genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.19.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6110123--6110204	30	2.7	31	84	5	114	64	0	21	13	1.28
6112318--6112414	30	3.2	30	75	2	97	29	26	14	28	1.95
6129805--6130012	40	5.2	40	82	7	253	26	27	21	24	1.99
6129801--6130012	79	2.7	78	80	10	241	26	27	20	25	1.99
6132314--6132369	15	3.7	15	83	7	78	12	16	12	58	1.62
6134763--6134938	46	3.8	45	81	10	212	21	21	29	28	1.98
6134759--6134930	93	1.8	93	94	0	308	20	21	30	27	1.98
6141590--6142174	146	4.0	146	99	0	1143	37	19	13	30	1.90
6145875--6145921	23	2.1	22	88	4	67	55	6	0	38	1.26
6145908--6146041	30	4.5	30	100	0	268	52	6	2	37	1.43
6145929--6146041	18	7.3	18	62	31	73	52	7	2	38	1.43
6149364--6149397	17	2.0	17	94	0	59	50	26	0	23	1.50
6149613--6149855	122	2.0	122	98	0	468	32	10	34	23	1.89
6151190--6151249	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
6157265--6157504	125	1.9	125	98	0	462	28	21	7	41	1.81
6163542--6163581	20	2.0	20	100	0	80	45	20	5	30	1.72
6164534--6164604	34	2.1	34	92	2	117	42	22	7	28	1.79
6166140--6166245	20	5.3	20	70	10	74	37	17	29	15	1.91
6176688--6176789	28	3.6	28	89	0	141	37	8	23	30	1.85
6178770--6178845	29	2.6	29	97	0	143	15	14	40	28	1.87
6182776--6186155	990	3.3	985	82	9	4158	34	12	19	33	1.90
6184748--6184898	76	2.0	76	92	0	248	41	11	11	35	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6185950--6186362	207	2.0	207	96	0	754	27	7	24	39	1.83
6187376--6187478	53	1.9	53	86	5	145	31	21	22	25	1.98
6193093--6193123	15	2.1	15	93	0	53	54	25	0	19	1.44
6193643--6193671	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
6194326--6197384	992	3.1	982	87	4	4243	34	12	20	32	1.90
6208498--6208590	28	3.3	28	93	0	159	34	27	7	30	1.85
6208696--6208785	28	3.2	27	87	4	117	20	23	22	34	1.97
6208706--6208796	27	3.2	28	82	4	94	23	26	18	31	1.97
6208696--6208810	55	2.1	56	81	4	135	19	24	20	35	1.95
6215576--6215920	28	12.3	28	98	0	654	35	25	7	31	1.83
6216026--6216115	28	3.2	27	82	7	110	21	24	22	32	1.98
6216440--6216529	45	2.0	45	93	0	153	21	20	34	24	1.96
6218865--6218970	46	2.3	46	93	0	176	20	21	29	28	1.98
6220332--6220370	10	3.8	10	93	6	69	33	17	17	30	1.94
6220331--6220370	21	1.9	21	100	0	80	35	17	17	30	1.93
6224412--6224461	24	2.1	24	84	0	64	34	24	2	40	1.66
6232080--6232179	51	2.0	51	88	4	148	23	15	28	34	1.94
6238525--6239147	310	2.0	310	99	0	1237	37	9	18	34	1.84
6244064--6244192	49	2.6	49	86	2	177	25	20	27	27	1.99
6246696--6246878	40	4.6	39	82	4	188	27	27	20	25	1.99
6254566--6254788	40	5.6	40	85	3	236	26	27	21	24	1.99
6254720--6254797	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6258089--6258144	15	3.7	15	77	15	62	10	14	10	64	1.50
6260493--6260629	48	2.7	51	84	4	181	25	19	26	28	1.99
6263615--6263671	30	1.9	30	92	0	96	15	28	29	26	1.96
6267375--6267441	35	1.9	35	93	0	116	28	8	31	31	1.88
6271306--6271408	42	2.4	43	80	4	120	27	19	25	28	1.99
6285087--6285163	24	3.2	24	94	0	127	31	2	42	23	1.68
6286572--6286678	27	4.0	26	89	6	142	14	24	23	37	1.93
6286572--6286678	54	2.0	53	88	1	160	14	24	23	37	1.93
6288765--6288789	13	1.9	13	100	0	50	36	0	0	64	0.94
6289058--6289107	22	2.3	21	80	6	55	22	14	4	60	1.51
6301410--6301569	44	3.6	44	73	8	164	27	20	25	26	1.99
6301409--6301613	88	2.3	88	87	1	286	26	19	25	28	1.99
6303812--6303857	24	2.0	23	86	4	65	21	13	2	63	1.40
6304629--6304663	16	2.3	15	95	5	61	31	14	20	34	1.92
6327702--6327881	6	29.3	6	69	17	104	48	14	18	18	1.81
6327711--6327831	37	3.3	37	79	9	124	50	14	18	17	1.78
6327814--6327881	25	2.7	25	90	0	109	45	14	20	19	1.85
