genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.254.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82669636--82669672	17	2.1	18	90	5	58	56	2	5	35	1.36
82671932--82671961	15	2.0	15	93	0	51	30	26	13	30	1.94
82677760--82677956	50	3.9	50	80	1	225	25	19	25	29	1.98
82679879--82679912	3	11.7	3	93	6	61	0	29	0	70	0.87
82681844--82681872	3	9.7	3	100	0	58	31	34	0	34	1.58
82681872--82681928	6	10.0	6	81	7	66	0	45	0	54	0.99
82681871--82681924	15	3.4	15	87	10	72	0	44	0	55	0.99
82682619--82682675	25	2.3	25	100	0	114	49	7	3	40	1.47
82691868--82691901	11	3.0	12	87	12	54	41	14	8	35	1.77
82696037--82696076	22	1.9	22	85	10	57	37	17	5	40	1.72
82701907--82701946	19	2.1	19	100	0	80	55	10	20	15	1.68
82702158--82702342	41	4.5	41	88	4	257	30	24	22	21	1.99
82702108--82702342	123	1.9	122	83	6	305	30	23	22	22	1.99
82702922--82702970	24	2.0	24	96	0	89	53	2	4	40	1.32
82703098--82703122	13	1.9	13	100	0	50	48	8	4	40	1.51
82713053--82713104	27	1.9	27	96	0	95	19	36	21	23	1.95
82713080--82713200	43	2.8	43	85	5	172	28	32	15	23	1.95
82717436--82717478	22	2.0	22	100	0	86	32	20	18	27	1.96
82718866--82719025	41	3.9	41	89	0	239	21	23	24	31	1.98
82720720--82720756	20	1.9	19	89	10	58	43	0	5	51	1.24
82720853--82720888	16	2.2	16	90	9	56	52	16	0	30	1.44
82722294--82722447	77	2.0	77	88	0	227	56	7	7	28	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82727985--82728168	90	2.0	90	98	0	359	36	11	10	41	1.76
82728228--82728333	37	3.0	35	72	10	101	53	5	1	38	1.35
82735215--82735245	2	15.5	2	100	0	62	51	48	0	0	1.00
82745762--82745919	43	3.7	42	85	6	160	24	15	25	34	1.95
82745762--82745919	86	1.8	85	81	8	194	24	15	25	34	1.95
82745762--82745944	43	4.3	43	80	9	135	26	15	25	33	1.95
82752033--82752059	7	3.9	7	100	0	54	25	0	0	74	0.83
82756692--82756716	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
82757035--82757093	30	2.0	30	89	0	91	30	13	25	30	1.94
82766398--82766465	29	2.4	28	78	14	68	39	23	4	32	1.75
82767133--82767285	47	3.3	46	74	14	136	28	18	29	24	1.98
82771720--82772006	97	3.0	97	100	0	574	51	7	15	25	1.69
82772069--82772136	30	2.2	30	82	17	79	52	2	0	44	1.16
82772376--82773037	332	2.0	332	98	0	1288	40	3	20	35	1.71
82778871--82779125	55	4.8	53	75	12	213	35	16	25	22	1.94
82778878--82779080	108	1.9	110	84	4	277	33	16	25	24	1.96
82779318--82779348	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
82786646--82786785	55	2.6	53	78	10	149	35	17	23	23	1.95
82790432--82790473	20	2.1	20	100	0	84	33	14	14	38	1.86
82791505--82792025	49	10.9	48	71	10	277	27	18	30	24	1.98
82791470--82791634	46	3.5	46	82	6	163	29	18	27	23	1.98
82791465--82792026	146	3.9	146	80	7	561	27	18	29	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82800107--82800153	24	2.0	23	84	16	60	34	0	6	59	1.23
82801169--82801193	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
82802875--82803058	50	3.8	50	78	6	146	28	19	28	23	1.98
82802895--82803058	50	3.3	50	81	5	167	26	19	29	25	1.99
82805299--82805360	21	3.0	21	82	0	79	16	17	14	51	1.76
82805328--82805393	21	3.1	21	75	0	69	19	22	13	43	1.86
82816324--82816501	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
82816345--82816500	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
82818854--82818888	17	2.1	18	89	10	56	31	2	0	65	1.07
82819001--82819037	18	2.0	19	94	5	67	27	8	32	32	1.86
82829196--82829220	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
82829770--82829947	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
82829771--82829926	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
82829767--82829947	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
82829852--82829958	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
