genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.61.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17105243--17105280	19	2.0	19	94	0	67	31	23	10	34	1.89
17117411--17117480	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
17117411--17117508	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
17120737--17121116	44	8.6	44	90	0	607	27	16	33	23	1.95
17121929--17122038	37	3.0	37	93	0	175	27	30	18	23	1.97
17122242--17122473	47	4.9	47	92	0	365	26	28	12	33	1.92
17126340--17126389	25	2.0	25	84	7	66	26	32	12	30	1.92
17126567--17126836	40	6.8	40	90	1	362	26	27	22	24	2.00
17128103--17128215	37	3.1	37	85	2	147	28	30	16	24	1.97
17128419--17128650	47	4.9	47	93	0	365	26	28	12	32	1.92
17132130--17132181	20	2.6	20	87	6	79	48	0	0	51	1.00
17134015--17134052	19	2.0	19	94	0	67	31	23	10	34	1.89
17136963--17137039	38	2.0	38	94	0	136	24	14	19	41	1.89
17137934--17138086	40	3.8	40	93	0	252	24	20	28	26	1.99
17142126--17142230	39	2.6	39	86	5	122	24	22	27	24	2.00
17142089--17142230	40	3.6	40	80	12	150	24	23	28	23	2.00
17142089--17142236	79	1.9	80	81	7	185	25	22	28	22	1.99
17142455--17142622	47	3.6	47	90	0	255	33	8	30	27	1.86
17146928--17146968	19	2.2	19	95	0	73	17	14	19	48	1.81
17152248--17152278	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
17152245--17152284	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
17152517--17152724	55	3.8	53	79	6	204	22	25	16	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17152517--17152717	108	1.8	110	88	4	309	22	24	16	35	1.95
17157470--17157586	43	2.8	41	77	12	121	27	25	20	26	1.99
17170553--17170605	24	2.2	24	100	0	106	13	22	22	41	1.88
17173106--17173202	22	4.3	23	79	10	112	25	19	18	36	1.95
17173106--17173212	44	2.4	44	90	4	162	24	19	18	37	1.94
17173143--17173212	22	3.2	22	78	15	90	25	21	17	35	1.95
17177231--17177273	17	2.4	18	80	7	61	53	0	4	41	1.21
17191583--17191858	40	6.9	40	88	1	329	23	27	21	27	1.99
17191584--17191858	80	3.4	80	85	2	374	23	28	21	27	1.99
17201298--17201613	40	7.9	40	92	1	427	23	28	22	25	1.99
17205180--17205267	43	2.0	43	84	0	113	20	13	7	57	1.61
17214633--17214708	21	3.5	21	67	22	57	21	13	27	38	1.90
17214659--17214726	21	3.0	24	65	20	63	23	14	23	38	1.92
17214631--17214726	45	2.2	44	92	5	167	22	12	26	38	1.90
17214645--17214714	21	3.2	21	66	18	61	20	14	25	40	1.90
17231424--17231474	24	2.1	24	100	0	102	29	9	11	49	1.72
17232913--17232941	14	2.0	15	93	6	51	20	24	0	55	1.44
17235343--17235394	24	2.2	24	92	0	86	51	7	3	36	1.49
17244779--17244856	27	2.9	27	78	3	86	33	19	21	25	1.97
17245775--17245878	31	3.4	31	84	5	138	21	20	12	46	1.83
17245775--17245890	6	18.8	6	70	15	76	20	19	12	47	1.81
17255389--17255444	24	2.3	24	87	0	76	46	7	7	39	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17260067--17260119	25	2.1	25	86	6	72	58	3	18	18	1.54
17264971--17265242	49	5.7	46	78	9	219	23	29	19	27	1.98
17265118--17265242	47	2.6	47	84	3	144	23	31	19	26	1.98
17270169--17270351	40	4.6	39	77	12	176	25	27	21	25	1.99
17270171--17270351	79	2.3	80	80	7	199	25	27	21	25	1.99
17274017--17274108	45	2.0	45	100	0	184	40	2	19	38	1.64
17274344--17274603	56	4.7	56	92	0	405	27	16	22	33	1.96
17274339--17274603	111	2.4	112	90	1	417	27	16	22	33	1.95
17275776--17275846	36	2.0	36	97	0	133	25	4	28	42	1.73
17277586--17277656	30	2.3	30	87	4	106	15	19	35	29	1.93
17289021--17289095	15	4.7	15	71	20	53	2	21	2	73	1.08
17296157--17296244	44	2.0	44	93	0	149	46	6	11	35	1.66
17298270--17298307	20	1.9	20	89	10	60	39	10	7	42	1.69
17300246--17300425	40	4.6	39	74	12	154	26	26	20	26	1.99
17300248--17300425	79	2.3	79	81	8	202	26	26	20	26	1.99
17308410--17308592	79	2.3	80	83	7	221	26	26	22	25	2.00
