genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.51.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17057274--17057305	10	2.8	12	81	18	50	50	0	0	50	1.00
17058313--17058337	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
17059601--17059637	18	2.1	18	90	5	58	16	24	40	18	1.90
17067507--17067538	14	2.2	15	94	5	57	25	37	12	25	1.91
17067526--17068057	44	11.7	44	75	8	413	27	19	18	34	1.95
17067526--17068054	89	5.8	89	75	8	420	27	19	18	34	1.95
17067528--17068057	140	3.9	136	81	8	555	27	19	18	34	1.95
17087698--17087751	26	2.1	26	96	0	99	50	12	22	14	1.77
17098820--17098892	36	2.2	34	83	11	89	56	1	5	36	1.31
17103138--17103305	47	3.6	47	76	11	164	28	17	30	22	1.97
17104433--17104472	21	1.9	21	94	0	71	17	40	22	20	1.92
17105590--17105669	40	2.0	40	95	0	142	33	23	17	25	1.96
17110694--17111109	156	2.7	153	83	8	515	44	4	8	43	1.53
17111055--17111099	20	2.2	20	92	0	72	42	2	8	46	1.47
17111046--17111100	20	2.6	21	82	11	67	40	3	9	47	1.53
17111281--17111339	10	5.6	10	73	11	55	18	5	3	72	1.17
17118428--17118493	6	10.7	6	81	15	73	16	3	0	80	0.84
17118441--17118494	16	3.3	16	82	12	65	18	3	0	77	0.91
17118827--17118912	44	2.0	43	92	0	136	15	47	15	20	1.81
17119518--17119845	118	2.8	118	97	0	611	23	18	29	27	1.98
17120042--17120641	300	2.0	300	100	0	1200	30	12	20	36	1.90
17124017--17124048	12	2.5	13	95	5	57	75	12	0	12	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17140449--17140705	131	2.0	131	86	1	363	27	17	18	36	1.93
17144547--17144583	9	4.1	9	92	0	65	24	18	0	56	1.41
17145491--17145602	26	4.2	25	74	8	71	28	3	8	59	1.42
17150068--17150105	14	2.8	14	80	4	51	36	2	0	60	1.11
17153096--17153133	12	3.2	12	82	10	51	76	5	2	15	1.08
17154815--17154856	18	2.2	19	87	8	59	21	16	0	61	1.34
17155068--17155210	27	5.3	27	89	0	223	35	13	25	24	1.93
17156031--17156078	18	2.8	17	81	6	60	64	6	6	22	1.39
17156040--17156079	20	2.0	21	90	5	64	62	7	5	25	1.42
17156313--17156408	47	2.1	47	98	2	185	40	2	22	34	1.66
17162131--17162302	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
17162133--17162355	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
17162131--17162355	80	2.8	79	80	7	240	25	27	21	25	1.99
17162287--17162364	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
17166712--17166748	14	2.8	13	88	11	58	62	10	5	21	1.48
17168256--17168816	44	12.6	44	72	9	347	30	20	17	32	1.95
17176645--17176681	12	3.1	12	88	0	56	27	21	0	51	1.48
17180623--17180667	19	2.3	20	81	7	58	44	4	24	26	1.72
17181031--17181071	21	1.9	22	90	5	66	12	29	7	51	1.66
17184330--17184385	3	18.7	3	80	7	51	66	5	1	26	1.23
17184328--17184372	18	2.6	17	86	6	63	66	6	2	24	1.27
17184315--17184388	21	3.5	21	78	10	80	68	4	2	24	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17184324--17184379	18	3.2	17	80	9	60	67	5	1	25	1.21
17185817--17185887	35	2.0	35	100	0	142	28	11	26	33	1.91
17187766--17187889	48	2.7	47	86	8	125	30	25	24	20	1.98
17187782--17187934	48	3.2	48	87	1	200	30	24	22	22	1.99
17189703--17189732	16	1.9	16	93	6	53	36	0	20	43	1.52
17192454--17192486	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
17194457--17194543	40	2.2	40	81	4	104	14	11	27	45	1.80
17207275--17207361	25	3.5	24	72	10	68	34	25	24	16	1.95
17207297--17207411	24	4.8	24	73	9	90	30	21	28	19	1.97
17207620--17207713	47	2.0	46	97	2	179	28	21	23	25	1.99
17210979--17211299	46	6.8	49	75	10	253	26	19	30	23	1.98
17210984--17211299	94	3.3	93	78	12	294	26	19	30	23	1.98
17217605--17217634	15	2.0	15	93	0	51	30	0	3	66	1.07
17218397--17218439	23	1.9	22	86	13	61	44	13	16	25	1.85
17219578--17219625	24	2.0	25	84	12	64	33	8	2	56	1.41
17231157--17231192	6	6.0	6	96	0	63	47	16	33	2	1.61
