genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.193.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63234768--63234990	46	5.3	46	73	20	162	63	13	4	19	1.46
63243133--63243167	15	2.3	16	85	14	56	40	0	0	60	0.97
63248061--63248110	15	3.4	16	73	18	54	64	2	6	28	1.28
63249349--63249972	133	4.7	132	89	1	834	26	21	21	30	1.98
63249490--63249828	43	7.7	43	65	15	165	25	21	22	30	1.99
63261891--63261940	15	3.4	16	73	18	54	64	2	6	28	1.28
63263788--63263820	15	2.3	15	89	5	50	45	0	0	54	0.99
63272270--63272301	16	2.0	16	93	0	55	40	6	0	53	1.26
63274854--63275003	52	2.8	52	89	4	210	30	28	16	25	1.97
63282365--63282529	52	3.1	52	88	6	217	30	28	15	25	1.96
63284433--63284639	79	2.7	77	82	5	235	36	6	9	46	1.63
63284432--63284639	74	2.7	75	83	5	242	36	6	9	47	1.63
63286181--63286251	27	2.6	27	84	0	88	14	22	21	42	1.88
63295386--63295435	24	2.1	24	100	0	100	38	16	20	26	1.92
63299437--63299578	71	2.0	71	91	2	232	36	5	22	34	1.78
63300299--63300366	30	2.3	29	80	14	86	42	23	8	25	1.82
63319229--63319275	3	16.0	3	80	4	51	6	2	59	31	1.34
63321362--63321508	52	2.8	52	87	3	206	19	27	33	19	1.96
63322498--63322581	25	3.4	24	76	11	64	32	15	26	26	1.96
63322668--63322754	26	3.4	26	84	4	115	37	22	22	16	1.93
63325015--63325060	24	1.9	24	86	8	67	41	21	6	30	1.78
63330333--63330370	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63333549--63333584	17	2.1	17	100	0	72	41	13	11	33	1.80
63338566--63338615	26	1.9	26	95	0	91	34	6	14	46	1.69
63338566--63338621	26	2.2	26	90	0	85	35	5	12	46	1.65
63338887--63338946	26	2.3	26	80	5	68	16	21	21	40	1.92
63338983--63339065	25	3.3	25	67	0	67	21	26	18	33	1.96
63340201--63340283	41	2.0	41	97	0	157	28	30	21	19	1.98
63344459--63344511	26	2.0	26	92	0	88	24	13	5	56	1.58
63346503--63346561	9	6.6	9	90	0	82	42	20	13	23	1.88
63346581--63346633	6	8.5	6	83	8	52	16	0	9	73	1.08
63346582--63346622	12	3.3	12	93	3	64	17	0	12	70	1.16
63346582--63346622	18	2.2	19	91	4	66	17	0	12	70	1.16
63346581--63346634	18	2.9	18	81	13	58	18	0	9	72	1.11
63346658--63346682	13	1.9	13	100	0	50	12	0	48	40	1.40
63346659--63346696	18	2.1	18	95	0	67	7	2	47	42	1.46
63352018--63352103	42	2.0	42	97	0	163	34	15	23	26	1.94
63358027--63358074	3	16.3	3	80	4	53	33	60	2	4	1.27
63358093--63358120	3	9.3	3	100	0	56	67	32	0	0	0.91
63364715--63364740	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
63373330--63373366	9	4.1	9	85	0	56	48	13	8	29	1.71
63377706--63377794	44	2.0	45	88	4	135	31	13	26	28	1.94
63393768--63394246	131	3.6	131	78	5	448	34	18	19	27	1.95
63393987--63394240	133	1.9	132	87	2	375	32	17	20	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63399443--63399490	22	2.2	22	88	7	71	14	0	35	50	1.44
63399443--63399505	29	2.2	28	88	2	90	17	0	36	46	1.49
63399567--63399607	22	1.9	21	90	5	64	26	0	36	36	1.57
63399443--63399606	7	23.0	7	69	10	73	21	0	35	42	1.58
63406153--63406178	8	3.2	8	100	0	52	0	0	34	65	0.93
63406416--63406506	41	2.2	41	86	4	128	24	12	28	35	1.91
63406412--63406557	43	3.4	43	82	5	163	25	14	26	33	1.94
63406587--63406625	15	2.9	14	88	11	55	5	17	33	43	1.72
63409588--63409615	14	2.0	14	100	0	56	28	14	28	28	1.95
63412222--63412289	9	7.6	9	80	6	84	44	19	8	27	1.80
63412222--63412289	27	2.5	26	88	4	100	44	19	8	27	1.80
63412309--63412355	6	7.5	6	81	9	58	17	0	6	76	0.98
63412310--63412355	12	3.7	12	86	11	65	17	0	6	76	1.00
63414395--63414445	27	1.9	26	84	4	66	68	1	0	29	1.00
63425323--63425413	45	2.0	44	95	2	164	19	39	4	35	1.72
63438767--63438812	21	2.2	21	96	0	83	43	19	4	32	1.71
63442333--63442384	11	4.5	11	75	15	52	76	0	17	5	0.97
