genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.185.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60285186--60285277	27	3.4	27	86	0	130	30	22	15	31	1.95
60287772--60287807	18	2.0	18	88	0	54	44	2	19	33	1.65
60299915--60300053	41	3.4	41	77	6	138	17	20	17	44	1.87
60300878--60300937	22	2.7	22	84	0	66	11	30	16	41	1.84
60301963--60302001	19	2.0	20	85	5	53	23	5	23	48	1.70
60305092--60305312	28	7.9	28	91	0	327	37	11	23	27	1.90
60309092--60309140	23	2.2	23	85	10	66	61	0	14	24	1.33
60323517--60323740	46	4.8	46	75	10	215	23	19	26	30	1.98
60342298--60342467	42	4.0	42	88	0	241	31	28	18	21	1.96
60347864--60347943	39	2.1	39	92	0	133	41	10	21	27	1.85
60360972--60360997	12	2.2	12	100	0	52	57	7	7	26	1.54
60363507--60363531	11	2.3	11	100	0	50	8	28	0	64	1.22
60372441--60372468	8	3.5	8	100	0	56	25	10	0	64	1.26
60379208--60379250	10	4.1	10	80	11	50	55	27	2	13	1.51
60379994--60380081	42	2.0	44	85	12	121	34	26	15	23	1.95
60386822--60386864	10	4.1	10	80	11	50	55	27	2	13	1.51
60389645--60389689	19	2.2	20	84	7	56	37	24	2	35	1.68
60392558--60392601	17	2.6	17	96	0	79	20	29	31	18	1.96
60392773--60392994	27	8.2	27	87	0	300	39	19	9	31	1.84
60392781--60393075	27	10.9	27	76	8	188	38	19	10	31	1.85
60392773--60393075	81	3.8	80	80	6	281	39	19	9	31	1.84
60392957--60393113	81	1.9	81	82	5	192	37	19	10	32	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60392989--60393113	27	4.6	27	74	4	90	38	20	9	32	1.85
60393105--60393482	27	14.0	27	87	0	513	36	19	20	23	1.95
60393727--60393778	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
60398272--60398392	39	3.1	39	84	3	147	31	28	22	17	1.96
60402491--60402674	40	4.7	40	83	8	225	23	22	28	25	1.99
60410620--60410799	38	4.7	40	79	10	180	23	21	28	26	1.99
60410671--60410822	78	1.9	78	81	7	184	25	19	27	26	1.99
60417864--60418047	40	4.7	40	82	8	182	24	21	27	26	1.99
60417919--60418047	39	3.3	39	84	4	170	24	20	28	26	1.99
60417919--60418080	79	2.1	78	82	5	193	26	19	27	25	1.99
60421091--60421246	39	4.0	39	76	5	136	30	3	19	45	1.68
60421091--60421246	78	2.0	79	85	6	210	30	3	19	45	1.68
60421100--60421269	78	2.2	79	81	5	193	32	5	18	44	1.72
60421915--60421964	19	2.5	20	90	6	84	24	22	20	34	1.97
60423513--60423554	21	2.0	21	90	0	66	38	11	0	50	1.40
60423583--60423758	94	1.9	94	85	2	246	38	15	7	38	1.75
60423440--60423776	94	3.7	90	70	14	235	35	17	6	39	1.77
60423716--60423905	69	2.8	69	84	5	251	38	16	7	37	1.77
60424133--60424344	69	3.0	72	85	5	251	34	20	5	39	1.76
60424344--60424555	93	2.3	93	88	4	304	32	20	8	39	1.82
60430943--60430998	29	2.0	28	82	10	69	48	16	7	28	1.72
60434283--60434338	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60434272--60434338	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
60434388--60434507	24	5.0	24	89	3	179	30	20	20	27	1.98
60442532--60442587	11	5.5	11	71	16	57	37	10	19	32	1.86
60442522--60442587	20	3.3	20	93	0	114	34	10	21	33	1.88
60442637--60442790	24	6.4	24	90	0	227	31	18	21	28	1.97
60447489--60447514	11	2.4	11	100	0	52	84	0	7	7	0.77
60460104--60460148	22	2.0	22	95	0	81	20	11	13	55	1.68
60472852--60472900	18	2.7	18	77	0	62	44	24	6	24	1.76
60487751--60487919	40	4.2	40	93	0	284	30	29	17	22	1.96
60496272--60496404	40	3.3	40	95	0	239	30	29	18	21	1.97
60498575--60498746	46	3.7	46	80	13	199	20	18	29	31	1.97
60505676--60505728	25	2.1	26	92	3	90	16	13	3	66	1.39
60509230--60509254	12	2.1	12	100	0	50	32	40	20	8	1.81
60509784--60509808	11	2.3	11	100	0	50	48	0	36	16	1.46
60522389--60522504	43	2.7	43	82	7	130	25	15	25	32	1.95
60522383--60522528	43	3.4	42	79	9	127	28	15	22	33	1.94
60530870--60531008	53	2.6	54	84	3	185	29	2	21	46	1.63
