genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.230.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75330494--75330536	18	2.4	18	100	0	86	44	30	9	16	1.79
75338538--75338682	40	3.6	40	81	4	175	26	24	26	23	2.00
75340444--75341315	58	15.0	58	99	0	1735	37	5	6	50	1.52
75340461--75341301	19	43.6	18	61	23	100	38	4	6	50	1.51
75342504--75342559	28	2.0	28	92	0	94	33	21	10	33	1.88
75343911--75343967	25	2.2	25	79	14	62	59	1	5	33	1.30
75344686--75344732	22	2.2	20	85	14	60	53	0	2	44	1.12
75347344--75347419	37	2.1	37	83	14	95	43	23	7	25	1.80
75365376--75365487	27	4.1	27	78	18	108	35	21	23	19	1.96
75369393--75369510	40	3.0	40	91	0	182	33	29	16	20	1.95
75377278--75378235	40	24.0	40	99	0	1844	27	31	17	22	1.97
75380967--75381046	27	2.9	27	84	1	106	37	17	23	21	1.94
75395902--75395969	27	2.5	27	85	0	91	36	16	22	25	1.94
75400355--75400543	55	3.5	54	75	2	182	19	23	19	38	1.93
75406425--75406610	55	3.5	52	75	10	151	18	24	19	37	1.94
75406413--75406621	54	3.9	53	74	6	179	19	23	19	37	1.94
75421863--75422024	42	3.8	43	70	11	129	26	15	27	30	1.96
75424299--75424483	40	4.7	40	81	5	187	25	28	21	24	1.99
75424415--75424492	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
75431518--75431807	40	7.3	40	95	0	465	26	29	20	23	1.99
75431518--75431860	120	2.9	120	88	3	424	26	28	20	23	1.99
75431792--75431869	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75433378--75433595	48	4.5	48	74	8	169	22	27	19	29	1.98
75433470--75433595	47	2.7	46	80	10	148	23	29	19	28	1.98
75442884--75443003	45	2.6	48	81	10	142	23	30	18	27	1.97
75454662--75454704	21	2.0	21	100	0	86	46	6	23	23	1.76
75459486--75459589	18	5.8	17	67	17	52	66	0	23	9	1.27
75459886--75460109	112	2.0	112	97	0	421	29	14	18	38	1.90
75462456--75462494	18	2.1	19	85	4	53	7	23	2	66	1.30
75462458--75462561	48	2.2	49	79	8	115	12	27	0	58	1.40
75462512--75462561	18	2.8	18	87	0	73	14	28	0	58	1.37
75462487--75462568	24	3.4	24	77	0	101	12	26	0	60	1.31
75465990--75466027	10	3.8	10	83	13	51	28	31	18	21	1.97
75465989--75466026	20	1.9	20	94	0	67	28	34	18	18	1.95
75468573--75468694	44	2.9	42	79	6	129	24	18	22	33	1.97
75468573--75468713	44	3.3	43	79	9	110	26	17	21	34	1.96
75470095--75470235	44	3.3	43	79	9	110	26	17	21	34	1.96
75479824--75480773	522	1.8	523	85	6	1312	34	14	23	27	1.94
75482785--75482993	47	4.4	47	89	2	301	32	9	30	27	1.88
75483112--75483190	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
75485044--75485186	43	3.3	43	96	0	268	22	16	34	26	1.95
75487491--75487608	40	3.0	40	89	2	166	27	19	28	24	1.99
75487543--75487741	40	5.0	40	77	8	156	23	21	29	25	1.99
75491281--75491528	47	5.2	48	85	4	333	32	8	30	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75491284--75491528	96	2.6	96	90	1	377	32	8	30	28	1.87
75492556--75492940	192	2.0	192	99	0	761	28	19	22	29	1.98
75499826--75499895	25	2.8	25	88	0	95	27	17	24	31	1.97
75499818--75499895	25	3.2	24	83	7	86	26	16	21	34	1.95
75500099--75500365	27	10.1	27	89	4	339	23	20	20	35	1.96
75500123--75500350	76	2.9	76	84	6	323	22	21	20	35	1.96
75500099--75500361	103	2.5	104	85	3	341	23	20	20	35	1.96
75500406--75500544	27	5.2	27	88	1	208	31	8	20	39	1.83
75500390--75500544	54	2.9	53	85	2	211	32	9	18	39	1.82
75500495--75500760	81	3.3	81	82	2	320	39	6	21	31	1.79
75500521--75500760	54	4.4	54	86	0	327	40	6	21	31	1.78
75500495--75500787	27	10.9	27	83	0	282	38	7	21	32	1.81
75500656--75500907	27	9.4	27	78	8	167	32	9	21	36	1.86
75500551--75500912	81	4.5	81	80	5	268	36	7	20	35	1.81
75500738--75500912	79	2.2	81	89	3	264	29	9	21	39	1.85
75503253--75503341	25	3.6	25	93	0	151	26	22	22	28	1.99
