genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2038--2245	104	2.0	103	91	2	337	30	18	15	34	1.93
21736--21908	46	3.7	46	80	13	219	21	21	28	28	1.98
21733--21903	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
23982--24011	15	1.9	16	93	6	53	36	20	0	43	1.52
34044--34155	53	2.1	54	89	1	172	41	23	16	18	1.89
34044--34155	27	4.2	27	88	2	163	41	23	16	18	1.89
34065--34210	27	5.4	27	86	1	107	39	21	18	20	1.92
34199--34407	27	7.7	27	73	9	149	26	11	20	42	1.86
34198--34385	81	2.3	81	84	4	236	27	11	18	42	1.84
34199--34415	54	4.0	54	76	5	179	25	11	20	41	1.86
34734--34786	18	2.9	18	82	0	61	18	20	15	45	1.85
35428--35493	24	2.6	26	80	4	82	33	15	24	27	1.95
40724--40869	48	3.0	48	79	5	172	28	19	23	28	1.98
43824--43887	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
44101--44177	23	3.1	25	82	16	106	25	19	20	33	1.96
44226--44292	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
44226--44281	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
44329--44376	25	1.9	25	91	0	78	25	18	25	31	1.98
46678--46711	11	3.0	11	91	4	50	50	0	0	50	1.00
46780--46823	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
55109--56106	499	2.0	498	98	0	1933	28	21	13	36	1.91
61347--61458	27	4.2	26	83	7	127	14	24	24	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61347--61458	54	2.1	53	86	6	154	14	24	24	37	1.92
63820--63938	45	2.6	46	94	2	213	21	26	21	29	1.99
66562--66595	17	1.9	18	88	5	52	50	5	5	38	1.51
71780--71809	15	2.0	15	93	0	51	50	33	13	3	1.58
78839--78869	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
78836--78875	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
79061--79315	55	4.8	54	81	7	265	21	25	18	35	1.95
79108--79305	108	1.8	110	89	4	312	22	25	17	33	1.96
81940--81973	11	3.1	11	95	0	59	29	0	35	35	1.58
87007--87184	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
87028--87183	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
90199--90246	20	2.3	21	92	3	80	35	10	18	35	1.85
90294--90345	25	2.1	25	92	3	88	34	21	19	25	1.96
90293--90365	25	3.0	24	80	13	78	30	23	21	24	1.99
96700--96747	20	2.3	21	92	3	80	35	10	18	35	1.85
96795--96864	25	2.8	25	93	0	113	25	24	22	27	2.00
96794--96891	25	4.0	24	82	11	85	27	23	22	26	1.99
96795--96889	50	1.9	50	80	8	113	27	23	23	26	2.00
103031--103117	22	3.8	22	78	14	95	35	20	21	21	1.96
103031--103144	47	2.4	49	80	15	132	35	19	21	23	1.96
103031--103212	23	7.6	24	74	9	113	35	20	21	23	1.96
103050--103212	73	2.2	73	85	8	240	34	20	21	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
108939--109083	44	3.3	44	79	7	195	26	29	15	28	1.96
110326--110401	8	8.5	8	71	25	55	17	1	3	77	0.99
110340--110379	11	3.9	11	75	18	50	17	0	7	75	1.03
110332--110410	19	4.3	19	78	16	94	17	1	6	74	1.09
110334--110410	37	2.1	35	86	11	102	16	1	6	75	1.08
113541--113571	12	2.6	12	94	0	53	9	19	19	51	1.74
113722--113766	19	2.3	20	85	7	58	44	13	20	22	1.85
116305--116422	26	4.5	26	84	5	130	63	4	2	29	1.26
116345--116389	15	3.2	15	69	18	51	62	8	0	28	1.25
116336--116387	27	2.1	23	82	13	59	65	7	0	26	1.20
116304--116422	53	2.2	53	79	7	134	63	4	2	29	1.26
116574--116635	19	3.2	19	90	4	97	48	1	9	40	1.46
116742--116878	26	5.3	25	73	11	98	59	4	3	32	1.35
116740--116878	25	5.4	25	72	13	102	58	4	3	33	1.35
121330--121553	27	8.3	27	86	1	152	29	11	19	39	1.87
121330--121553	54	4.1	54	85	2	202	29	11	19	39	1.87
121372--121709	81	4.2	81	81	7	375	30	8	20	39	1.83
