genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21131504--21131595	46	2.0	46	97	0	175	22	15	20	41	1.90
21133575--21133691	56	2.1	56	96	1	218	44	4	16	35	1.67
21134091--21134283	97	2.0	97	94	0	341	39	11	18	30	1.86
21134509--21134733	40	5.6	40	80	4	256	24	22	27	24	2.00
21134516--21134733	83	2.7	80	83	6	296	24	22	27	24	2.00
21134922--21135102	91	2.0	91	97	0	344	37	8	17	36	1.80
21139027--21139139	46	2.5	44	84	7	138	30	20	25	23	1.98
21141834--21142755	54	17.1	54	99	0	1783	44	18	11	25	1.83
21143231--21143299	35	2.0	33	88	5	102	26	21	21	30	1.99
21144787--21144839	27	2.0	27	92	0	88	32	22	24	20	1.98
21145008--21145121	27	4.2	27	79	4	131	21	21	19	38	1.93
21145008--21145121	54	2.1	54	85	0	147	21	21	19	38	1.93
21147144--21147197	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
21151221--21151302	34	2.4	35	80	8	89	26	19	24	29	1.98
21156300--21156409	54	2.1	53	87	1	157	17	24	21	36	1.94
21156300--21156409	27	4.1	26	87	5	139	17	24	21	36	1.94
21162290--21162320	15	2.1	15	100	0	62	41	19	25	12	1.87
21174805--21174860	24	2.3	24	90	3	94	35	5	39	19	1.75
21177457--21177540	43	2.0	43	90	0	132	35	26	14	23	1.93
21181670--21181747	25	3.1	25	96	0	147	39	19	19	21	1.92
21184358--21184441	43	2.0	43	83	4	107	33	21	13	32	1.91
21193847--21194133	43	6.7	43	85	3	380	28	26	17	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21194637--21194736	51	2.0	51	100	0	200	40	11	5	44	1.62
21194719--21194745	14	1.9	14	100	0	54	44	22	0	33	1.53
21195657--21195813	86	1.8	85	82	6	201	32	26	14	26	1.95
21195657--21195823	43	3.9	43	76	8	162	33	26	13	26	1.94
21198991--21199031	20	2.0	20	86	13	57	29	2	19	48	1.61
21199388--21199505	42	2.9	42	82	6	161	24	16	24	34	1.95
21201250--21201352	38	2.7	38	89	0	143	31	27	19	22	1.98
21205339--21205516	27	6.6	27	81	3	169	29	28	15	26	1.96
21208142--21208226	33	2.6	33	81	7	100	22	28	23	25	1.99
21208601--21208792	27	7.2	27	80	5	185	28	18	18	34	1.95
21208601--21208702	51	1.9	52	82	5	125	27	18	18	35	1.95
21208601--21208792	81	2.4	80	85	6	239	28	18	18	34	1.95
21208789--21208860	27	2.7	27	73	0	72	31	13	19	34	1.91
21212306--21212477	93	1.8	93	91	2	283	29	28	19	22	1.98
21212302--21212474	46	3.7	46	79	10	199	30	27	19	22	1.98
21219924--21220094	93	1.8	93	89	2	272	30	28	19	21	1.97
21219919--21220089	46	3.7	47	78	10	181	30	28	18	22	1.97
21220873--21220971	50	2.0	50	92	4	164	43	16	18	22	1.88
21226890--21227096	53	3.8	54	78	1	218	20	22	17	38	1.93
21234115--21234306	55	3.6	54	77	3	181	20	22	19	36	1.95
21237996--21238125	69	1.9	69	81	9	158	24	22	27	25	2.00
21238061--21238207	40	3.7	40	90	2	208	24	21	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21238061--21238242	79	2.3	80	81	1	206	25	20	28	25	1.99
21242867--21243066	81	2.5	81	83	6	253	26	27	22	24	1.99
21242868--21243052	41	4.6	41	83	4	225	26	27	22	24	2.00
21250918--21251026	54	2.0	54	98	0	209	35	13	17	33	1.89
21252298--21252367	25	2.8	26	89	6	108	25	22	24	27	2.00
21254240--21254299	27	2.3	26	85	8	77	21	23	18	36	1.95
21262475--21262632	82	1.9	81	89	6	248	26	20	18	34	1.96
21262475--21262631	27	5.8	27	88	1	233	26	21	17	34	1.96
21262620--21262692	27	2.7	27	79	10	87	30	10	20	38	1.87
21262490--21262691	82	2.5	82	81	9	220	28	16	17	36	1.92
21262713--21262974	27	9.7	27	81	2	294	39	6	22	32	1.79
21262684--21262949	54	4.9	53	82	6	243	39	6	22	31	1.79
21262686--21262925	81	3.0	81	82	3	277	40	5	21	32	1.77
21262713--21262949	107	2.2	108	85	0	305	40	5	22	31	1.78
21262732--21262974	134	1.8	135	88	2	373	39	6	22	31	1.80
21262702--21262987	134	2.1	135	80	5	355	38	6	22	32	1.80
21265507--21265618	43	2.6	43	94	0	188	30	31	25	12	1.93
