genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27242592--27242742	82	1.9	81	87	4	223	27	15	28	28	1.96
27242588--27242768	82	2.2	81	82	2	220	27	14	28	29	1.96
27250654--27250831	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
27250655--27250810	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
27250651--27250831	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
27250989--27251076	43	2.0	43	100	0	176	34	9	25	31	1.87
27260849--27260908	28	2.1	28	96	0	111	26	10	15	48	1.76
27261725--27261809	33	2.6	32	90	3	125	25	8	29	36	1.85
27267953--27268130	27	6.6	27	83	5	180	28	28	16	26	1.97
27267974--27268129	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
27275151--27275217	34	2.0	34	100	0	134	32	5	23	37	1.79
27275160--27275214	17	3.2	17	68	27	53	30	5	23	40	1.77
27283707--27283857	58	2.5	60	83	11	186	41	1	3	52	1.29
27283707--27283874	59	2.8	59	83	10	200	42	2	3	51	1.32
27284045--27284111	16	4.2	16	78	0	62	28	25	2	43	1.69
27284045--27284111	32	2.1	32	83	5	82	28	25	2	43	1.69
27285514--27285569	27	2.0	28	93	6	96	35	7	10	46	1.66
27289638--27289673	15	2.4	15	90	0	54	58	0	5	36	1.22
27289959--27290008	22	2.3	22	89	0	82	30	30	24	16	1.96
27291290--27291613	48	6.8	48	86	2	375	26	28	16	27	1.97
27294382--27294553	46	3.7	46	78	13	199	27	27	22	21	1.99
27294387--27294557	93	1.8	93	93	0	297	27	28	22	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27294977--27295036	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
27300386--27300482	32	3.0	32	80	4	106	35	22	10	31	1.88
27306779--27306902	32	3.9	32	87	4	119	34	23	12	29	1.91
27306817--27306906	32	2.8	32	93	0	144	37	24	11	26	1.89
27314597--27314621	7	3.6	7	100	0	50	16	0	40	44	1.47
27317308--27317765	231	2.0	230	93	0	781	18	17	33	29	1.95
27330425--27330598	48	3.6	48	83	7	194	28	31	14	25	1.95
27333850--27333881	16	2.0	16	100	0	64	37	6	12	43	1.68
27340469--27340521	25	2.1	25	100	0	106	41	16	11	30	1.84
27344371--27344408	18	2.2	18	86	9	53	68	2	7	21	1.28
27345497--27345533	19	2.0	18	89	5	56	45	0	2	51	1.15
27346881--27346981	44	2.3	44	81	6	107	21	22	21	33	1.97
27347125--27347206	18	4.6	18	82	0	92	35	9	15	39	1.81
27347125--27347204	36	2.2	36	86	0	106	35	10	15	40	1.80
27354378--27354432	27	2.1	26	86	10	76	38	3	3	54	1.36
27354674--27354723	17	3.1	16	74	20	50	46	0	0	54	1.00
27354764--27354793	15	1.9	16	93	6	53	40	3	0	56	1.16
27355538--27355593	15	3.5	16	78	11	53	60	0	1	37	1.07
27357207--27357302	34	2.8	35	78	10	99	33	22	23	19	1.97
27359804--27359893	46	2.0	46	93	4	155	38	12	0	48	1.41
27360819--27360843	6	4.2	6	100	0	50	16	0	16	68	1.22
27364408--27364703	47	6.5	44	73	11	206	29	18	27	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27369894--27370081	49	3.8	49	86	2	268	28	26	18	26	1.98
27369894--27370086	100	1.9	100	95	0	350	28	25	19	26	1.99
27370822--27370864	21	2.0	21	95	0	77	37	23	20	18	1.94
27373259--27373337	31	2.5	31	79	0	86	12	34	30	22	1.92
27379988--27380172	79	2.3	82	83	7	229	24	28	22	24	1.99
27379988--27380172	40	4.7	40	79	11	202	24	28	22	24	1.99
27387491--27387554	19	3.4	19	71	16	69	31	18	0	50	1.48
27387475--27387554	38	2.1	39	95	2	144	31	17	0	51	1.46
27388338--27388522	79	2.3	81	82	9	220	25	27	22	24	2.00
27388338--27388522	40	4.7	40	78	12	202	25	27	22	24	2.00
27392522--27392703	28	6.5	28	96	0	303	26	12	28	32	1.93
27393903--27394477	288	2.0	287	98	0	1105	33	14	23	28	1.94
27399048--27399349	150	2.0	150	98	0	577	31	23	22	21	1.98
27399739--27399897	40	4.0	39	87	4	203	27	28	20	24	1.99
27399756--27399897	40	3.6	40	90	2	216	27	28	18	25	1.98
27401040--27401243	101	2.0	100	99	0	399	31	18	19	30	1.96
