genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.236.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76766563--76766779	54	4.0	55	88	8	322	29	16	17	37	1.91
76767051--76767152	30	3.4	30	83	2	125	28	22	4	44	1.73
76767415--76767464	10	5.2	10	80	7	59	70	0	30	0	0.88
76767418--76767460	19	2.3	19	88	11	63	69	0	30	0	0.88
76767530--76767561	3	10.3	3	93	6	55	68	0	31	0	0.90
76767532--76767575	10	4.5	10	91	2	63	75	0	25	0	0.81
76767678--76767752	32	2.3	33	84	6	91	72	20	6	1	1.15
76767841--76767938	15	6.5	15	79	8	101	80	0	18	1	0.77
76767839--76767934	8	12.0	8	74	12	90	80	0	18	1	0.78
76767839--76767938	22	4.4	23	73	15	93	80	0	19	1	0.78
76767839--76767938	18	5.7	17	70	22	73	80	0	19	1	0.78
76767839--76767934	26	3.7	26	76	16	94	80	0	18	1	0.78
76768482--76768525	23	2.0	20	87	12	61	59	13	0	27	1.35
76768139--76768562	218	1.9	219	82	8	526	39	12	11	36	1.79
76768517--76768683	17	9.6	18	75	11	159	30	11	9	48	1.71
76768518--76768682	35	4.7	35	79	6	158	30	11	9	48	1.71
76769836--76769877	21	2.0	21	86	4	59	33	2	4	59	1.31
76769930--76769977	20	2.3	21	82	7	62	35	4	20	39	1.72
76777725--76777812	43	2.0	43	97	0	167	32	17	12	37	1.87
76779452--76779486	18	1.9	18	88	0	52	48	2	0	48	1.16
76780693--76781019	165	2.0	165	92	1	539	34	10	30	23	1.89
76785348--76785375	13	2.2	13	100	0	56	14	7	28	50	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76788136--76788298	84	1.9	86	86	2	231	37	15	10	36	1.82
76788555--76788613	18	3.1	19	80	9	75	59	3	5	32	1.36
76788787--76788856	19	3.5	19	80	14	79	31	5	1	61	1.28
76788787--76788859	20	3.6	19	77	15	67	32	5	1	60	1.28
76792086--76792125	20	2.0	21	90	5	64	35	12	5	47	1.63
76796339--76796367	13	2.2	13	100	0	58	72	6	6	13	1.26
76796958--76797016	26	2.3	24	78	13	64	44	11	1	42	1.51
76798545--76798586	22	1.9	22	90	0	66	11	7	11	69	1.37
76799045--76799131	44	2.0	44	95	4	158	28	16	13	41	1.86
76801120--76801155	17	2.1	17	89	0	54	63	0	5	30	1.17
76806608--76806644	15	2.4	16	82	13	51	48	43	8	0	1.32
76807684--76807740	16	3.5	16	77	17	64	38	1	0	59	1.08
76807750--76807797	17	3.0	16	76	17	55	33	0	10	56	1.34
76807757--76807795	14	2.6	15	84	12	53	33	0	7	58	1.26
76808106--76808222	59	2.0	57	80	9	130	34	5	4	56	1.41
76808279--76808315	8	4.5	8	86	6	56	35	0	2	62	1.10
76808279--76808315	17	2.2	16	90	4	56	35	0	2	62	1.10
76813005--76813031	6	4.5	6	100	0	54	33	33	0	33	1.58
76820067--76820111	23	1.9	24	86	4	65	51	11	0	37	1.38
76839599--76839702	53	2.0	53	92	3	174	43	13	13	29	1.82
76840626--76840693	28	2.4	28	82	4	84	64	1	32	1	1.11
76840626--76840691	31	2.2	28	86	7	87	65	1	31	1	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76841792--76841901	53	2.1	53	98	0	211	16	23	23	36	1.94
76842132--76842172	21	2.0	21	90	0	64	26	24	19	29	1.98
76842915--76842939	10	2.5	10	100	0	50	92	0	8	0	0.40
76843193--76843258	31	2.1	31	82	0	78	37	15	6	40	1.72
76846469--76846597	62	2.1	62	92	0	213	31	21	23	24	1.99
76846801--76847017	46	4.7	47	91	2	307	38	15	24	21	1.92
76846755--76847017	138	2.0	130	85	7	357	38	15	24	21	1.92
76847278--76847324	25	2.0	25	83	8	62	53	4	14	27	1.60
76850340--76850680	52	6.9	50	87	7	436	34	14	21	28	1.93
76850391--76850691	46	6.3	46	91	4	404	35	14	21	28	1.93
76850326--76850691	98	3.7	97	84	9	492	34	14	22	28	1.93
76850332--76850691	196	1.8	196	92	1	605	34	14	22	28	1.93
76850655--76850800	37	4.0	37	91	1	233	36	15	22	24	1.93
76850326--76850680	150	2.4	149	89	5	458	34	14	21	29	1.93
76853226--76853309	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
76856258--76856522	103	2.6	104	90	3	417	29	29	20	19	1.97
76856850--76856914	30	2.2	29	81	8	76	30	27	6	35	1.81