17308408--17308592	40	4.7	40	78	7	198	26	26	22	24	2.00
17311044--17311089	23	1.9	24	86	8	67	39	21	23	15	1.92
17311044--17311106	25	2.6	23	82	10	63	39	19	23	17	1.92
17314212--17314584	49	7.5	49	79	3	397	30	27	16	25	1.97
17314212--17314584	99	3.8	96	80	6	397	30	27	16	25	1.97
17314205--17314585	150	2.6	147	89	2	575	30	27	16	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17318113--17318358	133	1.9	133	86	2	352	28	25	20	25	1.99
17323590--17323630	21	2.0	21	85	0	55	36	26	0	36	1.57
17327574--17327619	24	1.9	24	82	8	58	28	6	4	60	1.40
17344065--17344089	12	2.1	12	100	0	50	56	0	0	44	0.99
17344639--17344708	28	2.5	28	90	4	106	27	12	27	32	1.93
17352509--17352577	27	2.5	28	92	2	113	27	13	27	31	1.93
17361637--17362034	87	4.6	82	68	17	227	34	19	18	27	1.95
17361460--17361884	174	2.4	179	82	8	508	33	20	19	27	1.96
17362060--17362193	42	3.2	42	94	0	232	34	18	15	31	1.93
17362304--17362375	25	3.0	23	82	10	72	29	22	19	29	1.98
17363210--17363274	27	2.4	27	79	5	69	23	24	16	35	1.95
17363304--17363541	27	8.8	26	79	5	156	31	9	18	39	1.83
17363572--17363742	27	6.3	27	82	2	182	39	7	23	29	1.82
17363572--17363728	54	2.9	53	86	3	208	40	6	22	30	1.79
17363572--17363742	81	2.1	81	88	0	252	39	7	23	29	1.82
17370936--17370998	32	2.0	32	93	0	108	30	23	6	39	1.80
17372822--17373016	81	2.4	80	91	0	300	24	23	27	25	2.00
17372823--17373016	40	4.8	40	88	1	289	24	23	26	25	2.00
17380025--17380219	81	2.4	80	92	0	309	23	23	27	26	2.00
17380026--17380219	40	4.8	40	90	1	298	23	23	27	26	2.00
17395339--17395380	22	2.0	22	86	13	63	45	2	0	52	1.13
17409738--17409806	36	1.9	36	93	0	120	33	28	24	13	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17411780--17411858	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
17412021--17412449	47	9.1	47	94	0	671	27	30	10	31	1.90
17412021--17412447	234	1.8	234	90	0	692	27	30	10	31	1.90
17415854--17416048	40	4.9	40	87	1	257	25	28	22	23	1.99
17416385--17416487	43	2.4	43	98	0	197	26	34	15	23	1.94
17418338--17418416	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
17418535--17419053	47	11.1	47	93	2	794	28	30	9	31	1.89
17424737--17424942	40	5.2	40	87	1	299	21	21	27	28	1.99
17431456--17431482	13	2.1	13	100	0	54	25	7	14	51	1.68
17432876--17433080	40	5.2	40	94	2	344	22	21	26	28	1.99
17434608--17434691	31	2.7	31	88	1	134	26	27	17	28	1.98
17434714--17434805	42	2.2	42	98	0	175	32	20	15	31	1.94
17435883--17435949	33	2.0	33	97	0	125	19	11	19	49	1.79
17435963--17436198	27	8.7	27	80	5	199	30	8	19	41	1.81
17436034--17436238	54	3.8	54	83	1	214	29	9	20	40	1.84
17435982--17436198	81	2.7	81	83	1	254	31	8	18	41	1.80
17436049--17436238	81	2.3	81	84	3	231	28	10	21	40	1.86
17436049--17436238	27	7.0	27	81	4	186	28	10	21	40	1.86
17436221--17436305	27	3.2	25	77	12	73	40	8	20	31	1.82
17436235--17436321	27	3.2	26	83	6	111	40	5	24	29	1.78
17436220--17436346	54	2.4	53	80	9	148	36	8	22	32	1.85
17452900--17453142	50	4.9	49	77	9	204	25	18	25	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17460370--17460595	50	4.5	50	78	8	226	25	18	26	30	1.98
17461728--17461754	13	2.1	13	100	0	54	37	0	22	40	1.54
17465995--17466366	48	7.8	48	88	1	498	25	17	29	27	1.97
17474988--17475301	48	6.5	48	85	2	416	26	18	29	26	1.98
17483890--17484120	40	5.8	40	89	3	315	22	28	24	24	2.00
17488657--17488793	43	3.2	42	81	7	161	32	26	16	24	1.96
17493957--17494129	46	3.7	46	77	10	190	23	20	26	29	1.99
17493954--17494124	93	1.8	93	92	0	288	22	21	27	28	1.99
17514490--17514524	18	1.9	18	88	11	54	11	22	42	22	1.85
17526216--17526387	46	3.7	46	73	14	165	23	20	27	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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