genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.43.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14461259--14461302	19	2.3	20	80	11	56	65	11	0	22	1.24
14464572--14464637	30	2.2	31	91	2	107	40	1	7	50	1.40
14465386--14465442	29	2.0	29	85	0	78	49	0	3	47	1.18
14467250--14467279	2	15.5	2	93	6	53	46	0	0	53	1.00
14467914--14467965	22	2.4	22	96	0	95	26	3	15	53	1.59
14470981--14471010	6	5.0	6	100	0	60	16	0	0	83	0.65
14474047--14474171	36	3.5	36	98	0	241	31	14	24	29	1.95
14474047--14474175	18	7.2	18	89	0	195	31	14	24	29	1.95
14476910--14476978	16	4.2	16	96	3	129	24	0	37	37	1.56
14476910--14476978	33	2.1	32	97	2	129	24	0	37	37	1.56
14476959--14477049	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
14477214--14477250	19	2.0	19	85	15	51	54	0	0	45	1.00
14477292--14477477	59	3.1	58	69	19	157	51	3	2	42	1.34
14477194--14477483	120	2.4	120	89	3	456	49	4	2	43	1.35
14481167--14481261	45	2.1	45	82	3	120	37	6	9	46	1.62
14482215--14482261	24	1.9	25	82	4	60	42	2	2	53	1.25
14483272--14483328	28	2.0	28	86	0	78	38	3	19	38	1.69
14488368--14488432	33	2.0	33	100	0	130	40	0	16	43	1.49
14490753--14490787	8	4.5	8	89	3	54	37	0	2	60	1.12
14494733--14494773	20	2.0	21	86	13	59	68	0	2	29	1.03
14495262--14495448	43	4.3	43	80	4	182	28	28	15	27	1.96
14496421--14496511	45	2.0	45	97	0	173	30	29	14	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14501898--14501943	23	2.0	22	88	12	67	36	4	10	47	1.58
14512573--14512620	24	2.0	23	88	4	69	12	2	27	58	1.46
14515363--14515442	40	2.0	40	95	0	142	35	23	15	26	1.94
14518418--14518463	24	1.9	24	90	0	74	32	15	30	21	1.94
14519578--14519614	14	2.7	14	80	19	51	21	5	0	72	1.04
14530803--14530878	35	2.2	35	100	0	152	55	11	7	25	1.63
14534920--14534988	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
14534911--14534998	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
14539000--14539034	16	2.2	16	94	0	61	82	0	17	0	0.66
14544133--14544165	17	1.9	17	88	11	50	24	0	6	69	1.10
14549623--14549657	13	2.7	13	95	0	61	20	22	17	40	1.92
14556942--14556996	20	2.7	21	75	8	60	41	1	10	45	1.50
14575793--14575831	8	4.9	8	90	0	51	35	0	12	51	1.40
14576208--14576237	12	2.6	12	94	5	53	63	0	10	26	1.26
14576370--14576403	13	2.5	13	90	9	50	70	2	0	26	1.01
14582768--14582821	28	1.9	28	92	0	90	27	14	31	25	1.95
14583472--14583860	172	2.3	172	87	1	557	35	19	9	35	1.84
14583838--14583908	32	2.3	31	80	9	81	36	14	12	36	1.84
14583974--14584092	3	39.7	3	98	0	229	67	0	31	0	0.97
14584881--14585122	79	3.1	79	98	0	457	30	14	10	44	1.78
14585376--14585437	23	2.7	23	84	0	88	19	8	4	67	1.34
14588030--14588163	66	2.0	66	82	5	164	13	23	20	42	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14596331--14596428	30	3.3	30	72	4	90	27	26	16	29	1.97
14597922--14597969	14	3.4	14	85	0	60	43	6	31	18	1.75
14599804--14599900	30	3.2	29	72	5	95	28	14	26	29	1.95
14602081--14602111	12	2.6	12	100	0	62	25	16	12	45	1.83
14602172--14602221	6	8.2	6	81	16	50	2	20	2	76	0.99
14602161--14602231	37	1.9	37	86	11	101	2	18	2	76	1.04
14602157--14602217	16	3.8	16	77	14	63	3	19	1	75	1.03
14603838--14603934	30	3.2	30	72	2	88	29	14	25	29	1.95
14609437--14609480	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
14610520--14610556	5	7.2	5	96	3	65	0	18	0	81	0.70
14612176--14612239	33	2.0	32	84	9	85	25	20	25	29	1.99
14612176--14612239	32	2.0	33	84	9	87	25	20	25	29	1.99
14620931--14621052	46	2.6	47	84	5	147	26	22	14	36	1.93
14622255--14622298	20	2.1	21	83	8	54	22	18	4	54	1.61
14623705--14623864	42	3.8	42	74	5	133	22	16	27	33	1.95
14631641--14631724	20	4.4	19	73	23	70	59	1	5	33	1.29
