genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.33.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11145798--11145964	43	3.9	43	85	0	199	22	24	23	29	1.99
11145798--11146024	43	5.3	42	77	6	197	25	25	20	28	1.99
11146178--11146212	17	2.1	17	94	0	61	68	5	14	11	1.37
11146257--11146407	75	2.0	75	96	0	275	45	9	23	21	1.80
11150201--11150230	14	2.1	14	93	0	51	36	0	3	60	1.14
11150863--11151039	7	24.7	7	73	6	68	44	34	0	20	1.52
11150930--11151039	22	5.1	20	73	12	76	45	33	0	20	1.52
11151248--11151352	39	2.6	40	79	10	108	32	17	20	30	1.95
11151407--11151506	40	2.5	41	82	7	109	38	21	16	25	1.93
11161955--11162056	40	2.5	40	98	0	195	34	27	16	21	1.95
11165576--11165658	42	2.0	42	95	0	148	43	8	13	34	1.74
11170353--11170530	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
11170374--11170529	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
11178416--11178593	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
11178437--11178592	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
11185583--11185630	24	2.0	24	84	4	62	10	8	6	75	1.20
11189850--11189883	12	2.8	12	90	0	50	5	20	47	26	1.73
11195864--11196047	96	1.9	97	82	1	235	33	25	12	28	1.92
11196937--11196986	21	2.4	21	93	0	82	66	2	2	30	1.14
11196970--11197031	16	3.7	16	86	6	79	75	1	6	16	1.08
11196976--11197031	22	2.4	23	79	5	60	75	1	7	16	1.11
11207541--11207598	25	2.3	25	77	16	66	12	10	6	70	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11215858--11216033	46	3.8	46	76	12	189	21	21	28	28	1.98
11215854--11216026	93	1.9	93	92	0	292	21	21	29	27	1.98
11223899--11223949	26	2.0	26	92	0	84	35	9	25	29	1.88
11224308--11224353	19	2.4	19	96	0	83	47	0	28	23	1.52
11224970--11224999	13	2.4	13	94	5	53	23	13	6	56	1.60
11227699--11227750	25	2.0	27	85	7	72	30	9	1	57	1.42
11227851--11227945	41	2.3	41	89	7	131	33	5	5	55	1.45
11229071--11229119	24	2.0	24	100	0	98	18	8	20	53	1.70
11230445--11230507	32	2.0	32	100	0	126	47	15	9	26	1.76
11231235--11231329	47	2.0	47	97	0	181	41	12	7	38	1.71
11231914--11233493	654	2.4	658	84	4	1986	22	23	21	33	1.98
11233727--11233775	18	2.7	17	81	9	53	40	4	2	53	1.32
11233982--11234010	14	2.1	14	93	6	51	44	0	6	48	1.29
11234153--11234197	23	1.9	23	81	4	54	66	4	2	26	1.22
11234367--11234416	19	2.6	19	78	12	50	60	2	4	34	1.27
11234498--11234528	15	2.1	15	93	0	53	29	0	6	64	1.18
11242886--11242945	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
11244285--11244315	15	2.1	15	100	0	62	67	6	0	25	1.14
11253701--11253768	34	2.0	34	100	0	136	17	41	32	8	1.80
11260962--11261053	11	8.5	11	71	8	64	69	5	5	19	1.28
11260939--11260990	25	2.1	25	81	0	59	63	3	3	28	1.30
11264409--11264510	51	2.0	51	100	0	204	41	13	13	31	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11269501--11269564	31	2.1	31	94	5	112	29	15	10	43	1.81
11271593--11271663	33	2.2	33	84	5	90	19	21	23	35	1.96
11271688--11271773	33	2.6	34	74	5	86	29	12	30	27	1.93
11278966--11279035	31	2.3	31	94	0	122	57	0	22	20	1.41
11283754--11283856	29	3.6	29	81	5	118	36	15	16	31	1.90
11286958--11287363	115	3.6	114	81	4	408	38	17	13	30	1.89
11286958--11287363	114	3.5	114	81	4	444	38	17	13	30	1.89
11292541--11292578	18	2.1	18	100	0	76	26	31	0	42	1.56
11292562--11292615	26	2.1	26	93	3	92	29	38	0	31	1.57
11292879--11292912	18	1.9	17	88	5	50	29	2	0	67	1.05
11299415--11299495	40	2.0	40	97	0	153	24	11	25	38	1.89
11301581--11301779	77	2.6	76	82	5	220	43	14	9	32	1.78
11311810--11311842	15	2.2	15	100	0	66	39	0	12	48	1.40
11316375--11316631	40	6.5	40	92	3	396	24	22	27	24	2.00
11316371--11316631	119	2.2	119	90	4	402	25	22	27	24	2.00
11328887--11328947	22	2.9	21	83	16	81	26	1	0	72	0.94
