genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.207.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67601877--67601906	3	10.0	3	100	0	60	66	0	33	0	0.92
67602258--67602284	8	3.4	8	100	0	54	88	0	0	11	0.50
67608397--67608426	13	2.3	13	94	0	51	30	0	0	70	0.88
67608396--67608435	15	2.9	13	79	13	53	30	0	0	70	0.88
67609124--67609165	20	2.1	20	90	0	66	40	11	16	30	1.85
67610971--67611023	20	2.7	20	100	0	106	43	9	16	30	1.80
67613352--67613412	31	2.0	31	83	0	77	50	8	9	31	1.65
67618506--67618602	33	2.9	34	72	20	87	45	2	1	51	1.19
67619607--67619671	33	2.0	33	90	3	105	35	9	10	44	1.71
67621446--67621768	162	2.0	162	98	0	619	30	20	13	35	1.91
67625273--67625303	15	2.1	15	100	0	62	54	0	38	6	1.26
67642091--67642115	13	1.9	13	100	0	50	28	0	0	72	0.86
67642118--67642163	23	2.0	23	83	4	58	50	2	0	47	1.13
67642361--67642413	19	2.9	18	83	10	63	49	1	5	43	1.37
67658456--67658769	46	6.8	46	89	0	387	40	13	23	21	1.89
67663905--67663951	19	2.6	17	83	10	58	87	2	8	2	0.71
67664405--67664453	6	7.8	6	86	13	64	81	0	14	4	0.83
67664397--67664452	20	2.9	21	82	15	68	82	1	12	3	0.88
67664395--67664452	17	3.2	17	80	17	64	82	1	12	3	0.86
67665534--67666110	87	6.6	87	98	0	1075	30	15	24	29	1.96
67666569--67666673	55	1.9	55	90	3	167	20	32	21	25	1.97
67667759--67667822	29	2.4	25	79	20	85	40	21	9	28	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67667768--67667829	29	2.1	29	100	0	124	41	16	9	32	1.80
67674396--67674795	200	2.0	200	99	0	782	26	25	25	23	2.00
67679078--67679171	47	2.0	47	100	0	188	29	14	34	21	1.93
67680677--67681057	40	9.6	40	92	2	570	24	20	27	27	1.99
67684651--67684694	14	3.1	14	84	12	63	38	6	18	36	1.77
67685177--67685203	9	3.0	9	100	0	54	22	0	0	77	0.76
67685174--67685245	33	2.2	33	82	5	83	37	0	4	58	1.18
67696229--67696397	41	4.1	41	79	8	157	26	29	21	23	1.99
67696251--67696398	41	3.6	41	81	7	185	27	28	21	22	1.99
67699806--67699912	29	3.8	28	77	10	101	28	14	31	26	1.94
67701906--67701996	36	2.5	36	94	1	155	47	27	3	21	1.67
67713399--67713438	21	2.0	20	85	5	53	12	37	27	22	1.90
67719796--67719921	43	3.0	42	75	6	137	31	27	11	29	1.91
67723611--67723664	23	2.4	22	78	12	56	33	3	22	40	1.71
67728349--67728380	7	4.6	7	92	0	55	28	3	12	56	1.51
67730420--67730505	28	3.0	28	86	3	118	27	15	29	27	1.96
67736332--67736374	19	2.2	19	83	8	50	16	25	2	55	1.53
67736785--67736827	8	5.4	8	81	8	52	51	20	20	6	1.71
67736785--67736827	16	2.7	16	88	0	68	51	20	20	6	1.71
67737051--67737153	29	3.6	29	81	3	120	27	16	28	28	1.97
67737047--67737162	57	2.0	57	85	6	155	27	15	29	27	1.96
67738159--67738206	21	2.2	22	81	3	53	20	4	20	54	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67738517--67738566	21	2.4	21	93	0	82	34	40	20	6	1.77
67754409--67754506	27	3.6	27	85	0	124	39	18	12	29	1.87
67754908--67755009	27	3.8	27	74	5	80	18	19	20	41	1.91
67759088--67759167	26	3.0	27	80	3	101	38	13	12	35	1.83
67759421--67759552	50	2.6	50	84	0	174	22	16	31	29	1.96
67759583--67759642	22	2.7	22	78	0	66	16	21	23	38	1.93
67759630--67759731	27	3.8	27	74	5	89	20	19	18	41	1.91
67759780--67759843	22	2.9	22	88	0	92	17	20	21	40	1.91
67765138--67765350	46	4.6	46	99	0	417	21	18	28	32	1.96
67765138--67765403	46	5.8	45	91	4	385	21	17	28	31	1.96
67768257--67768440	40	4.7	40	82	8	209	25	22	27	24	2.00
67768257--67768440	79	2.3	81	82	10	220	25	22	27	24	2.00
67768309--67768473	79	2.1	79	82	6	192	26	21	27	24	1.99
67776211--67776395	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
67776212--67776395	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
67776212--67776428	79	2.7	79	81	7	201	25	22	27	24	2.00
67792213--67792390	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