76856857--76856914	30	1.9	30	85	0	80	31	24	6	37	1.82
76860665--76860964	35	8.6	35	84	1	289	28	15	25	30	1.96
76860665--76860964	104	2.9	102	80	3	323	28	15	25	30	1.96
76860667--76860958	139	2.1	139	81	2	336	29	15	25	30	1.96
76864448--76864539	44	2.1	44	81	4	105	35	21	19	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76865984--76866058	36	2.1	36	100	0	150	42	18	0	38	1.51
76866000--76866059	13	4.9	13	75	20	58	41	23	0	35	1.55
76866423--76866465	22	2.0	22	85	0	59	41	18	23	16	1.89
76867638--76867713	10	7.4	10	71	20	50	51	2	1	44	1.23
76870991--76871089	50	2.0	50	93	0	171	36	15	21	27	1.93
76870986--76871107	50	2.6	44	76	14	127	36	16	20	27	1.94
76871083--76871231	31	4.8	31	91	0	235	27	18	26	26	1.98
76871350--76871447	42	2.3	42	91	3	153	30	13	27	28	1.94
76876006--76876032	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
76878769--76878795	5	5.4	5	100	0	54	77	0	22	0	0.76
76883204--76883253	23	2.0	26	88	11	79	60	0	0	40	0.97
76885089--76885144	23	2.6	22	78	18	64	64	0	0	35	0.94
76885324--76885349	7	3.7	7	100	0	52	15	0	0	84	0.62
76885324--76885358	14	2.4	14	90	4	52	20	0	0	80	0.72
76889270--76889308	19	2.1	19	100	0	78	30	23	10	35	1.88
76891179--76891242	31	2.0	32	84	3	85	59	9	10	20	1.58
76898592--76898628	19	1.9	19	94	0	65	21	18	0	59	1.38
76901142--76901180	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
76901406--76901502	23	4.3	23	89	5	162	20	20	26	31	1.97
76901406--76901495	44	2.0	44	95	0	162	20	21	26	32	1.97
76904495--76904535	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
76907817--76907897	41	2.0	42	82	2	101	65	0	20	13	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76908009--76908053	20	2.2	20	92	0	72	44	8	2	44	1.47
76908109--76908159	25	2.0	25	85	7	68	47	0	0	52	1.00
76908110--76908170	29	2.1	30	81	9	72	49	0	0	50	1.00
76908126--76908158	16	2.0	17	88	5	50	48	0	0	51	1.00
76908219--76908277	29	2.0	30	90	3	93	52	8	5	33	1.54
76909649--76909675	12	2.2	12	100	0	54	92	0	7	0	0.38
76916939--76917018	41	1.9	42	82	7	101	21	31	25	22	1.98
76917720--76917774	24	2.2	24	87	3	74	40	18	20	21	1.92
76918607--76918674	15	4.4	15	73	10	57	8	22	1	67	1.26
76918660--76918694	17	2.0	18	88	5	54	8	8	5	77	1.13
76918697--76918744	16	3.0	15	79	11	51	45	2	0	52	1.12
76919052--76919646	302	2.0	302	97	0	1129	30	19	17	32	1.95
76924101--76924149	25	2.1	24	85	14	68	44	10	4	40	1.57
76926602--76926657	24	2.3	24	84	0	76	41	5	16	37	1.71
76931127--76931261	39	3.4	39	76	8	123	23	20	27	28	1.99
76937288--76937326	5	8.0	5	83	16	55	38	0	0	61	0.96
76938887--76939021	39	3.4	39	76	8	123	23	20	27	28	1.99
76942111--76942200	31	2.9	31	98	0	171	25	10	20	44	1.82
76947300--76947352	20	2.7	19	77	16	54	37	7	1	52	1.41
76953423--76953454	9	3.7	9	95	4	57	43	0	56	0	0.99
76954188--76954221	3	11.0	3	93	6	59	32	0	0	67	0.91
76954534--76954586	21	2.5	21	75	9	54	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76954728--76954761	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
76961730--76961771	17	2.4	18	80	7	52	30	0	0	69	0.89
76966281--76966335	20	2.7	20	75	13	67	49	1	0	49	1.11
76966633--76966722	39	2.2	40	88	3	128	37	1	7	53	1.37
76968074--76968119	19	2.4	18	85	7	56	36	2	4	56	1.31
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76971953--76972114	80	2.0	80	98	0	315	51	11	8	29	1.66
76972755--76972795	12	3.4	12	100	0	82	7	24	41	26	1.81
76978015--76978049	17	2.1	17	88	0	52	60	0	0	40	0.97
76979507--76979583	28	2.7	28	80	7	75	27	2	6	63	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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