11328887--11328946	7	8.6	7	78	21	56	26	1	0	71	0.95
11330527--11330559	15	2.2	15	100	0	66	39	0	12	48	1.40
11332216--11332257	21	2.0	21	95	0	75	33	14	7	45	1.72
11341390--11342038	324	2.0	324	100	0	1298	34	20	8	35	1.84
11345079--11345198	43	2.8	42	84	2	168	27	24	17	30	1.97
11351869--11351911	21	2.0	21	86	0	59	27	0	30	41	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11367197--11367241	22	2.1	22	83	4	56	53	4	11	31	1.56
11374196--11374222	13	2.1	13	100	0	54	37	0	14	48	1.45
11377404--11377497	33	2.8	32	70	12	82	25	21	25	27	1.99
11387038--11387091	25	2.2	25	93	0	90	42	1	0	55	1.10
11388179--11388216	20	1.9	20	84	10	51	31	26	18	23	1.97
11389662--11389831	48	3.7	48	73	7	120	25	23	27	24	2.00
11389712--11389930	90	2.4	89	79	1	213	24	20	26	27	1.99
11392214--11392350	46	3.0	46	98	0	265	24	29	25	20	1.99
11407164--11407238	24	3.2	24	69	17	61	25	20	14	40	1.90
11409142--11409174	17	1.9	17	88	11	50	42	15	0	42	1.46
11417057--11417266	53	4.0	53	85	2	278	35	12	23	28	1.91
11417484--11417574	28	3.2	28	80	9	112	32	17	24	25	1.97
11417456--11417573	57	2.1	57	88	0	173	33	16	24	24	1.96
11417462--11417562	29	3.5	28	78	2	112	32	17	24	24	1.97
11435949--11435975	13	2.1	13	100	0	54	22	44	14	18	1.86
11451083--11451308	49	4.6	49	83	4	283	29	26	18	25	1.98
11451083--11451314	100	2.3	98	85	2	311	29	26	18	25	1.98
11455483--11455516	17	2.0	17	100	0	68	41	23	0	35	1.55
11456229--11456281	23	2.3	23	75	21	56	43	1	7	47	1.42
11456235--11456276	23	1.9	23	85	9	61	42	2	7	47	1.43
11456509--11456541	16	2.0	17	88	5	50	48	0	6	45	1.27
11463332--11463369	19	2.0	19	100	0	76	57	5	10	26	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11476681--11476724	18	2.4	19	88	3	63	45	2	9	43	1.48
11482045--11482258	46	4.6	46	75	6	184	24	28	19	27	1.98
11482089--11482263	94	1.9	92	86	4	253	24	29	18	27	1.98
11483588--11483850	87	3.0	87	79	6	275	37	17	16	28	1.92
11483745--11483779	14	2.5	14	90	0	52	60	0	14	25	1.35
11483763--11483926	74	2.2	73	84	5	215	37	17	17	27	1.93
11483710--11484016	161	1.9	165	86	6	446	36	17	17	28	1.93
11483906--11483939	14	2.4	14	95	0	59	58	5	17	17	1.57
11483960--11484270	169	1.8	169	84	6	430	36	18	17	27	1.93
11484256--11484290	14	2.5	14	90	0	52	62	2	11	22	1.41
11483871--11484352	87	5.5	86	79	10	453	36	17	17	28	1.93
11496215--11496251	13	2.6	15	83	12	51	59	5	0	35	1.20
11496205--11496249	22	2.0	22	83	8	56	64	4	0	31	1.13
11496234--11496276	21	2.0	21	86	0	59	62	4	6	25	1.40
11500312--11500336	13	1.9	13	100	0	50	28	24	24	24	2.00
11500529--11500572	23	2.0	22	86	4	61	54	20	0	25	1.45
11506760--11506973	46	4.6	46	75	6	184	24	28	19	27	1.98
11506804--11506978	94	1.9	92	86	4	253	24	29	18	27	1.98
11511853--11511881	15	1.9	15	100	0	58	55	10	0	34	1.34
11511850--11511914	32	1.9	35	85	14	93	56	9	0	33	1.31
11512645--11512691	22	2.2	21	84	3	58	48	4	4	42	1.42
11512909--11512945	13	2.6	15	83	12	51	59	5	0	35	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11512899--11512943	22	2.0	22	83	8	56	64	4	0	31	1.13
11514682--11514944	87	3.0	87	81	6	293	36	17	17	28	1.93
11514839--11514873	14	2.5	14	90	0	52	60	0	14	25	1.35
11514857--11515020	74	2.2	73	86	5	224	36	17	18	27	1.93
11514804--11515110	161	1.9	165	88	4	471	36	17	18	28	1.93
11514929--11515263	89	3.8	90	79	7	318	36	18	18	26	1.94
11529171--11529431	86	3.0	86	81	6	280	36	17	17	28	1.93
11529327--11529362	13	2.7	13	91	4	54	58	0	13	27	1.36
11529341--11529507	74	2.3	73	86	5	230	36	16	17	28	1.92
11529292--11529926	181	3.8	165	75	16	466	35	18	17	28	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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