genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22795705--22796149	220	2.0	220	89	0	683	33	16	21	28	1.95
22796113--22796190	41	1.9	41	94	0	138	30	17	30	20	1.96
22798614--22799033	47	8.9	47	92	2	646	32	9	28	29	1.89
22800432--22800600	40	4.2	40	88	3	214	24	20	27	26	1.99
22800409--22800600	40	4.8	40	86	0	213	25	19	28	26	1.99
22802928--22803342	47	8.7	47	95	1	704	32	7	30	29	1.85
22802928--22803342	192	2.2	188	93	1	704	32	7	30	29	1.85
22803461--22803539	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
22818500--22818713	54	4.0	54	82	2	241	23	24	14	36	1.93
22818670--22818894	47	4.8	46	74	8	177	22	24	18	35	1.96
22818900--22818983	44	1.9	44	82	0	105	28	23	9	38	1.86
22819521--22819581	30	2.0	30	87	0	86	32	21	8	37	1.83
22836094--22836213	43	2.8	41	77	7	132	28	24	15	31	1.96
22841638--22841704	17	3.9	17	68	27	52	41	31	1	25	1.64
22841638--22841705	18	3.9	17	71	19	59	42	30	1	25	1.64
22843187--22843299	43	2.7	43	77	12	124	31	26	17	23	1.97
22854048--22854086	6	6.5	6	81	0	51	15	7	0	76	0.99
22862215--22862279	27	2.4	27	89	5	96	15	24	24	35	1.94
22862234--22862326	27	3.5	25	77	15	80	18	23	19	38	1.93
22864026--22864058	16	2.1	16	100	0	66	30	21	30	18	1.97
22868532--22868635	40	2.6	40	93	0	181	25	28	23	22	1.99
22873525--22873551	13	2.1	13	100	0	54	29	0	22	48	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22874645--22874764	44	2.7	44	89	2	179	22	19	28	30	1.98
22880201--22880231	16	1.9	16	93	0	53	48	0	9	41	1.36
22880219--22880254	5	7.8	5	87	12	51	61	0	0	38	0.96
22880445--22880522	25	3.4	25	64	20	69	39	12	7	39	1.72
22880425--22880522	44	2.2	44	98	0	187	39	12	8	39	1.72
22889341--22889464	47	2.7	46	82	9	155	28	19	28	24	1.98
22904813--22904845	17	1.9	18	88	11	52	48	0	9	42	1.35
22904824--22904877	26	2.2	24	83	12	65	44	0	5	50	1.25
22906206--22906231	11	2.4	11	100	0	52	46	23	0	30	1.53
22915805--22915890	43	2.0	43	81	4	102	26	29	20	23	1.99
22935420--22935507	45	2.0	45	97	0	167	22	19	20	37	1.94
22973455--22973673	79	2.8	79	83	4	253	15	18	25	41	1.89
22973454--22973673	40	5.6	40	84	5	268	15	18	25	41	1.89
22973467--22973688	119	1.9	117	82	6	277	14	17	26	41	1.88
22974164--22974188	12	2.1	12	100	0	50	24	8	28	40	1.83
22983562--22983607	21	2.3	20	78	14	51	30	6	17	45	1.73
22989210--22989270	24	2.6	24	89	2	88	47	13	21	18	1.82
22989531--22989602	28	2.5	28	78	10	74	30	15	29	25	1.96
22989528--22989603	29	2.7	29	74	10	84	30	14	28	26	1.95
22997632--22997677	12	3.6	13	77	13	51	63	0	34	2	1.07
22997640--22997677	20	1.9	19	89	5	58	57	0	39	2	1.12
22997751--22997812	13	5.1	12	79	13	65	19	1	14	64	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22997762--22997802	23	1.9	22	85	14	59	14	2	17	65	1.37
22997731--22997818	39	2.4	35	83	11	104	17	2	14	65	1.36
22997752--22997821	16	4.1	16	74	15	61	20	1	15	62	1.39
22997811--22997873	19	3.3	19	68	18	58	34	7	9	47	1.65
22997872--22997914	13	3.1	13	83	10	50	20	0	16	62	1.32
22997869--22997908	16	2.5	16	95	0	71	22	0	12	65	1.26
22997830--22997947	55	2.2	54	90	4	186	30	5	11	53	1.58
23002142--23002193	24	2.2	24	82	0	59	11	30	30	26	1.92
23005184--23005538	46	7.3	49	87	7	428	35	14	21	28	1.93
23005172--23005538	98	3.7	97	84	9	483	34	13	22	29	1.93
23005186--23005538	196	1.8	196	92	0	598	35	14	22	28	1.93
23005502--23005610	37	3.0	36	90	5	175	34	16	23	24	1.95
23006946--23007054	33	3.4	33	84	5	152	32	1	4	61	1.27
23007003--23007054	17	3.0	17	72	11	52	32	1	1	63	1.16
23007303--23007380	35	2.3	35	82	6	88	51	0	2	46	1.14
23007597--23007670	18	3.8	18	71	20	51	2	36	0	60	1.11
23007902--23007937	18	2.0	18	89	10	56	5	11	11	72	1.28
