genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22004999--22005093	43	2.2	43	86	0	127	21	22	31	25	1.98
22006355--22006434	29	2.8	29	86	0	106	26	31	17	25	1.97
22008284--22008603	46	7.0	46	93	0	507	22	23	15	38	1.93
22011032--22011099	30	2.3	30	84	5	84	27	19	5	47	1.72
22017742--22017774	5	6.6	5	100	0	66	18	0	0	81	0.68
22025747--22025851	46	2.2	48	86	6	142	35	14	24	25	1.93
22037345--22037415	35	2.0	35	86	0	97	30	21	23	23	1.99
22043985--22044103	29	4.2	29	77	2	107	29	30	14	26	1.95
22044315--22044357	8	5.4	8	77	0	50	6	20	20	51	1.71
22044315--22044357	16	2.7	16	88	0	68	6	20	20	51	1.71
22047662--22047713	27	1.9	27	100	0	104	36	21	15	26	1.93
22054312--22054370	27	2.2	27	100	0	118	22	23	16	37	1.94
22055777--22055821	20	2.2	20	100	0	90	26	40	4	28	1.75
22060548--22060591	22	2.0	23	86	4	63	25	4	4	65	1.30
22063953--22064094	40	3.6	40	92	2	225	26	26	23	23	2.00
22067404--22067497	40	2.4	39	78	7	93	38	34	9	18	1.83
22071935--22072041	43	2.5	43	82	8	112	28	16	20	33	1.95
22073923--22073964	18	2.4	17	84	11	50	19	2	26	52	1.58
22076175--22076295	42	2.8	43	80	7	138	28	26	19	24	1.99
22081791--22081918	44	3.0	43	84	6	152	29	27	17	25	1.97
22087407--22087534	44	3.0	43	84	6	152	29	27	17	25	1.97
22088419--22088526	54	2.0	54	98	0	207	45	9	12	33	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22088671--22088780	54	2.0	54	89	0	166	50	8	12	29	1.69
22089941--22090055	36	3.2	36	61	22	87	28	24	20	26	1.99
22089707--22090075	72	5.1	71	92	3	589	30	21	21	26	1.98
22092776--22093006	86	2.7	87	84	2	259	35	18	8	37	1.81
22092843--22093036	86	2.2	87	89	4	302	35	19	9	35	1.85
22093213--22093313	9	10.9	9	69	20	66	36	2	0	60	1.12
22093200--22093299	9	10.4	10	70	12	75	37	4	0	59	1.17
22093236--22093299	19	3.3	19	80	4	74	37	1	0	60	1.06
22093200--22093329	56	2.3	55	81	7	147	39	3	0	57	1.14
22093405--22093598	89	2.2	88	87	2	273	30	8	24	36	1.86
22103939--22104078	70	2.0	69	89	6	212	40	15	11	32	1.83
22104120--22104159	21	2.0	21	90	5	64	52	0	2	45	1.14
22104110--22104176	19	3.5	20	80	9	68	56	0	2	40	1.14
22104465--22104562	10	10.3	9	76	14	65	38	2	0	59	1.09
22104504--22104564	19	3.0	21	76	13	65	40	1	0	57	1.08
22104460--22104570	46	2.4	48	81	7	129	39	2	0	57	1.13
22104474--22104570	9	10.2	10	73	12	62	37	2	0	60	1.08
22104638--22104820	99	1.9	99	87	4	273	31	9	21	37	1.86
22107340--22107371	16	2.0	17	88	11	50	34	0	3	62	1.11
22107346--22107384	21	1.9	20	89	5	60	33	0	0	66	0.92
22110817--22110848	12	2.6	13	85	14	50	37	0	6	56	1.25
22115221--22115363	72	2.0	72	93	2	243	30	20	20	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22119952--22120013	28	2.2	29	82	8	74	62	1	11	24	1.37
22120153--22120748	300	2.0	297	98	1	1147	32	7	16	43	1.76
22122586--22122707	62	2.0	61	90	1	190	35	9	13	40	1.78
22125508--22125588	36	2.3	34	80	18	94	40	2	4	51	1.37
22125713--22125758	19	2.5	18	82	3	56	36	0	4	58	1.18
22125870--22125924	21	2.6	21	91	8	94	27	40	9	23	1.85
22128205--22128486	141	2.0	141	100	0	564	28	17	21	31	1.96
22128438--22128555	59	2.0	59	100	0	236	25	18	27	28	1.98
22128915--22129002	45	2.0	45	97	0	167	29	22	15	31	1.95
22129602--22130468	79	11.0	79	100	0	1734	41	17	18	21	1.90
22131764--22131988	85	2.6	85	81	5	224	32	18	9	39	1.83
22131996--22132181	93	2.0	93	83	5	236	32	11	23	32	1.91
22137615--22137739	62	2.0	61	87	1	178	34	10	15	40	1.81
22137844--22137957	31	3.7	30	74	14	90	39	11	4	44	1.60
22137837--22137956	61	2.0	61	85	3	161	38	12	4	45	1.61
22145059--22145195	65	2.1	66	88	1	204	29	27	18	25	1.98
22146487--22146663	88	2.0	88	92	0	291	30	19	20	29	1.97
