genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29676331--29676379	21	2.3	21	82	0	53	40	4	24	30	1.74
29678421--29678563	69	2.1	69	90	0	223	36	9	36	17	1.83
29683129--29683180	16	3.4	16	82	17	74	51	1	0	46	1.12
29683195--29683225	16	1.9	16	100	0	62	61	0	0	38	0.96
29683264--29683320	15	3.5	15	73	17	60	50	1	0	47	1.11
29683555--29683631	39	2.0	39	84	0	100	28	7	22	41	1.81
29688705--29688729	13	1.9	13	100	0	50	8	32	36	24	1.84
29694742--29694788	23	2.0	23	100	0	94	27	25	0	46	1.53
29703212--29703320	42	2.6	42	83	4	130	25	17	24	32	1.97
29703212--29703331	43	2.8	43	82	3	136	25	17	25	31	1.97
29709762--29709805	18	2.4	18	92	0	70	22	18	47	11	1.80
29710186--29710230	23	1.9	24	86	4	65	20	2	51	26	1.59
29717429--29717473	19	2.5	18	86	13	58	44	11	8	35	1.71
29719730--29719811	39	2.1	39	97	0	155	47	12	10	29	1.75
29720195--29720276	38	2.2	38	84	0	101	41	23	19	15	1.90
29721888--29721985	40	2.5	38	75	6	115	34	34	14	16	1.89
29723914--29723978	34	1.9	33	82	14	80	20	26	21	32	1.97
29727805--29727851	21	2.2	21	82	14	53	23	2	2	72	1.06
29727796--29727867	28	2.5	28	82	11	74	19	2	4	73	1.12
29732591--29732629	18	2.2	18	86	9	53	15	25	41	17	1.89
29735098--29735182	34	2.5	34	82	0	107	23	12	29	34	1.92
29736495--29736535	21	2.0	21	85	0	55	41	7	9	41	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29738293--29738366	31	2.4	31	90	0	121	17	2	43	36	1.64
29738415--29738453	19	2.1	19	85	9	53	5	17	0	76	0.96
29742043--29742098	28	2.0	28	82	0	67	32	8	0	58	1.29
29742149--29742213	14	4.6	14	74	11	53	33	3	0	63	1.10
29743246--29743371	45	2.8	45	87	2	191	26	29	23	20	1.99
29743364--29743572	38	5.5	38	90	0	292	33	25	20	20	1.97
29743869--29744003	43	3.1	44	83	6	184	28	29	17	24	1.97
29747144--29747184	18	2.3	18	91	0	64	34	9	0	56	1.32
29747150--29747193	18	2.6	17	85	7	54	36	9	0	54	1.32
29747221--29747280	27	2.4	25	81	15	63	30	5	0	65	1.14
29747291--29747351	21	2.8	22	79	16	65	29	4	0	65	1.13
29749245--29749324	33	2.4	32	77	6	88	38	15	20	26	1.91
29750185--29750287	37	2.8	37	77	5	118	36	7	17	37	1.79
29750188--29750305	37	3.2	37	76	2	112	39	6	17	35	1.77
29753476--29753522	22	2.2	21	84	3	58	36	21	8	34	1.84
29753493--29753535	19	2.2	19	87	8	59	32	18	11	37	1.87
29753870--29753905	16	2.2	16	95	0	63	52	5	2	38	1.39
29757197--29757264	25	2.7	25	79	4	75	19	23	23	33	1.97
29765515--29765738	27	8.3	27	86	3	270	36	18	20	24	1.95
29765513--29765738	109	2.1	108	90	0	362	36	18	20	23	1.95
29765930--29766108	67	2.7	67	93	0	295	20	26	20	31	1.98
29766109--29766168	27	2.3	27	85	2	77	25	23	16	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29766287--29766374	6	14.3	6	75	17	83	18	18	15	47	1.83
29766287--29766365	31	2.5	31	93	0	131	17	18	15	48	1.82
29769835--29769869	18	1.9	18	88	0	52	57	11	0	31	1.34
29770584--29770655	36	2.1	35	87	10	105	26	16	5	51	1.66
29776968--29777015	23	2.1	23	100	0	96	27	16	4	52	1.62
29784030--29784235	103	2.0	103	97	1	387	26	35	16	21	1.94
29787461--29787568	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
29793684--29793791	26	4.2	26	92	0	180	32	6	24	37	1.81
29801440--29801547	26	4.2	26	92	0	180	32	6	24	37	1.81
29804899--29804941	20	2.2	20	83	8	52	39	0	9	51	1.34
29805320--29805353	12	2.8	12	83	16	52	41	0	5	52	1.25
29806417--29806450	16	2.1	16	89	10	52	55	0	8	35	1.31
29806905--29806968	18	3.6	18	80	0	83	39	10	12	37	1.78
29806838--29806954	62	1.9	62	82	3	146	34	10	13	41	1.78
29806895--29806977	36	2.3	36	87	0	112	38	8	13	39	1.75
29811649--29811708	30	2.0	30	100	0	120	36	13	13	36	1.84
29814631--29814703	37	2.0	37	83	0	92	46	21	13	17	1.83
29815303--29815372	25	2.8	26	69	26	60	51	11	4	32	1.57
