genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23794092--23794199	26	4.2	26	91	0	180	31	7	25	36	1.83
23798418--23798531	40	2.8	40	91	1	183	20	23	30	25	1.98
23798501--23798560	30	2.0	30	96	0	111	20	20	38	21	1.94
23798461--23798599	70	2.0	69	90	1	215	21	20	32	25	1.98
23798530--23798608	40	2.0	39	85	7	106	22	18	30	27	1.98
23810505--23810648	40	3.6	40	84	5	175	23	25	23	27	2.00
23811837--23811912	38	2.0	38	100	0	152	31	23	13	31	1.93
23813547--23813607	30	2.0	30	87	0	86	36	6	26	31	1.82
23821745--23821774	9	3.4	9	90	9	53	0	0	43	56	0.99
23823088--23823119	12	2.6	13	90	9	50	18	6	25	50	1.70
23830129--23830160	12	2.6	13	90	9	50	18	6	25	50	1.70
23842574--23842676	37	2.8	37	93	0	179	24	30	20	25	1.99
23842817--23843147	48	6.9	48	90	1	495	28	28	7	35	1.84
23843120--23843358	47	5.1	46	88	3	230	25	28	11	34	1.91
23843120--23843358	94	2.5	93	83	5	257	25	28	11	34	1.91
23843279--23843356	25	3.2	25	64	29	69	29	29	10	30	1.90
23847082--23847317	40	5.9	40	86	0	328	27	28	19	24	1.99
23847084--23847313	80	2.9	80	92	0	370	26	28	19	24	1.99
23848602--23848697	37	2.6	37	89	0	156	26	31	18	23	1.98
23848845--23849051	48	4.3	48	93	0	333	28	27	6	37	1.82
23852187--23852254	21	3.2	21	62	17	50	27	29	11	30	1.92
23852132--23852635	47	11.0	47	92	6	856	29	29	8	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23852132--23852635	276	1.8	274	94	3	906	29	29	8	32	1.87
23856151--23856402	39	6.9	39	80	14	215	25	27	21	25	2.00
23856156--23856364	77	2.9	77	80	15	229	26	26	21	25	2.00
23856274--23856333	32	2.0	31	84	15	81	25	28	23	23	2.00
23856705--23856783	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
23856765--23856867	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
23858730--23858808	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
23858927--23859366	47	9.4	47	95	1	758	29	29	8	32	1.88
23858927--23859366	140	3.1	140	94	1	756	29	29	8	32	1.88
23858927--23859366	187	2.4	187	94	0	756	29	29	8	32	1.88
23861794--23861925	46	2.8	47	84	3	185	28	28	7	35	1.84
23861898--23862089	47	4.1	46	87	4	199	24	28	11	35	1.90
23861898--23862090	94	2.1	94	84	3	255	24	28	11	35	1.90
23861988--23862062	22	3.3	22	66	23	64	25	29	13	32	1.93
23869949--23870005	26	2.2	26	81	9	62	26	17	19	36	1.94
23884555--23884652	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
23884583--23884665	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
23887150--23887814	27	24.6	27	71	12	145	37	20	8	33	1.83
23887144--23887298	52	2.9	53	80	6	161	41	21	7	30	1.79
23887308--23887454	54	2.7	54	89	2	224	30	21	8	38	1.84
23887308--23887481	54	3.2	54	85	1	215	32	21	8	37	1.84
23887685--23887862	27	6.6	27	72	9	123	40	20	8	30	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23887433--23887851	54	7.7	54	71	9	199	37	20	8	33	1.83
23889821--23889999	85	2.1	85	98	0	349	37	8	27	26	1.85
23891724--23891749	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
23892196--23892293	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
23892224--23892306	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
23900000--23900026	12	2.2	12	100	0	54	51	7	0	40	1.30
23900473--23900570	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
23900501--23900583	27	3.0	27	87	5	96	28	13	25	32	1.93
23906211--23906375	50	3.3	49	79	8	156	33	14	14	36	1.87
23906218--23906356	50	2.8	50	84	8	169	32	15	14	37	1.88
23908862--23909086	40	5.6	39	84	5	256	24	21	27	25	1.99
23908862--23909119	80	3.2	80	81	7	215	25	20	27	25	1.99
23911740--23911846	40	2.7	40	84	5	119	25	27	20	27	1.99
23911746--23911966	80	2.8	80	79	7	193	27	27	20	25	1.99
23911786--23911966	80	2.3	80	83	9	219	27	27	20	23	1.99
23911783--23911966	40	4.6	40	81	7	196	28	27	20	23	1.99