82837954--82838131	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
82837955--82838110	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
82837951--82838131	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
82841132--82841170	19	2.1	19	95	0	69	15	17	10	56	1.66
82842087--82842140	24	2.2	26	83	6	67	33	3	1	61	1.25
82842205--82842267	27	2.4	26	78	2	72	31	6	1	60	1.31
82842306--82842331	12	2.2	12	100	0	52	15	0	15	69	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82842321--82842377	23	2.3	24	85	8	71	29	7	1	61	1.32
82842502--82842653	26	6.0	25	73	11	105	26	8	3	61	1.40
82842538--82842655	25	4.7	26	71	17	79	27	6	2	63	1.32
82843109--82843340	127	1.8	127	81	9	294	30	14	17	37	1.90
82848352--82848447	50	1.9	50	86	0	138	44	15	30	9	1.78
82849559--82849682	64	1.9	64	95	0	221	31	19	14	34	1.92
82849758--82849892	44	3.1	44	67	12	116	31	22	26	19	1.97
82849768--82849960	86	2.2	86	83	4	226	32	20	25	21	1.97
82849899--82850153	131	1.9	131	89	1	395	30	21	21	26	1.98
82849898--82850195	131	2.3	131	84	3	350	30	20	20	27	1.98
82849898--82850233	131	2.6	130	82	4	329	30	21	20	27	1.98
82850288--82850421	44	3.1	42	68	15	94	28	21	23	26	1.99
82850177--82850588	88	4.7	88	82	2	490	26	24	21	26	1.99
82850181--82850610	176	2.5	173	86	1	565	27	23	22	26	2.00
82850657--82850909	44	5.6	45	74	11	203	31	18	21	28	1.97
82850660--82851058	139	2.9	138	87	5	526	31	18	22	27	1.97
82850530--82851277	44	16.6	45	67	14	197	31	18	22	28	1.97
82851320--82851521	44	4.6	45	71	10	148	27	20	24	26	1.99
82851140--82851432	159	1.8	159	80	2	356	30	20	23	25	1.98
82852156--82852194	19	2.1	19	100	0	78	15	20	10	53	1.70
82853111--82853164	24	2.2	26	83	6	67	33	3	1	61	1.25
82853229--82853291	27	2.4	26	78	2	72	31	6	1	60	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82853330--82853355	12	2.2	12	100	0	52	15	0	15	69	1.20
82853345--82853401	23	2.3	24	85	8	71	29	7	1	61	1.32
82853460--82853600	27	5.6	27	72	18	83	29	4	4	60	1.38
82853460--82853677	26	8.6	25	69	15	110	27	6	4	61	1.42
82853562--82853679	25	4.7	26	71	17	79	27	6	2	63	1.32
82857594--82857625	15	2.1	15	94	0	55	68	9	6	15	1.36
82860585--82860737	41	3.8	41	87	6	213	35	20	25	18	1.95
82860739--82860876	48	2.8	47	74	12	127	48	28	1	21	1.59
82861707--82861737	6	5.2	6	92	0	53	0	51	0	48	1.00
82862377--82862415	7	5.6	7	100	0	78	61	0	12	25	1.31
82862376--82862436	14	4.3	14	82	10	70	67	0	8	24	1.18
82862376--82862452	7	10.6	7	79	12	57	64	3	6	24	1.34
82862373--82862436	21	3.0	22	77	11	78	67	0	7	25	1.17
82862504--82862539	18	2.1	18	89	5	56	72	2	0	25	0.98
82867721--82867901	43	4.2	43	68	13	104	29	20	18	30	1.97
82869713--82869780	24	2.8	24	97	0	127	45	20	5	27	1.74
82871703--82871758	28	2.0	28	82	6	69	58	0	0	41	0.98
82872227--82872265	9	4.2	9	83	6	51	25	2	0	71	0.98
82883912--82884174	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
82883951--82884209	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
82891915--82892206	40	7.3	40	92	3	412	26	21	27	24	1.99
82891863--82892239	80	4.7	80	83	7	238	26	21	27	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82894150--82894216	5	12.6	5	79	17	57	20	2	0	76	0.92
82894148--82894216	11	6.4	11	69	21	56	21	2	0	75	0.93
82899310--82899360	26	2.0	26	100	0	102	54	11	17	15	1.70
82899511--82899857	173	2.0	173	100	0	694	29	19	8	42	1.80
82900355--82900556	99	2.0	99	86	1	280	29	12	24	33	1.93
82901221--82901259	10	3.9	10	80	12	53	20	7	2	69	1.26
82902220--82902297	38	2.1	38	97	0	147	39	23	2	34	1.68
82905741--82905798	28	2.1	28	100	0	116	22	34	3	39	1.71
82907238--82907581	172	2.0	172	100	0	688	37	19	14	28	1.91
82908220--82908271	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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