29820710--29820887	47	3.8	46	84	5	207	32	26	19	20	1.97
29825351--29825485	67	2.0	67	94	0	234	28	31	19	21	1.97
29828597--29828698	28	3.7	28	92	2	170	27	34	14	23	1.94
29830291--29830322	14	2.4	13	90	10	55	75	0	0	25	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29834598--29834635	20	2.0	20	84	5	51	36	7	21	34	1.82
29837166--29837214	23	2.2	23	88	3	73	24	18	22	34	1.96
29837175--29837277	24	4.4	22	75	14	66	29	22	16	32	1.96
29839565--29839621	30	1.9	30	85	0	78	19	28	29	22	1.98
29842947--29843042	26	3.8	25	82	8	97	29	22	20	27	1.99
29843056--29843219	81	2.0	81	98	0	319	22	16	32	28	1.96
29843343--29843426	31	2.7	31	90	1	134	30	19	27	22	1.98
29844845--29845002	27	5.9	27	84	3	183	29	20	8	41	1.81
29844845--29845002	81	2.0	81	88	2	237	29	20	8	41	1.81
29844899--29845194	54	5.4	54	79	6	168	36	19	9	34	1.84
29844818--29845012	81	2.4	80	81	3	230	32	21	7	38	1.81
29844987--29845145	81	2.0	80	81	7	187	40	19	9	30	1.83
29844982--29845126	27	5.3	27	82	8	170	37	21	8	31	1.84
29844993--29845146	27	5.7	26	81	10	118	41	20	8	29	1.82
29845158--29845209	27	1.9	27	88	7	79	40	13	11	34	1.81
29845250--29845327	27	2.9	27	77	11	88	35	21	20	21	1.96
29845948--29845996	25	2.0	25	95	0	89	26	20	16	36	1.93
29846025--29846101	20	4.0	20	83	8	97	38	7	18	35	1.79
29846027--29846101	9	7.6	10	69	16	50	40	8	17	34	1.79
29846150--29846324	26	6.8	26	90	0	264	26	23	23	26	2.00
29846150--29846324	52	3.4	52	96	1	318	26	23	23	26	2.00
29846469--29846560	42	2.2	42	92	0	148	29	14	21	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29846584--29846698	31	3.7	31	95	1	205	28	17	25	28	1.97
29847392--29847557	27	6.1	27	86	0	197	28	19	9	42	1.82
29847393--29847552	81	2.0	81	86	2	223	28	20	8	43	1.80
29847549--29847685	27	5.1	27	73	9	100	37	22	11	28	1.89
29847589--29847701	27	4.2	27	80	6	113	40	20	7	30	1.81
29847589--29847798	54	3.9	55	78	7	169	39	19	9	32	1.83
29847642--29847771	27	4.8	28	80	12	137	42	18	6	32	1.77
29849467--29849491	6	4.2	6	100	0	50	52	0	48	0	1.00
29863474--29863651	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
29863495--29863650	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
29866372--29866417	21	2.2	21	100	0	92	39	4	28	28	1.76
29866854--29866886	16	2.0	17	88	5	50	36	0	18	45	1.49
29867014--29867112	24	4.2	23	78	17	89	27	22	18	32	1.97
29868458--29868494	14	2.6	15	83	12	51	18	2	8	70	1.25
29868508--29868553	12	3.8	13	75	13	53	0	19	2	78	0.86
29869082--29869193	59	1.9	59	92	0	188	23	15	32	29	1.95
29878122--29878175	23	2.3	24	78	9	58	29	1	16	51	1.55
29880905--29881127	69	3.2	69	82	3	261	34	8	35	20	1.84
29887706--29887743	18	2.1	18	100	0	76	42	0	10	47	1.38
29890443--29890623	86	2.1	86	98	1	355	40	4	7	47	1.52
29890690--29890894	51	4.0	51	98	1	387	45	18	7	28	1.77
29890840--29890950	33	3.4	34	82	10	115	43	17	8	31	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29893971--29894593	120	5.2	120	99	0	1201	43	1	5	48	1.38
29894422--29894456	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
29894542--29894576	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
29894741--29894831	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
29894812--29894880	16	4.2	16	92	3	120	36	37	1	24	1.65
29894812--29894880	33	2.1	32	94	2	120	36	37	1	24	1.65
29894947--29895015	34	2.0	34	83	5	86	37	1	18	42	1.60
29894994--29895045	22	2.4	22	90	0	77	42	0	17	40	1.49
29895031--29895080	22	2.3	22	86	3	66	28	0	18	54	1.44
29895055--29895123	34	2.0	34	86	5	95	37	0	17	44	1.49

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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