60531136--60531193	28	2.1	28	90	0	89	24	10	18	46	1.80
60540519--60540590	22	3.3	22	69	16	60	13	15	23	47	1.81
60540530--60540604	24	3.3	24	69	17	79	13	17	22	46	1.82
60540519--60540616	43	2.2	44	85	1	135	16	14	21	47	1.81
60542009--60542069	25	2.4	26	86	8	81	45	4	11	37	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60552607--60552644	14	2.9	13	81	11	51	57	10	13	18	1.63
60565842--60566028	6	30.8	6	75	16	163	48	13	17	20	1.81
60565821--60566028	30	7.1	29	78	12	203	48	13	17	20	1.81
60565842--60566024	85	2.2	85	95	0	330	48	14	16	20	1.81
60566163--60566218	27	2.1	27	86	6	78	35	21	26	16	1.94
60566528--60566610	27	3.1	26	81	5	94	36	21	21	20	1.96
60566809--60567003	27	7.3	27	83	3	241	27	20	17	34	1.95
60566811--60566995	80	2.3	81	86	4	250	27	20	17	35	1.95
60566862--60567031	80	2.1	79	80	10	177	30	18	17	34	1.93
60567008--60567362	27	13.2	27	82	6	407	41	8	22	27	1.83
60598007--60598182	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
60598004--60598175	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
60605568--60605743	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
60605565--60605736	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
60611679--60611851	46	3.7	46	79	10	190	22	20	26	30	1.99
60611676--60611846	93	1.8	93	91	0	279	22	21	27	29	1.99
60619167--60619335	46	3.7	46	76	10	182	23	19	27	29	1.98
60619160--60619330	93	1.8	93	89	0	270	22	20	28	28	1.99
60626452--60626634	39	4.6	39	77	7	174	24	22	27	25	2.00
60626499--60626657	78	2.0	78	82	9	191	27	20	27	25	1.99
60634618--60634809	40	4.8	40	79	7	178	26	22	27	24	2.00
60634618--60634800	79	2.3	81	81	7	205	25	22	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60634671--60634825	79	2.0	79	81	7	181	27	21	26	25	1.99
60638113--60638145	17	2.0	17	88	5	50	21	3	15	60	1.48
60652043--60652215	94	1.8	94	81	4	215	23	26	19	30	1.98
60652043--60652254	46	4.5	48	75	9	152	23	25	19	31	1.98
60659821--60659995	46	3.8	46	75	9	131	23	24	21	30	1.99
60672310--60672417	26	4.2	26	95	0	198	30	7	25	36	1.84
60674036--60674172	27	5.1	26	84	8	177	17	24	23	35	1.96
60674036--60674172	54	2.5	53	92	3	222	17	24	23	35	1.96
60674036--60674193	53	3.0	52	84	10	203	18	24	22	35	1.96
60678452--60679038	292	2.0	295	95	1	1074	36	10	20	32	1.87
60694375--60694432	29	2.0	29	100	0	116	31	17	10	41	1.83
60698782--60698965	67	2.8	64	76	8	194	28	17	30	23	1.97
60703170--60703341	67	2.6	66	81	7	170	31	16	29	22	1.96
60703194--60703377	67	2.8	64	78	8	203	28	16	30	23	1.96
60707600--60707770	66	2.6	66	82	6	177	32	16	28	22	1.96
60707624--60707806	66	2.8	64	79	7	210	28	16	30	23	1.97
60712014--60712196	63	2.8	63	76	9	190	28	16	30	23	1.97
60714309--60714487	39	4.6	38	78	12	152	25	26	22	25	2.00
60750365--60750395	16	1.9	16	93	0	53	35	12	0	51	1.40
60763017--60763151	43	3.2	41	76	12	105	31	27	15	25	1.96
60763037--60763152	43	2.7	43	80	9	130	30	30	17	22	1.96
60765690--60765736	24	2.0	24	95	0	85	53	10	34	2	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60773176--60773200	4	6.2	4	100	0	50	76	24	0	0	0.80
60776810--60776870	26	2.4	25	83	5	77	45	14	9	29	1.77
60779747--60779839	20	4.4	21	80	10	93	11	13	24	49	1.76
60779758--60779846	20	4.3	20	83	5	115	13	12	22	51	1.74
60779772--60779874	42	2.5	42	90	0	152	16	11	22	49	1.78
60779792--60779866	22	3.5	21	74	7	71	17	10	22	49	1.77
60779758--60779878	62	2.0	62	80	6	138	15	12	21	50	1.77
60783371--60783503	49	2.7	49	83	6	171	30	23	25	20	1.98
60784639--60784695	21	2.8	21	91	2	89	10	31	31	26	1.90
60790188--60790297	56	2.0	56	98	0	211	42	17	8	31	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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