67792214--67792369	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
67792210--67792390	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
67809594--67809771	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
67809595--67809750	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
67809591--67809771	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67812303--67812439	69	2.0	69	94	2	240	34	9	22	33	1.87
67824204--67824389	50	3.7	49	82	5	219	30	27	18	23	1.98
67824206--67824390	102	1.8	99	87	3	271	29	27	18	24	1.98
67831514--67831577	27	2.4	25	76	19	67	17	29	21	31	1.96
67832435--67832516	43	1.9	43	85	5	112	29	28	18	24	1.98
67832560--67832603	22	1.9	24	86	9	65	38	0	4	56	1.20
67834555--67834586	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
67837812--67837907	7	13.3	7	75	17	72	44	35	0	19	1.51
67837812--67837866	8	7.5	8	76	19	57	40	41	0	18	1.50
67837810--67837907	28	3.4	28	78	7	99	44	34	0	20	1.52
67837842--67837907	22	3.1	21	80	6	62	46	31	0	21	1.51
67837849--67837930	22	3.8	22	71	12	55	46	28	1	24	1.60
67838126--67838368	41	5.9	41	83	3	265	28	28	18	23	1.98
67838137--67838361	123	1.8	123	84	1	308	28	29	18	23	1.98
67838358--67838440	41	2.0	41	90	0	130	24	22	20	32	1.98
67840465--67840631	55	3.1	54	78	2	192	38	17	23	20	1.93
67843099--67843206	43	2.5	43	87	3	146	24	15	24	36	1.94
67847187--67847294	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
67849465--67849673	110	1.9	110	100	0	418	27	29	16	26	1.97
67854628--67854667	17	2.4	17	95	0	71	25	20	5	50	1.68
67856106--67856174	24	2.8	25	84	6	86	26	23	18	31	1.97
67856106--67856197	24	3.7	23	75	16	71	26	23	18	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67857887--67858149	40	6.6	39	86	4	278	25	27	21	25	1.99
67857887--67858149	120	2.2	119	82	4	307	25	27	21	25	1.99
67858081--67858158	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
67865833--67865964	40	3.3	40	90	2	194	28	28	19	23	1.98
67869875--67870016	67	2.1	67	85	5	185	30	21	28	18	1.97
67869946--67869997	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
67891790--67891828	21	1.9	20	84	5	51	48	23	2	25	1.63
67892495--67892551	30	1.9	30	92	0	96	43	10	17	28	1.82
67892811--67892853	21	2.0	21	86	0	59	44	16	18	20	1.87
67901359--67901423	20	3.3	19	73	16	51	38	16	21	23	1.93
67902691--67902724	18	1.9	18	88	5	52	8	35	2	52	1.47
67903028--67903129	13	8.0	12	72	24	52	11	8	6	72	1.27
67903066--67903129	14	4.3	15	75	9	69	14	4	6	75	1.17
67904131--67904184	20	2.7	20	85	0	63	27	18	16	37	1.93
67907585--67907681	48	2.0	48	96	4	178	20	10	17	51	1.74
67910399--67910440	19	2.3	19	88	8	61	35	4	14	45	1.66
67911227--67911262	11	3.3	11	84	0	54	44	19	19	16	1.87
67911401--67911426	7	3.7	7	100	0	52	11	0	26	61	1.30
67919509--67919541	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
67919827--67920100	92	3.0	91	90	2	415	22	22	14	40	1.90
67919827--67920100	46	6.0	45	87	1	370	22	22	14	40	1.90
67921534--67921638	53	2.0	53	90	3	167	27	23	6	41	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67924129--67924206	28	2.8	28	80	0	84	44	5	19	30	1.72
67928063--67928099	18	2.1	18	89	0	56	40	10	27	21	1.86
67929630--67929695	30	2.2	30	86	8	89	68	3	3	25	1.19
67933368--67933412	19	2.3	20	84	3	56	24	2	2	71	1.09
67933959--67933984	9	2.9	9	100	0	52	19	0	46	34	1.50
67934303--67934350	18	2.6	19	77	12	55	66	0	2	31	1.03
67935228--67935475	132	1.9	132	81	3	302	36	20	17	25	1.94
67936632--67936672	18	2.3	18	82	0	55	43	4	7	43	1.53
67938132--67938678	168	3.3	168	88	1	792	24	23	21	31	1.98
67950338--67950659	131	2.4	130	84	4	414	36	19	16	27	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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