75503246--75503341	50	1.9	51	93	2	167	29	21	21	27	1.99
75503544--75503759	27	8.0	27	86	2	263	24	21	20	33	1.97
75503763--75503849	27	3.2	27	78	3	95	31	8	18	42	1.79
75503817--75503892	38	2.0	38	82	5	91	39	9	11	39	1.74
75503855--75503954	27	3.7	27	91	0	155	34	10	19	37	1.85
75503934--75504332	27	14.8	27	83	0	312	42	7	20	29	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75503931--75504332	54	7.4	54	84	1	383	42	7	21	29	1.80
75503951--75504332	108	3.5	108	91	2	570	42	7	21	29	1.79
75504343--75504481	27	5.2	26	80	8	163	28	10	20	39	1.86
75504294--75504488	81	2.4	83	85	5	263	30	11	21	36	1.88
75504343--75504481	54	2.6	53	81	10	183	28	10	20	39	1.86
75507810--75507858	23	2.3	21	80	20	57	65	0	6	28	1.16
75507826--75507855	14	2.1	15	93	6	53	66	0	6	26	1.16
75507894--75508058	4	41.8	4	70	12	92	70	2	6	20	1.21
75507957--75508060	41	2.5	42	86	6	133	71	2	6	19	1.22
75509272--75509300	13	2.1	14	93	6	51	20	6	13	58	1.58
75510731--75510789	30	2.0	30	82	0	73	44	8	23	23	1.81
75523206--75523239	2	17.0	2	93	0	59	52	0	47	0	1.00
75529578--75529729	27	5.6	27	91	3	223	27	13	28	29	1.94
75529575--75529729	55	2.8	55	92	0	238	27	14	29	29	1.95
75537691--75537842	27	5.6	27	91	3	223	27	13	28	29	1.94
75537688--75537842	55	2.8	55	92	0	238	27	14	29	29	1.95
75541088--75541184	50	1.9	50	95	0	176	28	22	18	29	1.97
75543682--75543738	26	2.2	26	93	0	96	35	24	7	33	1.82
75550718--75550826	26	4.2	26	90	0	164	35	22	6	35	1.80
75552890--75552950	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
75554771--75554843	36	2.0	36	100	0	146	31	19	16	32	1.94
75557370--75557430	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75559699--75559749	19	2.8	18	77	13	59	60	0	0	39	0.97
75562976--75563014	19	2.1	18	85	4	51	66	7	2	23	1.30
75565753--75566083	159	2.1	159	90	2	522	28	25	20	25	1.99
75567481--75567562	43	1.9	43	89	0	128	34	28	15	21	1.95
75572617--75572775	44	3.7	43	76	16	159	23	18	27	30	1.97
75572617--75572775	43	3.7	43	75	13	157	23	18	27	30	1.97
75578204--75578233	10	3.0	10	90	0	51	56	3	0	40	1.16
75579338--75580078	371	2.0	370	97	0	1401	26	19	19	34	1.96
75586593--75586632	14	2.8	14	88	11	55	75	0	17	7	1.03
75586593--75586632	15	2.7	16	88	11	59	75	0	17	7	1.03
75586632--75586659	14	2.0	14	100	0	56	42	0	35	21	1.53
75594440--75594610	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
75594432--75594607	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
75599234--75599280	19	2.5	19	92	0	85	10	36	23	29	1.89
75600824--75600906	43	1.9	43	90	0	130	31	31	18	19	1.95
75619955--75620060	25	4.3	25	69	7	90	31	17	29	21	1.97
75620006--75620159	24	6.3	24	67	12	89	35	19	25	20	1.96
75619949--75620133	74	2.5	74	90	3	277	34	17	26	22	1.96
75620130--75620212	25	3.4	25	79	14	84	33	19	25	21	1.97
75620074--75620249	74	2.4	75	77	4	171	36	18	23	21	1.95
75626748--75626778	9	3.6	9	95	4	55	54	0	0	45	0.99
75627803--75627847	23	2.0	23	82	8	56	53	4	2	40	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75648177--75648202	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
75649854--75649919	21	3.1	21	65	16	55	21	13	36	28	1.91
75652072--75652101	5	6.0	5	100	0	60	60	0	0	40	0.97
75653534--75653627	38	2.5	37	81	3	109	25	7	25	41	1.81
75654554--75654648	46	2.1	46	100	0	190	42	13	8	35	1.75
75654883--75654923	20	2.0	20	100	0	82	34	19	9	36	1.85
75658487--75658536	26	1.9	26	95	0	91	18	18	24	40	1.91
75676438--75676754	46	6.7	47	74	13	192	23	29	19	27	1.98
75678223--75678281	27	2.2	27	87	0	82	35	3	8	52	1.49
75679361--75679400	21	1.9	21	89	0	62	17	32	32	17	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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