genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.44.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14802330--14802370	21	1.9	22	85	14	59	21	4	9	63	1.44
14802506--14802535	16	1.9	15	93	6	51	26	3	0	70	1.03
14802861--14803158	103	2.9	103	94	0	506	30	18	17	33	1.94
14805959--14805987	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
14806608--14806664	25	2.3	24	85	8	78	31	7	1	59	1.34
14806606--14806665	26	2.3	26	88	5	86	31	6	1	60	1.33
14810147--14810209	31	2.0	32	93	3	110	23	11	19	46	1.82
14812815--14812898	9	9.4	9	72	16	68	64	1	2	32	1.14
14812825--14812912	17	5.0	17	77	10	79	63	1	1	34	1.09
14812801--14812912	35	3.1	35	78	11	111	61	0	1	35	1.13
14812826--14812891	18	3.7	18	81	2	80	65	1	1	31	1.11
14812826--14812910	27	3.1	27	78	6	84	64	1	1	32	1.08
14823183--14823224	21	1.9	23	85	9	61	14	16	19	50	1.79
14829987--14830628	321	2.0	321	91	1	1029	29	24	16	29	1.97
14844390--14844823	108	4.0	108	99	0	850	31	23	17	27	1.97
14850393--14850654	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
14858419--14858680	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
14864140--14864219	32	2.5	32	97	2	153	43	2	2	51	1.28
14865766--14865989	40	5.6	40	84	6	292	25	26	23	24	2.00
14865766--14865989	83	2.8	80	86	4	299	25	26	23	24	2.00
14870112--14870164	21	2.5	21	87	6	63	32	5	7	54	1.52
14870124--14870165	21	2.0	21	100	0	84	33	4	4	57	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14879346--14880402	47	22.6	47	92	1	1730	28	29	9	31	1.89
14879346--14880402	94	11.3	94	98	0	1973	28	29	9	31	1.89
14885375--14885496	36	3.4	36	72	13	99	46	15	8	29	1.75
14885448--14885822	134	2.8	134	81	3	432	40	13	14	31	1.85
14885128--14885754	340	1.8	342	81	1	774	40	12	14	32	1.84
14901009--14901087	31	2.5	31	95	0	140	25	24	18	31	1.98
14901111--14901202	42	2.2	42	86	0	130	34	19	15	30	1.93
14901335--14901470	26	5.3	26	85	3	181	27	23	20	27	1.99
14901335--14901470	52	2.7	51	92	5	215	27	23	20	27	1.99
14901491--14901560	33	2.1	33	100	0	140	42	28	11	17	1.83
14902306--14902383	27	2.9	27	77	11	79	23	19	21	35	1.96
14902401--14902639	27	8.8	27	73	9	135	32	10	17	39	1.83
14902486--14902653	54	3.1	54	80	10	173	31	8	19	40	1.81
14902606--14902765	54	3.0	54	80	0	122	41	6	18	32	1.77
14902632--14902842	27	7.8	27	81	4	156	40	7	22	30	1.80
14902632--14902842	81	2.6	81	80	5	223	40	7	22	30	1.80
14902631--14902834	54	3.8	54	82	1	203	41	6	21	30	1.79
14902831--14902937	27	4.0	27	78	4	101	31	7	19	41	1.79
14905133--14905207	31	2.4	31	95	0	132	26	26	17	29	1.97
14905231--14905323	42	2.2	42	84	0	123	34	18	16	31	1.93
14905455--14905536	25	3.3	25	86	6	114	26	24	21	26	2.00
14909057--14909158	40	2.6	40	89	7	147	25	26	23	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14917132--14917313	40	4.6	40	91	2	287	27	25	23	23	2.00
14920136--14920258	42	2.9	42	84	7	151	30	21	15	32	1.94
14920396--14920522	64	2.0	64	90	0	200	40	13	17	28	1.87
14923543--14923630	44	2.0	44	100	0	176	31	11	22	34	1.90
14936920--14937483	282	2.0	282	100	0	1128	36	17	10	35	1.84
14945572--14945645	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
14946035--14946311	40	6.9	40	88	0	356	24	22	27	25	2.00
14945956--14946311	80	4.4	80	84	2	378	25	22	27	25	2.00
14945956--14946306	120	2.9	120	82	3	413	25	22	27	25	2.00
14949222--14949632	47	8.7	47	97	0	750	32	8	30	29	1.86
14949751--14949829	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
14966147--14966188	22	2.0	21	86	9	59	59	0	9	30	1.29
14971878--14971929	21	2.5	21	79	14	63	36	0	19	44	1.51
14972131--14972163	17	1.9	17	93	0	57	39	21	18	21	1.93
14980618--14980648	16	1.9	16	100	0	62	12	9	6	70	1.31