63442609--63442670	19	3.2	20	77	6	65	41	8	8	41	1.64
63451261--63451307	22	2.1	22	88	0	67	40	8	27	23	1.83
63455051--63455194	68	2.1	68	81	0	171	35	13	19	31	1.91
63455324--63456000	105	6.5	105	75	7	423	33	18	18	28	1.95
63460220--63460375	77	2.0	77	98	0	303	35	11	26	25	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63465422--63465483	28	2.2	28	88	0	97	40	9	20	29	1.84
63469749--63469816	33	2.1	33	100	0	136	38	2	2	55	1.30
63469752--63469804	16	3.2	16	71	23	56	43	1	3	50	1.30
63471609--63471638	13	2.3	13	100	0	60	43	0	0	56	0.99
63472655--63472679	10	2.5	10	100	0	50	76	0	8	16	1.02
63474442--63474488	24	2.0	24	100	0	94	25	17	12	44	1.84
63476674--63476699	11	2.4	11	100	0	52	84	0	0	15	0.62
63481441--63481524	28	3.0	28	91	1	132	19	3	30	46	1.66
63481445--63481538	28	3.6	24	78	18	91	15	4	34	45	1.66
63481741--63481814	21	3.4	23	76	16	86	13	20	27	39	1.90
63482896--63483064	46	3.5	48	75	13	159	24	13	30	31	1.93
63484274--63484319	22	2.1	22	100	0	92	39	0	21	39	1.54
63484664--63484773	55	2.0	55	96	0	202	32	16	12	38	1.86
63497756--63497789	11	3.1	11	86	0	50	29	14	26	29	1.95
63503311--63503346	15	2.4	15	90	0	54	16	0	0	83	0.65
63509262--63509353	44	2.1	44	86	8	125	33	21	20	23	1.97
63510249--63510286	14	2.4	17	87	12	55	55	0	0	44	0.99
63512352--63512470	55	2.2	55	83	3	150	22	25	27	24	2.00
63517173--63517264	44	2.1	44	86	11	127	34	23	21	19	1.96
63517866--63517909	19	2.2	20	88	4	63	40	0	0	59	0.98
63519236--63519349	43	2.7	43	82	8	117	26	14	26	33	1.94
63522319--63522363	11	3.9	11	80	11	54	35	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63522314--63522360	24	1.9	25	91	4	78	38	0	0	61	0.96
63524263--63524536	46	6.0	46	90	2	381	40	14	23	21	1.90
63525475--63525771	46	6.5	46	90	1	427	19	20	13	46	1.83
63525580--63525649	22	3.1	22	65	15	61	17	18	14	50	1.79
63525743--63525866	45	2.8	45	86	2	151	23	25	15	36	1.94
63525785--63525884	45	2.2	42	81	14	128	20	24	19	37	1.94
63525893--63525938	22	2.1	22	84	8	58	21	21	19	36	1.95
63530023--63530080	30	1.9	30	85	0	80	22	34	25	17	1.96
63535087--63535144	27	2.1	27	83	0	71	5	37	1	55	1.33
63536839--63536885	17	2.8	17	86	0	67	8	8	2	80	0.97
63536839--63536891	23	2.3	23	86	0	70	9	9	1	79	1.02
63536828--63536891	11	5.6	11	78	12	58	10	9	1	78	1.04
63541415--63541492	39	2.0	39	97	0	147	42	5	15	37	1.69
63544454--63544500	19	2.6	18	77	16	51	61	2	0	36	1.08
63554469--63554819	135	2.6	135	88	0	490	29	21	23	25	1.99
63554467--63554860	135	2.9	133	82	5	445	29	21	23	24	1.99
63554778--63554893	46	2.5	46	77	1	108	33	23	20	22	1.97
63556144--63556191	22	2.1	23	84	3	62	29	6	0	64	1.18
63556209--63556256	13	3.4	14	77	16	55	27	2	2	68	1.11
63556548--63556585	14	2.8	14	88	4	60	26	2	0	71	1.00
63567145--63567301	65	2.4	65	100	0	314	35	24	25	14	1.94
63567659--63568206	274	2.0	274	100	0	1096	32	17	20	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63569463--63569638	46	3.8	46	78	4	192	21	20	28	28	1.98
63569459--63569630	93	1.8	93	89	0	272	21	20	29	27	1.98
63572581--63573366	45	17.7	45	70	16	208	28	23	18	28	1.98
63572511--63573544	222	4.7	222	87	2	1359	29	23	18	28	1.98
63573247--63573376	43	3.0	44	89	4	192	31	22	17	28	1.97
63573467--63573554	45	2.0	45	81	4	106	32	22	14	29	1.94
63573292--63573939	177	3.7	177	92	1	964	28	22	18	30	1.98
63578324--63578405	42	2.0	42	87	0	119	12	25	21	40	1.88
63593485--63593534	23	2.2	23	89	10	77	60	0	2	38	1.09
63595776--63595807	3	10.7	3	100	0	64	31	34	0	34	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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