27402859--27402915	29	2.0	29	96	0	105	24	15	19	40	1.90
27406663--27406723	24	2.5	24	86	5	79	19	16	29	34	1.94
27417769--27417900	31	4.3	31	90	0	185	32	25	12	29	1.93
27421175--27421287	40	2.7	42	87	5	160	32	27	15	23	1.95
27427442--27427588	43	3.4	43	84	1	179	33	28	14	23	1.94
27430470--27430517	19	2.8	16	82	17	69	45	16	0	37	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27430684--27430746	29	2.2	29	88	0	90	26	22	14	36	1.92
27432093--27432148	28	2.0	28	92	0	94	33	5	25	35	1.79
27432408--27432543	48	2.8	48	85	2	175	30	20	22	26	1.98
27437305--27437344	10	3.4	12	80	19	57	0	47	0	52	1.00
27446724--27446835	27	4.2	27	85	5	138	36	22	23	17	1.95
27446724--27446835	54	2.1	53	89	1	170	36	22	23	17	1.95
27447466--27447543	27	2.9	28	79	12	99	35	20	23	20	1.96
27449744--27450297	47	11.6	47	92	2	754	34	8	28	28	1.87
27449744--27450297	49	11.6	49	91	4	764	34	8	28	28	1.87
27449744--27450297	96	5.8	96	91	4	752	34	8	28	28	1.87
27452216--27452295	27	3.0	27	80	7	99	33	20	25	21	1.97
27452399--27452473	26	2.8	27	82	9	75	30	13	21	34	1.92
27453481--27453568	24	3.7	24	92	0	149	23	40	1	34	1.62
27465062--27465122	30	2.0	30	83	0	77	31	21	8	39	1.82
27468002--27468040	20	2.0	20	89	0	60	48	2	12	35	1.55
27469792--27470107	79	4.0	79	99	0	623	29	17	20	32	1.95
27481795--27481947	43	3.6	42	78	13	136	32	25	17	24	1.97
27481786--27481943	44	3.7	42	75	13	135	31	26	17	24	1.97
27493302--27493523	27	8.3	27	80	7	204	39	20	9	30	1.84
27493312--27493523	54	3.9	54	80	10	238	39	19	9	31	1.84
27493822--27493873	26	2.0	26	88	0	77	17	23	23	36	1.95
27493974--27494030	28	2.0	28	83	6	71	21	26	24	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27504783--27504861	37	2.1	37	86	4	106	25	29	18	26	1.98
27504980--27505353	47	8.1	47	89	4	546	28	30	9	32	1.88
27512331--27512376	23	2.0	23	100	0	92	39	21	13	26	1.90
27516200--27516243	21	2.1	21	91	0	70	43	29	22	4	1.73
27516843--27516880	16	2.4	17	86	13	62	23	10	0	65	1.23
27518505--27518563	6	10.2	6	90	1	77	16	1	3	77	0.98
27520474--27520595	47	2.6	47	96	0	217	36	13	23	25	1.92
27520340--27520546	95	2.2	92	78	9	213	36	19	22	21	1.95
27520582--27520903	55	6.0	54	80	5	319	35	17	24	22	1.95
27520577--27520890	53	5.8	53	80	2	313	34	17	24	22	1.96
27520582--27520888	108	2.8	108	89	0	452	34	17	24	22	1.96
27530074--27530106	17	1.9	17	88	11	50	21	6	0	72	1.05
27530379--27530537	46	3.5	46	66	23	127	45	8	2	42	1.48
27530383--27530568	92	2.0	92	98	0	363	43	11	3	41	1.56
27533788--27534062	149	1.8	150	84	2	374	46	15	8	29	1.75
27534481--27534533	24	2.2	24	96	0	97	54	7	9	28	1.59
27534584--27534625	20	2.1	20	82	8	50	35	9	11	42	1.74
27537999--27538037	20	2.0	20	89	0	60	48	12	2	35	1.55
27540498--27540542	23	2.0	22	82	4	54	55	6	6	31	1.52
27545497--27545582	27	3.2	27	88	0	118	20	20	46	11	1.82
27545497--27545603	27	4.0	27	81	4	117	22	21	42	13	1.87
27545716--27545751	18	1.9	19	94	5	65	69	0	27	2	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27545920--27545977	27	2.1	27	80	0	62	41	1	12	44	1.51
27545934--27545985	27	1.9	27	96	0	95	42	1	15	40	1.58
27547423--27547651	126	1.8	125	90	2	370	39	17	15	27	1.90
27549264--27549299	17	2.3	15	90	9	54	8	0	47	44	1.33
27549588--27550059	85	5.6	85	95	1	797	20	25	23	29	1.99
27549587--27550149	85	6.6	87	92	1	578	21	24	22	31	1.98
27552448--27552488	18	2.2	20	86	8	59	53	0	19	26	1.45
27553002--27553062	24	2.5	24	86	5	79	19	16	29	34	1.94
27555504--27555651	40	3.7	40	94	0	251	31	20	26	21	1.98
27563195--27563322	64	2.0	64	96	0	238	32	10	25	32	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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