17232742--17233772	87	11.8	87	70	10	548	35	21	21	20	1.96
17232557--17233688	261	4.3	264	91	3	1580	35	22	21	20	1.96
17232556--17233721	44	26.7	43	71	11	508	35	22	21	20	1.96
17232556--17233688	132	8.6	132	87	5	1566	35	22	21	20	1.96
17233805--17233991	68	2.7	69	89	2	279	31	23	20	24	1.98
17234103--17234347	44	5.6	44	80	4	244	30	18	24	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17234051--17234339	88	3.3	88	73	7	298	30	19	23	26	1.98
17234154--17234403	132	1.9	132	94	0	446	32	18	24	25	1.97
17234110--17234383	88	3.1	87	72	9	250	31	18	24	26	1.98
17234044--17234406	44	8.2	44	75	8	211	31	19	23	25	1.98
17234037--17234440	176	2.3	177	85	3	537	31	19	24	24	1.98
17234566--17234732	83	2.0	83	98	0	325	37	28	11	22	1.90
17234602--17234737	41	3.3	41	62	18	102	37	30	10	22	1.87
17234768--17234802	4	8.8	4	100	0	70	77	0	0	22	0.78
17234956--17235053	22	4.2	24	74	21	66	13	1	27	58	1.42
17234958--17235034	23	3.3	23	79	13	70	10	1	28	59	1.38
17234989--17235030	21	2.0	21	95	0	75	4	0	26	69	1.08
17235362--17235447	3	29.3	3	73	19	60	29	3	1	66	1.16
17235362--17235451	18	4.7	18	77	13	83	30	3	1	65	1.16
17242513--17242678	83	2.0	83	90	0	260	36	7	15	40	1.74
17251883--17252165	127	2.2	125	85	3	372	26	17	18	37	1.93
17253832--17253904	25	2.9	25	93	0	128	21	21	27	28	1.99
17253936--17254018	22	3.9	22	78	10	93	31	16	14	37	1.89
17253936--17254012	11	7.1	11	80	1	84	29	16	15	37	1.90
17255873--17255911	20	2.0	20	89	0	60	46	15	0	38	1.46
17261849--17261947	25	4.0	25	78	10	78	25	23	24	27	2.00
17261875--17261947	25	2.9	25	80	8	85	24	23	26	26	2.00
17261993--17262030	10	3.7	10	89	3	58	31	21	10	36	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17263867--17263905	20	2.0	20	89	0	60	46	15	0	38	1.46
17274766--17275326	135	4.2	135	87	2	754	30	20	22	27	1.98
17274802--17275423	45	13.8	43	75	10	410	30	20	22	26	1.98
17275083--17275423	180	1.9	180	87	3	499	31	19	22	26	1.98
17274766--17275423	270	2.4	270	84	5	771	30	20	22	26	1.98
17278172--17278210	21	1.9	19	85	10	51	23	48	17	10	1.78
17281087--17281296	40	5.3	39	87	5	233	24	21	28	25	1.99
17281034--17281296	120	2.2	120	81	4	300	25	21	27	25	1.99
17281087--17281331	80	3.1	80	81	3	228	25	21	28	24	1.99
17283593--17283895	127	2.4	126	80	3	331	26	17	18	37	1.93
17292751--17292792	19	2.2	19	95	0	75	38	19	16	26	1.92
17297123--17297201	28	2.8	28	86	0	104	34	11	25	29	1.91
17305191--17305252	28	2.2	28	88	0	88	33	6	25	33	1.82
17305199--17305267	28	2.5	28	81	4	79	40	8	20	30	1.82
17305477--17305581	40	2.6	40	76	1	111	26	20	29	23	1.99
17309549--17309688	66	2.1	66	87	0	208	15	31	26	26	1.96
17316789--17316834	22	2.1	22	84	4	58	28	32	26	13	1.93
17319290--17319365	40	1.9	40	83	5	100	35	14	22	27	1.93
17325411--17325485	34	2.2	34	92	2	123	45	20	16	18	1.86
17338211--17339190	490	2.0	490	100	0	1960	34	13	23	28	1.93
17338783--17340218	719	2.0	717	99	0	2811	33	12	23	29	1.92
17350977--17351148	49	3.6	47	76	9	132	30	16	27	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17362529--17362558	11	2.6	11	94	5	51	53	0	26	20	1.46
17374370--17374545	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
17374367--17374538	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
17383363--17383553	47	4.1	47	88	1	276	31	9	30	27	1.88
17383363--17383553	93	2.0	94	87	1	276	31	9	30	27	1.88
17383672--17383750	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
17385606--17385708	43	2.4	43	98	0	197	21	15	35	27	1.93
17386047--17386242	40	4.9	40	78	6	150	25	21	27	25	2.00
17386085--17386242	80	2.0	80	81	5	185	25	20	27	25	1.99
17395389--17395419	15	2.1	15	93	0	53	25	25	16	32	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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