6327778--6327859	37	2.2	36	86	2	110	46	15	19	18	1.84
6328001--6328107	27	4.0	26	79	8	90	37	17	23	21	1.94
6328134--6329085	476	2.0	476	100	0	1904	33	22	19	25	1.97
6329182--6329595	27	15.3	27	82	4	390	25	19	17	37	1.94
6329186--6329586	54	7.4	54	83	0	455	25	20	17	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6329184--6329593	81	5.1	81	85	1	500	25	20	17	37	1.94
6329578--6329746	27	6.3	27	77	4	144	31	9	21	37	1.85
6329662--6329738	26	2.9	27	90	3	120	33	12	14	38	1.84
6329625--6329754	27	4.9	27	83	3	156	30	9	22	38	1.85
6329625--6329754	53	2.4	53	84	3	163	30	9	22	38	1.85
6341559--6341726	43	4.0	42	75	3	151	27	14	24	33	1.94
6342520--6342554	13	2.7	13	90	0	52	37	0	37	25	1.57
6348403--6348541	43	3.3	42	82	8	158	23	17	25	33	1.96
6353203--6353296	27	3.5	26	87	8	134	39	20	23	17	1.92
6353203--6353313	54	2.1	54	87	3	161	37	20	23	18	1.94
6353203--6353313	27	4.1	27	82	7	127	37	20	23	18	1.94
6353419--6353491	26	2.7	28	76	16	66	30	13	23	32	1.93
6361040--6361099	27	2.2	27	88	5	86	33	26	21	18	1.96
6364793--6365013	48	5.0	41	85	12	221	36	6	24	32	1.81
6364835--6365070	48	4.9	48	90	0	366	36	6	25	31	1.81
6368295--6368408	29	4.0	29	83	6	135	28	28	14	28	1.95
6368286--6368401	57	2.0	57	83	3	144	27	31	13	27	1.94
6369724--6369762	16	2.4	17	95	4	71	7	5	38	48	1.54
6376493--6376756	40	6.7	40	89	5	360	25	27	21	25	1.99
6384547--6384731	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
6384528--6384731	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
6398064--6398174	54	2.1	54	98	0	213	37	17	18	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6409818--6409843	2	13.0	2	100	0	52	0	0	50	50	1.00
6410655--6410751	42	2.4	38	84	8	113	23	20	23	31	1.98
6410654--6410733	42	1.9	42	92	0	133	21	20	25	33	1.97
6420579--6420770	40	4.8	40	79	9	212	26	28	20	23	1.99
6420563--6420771	79	2.6	79	82	7	253	27	27	20	24	1.99
6421580--6421624	23	2.0	22	82	4	54	42	17	8	31	1.80
6424768--6424943	46	3.8	46	76	12	189	21	21	28	28	1.99
6424765--6424936	93	1.8	93	92	0	290	22	22	28	27	1.99
6427293--6427369	38	2.0	38	94	0	136	31	12	32	23	1.92
6431715--6431858	40	3.6	40	82	10	163	25	22	27	25	2.00
6441228--6441410	40	4.6	40	82	7	203	26	27	22	24	2.00
6443395--6443451	16	3.6	16	83	4	71	19	7	0	73	1.05
6445699--6445842	49	2.9	48	83	4	189	24	20	28	27	1.99
6464241--6464412	93	1.8	93	86	0	245	28	30	20	20	1.98
6466822--6466912	30	3.1	29	78	12	89	57	16	14	12	1.66
6466835--6466912	15	5.2	15	67	11	52	56	16	14	12	1.68
6469244--6469421	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
6469245--6469400	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
6469241--6469421	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
6473209--6473476	46	5.8	46	72	15	237	28	30	20	20	1.97
6473217--6473507	93	3.1	93	96	0	528	27	31	19	20	1.97
6473263--6473507	47	5.3	47	72	16	240	28	31	18	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6480151--6480283	53	2.5	53	90	1	203	30	21	19	28	1.97
6482282--6482356	24	3.1	24	96	0	132	34	4	40	21	1.72
6483764--6483872	27	4.1	26	88	5	146	16	24	22	36	1.94
6490925--6491120	53	3.6	53	77	3	194	36	18	24	20	1.95
6492407--6492462	23	2.4	23	88	5	87	30	3	25	41	1.72
6496100--6496274	46	3.8	46	78	7	201	28	25	22	23	1.99
6496105--6496275	93	1.8	93	91	0	279	28	26	22	22	1.99
6496693--6496752	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
6502800--6502970	46	3.7	46	79	13	206	28	28	20	22	1.98
6502805--6502975	93	1.8	93	93	0	297	28	29	20	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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