genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.247.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80364663--80364693	12	2.6	12	100	0	62	45	12	16	25	1.83
80364696--80364720	12	2.1	12	100	0	50	76	0	16	8	1.02
80364690--80364745	18	3.1	18	76	5	51	69	3	19	7	1.27
80364696--80364777	30	2.7	31	81	5	105	64	1	21	12	1.33
80370621--80370725	27	3.9	28	87	2	101	36	20	17	25	1.94
80371080--80371148	28	2.5	28	76	2	68	21	20	23	34	1.96
80383340--80383368	6	4.8	6	100	0	58	51	0	48	0	1.00
80383334--80383368	18	1.9	18	88	0	52	54	2	42	0	1.15
80384196--80384328	40	3.4	38	73	13	110	26	17	24	32	1.97
80392332--80392371	21	1.9	21	90	10	64	32	0	20	47	1.50
80408099--80408214	40	2.9	40	90	2	180	24	27	23	25	2.00
80411873--80411902	15	1.9	16	93	6	53	43	3	0	53	1.17
80422049--80422087	18	2.2	18	90	0	60	17	30	17	33	1.94
80424862--80424980	24	5.0	24	76	8	107	17	19	34	28	1.95
80424862--80424980	48	2.5	48	79	5	141	17	19	34	28	1.95
80424935--80424987	24	2.2	24	82	0	61	18	16	37	26	1.93
80435276--80435452	40	4.4	40	85	4	234	23	22	27	25	2.00
80438149--80438216	34	2.0	34	97	0	127	33	23	2	39	1.70
80438988--80439012	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
80439627--80439658	15	2.1	15	100	0	64	43	12	6	37	1.68
80453933--80454151	107	2.1	105	91	1	348	32	6	16	44	1.73
80458338--80458440	18	5.4	18	68	23	59	37	2	14	44	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80458379--80458581	107	1.9	107	93	0	352	32	5	16	45	1.72
80458977--80459141	71	2.3	71	80	2	186	23	21	18	36	1.95
80459550--80459576	6	4.5	6	100	0	54	33	0	14	51	1.43
80460973--80461026	19	2.8	19	80	2	63	40	3	1	53	1.29
80461050--80461094	18	2.4	19	85	7	56	24	6	2	66	1.27
80461070--80461118	23	2.1	24	84	3	64	24	4	2	69	1.17
80461413--80461488	20	3.9	19	78	13	75	22	10	9	57	1.60
80461451--80461528	20	3.8	20	71	20	63	24	12	6	56	1.60
80461495--80461569	20	3.8	18	70	15	51	18	18	6	56	1.63
80461893--80461936	20	2.2	20	87	0	61	25	6	9	59	1.53
80461901--80461945	20	2.2	20	88	0	63	22	6	13	57	1.59
80461936--80461969	17	2.0	17	100	0	68	17	23	17	41	1.90
80462451--80462678	60	3.8	58	74	8	208	20	15	10	53	1.71
80462519--80462597	20	4.0	20	75	6	70	17	20	8	53	1.70
80462451--80462596	40	3.7	40	66	14	95	18	16	8	56	1.66
80462630--80462686	20	2.8	20	71	10	53	22	19	10	47	1.80
80473257--80473341	43	2.0	43	88	0	125	21	18	31	28	1.97
80480356--80480464	43	2.5	43	77	2	112	28	18	24	28	1.98
80482916--80482972	20	2.8	21	77	17	66	24	15	1	57	1.48
80483177--80483389	106	2.0	106	97	0	399	25	16	9	47	1.77
80483444--80483627	20	9.1	20	66	15	85	16	16	10	55	1.69
80483576--80483626	19	2.6	20	75	9	52	19	15	11	52	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80483599--80483661	20	3.2	20	76	14	69	19	12	11	57	1.65
80483557--80483664	20	5.3	21	71	17	68	17	12	11	58	1.63
80484278--80484315	20	1.9	20	88	0	58	42	18	2	36	1.64
80484493--80484522	8	3.8	8	95	0	51	33	0	10	56	1.32
80484487--80484530	16	2.7	16	78	3	52	31	0	9	59	1.29
80486802--80486846	23	2.0	23	82	8	56	42	13	11	33	1.79
80488139--80488202	21	3.0	21	80	13	78	43	14	23	18	1.86
80488138--80488244	42	2.5	42	80	3	99	42	14	25	17	1.88
80488257--80488322	32	2.1	32	88	0	96	39	12	22	25	1.89
80488915--80488968	19	2.7	19	91	5	81	42	14	0	42	1.46
80492861--80492925	20	3.4	19	85	6	87	43	0	3	53	1.16
80495068--80495160	46	2.0	46	91	0	150	59	11	5	23	1.53
80499797--80499882	27	3.2	27	66	21	81	34	23	3	38	1.72
80499795--80499903	53	2.1	53	98	0	209	35	20	4	39	1.73
80509760--80509907	79	1.9	76	82	9	183	31	6	2	59	1.35
80509991--80510040	21	2.4	22	76	10	59	26	6	0	68	1.13
80509985--80510040	29	2.0	28	82	10	69	26	5	0	67	1.11