23919615--23919799	40	4.6	40	81	6	196	28	27	20	23	1.99
23919618--23919799	80	2.3	81	83	8	221	28	27	20	23	1.99
23921951--23922091	38	3.4	41	80	15	148	26	29	20	23	1.99
23923221--23923245	13	1.9	13	100	0	50	0	16	4	80	0.87
23924643--23924718	24	3.2	24	64	16	59	36	7	27	27	1.85
23924633--23924981	47	7.5	44	80	16	356	34	8	28	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23924633--23924981	93	3.8	94	81	14	383	34	8	28	29	1.86
23928972--23929066	27	3.4	28	88	4	102	27	11	28	32	1.91
23928997--23929066	27	2.5	28	95	2	124	27	12	28	31	1.93
23928997--23929079	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
23932394--23932782	47	8.1	47	86	5	517	31	12	30	26	1.93
23932468--23932543	24	3.2	24	62	23	61	28	13	32	25	1.93
23932394--23932782	94	4.0	98	88	4	578	31	12	30	26	1.93
23932756--23932846	46	2.0	46	84	0	119	32	9	31	25	1.89
23932993--23933101	37	2.9	37	94	0	182	24	19	29	26	1.98
23934744--23935185	27	16.3	27	73	12	136	36	20	8	34	1.83
23934837--23935048	81	2.6	80	75	8	196	32	21	8	37	1.84
23934744--23935238	54	9.1	54	74	6	194	35	20	8	35	1.82
23935013--23935139	27	4.7	27	87	1	155	39	20	7	32	1.81
23935163--23935254	27	3.4	27	83	0	121	30	20	6	42	1.77
23935286--23935436	27	5.6	27	73	10	112	39	22	9	28	1.85
23935306--23935431	54	2.3	54	84	0	153	40	18	9	31	1.82
23935253--23935408	81	1.9	81	80	7	183	39	20	11	28	1.87
23935226--23935418	81	2.4	81	75	9	180	37	20	10	31	1.87
23937929--23938650	27	26.7	27	72	9	195	36	20	9	33	1.85
23938089--23938232	54	2.7	54	93	0	234	30	22	9	37	1.85
23938091--23938451	54	6.6	54	79	6	219	34	21	9	35	1.85
23939444--23939500	20	2.9	21	87	10	77	38	8	19	33	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23939549--23939684	26	5.3	26	85	5	190	28	21	23	26	1.99
23939817--23939908	42	2.2	42	84	3	123	29	13	21	35	1.91
23939932--23940039	31	3.5	31	87	5	141	31	20	24	24	1.98
23943639--23943700	30	2.1	30	96	0	115	25	14	22	37	1.92
23948804--23949058	55	4.8	53	78	8	227	36	16	25	20	1.94
23948814--23949011	108	1.8	110	85	4	285	35	16	25	22	1.94
23950973--23951011	19	2.0	19	85	5	51	38	17	0	43	1.50
23963453--23963512	12	5.0	12	78	8	68	26	35	23	15	1.94
23963453--23963512	24	2.5	24	81	10	77	26	35	23	15	1.94
23965679--23965849	93	1.8	94	87	1	254	36	18	24	20	1.95
23969503--23969533	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
23969500--23969539	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
23969771--23969979	55	3.9	54	80	6	244	22	25	16	34	1.95
23981527--23981626	28	3.5	28	80	8	130	33	29	16	22	1.95
23981527--23981655	29	4.5	29	76	12	115	31	29	16	22	1.96
23981499--23981687	57	3.3	57	84	3	231	30	29	17	22	1.97
23981527--23981683	28	5.5	28	73	13	115	31	28	17	22	1.97
23981693--23981809	40	3.0	40	86	3	157	28	27	21	23	1.99
23997437--23997620	40	4.6	40	82	6	196	23	20	27	28	1.99
23997437--23997617	80	2.3	81	83	9	221	23	20	27	27	1.99
23997518--23997667	40	3.8	38	80	8	122	24	22	28	24	1.99
24003054--24003172	35	3.2	35	65	21	98	31	27	10	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24003009--24003173	76	2.2	76	93	2	280	32	26	10	30	1.90
24003140--24003272	69	1.9	69	82	0	167	27	21	18	31	1.97
24007909--24008077	42	4.0	43	74	9	130	33	25	17	24	1.96
24010563--24010660	27	3.5	28	88	5	128	32	28	13	25	1.93
24018850--24018947	27	3.5	28	88	5	128	32	28	13	25	1.93
24026383--24026558	46	3.8	46	79	14	209	20	20	29	29	1.98
24026380--24026551	93	1.8	93	95	2	310	20	20	29	28	1.98
24033943--24034117	45	3.8	46	79	13	216	20	20	29	29	1.98
24034875--24034908	17	2.0	17	94	0	59	55	11	17	14	1.68
24038081--24038113	15	2.3	15	90	10	52	15	0	18	66	1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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