genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.26.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8449274--8449380	41	2.6	41	73	11	101	21	24	22	31	1.98
8450312--8450353	7	5.9	7	89	10	59	0	14	0	85	0.59
8450312--8450362	15	3.2	16	86	10	70	1	13	0	84	0.71
8450313--8450386	23	3.4	21	79	15	80	4	12	0	83	0.77
8450312--8450383	22	3.3	23	77	14	80	4	12	0	83	0.79
8450319--8450385	16	4.4	15	80	10	57	4	11	0	83	0.78
8450337--8450386	21	2.5	19	81	12	55	6	10	0	84	0.79
8455204--8455329	19	6.9	18	88	5	175	36	15	11	37	1.83
8455204--8455321	35	3.3	35	95	3	200	36	14	11	37	1.83
8455204--8455326	17	6.8	18	87	10	96	36	14	11	37	1.82
8456715--8456800	6	13.3	6	89	7	91	74	0	25	0	0.82
8456715--8456785	7	10.7	7	92	4	105	74	0	25	0	0.82
8456716--8456801	16	5.0	16	73	24	52	73	0	26	0	0.84
8456715--8456801	14	6.8	12	87	10	59	73	0	26	0	0.83
8459904--8459986	27	3.2	26	76	11	91	48	10	4	36	1.60
8459882--8459986	51	2.1	51	89	1	158	49	11	3	35	1.57
8466018--8466335	126	2.5	126	85	3	390	29	18	16	35	1.92
8482672--8482696	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
8483800--8483866	6	11.5	6	85	6	93	79	0	1	19	0.82
8483794--8483866	23	3.2	23	88	3	85	76	0	4	19	0.94
8483801--8483862	29	2.2	29	91	2	99	79	0	1	19	0.82
8483801--8483866	17	3.9	16	84	13	87	78	0	1	19	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8488067--8489360	647	2.0	647	100	0	2588	28	19	17	33	1.95
8502862--8502931	34	2.1	34	100	0	140	31	8	25	34	1.86
8504343--8504664	126	2.5	126	85	3	405	29	17	16	36	1.92
8514948--8514994	22	2.1	22	96	0	85	51	4	10	34	1.56
8525203--8525243	18	2.2	20	86	8	59	43	12	2	41	1.55
8533434--8533459	7	3.7	7	100	0	52	57	0	0	42	0.98
8533449--8533507	19	3.1	19	81	13	68	57	1	0	40	1.09
8533477--8533515	20	2.0	20	85	10	53	56	5	0	38	1.22
8533723--8533811	10	9.2	10	72	11	53	26	5	0	67	1.13
8533726--8533774	18	2.7	19	84	12	59	26	4	0	69	1.06
8533722--8533796	27	2.7	27	80	10	80	29	5	0	65	1.15
8533676--8533794	55	2.1	59	84	6	156	27	7	1	63	1.31
8538288--8538330	22	1.9	23	85	4	61	0	41	0	58	0.98
8541621--8541668	25	2.0	24	83	4	60	41	14	4	39	1.65
8543756--8543810	26	2.2	26	86	3	76	43	1	7	47	1.41
8547629--8547685	22	2.6	22	77	2	62	36	15	17	29	1.91
8551116--8551166	12	4.2	12	82	7	59	27	1	7	62	1.33
8554586--8554902	49	6.7	49	78	7	273	24	29	18	27	1.98
8554585--8554853	93	2.8	93	78	10	262	24	28	19	27	1.98
8555562--8555600	20	2.0	20	85	10	53	35	20	0	43	1.52
8560701--8560726	9	2.9	9	100	0	52	92	0	0	7	0.39
8561501--8561697	50	3.9	50	81	2	243	24	19	27	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8561510--8561697	101	1.9	100	88	1	268	24	19	27	28	1.98
8561519--8561730	101	2.1	100	82	2	246	25	18	27	28	1.98
8565859--8566760	44	19.7	44	72	10	428	34	16	18	30	1.93
8566407--8566578	95	1.8	95	84	0	236	30	18	20	30	1.96
8569449--8569504	24	2.3	24	90	0	85	7	19	41	32	1.79
8577166--8577266	53	1.9	53	100	0	202	41	3	21	32	1.72
8577335--8577388	28	1.9	28	100	0	108	37	22	22	18	1.95
8580260--8580298	12	3.2	12	85	0	60	20	15	2	61	1.45
8587061--8587106	22	2.1	22	84	4	58	23	4	2	69	1.17
8590341--8590380	17	2.3	18	86	4	55	20	7	5	67	1.34
8594630--8594895	138	1.9	137	89	0	406	32	20	9	37	1.85
8595138--8595188	18	3.0	16	78	13	57	66	1	0	31	1.03
8601290--8601343	27	2.0	27	100	0	108	51	14	14	18	1.76
8601770--8601809	21	1.9	21	89	0	62	45	2	17	35	1.62
8601770--8601815	21	2.2	21	84	0	56	45	4	17	32	1.68
8619569--8619606	19	2.0	19	100	0	76	52	21	5	21	1.66
8629625--8629655	14	2.2	14	94	0	53	22	45	16	16	1.85
