448	85	2.1	85	96	0	329	26	28	8	36	1.86
22433928--22434032	46	2.2	46	85	10	131	34	14	25	25	1.94
22443589--22443656	12	5.4	12	72	16	57	66	1	5	26	1.23
22443629--22443654	6	4.3	6	100	0	52	69	0	0	30	0.89
22444835--22444944	56	2.0	56	94	0	193	27	17	16	39	1.91
22456905--22456942	17	2.1	19	90	9	62	0	23	0	76	0.79
22463687--22463794	44	2.5	44	78	6	121	25	18	25	30	1.98
22467573--22467643	27	2.6	28	81	2	81	28	8	12	50	1.69
22478838--22479015	27	6.6	27	81	3	187	27	15	27	29	1.96
22478839--22478994	82	1.9	81	85	3	215	27	16	27	28	1.97
22478835--22479015	82	2.2	81	81	2	211	27	16	27	29	1.97
22478920--22479026	27	3.9	27	81	3	81	27	15	27	29	1.96
22483759--22483799	20	2.0	20	100	0	82	19	9	34	36	1.85
22486642--22486920	38	7.3	40	87	9	413	25	29	21	23	1.99
22486642--22486914	75	3.6	77	90	6	425	25	29	22	23	1.99
22488724--22488801	36	2.1	37	86	6	106	25	29	19	25	1.98
22488930--22489814	47	19.1	47	92	5	1455	29	29	8	31	1.87
22488930--22489814	93	9.5	93	93	4	1447	29	29	8	31	1.87
22488930--22489814	140	6.4	140	93	4	1465	29	29	8	31	1.87
22492674--22492881	100	2.1	100	95	0	371	25	25	9	38	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22494554--22494584	9	3.4	9	95	0	53	0	38	0	61	0.96
22495843--22495885	22	1.9	23	90	4	70	20	4	51	23	1.66
22503261--22503294	18	1.9	18	94	5	61	11	26	44	17	1.83
22513625--22513656	13	2.5	13	94	0	55	18	37	34	9	1.83
22516533--22516734	55	3.8	52	78	6	181	35	17	23	23	1.95
22520306--22520366	30	2.0	30	87	0	86	39	6	22	31	1.80
22521072--22521243	67	2.6	66	81	7	170	31	16	29	22	1.96
22521096--22521277	67	2.8	64	78	8	199	29	16	30	23	1.96
22527709--22527963	55	4.8	54	78	9	251	36	16	25	21	1.94
22527716--22527924	108	1.9	109	86	4	298	34	16	25	22	1.95
22528154--22528184	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
22531493--22531754	40	6.6	40	91	1	402	25	22	26	25	2.00
22535254--22535321	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
22535423--22535501	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
22543059--22543316	40	6.5	40	90	1	376	25	23	26	25	2.00
22546729--22546780	25	2.1	24	89	3	77	38	21	23	17	1.93
22553632--22553877	48	5.1	48	78	2	206	30	19	24	26	1.98
22553679--22553862	96	1.9	96	85	0	251	30	20	23	25	1.99
22560709--22560973	46	5.7	46	72	15	215	21	18	28	31	1.97
22560701--22560965	93	2.8	93	92	0	413	21	18	28	30	1.97
22560754--22560911	47	3.4	47	77	15	191	22	17	29	30	1.96
22570793--22570865	38	1.9	38	97	0	137	31	21	16	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22575552--22575729	38	4.5	39	80	8	166	24	26	24	25	2.00
22577513--22577560	24	2.0	24	95	0	87	18	33	14	33	1.91
22579567--22579740	46	3.8	48	77	17	172	29	27	20	22	1.99
22579572--22579740	92	1.8	91	93	1	293	28	28	20	21	1.98
22584100--22584172	36	1.9	38	89	8	114	31	21	16	30	1.95
22588636--22588860	40	5.6	40	80	5	247	26	28	21	23	1.99
22588636--22588860	83	2.8	80	81	2	272	26	28	21	23	1.99
22596029--22596152	28	4.4	28	91	1	176	27	12	27	32	1.93
22598455--22598565	29	3.8	29	85	2	116	29	27	15	27	1.96
22605850--22605921	35	2.1	35	100	0	144	18	27	19	34	1.95
22611209--22611234	13	2.0	13	100	0	52	15	30	38	15	1.88
22613427--22613503	34	2.3	34	77	4	84	24	20	23	31	1.98
22614797--22614839	22	1.9	23	90	4	70	41	0	4	53	1.21
22617021--22617059	6	6.5	6	93	0	69	15	2	0	82	0.79
22622261--22622388	47	2.6	48	84	8	163	23	30	18	27	1.98
22622261--22622388	50	2.7	47	84	9	161	23	30	18	27	1.98
22630772--22630941	43	4.0	42	79	7	173	25	17	24	32	1.97
22630772--22630929	44	3.7	42	79	6	147	25	17	22	33	1.96