14639754--14639873	60	2.0	60	83	6	152	28	25	18	27	1.98
14639754--14639902	60	2.5	60	80	7	151	26	24	20	28	1.99
14639895--14639940	20	2.3	20	82	14	60	28	28	17	26	1.98
14639907--14639950	19	2.2	20	84	4	54	34	25	18	22	1.96
14642229--14642272	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
14643312--14643348	5	7.2	5	96	3	65	0	18	0	81	0.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14644597--14644653	26	2.2	26	83	3	69	36	17	17	28	1.93
14645786--14645818	18	1.9	17	88	11	50	42	12	15	30	1.83
14649753--14649950	98	2.0	98	98	0	378	20	22	15	42	1.89
14649910--14649953	20	2.1	21	83	8	54	22	18	4	54	1.61
14649980--14650108	67	1.9	67	100	0	258	35	4	23	36	1.76
14655239--14655264	8	3.2	8	100	0	52	11	11	11	65	1.48
14656845--14656878	17	2.0	17	94	0	59	47	11	2	38	1.55
14659725--14659761	18	2.1	18	89	0	56	21	24	0	54	1.45
14661466--14661549	20	4.4	19	73	23	70	59	1	5	33	1.29
14667930--14668049	47	2.6	47	97	0	222	28	30	19	21	1.97
14670855--14670905	20	2.5	20	96	0	93	33	11	25	29	1.91
14674621--14674675	19	3.0	17	81	10	56	43	14	0	41	1.45
14676617--14676679	26	2.4	26	86	5	83	28	17	19	34	1.94
14679480--14679515	8	4.5	8	92	0	63	11	22	22	44	1.84
14686142--14686276	68	2.0	68	98	0	261	34	8	17	40	1.80
14691872--14691989	17	6.6	17	81	16	141	38	10	14	37	1.80
14691868--14691989	35	3.4	35	80	15	142	37	9	14	37	1.80
14691864--14691989	54	2.3	54	98	0	243	38	9	15	37	1.80
14691864--14691989	19	6.9	19	84	10	183	38	9	15	37	1.80
14691914--14691998	19	4.4	22	84	13	77	40	8	16	35	1.78
14704124--14704546	78	5.4	78	95	1	740	31	19	24	24	1.98
14704486--14704804	45	7.1	45	80	5	331	31	15	28	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14704486--14704796	89	3.4	90	80	4	324	31	15	28	25	1.96
14704997--14705036	21	1.9	20	85	10	53	70	20	2	7	1.24
14705154--14705244	19	4.9	19	86	8	143	36	12	15	36	1.85
14705537--14705569	16	1.9	18	88	11	52	33	0	0	66	0.92
14707349--14707414	32	2.1	32	91	0	105	33	4	21	40	1.73
14710890--14710920	16	1.9	16	100	0	62	77	0	0	22	0.77
14712596--14712633	9	3.9	10	83	16	53	36	0	60	2	1.11
14712595--14712633	18	2.1	19	90	4	62	38	0	58	2	1.12
14720248--14720316	36	1.9	36	88	5	104	42	17	18	21	1.90
14731327--14731366	14	2.7	15	84	7	55	55	5	0	40	1.22
14733355--14733487	42	3.1	42	70	11	110	27	18	22	31	1.97
14733317--14733479	85	1.9	85	82	5	204	26	20	25	27	1.99
14737903--14737927	6	4.2	6	100	0	50	20	16	16	48	1.82
14743305--14743355	17	3.0	17	75	8	50	3	25	1	68	1.17
14743639--14743696	29	2.0	29	89	0	89	32	36	3	27	1.74
14746707--14746733	5	5.4	5	100	0	54	18	18	18	44	1.87
14754844--14755528	343	2.0	345	85	2	941	34	11	25	27	1.91
14757247--14757273	14	1.9	14	100	0	54	51	3	7	37	1.48
14757551--14757592	19	2.2	19	87	8	59	2	23	0	73	0.94
14758736--14758778	20	2.2	20	83	8	52	67	4	23	4	1.28
14760495--14760598	45	2.3	45	80	3	111	25	20	12	42	1.87
14760531--14760656	45	2.8	46	76	3	139	26	19	10	44	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14775151--14775300	27	5.6	27	82	3	158	29	28	15	27	1.96
14775151--14775299	81	1.8	81	86	2	219	29	28	15	26	1.96
14781645--14781678	13	2.6	13	90	0	50	55	8	26	8	1.59
14782742--14782810	31	2.3	31	82	7	88	27	5	18	47	1.71
14782877--14782972	28	3.4	29	78	8	117	28	9	1	61	1.34
14787114--14787138	13	1.9	13	100	0	50	24	12	0	64	1.27
14787364--14787396	13	2.3	15	90	10	52	54	0	3	42	1.15
14787611--14787737	24	5.2	24	70	14	64	65	7	1	25	1.29
14794046--14794075	10	3.0	10	100	0	60	60	10	10	20	1.57
14794614--14794646	17	1.9	17	93	0	57	57	15	12	15	1.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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