8631041--8631072	14	2.1	16	88	11	50	50	18	0	31	1.48
8634410--8634584	38	4.6	38	79	2	174	35	30	21	13	1.91
8635200--8635236	10	3.7	10	100	0	74	18	18	29	32	1.96
8638241--8638285	23	2.0	23	95	0	81	42	0	6	51	1.28
8639663--8639776	34	3.4	34	76	1	113	30	10	16	42	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8639820--8639994	48	3.7	48	81	4	230	22	19	21	36	1.95
8646740--8646818	40	2.0	40	87	0	113	34	29	17	18	1.95
8655388--8655417	12	2.5	12	94	0	51	30	50	13	6	1.67
8657030--8657070	20	2.0	20	100	0	82	60	0	9	29	1.28
8659497--8659540	21	2.1	21	100	0	88	13	18	18	50	1.79
8660602--8660684	33	2.5	33	82	2	94	43	18	10	27	1.83
8662123--8662197	39	1.9	39	83	5	98	33	29	13	24	1.93
8666443--8666512	24	2.9	24	91	0	113	21	12	32	32	1.91
8667017--8667067	26	2.0	26	96	0	93	15	25	9	49	1.75
8678738--8678941	40	5.1	40	77	8	193	25	27	21	25	1.99
8681055--8681081	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
8681658--8682114	85	5.4	85	100	0	914	31	20	15	33	1.94
8683531--8683659	50	2.5	51	87	5	190	35	15	22	26	1.94
8683635--8683776	31	4.6	31	89	3	214	28	16	27	27	1.97
8683855--8683969	42	2.7	43	82	4	135	30	14	26	28	1.95
8684956--8684996	18	2.3	18	86	0	55	34	7	26	31	1.84
8690541--8690570	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
8690770--8691059	50	5.8	50	80	2	276	32	26	16	24	1.96
8690783--8691059	101	2.7	99	80	4	295	32	26	16	24	1.96
8690774--8691059	151	1.9	151	84	3	387	32	26	16	24	1.96
8695110--8695305	100	2.0	100	91	0	320	22	23	15	37	1.93
8696947--8697025	37	2.1	37	86	4	106	26	30	17	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8700979--8701009	6	5.2	6	100	0	62	67	0	0	32	0.91
8701370--8701406	13	3.0	13	88	11	60	78	0	8	13	0.96
8726850--8727083	55	4.4	53	78	10	239	36	17	24	21	1.95
8726850--8727057	55	3.8	53	81	7	258	36	16	25	22	1.94
8726857--8727057	108	1.8	110	88	4	309	35	17	24	22	1.95
8727170--8727214	23	1.9	24	86	4	65	42	8	24	24	1.83
8758409--8758519	52	2.1	53	96	1	206	22	7	16	54	1.66
8766697--8766920	46	4.7	47	77	14	196	29	21	28	20	1.98
8768349--8768405	29	2.0	29	82	0	69	56	1	8	33	1.41
8771666--8771929	40	6.7	40	89	5	360	25	27	21	25	1.99
8780459--8780720	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
8782331--8782983	177	3.7	177	85	2	713	26	23	19	30	1.98
8782360--8783026	354	1.9	354	82	2	831	26	23	19	30	1.98
8789446--8789634	50	3.8	49	89	2	270	26	26	19	26	1.99
8789447--8789634	101	1.9	99	89	2	295	27	27	19	26	1.99
8791782--8791846	15	4.4	15	78	16	73	63	13	13	9	1.53
8791782--8791850	30	2.3	31	83	14	92	60	17	13	8	1.56
8802787--8802861	37	2.0	37	100	0	150	46	18	10	24	1.80
8815776--8815951	46	3.8	45	74	10	149	21	18	28	30	1.97
8815772--8815944	93	1.9	93	90	0	274	21	19	29	29	1.98
8818868--8818947	15	5.4	15	77	7	83	10	18	13	57	1.64
8818859--8818946	30	3.0	30	80	11	92	10	18	15	55	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8820864--8821039	46	3.8	45	77	11	160	21	18	29	30	1.97
8820860--8821032	93	1.9	93	88	2	267	21	19	30	29	1.97
8823706--8823834	40	3.2	40	88	2	197	24	19	27	28	1.98
8823651--8823831	80	2.3	81	83	9	221	23	20	27	27	1.99
8823652--8823871	40	5.6	38	78	10	165	24	20	27	27	1.99
8826040--8826094	24	2.3	23	79	14	58	30	32	16	20	1.94
8838688--8838738	2	25.5	2	83	0	66	54	0	3	41	1.19
8838688--8838736	20	2.5	20	100	0	98	55	0	4	40	1.19
8841038--8841142	41	2.6	40	88	5	149	23	21	39	15	1.92
8842640--8842664	13	1.9	13	100	0	50	24	28	40	8	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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