80511352--80511453	47	2.2	47	92	0	168	29	25	18	26	1.98
80511380--80511453	26	3.0	26	60	25	61	31	22	18	27	1.98
80519372--80519438	25	2.7	25	90	0	98	25	20	25	28	1.99
80519643--80519777	27	5.0	27	88	0	198	24	20	20	35	1.96
80519769--80520029	27	9.6	27	74	8	136	30	8	22	38	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80519631--80519813	81	2.3	81	77	1	188	28	16	20	34	1.94
80519816--80520083	27	9.9	27	76	9	163	30	9	21	38	1.86
80519822--80520083	54	4.8	54	75	9	230	30	9	21	38	1.85
80519877--80520090	108	2.0	108	88	3	324	30	9	21	37	1.85
80519823--80520083	81	3.2	80	78	6	265	30	9	21	38	1.85
80522103--80522199	30	3.2	30	75	2	106	28	26	15	28	1.96
80528137--80528179	22	2.0	21	100	0	77	18	23	37	18	1.92
80532194--80532363	40	4.3	40	81	5	170	24	22	27	25	2.00
80532194--80532363	79	2.2	78	81	9	186	24	22	27	25	2.00
80548053--80548275	39	5.7	40	86	7	273	25	22	27	24	2.00
80548053--80548275	79	2.8	81	85	8	282	25	22	27	24	2.00
80548053--80548308	79	3.3	79	82	9	224	26	21	27	24	1.99
80552084--80552130	20	2.4	19	86	10	67	25	25	0	48	1.51
80561911--80561975	31	2.1	32	85	5	89	32	24	13	29	1.94
80562225--80562290	24	2.7	25	80	4	80	25	19	24	30	1.98
80562338--80562385	20	2.3	21	92	3	80	35	18	10	35	1.85
80570976--80571007	10	3.3	10	95	4	57	43	9	0	46	1.35
80573176--80573258	10	8.8	9	76	15	62	65	3	2	28	1.22
80576332--80576400	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
80576323--80576410	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
80578802--80578977	46	3.8	45	81	10	212	21	21	29	28	1.98
80578799--80578969	93	1.8	93	94	0	306	21	21	29	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80582140--80582242	31	3.3	31	63	10	82	23	30	13	33	1.93
80582054--80582289	64	3.6	63	89	6	305	22	29	14	33	1.94
80582048--80582333	132	2.2	129	80	9	305	23	29	15	31	1.95
80584063--80584111	20	2.6	19	81	12	66	48	4	2	44	1.33
80584078--80584129	25	2.0	26	82	10	63	50	5	1	42	1.37
80585276--80585442	46	3.6	46	75	10	178	29	29	20	20	1.98
80585284--80585455	93	1.8	93	89	0	272	28	29	21	20	1.98
80596843--80596931	46	1.9	46	88	0	133	28	29	22	20	1.98
80601541--80601766	50	4.5	50	80	5	242	38	18	11	30	1.87
80601541--80601769	100	2.3	100	82	4	275	38	18	11	31	1.87
80602352--80602412	30	2.1	29	81	6	70	6	34	1	57	1.34
80603624--80603729	54	2.0	53	86	1	149	18	22	19	38	1.93
80603623--80603731	27	4.1	26	85	5	128	18	23	19	38	1.93
80606061--80606089	14	2.0	15	93	6	51	51	27	0	20	1.47
80608656--80608791	50	2.7	51	87	5	190	27	31	16	23	1.96
80615091--80615356	50	5.3	50	80	7	272	39	18	12	30	1.87
80615103--80615356	100	2.5	100	84	4	316	39	18	12	30	1.87
80636392--80636715	48	6.8	48	77	10	231	27	18	29	23	1.98
80636446--80636714	47	5.7	48	73	13	191	27	19	28	23	1.98
80637478--80637604	55	2.3	55	79	2	139	21	22	31	25	1.98
80640053--80640239	40	4.7	40	89	1	180	26	29	21	22	1.99
80640050--80640239	80	2.4	80	83	3	231	26	29	22	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80640096--80640241	40	3.7	40	93	1	231	26	29	21	23	1.99
80645245--80645690	27	16.6	26	82	6	437	40	19	13	26	1.88
80645252--80645678	54	7.9	54	84	2	511	40	20	13	26	1.89
80645272--80645690	81	5.2	81	90	2	592	39	20	13	26	1.89
80645904--80646004	46	2.2	46	78	3	114	23	38	21	15	1.92
80669436--80669794	46	7.7	46	75	12	340	22	20	27	29	1.98
80669433--80669743	47	6.7	47	75	13	295	23	19	27	29	1.98
80669433--80669789	93	3.8	93	97	0	651	22	20	27	29	1.99
80672162--80672271	54	2.0	54	96	0	202	31	21	28	18	1.97
80676771--80676895	46	2.7	46	87	0	178	20	21	27	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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