genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.45.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   

This is table  45  of  279  ( 33431 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15082997--15083076	22	3.3	23	80	14	90	42	20	0	37	1.52
15087818--15087934	62	1.9	61	86	5	166	49	4	3	42	1.39
15087913--15087961	20	2.7	18	77	22	57	51	4	2	42	1.32
15088285--15088661	94	4.0	94	97	0	700	35	14	6	44	1.70
15090320--15090439	57	2.1	58	85	1	161	48	5	17	28	1.70
15091742--15091792	21	2.4	21	86	0	66	39	15	27	17	1.90
15099542--15099573	15	2.1	15	100	0	64	18	12	28	40	1.87
15102478--15102519	23	1.9	21	85	9	57	35	30	0	33	1.58
15102972--15103015	19	2.2	21	88	8	65	43	15	27	13	1.85
15106215--15106249	18	1.9	18	88	0	52	42	2	5	48	1.41
15110923--15110965	23	1.9	22	85	4	59	34	2	4	58	1.32
15111929--15112009	41	2.0	42	97	2	155	65	6	4	23	1.35
15111936--15112003	22	3.2	22	68	19	72	63	5	5	25	1.40
15112616--15112643	6	4.7	6	100	0	56	14	0	0	85	0.59
15115645--15115711	29	2.3	29	97	0	125	23	37	22	16	1.94
15116424--15116903	105	4.6	105	96	1	811	25	22	16	36	1.95
15120753--15121018	56	4.8	56	88	0	406	33	7	15	44	1.74
15120754--15121018	112	2.4	112	100	0	530	33	7	14	44	1.74
15123746--15124002	39	6.6	39	90	1	390	14	25	22	38	1.91
15127914--15127959	24	1.9	24	86	0	65	36	4	10	47	1.58
15129881--15129926	24	1.9	24	95	0	83	36	2	8	52	1.45
15136004--15136104	52	1.9	52	89	0	157	16	16	16	49	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15137599--15137631	5	6.8	5	89	6	50	45	0	0	54	0.99
15137599--15137628	9	3.2	9	95	4	51	46	0	0	53	1.00
15137602--15137631	14	2.1	14	93	0	51	43	0	0	56	0.99
15137599--15137635	19	1.9	19	88	0	56	45	0	2	51	1.15
15137820--15137844	13	1.9	13	100	0	50	48	12	8	32	1.69
15146230--15146255	13	2.0	13	100	0	52	7	38	30	23	1.83
15147627--15147668	22	1.9	22	90	0	66	19	14	40	26	1.89
15180972--15181106	65	2.1	66	87	1	191	22	20	25	31	1.98
15181133--15181428	73	3.9	74	88	6	409	27	18	22	31	1.97
15181341--15181934	90	6.6	90	99	0	1154	25	19	19	35	1.95
15181898--15182093	54	3.6	55	93	2	317	29	13	18	38	1.90
15182261--15182579	74	4.3	74	96	2	561	26	16	20	35	1.94
15182598--15182739	54	2.6	54	92	0	230	30	14	17	37	1.89
15182789--15182953	58	2.9	56	89	5	242	30	13	16	39	1.87
15185109--15185178	9	7.7	9	73	23	58	35	2	8	52	1.47
15188130--15188158	14	2.0	15	93	6	51	68	3	6	20	1.27
15189916--15190461	94	5.8	93	89	1	675	28	22	17	32	1.96
15189810--15190070	144	1.8	144	80	1	317	29	23	15	31	1.96
15190291--15190605	144	2.2	142	83	8	395	28	21	19	30	1.98
15190226--15190686	238	1.9	238	83	4	599	26	22	18	31	1.97
15190009--15190686	50	14.3	49	67	18	269	27	22	17	31	1.97
15190485--15190651	44	3.7	44	74	16	160	28	18	20	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15190435--15190707	94	2.9	94	81	3	289	28	21	19	30	1.98
15202842--15202884	5	8.6	5	94	0	68	16	0	4	79	0.90
15211047--15211084	5	7.6	5	93	0	67	18	0	2	78	0.86
15216203--15216254	21	2.5	21	100	0	104	28	26	21	23	1.99
15216904--15217017	59	2.0	56	84	8	149	36	12	12	38	1.80
15222077--15222118	21	2.0	21	100	0	84	33	28	9	28	1.88
15226391--15226562	93	1.8	93	92	2	292	28	28	20	22	1.99
15226384--15226559	46	3.8	46	77	14	191	29	28	20	21	1.98
15234188--15234245	30	1.9	30	82	10	73	60	10	5	24	1.49
15237443--15237528	41	2.1	40	82	2	100	63	10	4	20	1.43
15237515--15237579	28	2.3	27	76	7	67	63	0	7	29	1.22
15238861--15239009	37	4.0	37	100	0	298	51	5	2	40	1.39
15239243--15239291	21	2.3	21	80	13	55	38	2	2	57	1.22
15241327--15241610	142	2.0	142	96	0	523	37	3	20	38	1.71
15244236--15244455	46	4.7	45	79	8	183	21	29	19	29	1.98
15244284--15244458	94	1.9	92	85	4	244	21	28	20	29	1.98