21269777--21269968	40	4.8	40	88	2	235	22	21	30	26	1.99
21281927--21282080	53	2.9	53	73	11	143	18	22	19	38	1.93
21289196--21289335	53	2.6	55	81	4	160	18	23	21	36	1.95
21289196--21289391	55	3.6	53	76	3	151	19	23	20	36	1.95
21299089--21299197	54	2.0	54	94	0	191	34	14	17	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21300255--21300294	20	2.0	20	90	0	62	32	22	12	32	1.91
21306217--21306268	25	2.0	26	96	3	97	21	7	26	44	1.79
21308554--21308898	27	12.8	27	87	1	487	24	20	19	35	1.96
21308889--21308958	27	2.6	27	82	6	81	30	10	18	41	1.83
21308950--21309162	54	3.9	54	82	3	196	38	7	22	31	1.82
21308950--21309157	81	2.6	81	86	1	247	38	7	21	32	1.82
21308979--21309187	81	2.6	81	87	0	301	38	7	22	32	1.81
21308979--21309162	27	6.8	27	89	0	269	39	7	22	30	1.81
21308979--21309187	27	7.7	27	86	0	247	38	7	22	32	1.81
21311706--21311900	43	4.5	43	89	2	311	30	30	25	13	1.94
21311898--21312000	38	2.7	38	81	0	116	31	24	20	24	1.98
21314707--21314731	8	3.1	8	100	0	50	24	40	12	24	1.88
21316726--21316784	30	2.0	29	96	3	109	27	32	23	16	1.96
21317633--21317746	43	2.7	43	90	0	174	32	29	24	13	1.93
21319532--21319676	53	2.7	53	81	2	155	20	23	18	37	1.94
21319532--21319727	53	3.6	53	75	7	144	21	23	17	37	1.94
21326876--21327008	53	2.5	53	80	4	142	19	22	21	36	1.95
21326876--21327070	55	3.6	55	77	3	173	20	23	18	37	1.94
21332531--21332730	81	2.5	81	81	6	244	27	28	21	23	1.99
21332532--21332716	41	4.6	41	82	4	216	27	27	21	23	1.99
21340578--21340686	54	2.0	54	98	0	209	35	13	17	33	1.89
21341957--21342026	25	2.8	26	89	6	108	25	22	24	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21343809--21343860	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
21343899--21343958	27	2.3	26	82	8	68	23	20	20	36	1.95
21351335--21351395	31	1.9	31	83	3	77	21	21	19	37	1.94
21352139--21352296	27	5.8	27	88	1	235	26	21	18	33	1.96
21352139--21352296	55	2.9	54	90	1	244	26	21	18	33	1.96
21352139--21352295	82	1.9	81	89	3	244	26	21	18	33	1.96
21352284--21352356	27	2.7	27	77	10	78	31	10	19	38	1.86
21352350--21352604	81	3.2	81	82	3	282	40	7	20	31	1.81
21352377--21352613	27	8.8	27	86	0	314	40	7	21	30	1.81
21352377--21352632	107	2.4	107	85	0	296	39	7	21	31	1.82
21354744--21354855	43	2.6	43	92	0	179	33	31	23	12	1.92
21363164--21363316	53	2.8	53	75	11	132	18	23	19	37	1.94
21363856--21363941	40	2.2	40	93	0	145	24	15	13	46	1.82
21370474--21370613	53	2.6	55	81	4	160	18	23	21	36	1.95
21370474--21370669	55	3.6	53	76	3	151	19	23	20	36	1.95
21373306--21373410	27	3.9	27	82	5	113	42	20	11	25	1.85
21373298--21373409	54	2.1	54	89	0	170	41	22	10	25	1.85
21373305--21373450	27	5.4	27	75	8	91	40	19	13	26	1.89
21373298--21373450	54	2.8	53	84	3	146	39	20	13	26	1.89
21373429--21373482	27	2.0	27	85	0	72	33	22	22	22	1.97
21374012--21374114	51	2.0	51	94	0	179	32	7	20	39	1.81
21378335--21378418	38	2.2	38	97	0	159	32	16	25	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21380966--21381035	25	2.8	25	93	0	113	24	22	25	27	2.00
21381537--21381588	27	1.9	27	84	0	68	21	25	21	32	1.98
21388083--21388482	27	14.8	27	87	1	559	25	20	18	35	1.95
21388446--21388542	27	3.7	26	77	13	83	29	12	18	39	1.87
21388534--21388743	54	3.9	54	84	2	224	39	8	20	31	1.82
21388563--21388743	27	6.7	27	86	0	245	40	7	20	30	1.81
21388535--21388742	81	2.6	81	79	3	247	39	8	20	31	1.82
21391292--21391529	43	5.5	43	93	0	395	30	31	24	12	1.92
21391527--21391629	38	2.7	38	87	0	134	29	23	22	25	1.99
21396356--21396419	30	2.2	30	94	2	112	28	31	23	17	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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