23009960--23010000	9	4.6	9	84	0	55	26	7	19	46	1.76
23010693--23010751	31	1.9	31	96	0	109	16	27	5	50	1.66
23014785--23014845	18	3.4	18	70	17	54	52	0	4	42	1.23
23016400--23016552	41	3.7	41	82	6	218	29	16	25	28	1.97
23021649--23022004	179	2.0	178	82	7	436	33	15	14	36	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23022150--23022217	29	2.3	29	82	5	84	27	19	19	33	1.96
23023475--23023570	48	2.0	48	93	0	165	26	16	27	30	1.97
23024487--23024826	135	2.5	132	80	7	346	23	20	17	37	1.94
23024453--23024826	67	5.6	67	74	5	272	24	20	17	37	1.93
23028621--23028661	19	2.1	20	86	4	57	46	4	19	29	1.71
23028649--23028687	19	2.1	19	85	9	53	56	5	0	38	1.22
23028707--23028752	5	10.0	5	82	17	64	41	0	0	58	0.98
23028707--23028752	13	3.8	13	80	13	62	41	0	0	58	0.98
23028707--23028752	18	2.6	18	96	0	83	41	0	0	58	0.98
23028718--23028763	23	2.0	23	82	0	56	50	0	2	47	1.13
23028763--23028801	18	2.1	18	85	4	51	76	10	7	5	1.13
23039107--23039204	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
23039135--23039217	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
23039107--23039218	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
23040881--23040929	22	2.3	21	83	13	64	34	12	2	51	1.51
23045336--23045365	15	2.0	15	100	0	60	20	33	20	26	1.97
23051892--23051974	18	4.6	18	87	3	105	31	16	15	36	1.91
23051909--23051989	18	4.5	18	85	3	92	30	14	16	38	1.89
23051892--23051989	36	2.7	36	81	6	101	30	15	16	37	1.89
23051892--23052000	54	2.0	54	81	10	125	33	13	15	37	1.87
23052957--23052996	21	1.9	21	85	10	55	52	7	25	15	1.68
23054568--23054715	78	1.9	78	88	2	226	24	26	13	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23054871--23054930	31	1.9	32	86	10	88	40	28	5	26	1.77
23057884--23057937	11	5.6	10	81	16	53	74	1	22	1	1.02
23058273--23058312	18	2.1	20	86	9	57	10	30	0	60	1.30
23058972--23059018	21	2.2	21	85	7	60	4	27	8	59	1.45
23062441--23062488	24	2.0	24	91	0	78	33	16	20	29	1.95
23063139--23063198	30	2.0	30	96	0	111	25	10	3	61	1.43
23064196--23064229	17	1.9	18	88	5	52	26	2	11	58	1.47
23066350--23067348	46	21.7	46	96	2	1828	30	28	19	21	1.98
23073412--23073470	19	3.0	19	73	12	57	33	18	3	44	1.67
23073683--23073764	24	3.4	24	75	9	78	2	23	4	69	1.20
23076559--23076611	20	2.8	19	86	13	74	45	18	0	35	1.50
23077456--23077494	20	2.0	20	85	9	55	58	0	20	20	1.39
23083680--23083740	30	2.0	31	83	3	79	40	6	19	32	1.77
23086625--23086657	8	4.2	8	88	3	50	48	15	0	36	1.45
23087513--23087542	15	2.0	15	100	0	60	13	20	13	53	1.72
23087758--23087833	37	2.1	37	94	0	134	25	28	10	35	1.89
23091606--23091634	15	2.0	15	93	6	51	0	20	6	72	1.07
23094484--23094538	25	2.2	25	83	6	67	3	5	29	61	1.35
23094509--23094558	12	4.4	12	73	14	52	2	6	26	66	1.26
23094487--23094580	33	2.8	33	85	6	118	3	4	28	63	1.28
23094528--23094594	21	3.0	22	79	14	75	4	2	25	67	1.24
23094523--23094591	11	6.3	11	77	5	59	2	2	27	66	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23095506--23095552	25	1.9	25	86	4	69	29	0	6	63	1.19
23095513--23095564	25	2.0	27	85	7	72	30	0	3	65	1.10
23105261--23105373	40	2.9	39	89	2	156	14	15	26	43	1.85
23106729--23106771	17	2.5	17	84	0	59	34	0	20	44	1.52
23107230--23107268	18	2.2	18	90	0	60	43	2	12	41	1.56
23108371--23108448	37	2.1	37	95	0	138	29	30	19	20	1.97
23108380--23108637	128	2.0	129	95	2	466	28	27	14	29	1.95
23108779--23108963	47	3.9	47	91	0	289	26	28	11	33	1.92
23108872--23108947	22	3.3	22	67	16	64	25	27	13	34	1.93
23114556--23114648	48	1.9	48	97	0	177	46	16	17	20	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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