14982234--14982309	37	2.1	36	83	11	93	42	0	2	55	1.14
14983538--14983630	47	2.0	47	95	4	170	30	10	18	40	1.84
14998484--14998526	22	2.0	22	85	0	59	13	20	23	41	1.88
14998667--14998731	27	2.4	28	87	5	89	18	23	23	35	1.96
14999563--14999601	18	2.2	18	100	0	78	25	28	10	35	1.89
15003187--15003242	25	2.2	25	90	0	85	25	17	23	33	1.96
15008046--15008186	27	5.2	26	83	6	174	17	24	23	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15008046--15008186	54	2.6	53	90	2	219	17	24	23	35	1.95
15014291--15014329	18	2.3	18	86	8	55	43	12	5	38	1.65
15014486--15014516	15	2.1	15	100	0	62	22	32	6	38	1.80
15017878--15017907	15	2.0	15	93	0	51	23	46	6	23	1.75
15018649--15018687	18	2.3	18	86	8	55	43	12	5	38	1.65
15018844--15018874	15	2.1	15	100	0	62	22	32	6	38	1.80
15019584--15019609	13	2.0	13	100	0	52	15	30	15	38	1.88
15022491--15022516	13	2.0	13	100	0	52	15	30	15	38	1.88
15022781--15022815	5	7.2	5	93	6	63	22	0	0	77	0.78
15023743--15023821	40	2.0	39	97	0	140	36	25	15	21	1.92
15028995--15029068	36	2.0	37	92	5	123	27	14	10	47	1.78
15030632--15030674	16	2.7	15	89	7	59	41	13	2	41	1.57
15032199--15032248	20	2.5	20	93	0	82	10	26	44	20	1.82
15033274--15033466	93	2.1	94	97	1	370	44	17	8	29	1.79
15036893--15036974	41	2.0	41	92	0	137	29	10	9	50	1.70
15037628--15037654	13	2.1	13	100	0	54	29	0	0	70	0.88
15037781--15037843	30	2.1	30	91	5	101	58	11	4	25	1.51
15039977--15040057	32	2.5	32	90	4	128	27	1	19	51	1.54
15041147--15041223	24	3.3	23	71	20	63	29	9	20	40	1.83
15041141--15041228	46	1.9	46	92	0	149	30	9	19	40	1.82
15041141--15041240	46	2.2	46	88	0	146	31	10	19	40	1.84
15045147--15045178	6	5.2	6	96	3	55	0	62	0	37	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15045253--15045302	25	2.0	25	88	0	73	4	34	4	58	1.36
15048299--15048341	18	2.4	18	96	0	77	51	0	2	46	1.13
15048419--15048455	19	1.9	19	100	0	74	48	5	10	35	1.61
15048446--15048483	14	2.7	14	91	0	58	34	18	10	36	1.85
15054783--15054826	6	7.2	6	84	5	61	45	15	20	18	1.85
15054806--15054916	45	2.5	45	79	5	127	40	17	18	23	1.91
15055124--15055210	40	2.2	40	87	0	120	40	16	10	33	1.82
15056015--15056056	18	2.3	18	87	0	66	52	0	0	47	1.00
15056020--15056056	15	2.5	15	100	0	74	51	0	0	48	1.00
15056215--15056263	23	2.1	23	84	0	62	51	8	4	36	1.51
15056303--15056375	3	24.7	3	72	18	55	56	5	0	38	1.23
15056301--15056375	20	3.8	20	79	13	68	54	5	0	40	1.23
15056304--15056384	26	3.0	27	83	13	89	55	6	0	38	1.25
15058936--15058960	13	1.9	13	100	0	50	52	16	8	24	1.70
15063222--15063262	21	2.0	20	95	0	64	36	26	0	34	1.57
15065986--15066120	39	3.4	38	73	10	94	28	26	20	24	1.99
15067833--15067858	8	3.2	8	100	0	52	50	0	0	50	1.00
15067999--15068064	21	3.2	20	72	23	64	54	4	0	40	1.21
15072285--15072324	21	1.9	21	85	10	55	32	7	10	50	1.64
15072559--15072786	107	2.1	108	88	4	336	36	16	11	35	1.84
15073355--15073398	21	2.1	21	82	0	52	34	25	2	38	1.68
15076698--15076722	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15080587--15080643	30	1.9	30	88	0	87	12	24	35	28	1.91
15082204--15082706	251	2.0	251	89	0	772	28	16	17	38	1.91
15082208--15082711	126	4.0	126	90	0	740	27	16	17	37	1.92
15082756--15082853	30	3.1	29	75	16	88	44	17	0	37	1.49
15082813--15083016	66	3.3	60	81	14	208	42	20	0	35	1.59
15082851--15082905	23	2.3	24	84	6	67	40	23	0	36	1.55
15082858--15083069	32	7.2	29	70	21	124	42	23	0	33	1.60
15082867--15083010	32	4.6	32	75	13	129	43	20	1	34	1.61
15082792--15082968	86	2.1	85	79	12	193	41	21	1	35	1.61
15082867--15083016	66	2.4	61	88	9	214	42	22	1	34	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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