15256526--15256570	22	2.0	22	100	0	90	26	26	4	42	1.74
15265524--15265690	43	3.9	42	77	9	153	30	25	16	27	1.97
15281742--15281772	12	2.6	12	100	0	62	12	32	35	19	1.90
15282877--15283033	43	3.7	42	84	9	169	33	26	14	25	1.95
15283592--15283648	27	2.1	27	100	0	114	50	22	3	22	1.64
15285076--15285146	30	2.4	30	82	0	88	15	29	26	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15294238--15294269	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
15296019--15296056	20	1.9	20	100	0	76	42	2	10	44	1.52
15297176--15297239	31	2.0	33	82	8	80	34	6	0	59	1.23
15297848--15297885	16	2.5	16	87	8	53	36	0	0	63	0.95
15298783--15298814	9	3.7	9	95	4	57	46	6	0	46	1.27
15299366--15299421	22	2.6	22	86	8	71	53	1	5	39	1.34
15300043--15300079	19	2.1	19	90	10	60	62	2	0	35	1.10
15305072--15305169	18	5.5	18	86	4	137	36	12	11	39	1.78
15305072--15305178	35	3.0	35	93	4	169	37	13	10	39	1.78
15305564--15306589	84	12.2	84	97	0	1898	26	19	20	33	1.96
15306513--15307112	119	5.0	119	93	0	993	30	18	17	33	1.94
15307098--15307292	44	4.4	44	71	11	157	26	24	16	32	1.96
15308155--15308241	21	4.5	20	76	15	85	1	14	0	83	0.70
15308155--15308226	21	3.4	20	85	11	90	1	13	0	84	0.68
15308155--15308240	22	3.9	22	87	7	113	1	15	0	83	0.70
15311134--15311219	43	2.0	43	97	0	163	34	11	22	31	1.90
15314229--15314310	18	4.6	18	90	4	130	35	12	13	39	1.82
15314229--15314310	35	2.3	36	91	4	130	35	12	13	39	1.82
15314116--15314471	196	1.8	196	98	0	685	37	18	12	31	1.88
15314425--15314479	18	2.9	19	91	5	94	36	14	10	38	1.81
15322944--15322993	5	9.6	5	95	4	82	18	0	0	82	0.68
15323126--15323163	5	7.6	5	88	11	60	18	0	0	81	0.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15325921--15325983	30	2.1	30	96	0	117	57	12	3	26	1.51
15345353--15345398	11	4.4	11	81	8	51	28	26	0	45	1.54
15345353--15345394	22	1.9	22	90	9	68	26	28	0	45	1.54
15345352--15345398	20	2.2	21	82	17	62	27	27	0	44	1.55
15346580--15346618	7	5.6	7	87	0	60	28	0	12	58	1.34
15347209--15347249	18	2.3	18	86	0	55	19	29	7	43	1.78
15347505--15347551	21	2.2	21	84	0	58	29	40	23	6	1.79
15347655--15348028	129	2.9	130	93	2	612	34	4	4	55	1.41
15347890--15347934	17	2.8	17	74	19	51	31	0	0	68	0.89
15355917--15355951	17	2.1	17	100	0	70	17	40	20	22	1.92
15356367--15356453	30	2.9	29	70	10	68	40	4	20	34	1.73
15356351--15356501	60	2.5	60	82	1	176	43	3	15	37	1.64
15357728--15357759	16	2.0	16	100	0	64	31	12	25	31	1.92
15370171--15370319	31	4.8	31	93	0	244	26	19	28	26	1.99
15370372--15370498	49	2.8	48	87	9	167	29	14	26	29	1.95
15370433--15370530	42	2.3	42	87	3	135	31	14	26	27	1.95
15380195--15380238	19	2.3	19	88	0	61	43	2	2	52	1.26
15380947--15381004	23	2.5	23	77	0	62	31	3	12	53	1.54
15392975--15393021	19	2.4	19	82	3	58	40	2	6	51	1.39
15406477--15406507	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
15406474--15406513	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
15406704--15406958	55	4.8	53	81	7	227	21	25	17	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15406751--15406948	108	1.8	110	89	4	312	23	25	17	34	1.96
15414052--15414082	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
15414049--15414088	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
15414279--15414498	49	4.2	50	75	15	176	22	24	16	36	1.94
15414279--15414498	53	4.2	54	79	10	224	22	24	16	36	1.94
15414621--15414752	53	2.5	53	81	5	149	22	24	18	34	1.96
15414982--15415353	186	2.0	186	98	0	717	27	22	10	38	1.87
15415416--15415533	58	2.0	58	98	0	227	33	13	14	38	1.85
15421587--15421641	25	2.3	25	77	20	64	43	1	18	36	1.61
15422064--15422101	19	2.1	19	90	9	62	76	0	23	0	0.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279