121372--121709	27	12.6	27	82	2	297	30	8	20	39	1.83
121642--121710	25	2.7	26	80	11	79	30	11	17	40	1.85
131331--131633	49	6.3	49	92	4	485	32	8	29	29	1.86
134173--134205	13	2.4	14	90	5	50	63	15	0	21	1.30
135502--136603	43	25.6	43	94	1	1915	28	28	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
144004--144110	40	2.7	39	86	5	126	30	24	22	22	1.99
144035--144115	40	2.0	40	97	0	153	30	24	20	23	1.99
154161--154252	28	3.2	28	84	1	103	27	30	13	29	1.94
161764--161855	28	3.2	28	85	1	112	26	31	13	29	1.93
161915--161948	18	1.9	18	88	5	52	17	38	23	20	1.93
165077--165138	30	2.1	30	82	11	74	58	1	6	33	1.34
165444--165478	13	2.6	13	86	4	52	71	14	2	11	1.25
167245--167391	41	3.4	41	77	6	141	26	16	27	29	1.97
175339--175440	29	3.6	27	74	9	87	28	27	20	23	1.99
175335--175443	57	1.9	58	88	1	166	27	28	20	23	1.99
175609--175772	43	3.8	43	85	3	213	35	31	21	11	1.89
178401--178465	28	2.3	28	89	5	96	32	30	7	29	1.85
178571--178660	28	3.2	27	86	10	112	20	23	23	33	1.97
178571--178685	55	2.1	56	82	11	139	19	23	21	35	1.96
179751--179784	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
184864--184910	19	2.6	18	77	12	51	42	2	4	51	1.33
191661--191811	28	5.4	28	91	1	214	33	27	11	26	1.92
197063--197127	28	2.3	28	86	0	85	32	29	9	29	1.88
197233--197294	27	2.2	29	88	5	92	19	25	24	30	1.98
197233--197305	27	2.6	28	84	4	76	20	27	21	30	1.98
199313--199516	40	5.2	40	86	4	263	28	26	20	24	1.99
205627--205675	21	2.3	21	85	0	62	36	8	20	34	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
205721--205792	25	2.9	26	78	13	80	27	22	23	26	1.99
205739--205805	25	2.7	24	82	11	73	29	19	23	26	1.98
210467--210527	30	2.0	30	83	0	77	40	4	22	31	1.75
211257--211440	67	2.8	64	75	8	185	28	16	30	24	1.96
216837--216887	21	2.4	21	83	0	66	35	11	19	33	1.88
216933--217004	25	2.9	25	89	0	108	27	23	20	27	1.99
216935--217017	25	3.4	25	80	14	93	30	20	21	27	1.98
227402--227480	32	2.4	32	82	2	95	27	24	17	30	1.97
227841--227908	27	2.5	27	87	0	100	41	23	14	20	1.89
227917--227974	27	2.1	27	80	0	62	29	15	18	36	1.92
231914--231999	42	2.0	42	95	0	154	34	10	30	24	1.89
239326--239431	56	1.9	55	90	1	167	33	16	25	25	1.96
244098--244148	23	2.2	23	100	0	102	17	23	7	50	1.72
251812--252015	40	5.1	40	78	8	211	25	27	22	25	1.99
256152--256272	42	2.9	42	82	4	127	28	16	24	29	1.97
260518--260569	20	2.6	20	100	0	104	19	30	32	17	1.95
265578--265681	33	3.2	33	79	8	104	21	24	24	30	1.99
284960--285092	51	2.9	45	73	13	126	24	17	28	30	1.97
288868--288902	18	2.0	18	88	5	54	28	14	20	37	1.91
289986--290093	29	3.8	29	79	7	114	30	27	13	27	1.94
289972--290081	58	1.9	56	85	3	148	28	29	14	28	1.95
291494--291584	6	14.8	6	73	13	78	48	12	20	18	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
291494--291584	37	2.5	37	92	0	146	48	12	20	18	1.80
291939--291997	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
292105--292215	27	4.1	27	90	5	154	36	21	22	19	1.96
292440--292529	27	3.3	27	92	0	135	27	20	16	35	1.94
292521--292866	27	12.8	27	84	0	395	42	8	19	28	1.81
293077--293110	17	2.0	17	88	0	50	17	38	26	17	1.92
294564--294610	16	2.9	17	87	6	71	10	6	36	46	1.64
297975--298193	46	4.7	47	76	10	218	30	26	19	22	1.98
298026--298196	93	1.8	93	88	0	261	30	26	19	23	1.98
300925--300981	30	1.9	29	85	3	78	57	17	12	12	1.64

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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