22633236--22633417	27	6.7	27	89	0	256	34	19	20	24	1.96
22633526--22633586	31	2.0	31	96	0	113	27	8	18	45	1.77
22633570--22633599	13	2.3	13	94	0	51	36	10	13	40	1.78
22650902--22650992	40	2.3	40	86	0	119	25	27	23	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22652053--22652077	13	1.9	13	100	0	50	0	8	4	88	0.64
22657763--22657933	93	1.8	93	96	0	315	28	28	21	21	1.99
22657755--22657930	46	3.8	46	79	12	216	28	28	21	21	1.98
22659484--22659515	16	1.9	16	93	6	55	18	0	0	81	0.70
22659486--22659527	11	3.7	12	81	18	54	19	2	0	78	0.86
22668471--22668648	27	6.6	27	83	3	196	29	28	14	27	1.95
22676651--22676828	27	6.6	27	83	3	205	30	28	14	26	1.95
22676671--22676827	82	1.9	81	88	3	235	30	28	14	26	1.95
22682045--22682221	41	4.3	41	88	0	246	28	18	24	28	1.98
22682064--22682217	82	1.9	82	94	0	272	27	18	25	27	1.98
22682064--22682245	82	2.2	81	89	3	267	26	18	26	28	1.98
22684299--22684453	43	3.6	43	75	5	143	27	15	25	31	1.96
22694074--22694177	44	2.4	44	95	0	181	29	21	20	28	1.98
22709421--22709463	21	2.3	18	84	15	52	34	20	13	30	1.92
22711436--22711578	37	3.9	37	94	0	232	27	29	18	24	1.98
22711764--22712144	49	8.0	42	93	3	294	30	28	8	33	1.87
22711697--22712156	47	9.6	47	92	2	704	29	29	8	33	1.86
22711697--22712156	145	3.2	142	91	4	717	29	29	8	33	1.86
22717043--22717144	42	2.4	43	80	6	118	27	24	19	28	1.99
22719830--22719956	47	2.7	47	83	6	152	25	30	18	25	1.98
22721239--22721417	50	3.6	49	81	3	205	28	28	17	25	1.98
22722779--22723003	49	4.5	49	84	2	270	29	27	18	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22722777--22723010	101	2.4	99	83	2	290	29	27	18	24	1.98
22729436--22729727	50	5.9	50	82	4	313	25	17	26	30	1.97
22729439--22729726	100	2.9	99	82	5	357	25	17	26	30	1.97
22732316--22732461	40	3.7	40	86	3	197	26	23	25	23	2.00
22739952--22740057	40	2.7	41	77	5	119	25	22	25	26	2.00
22742222--22742445	40	5.5	40	91	3	317	24	27	22	25	2.00
22742248--22742452	43	4.9	43	93	1	323	25	27	21	25	1.99
22742222--22742452	86	2.8	83	90	5	337	24	27	22	25	2.00
22745872--22745999	28	4.5	28	88	2	175	28	12	25	32	1.92
22745872--22745999	57	2.2	57	88	2	186	28	12	25	32	1.92
22753910--22754037	28	4.5	28	88	2	175	28	12	25	32	1.92
22753910--22754037	57	2.2	57	88	2	186	28	12	25	32	1.92
22758779--22759875	547	2.0	548	99	0	2151	29	18	24	27	1.98
22762480--22762607	28	4.5	28	88	2	175	28	12	25	32	1.92
22762480--22762607	57	2.2	57	88	2	186	28	12	25	32	1.92
22769335--22769372	18	2.1	19	85	14	53	65	0	21	13	1.26
22770509--22770608	28	3.5	29	93	2	168	30	12	25	33	1.92
22778049--22778225	40	4.5	40	91	4	263	23	28	23	24	2.00
22787875--22787963	46	1.9	47	83	2	117	20	29	23	26	1.99
22787886--22788010	47	2.7	47	82	4	146	22	28	21	27	1.99
22791008--22791047	21	1.9	21	89	0	62	40	15	15	30	1.87
22791008--22791061	10	5.1	11	80	6	58	38	16	12	31	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22791092--22791163	25	2.9	25	89	0	117	27	25	22	25	2.00
22791094--22791176	25	3.4	24	86	5	105	30	21	22	25	1.99
22792744--22792841	43	2.3	43	85	0	124	34	22	13	29	1.92
22800629--22800754	41	3.1	40	85	6	148	26	19	24	30	1.98
22804398--22804451	11	4.5	11	81	11	54	64	7	11	16	1.47
22804396--22804451	12	4.5	13	86	13	82	66	7	10	16	1.44
22809909--22810093	40	4.7	39	87	2	228	25	28	22	23	1.99
22809902--22810096	79	2.5	80	81	5	243	26	27	21	24	1.99
22810702--22810769	34	2.0	34	100	0	136	35	35	11	17	1.87
22815732--22815907	46	3.8	46	77	12	198	20	19	29	30	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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