22146848--22147216	202	1.8	202	98	0	711	28	15	23	31	1.95
22152270--22152327	5	12.0	5	78	10	50	70	5	0	24	1.07
22152270--22152327	9	6.0	10	73	15	50	70	5	0	24	1.07
22152271--22152327	16	3.6	16	74	13	55	71	5	0	22	1.05
22152270--22152334	13	4.6	14	77	11	62	72	4	0	23	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22159808--22159843	18	1.9	19	88	5	56	13	8	2	75	1.15
22160834--22160871	20	1.9	20	89	10	60	36	5	7	50	1.54
22162807--22162852	19	2.4	19	85	7	58	21	21	10	45	1.82
22166007--22166056	6	8.5	6	74	12	50	80	2	14	4	0.95
22166006--22166039	11	3.0	11	91	4	50	85	2	8	2	0.80
22166005--22166056	18	2.9	18	83	11	63	78	1	15	3	0.98
22166005--22166056	17	2.9	19	77	13	56	78	1	15	3	0.98
22166019--22166056	17	2.2	17	90	4	58	78	0	15	5	0.91
22167341--22167901	50	11.3	50	68	4	238	30	22	21	25	1.99
22167322--22167966	99	6.5	99	87	2	794	29	22	22	25	1.99
22167772--22167928	50	3.1	50	71	7	156	28	20	26	24	1.99
22168026--22168634	40	14.7	40	75	9	452	31	23	20	24	1.98
22168066--22168429	87	4.3	85	74	12	286	32	23	19	24	1.97
22168025--22168595	167	3.4	168	85	5	700	32	23	20	23	1.98
22168026--22168634	82	7.4	82	80	6	599	31	23	20	24	1.98
22170372--22170417	20	2.3	20	81	7	58	28	4	4	63	1.33
22173182--22173243	28	2.2	29	82	8	74	62	1	11	24	1.37
22175497--22175645	72	2.1	72	93	0	253	29	24	20	26	1.99
22179419--22179480	28	2.2	29	82	8	74	62	1	11	24	1.37
22180886--22180934	24	2.0	25	84	7	66	53	4	2	40	1.32
22185572--22185660	45	2.0	45	97	0	169	37	21	12	29	1.90
22187654--22187754	47	2.1	47	100	0	202	41	15	34	7	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22188046--22188179	67	2.0	67	100	0	268	25	19	19	35	1.95
22190479--22190641	82	2.0	82	98	0	317	39	11	5	44	1.63
22190670--22190731	28	2.2	29	82	8	74	62	1	11	24	1.37
22192573--22192697	62	2.0	61	89	4	189	33	9	16	40	1.81
22192833--22192916	32	2.7	32	80	9	93	35	8	4	51	1.53
22193010--22193058	1	49.0	1	100	0	98	0	100	0	0	0.00
22196291--22196512	88	2.5	88	81	5	209	36	18	9	35	1.83
22196322--22196512	88	2.2	87	86	7	271	35	18	10	35	1.86
22196544--22196591	20	2.5	20	83	13	64	60	0	2	37	1.09
22196916--22196993	19	4.2	18	75	8	75	35	3	0	60	1.15
22196912--22196990	10	8.3	10	74	13	60	34	3	0	62	1.14
22196947--22197027	28	2.9	27	75	14	74	35	1	1	61	1.12
22196945--22197008	10	6.6	10	74	13	53	35	1	0	62	1.05
22198707--22198768	28	2.2	29	82	8	74	62	1	11	24	1.37
22198821--22198902	25	3.2	25	61	19	60	41	14	6	37	1.71
22198804--22198903	52	1.9	52	93	0	173	39	13	7	41	1.71
22198810--22198892	28	3.1	27	65	19	66	40	13	6	39	1.69
22198823--22198906	26	3.2	26	65	18	75	41	14	4	39	1.67
22200749--22200873	62	2.0	61	89	4	189	33	9	16	40	1.81
22201009--22201092	32	2.7	32	80	9	93	35	8	4	51	1.53
22201199--22201312	60	1.9	60	92	0	192	35	28	11	25	1.90
22210324--22210381	5	12.0	5	78	10	50	70	5	0	24	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22210324--22210381	9	6.0	10	73	15	50	70	5	0	24	1.07
22210325--22210381	16	3.6	16	74	13	55	71	5	0	22	1.05
22210324--22210388	13	4.6	14	77	11	62	72	4	0	23	1.03
22213281--22213323	16	2.6	16	85	3	59	16	2	0	81	0.79
22213280--22213335	28	2.0	27	86	10	78	17	7	0	75	1.03
22220511--22220650	70	2.0	69	87	6	203	41	15	10	32	1.82
22220681--22220744	20	3.3	19	78	8	58	59	0	1	39	1.07
22220692--22220755	18	3.4	19	80	8	60	53	0	3	43	1.16
22220681--22220748	19	3.5	20	82	11	79	58	0	1	39	1.07
22230263--22231008	72	10.3	72	88	5	1046	31	22	19	26	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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