genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.22.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7118682--7118747	28	2.4	28	82	7	82	34	22	22	19	1.96
7119165--7119222	27	2.2	26	84	9	73	24	17	20	37	1.93
7119182--7119245	26	2.4	27	79	10	69	25	12	23	39	1.90
7123938--7124015	27	2.9	26	75	11	68	29	19	19	32	1.96
7125039--7125074	18	1.9	19	94	5	65	63	0	25	11	1.27
7131238--7131403	40	4.2	40	97	0	307	22	22	27	26	1.99
7132348--7132492	74	2.0	74	97	0	272	33	11	17	37	1.86
7140136--7140182	22	2.1	22	100	0	94	25	4	12	57	1.54
7170374--7170524	40	3.8	40	84	2	162	25	29	21	23	1.99
7170393--7170577	79	2.3	80	79	8	198	27	28	21	23	1.99
7176272--7176311	17	2.4	17	86	0	53	45	15	17	22	1.85
7182100--7182253	48	3.2	48	91	1	211	26	14	29	28	1.96
7182100--7182283	48	3.8	48	87	4	169	27	14	29	27	1.95
7182100--7182283	96	1.9	96	80	6	212	27	14	29	27	1.95
7184147--7184207	31	1.9	32	86	3	88	27	13	27	31	1.94
7187861--7187965	43	2.4	43	85	3	131	37	21	12	28	1.90
7199883--7199929	23	2.0	23	100	0	94	74	12	8	4	1.19
7200515--7200702	94	2.0	94	98	0	367	27	15	18	37	1.92
7208268--7208434	89	1.9	89	85	0	235	26	17	20	35	1.95
7208647--7208844	53	3.7	53	76	2	180	22	23	17	36	1.95
7228663--7228838	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
7228660--7228831	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7233743--7233779	13	2.8	13	91	0	65	10	27	45	16	1.80
7237336--7237363	14	2.0	14	100	0	56	21	35	14	28	1.92
7237572--7237712	48	2.9	48	97	0	264	31	29	7	31	1.86
7248985--7250104	80	14.0	80	97	0	2069	27	26	20	25	1.99
7251370--7251478	37	2.9	37	91	0	164	27	31	19	22	1.97
7262489--7262525	13	2.8	13	91	0	65	10	27	45	16	1.80
7266082--7266109	14	2.0	14	100	0	56	21	35	14	28	1.92
7266318--7266647	50	6.9	47	79	9	357	26	28	10	33	1.90
7266327--7266665	143	2.4	143	97	0	642	26	28	10	34	1.90
7266369--7266647	93	3.0	90	80	12	296	25	29	11	33	1.91
7280800--7281191	40	9.8	40	87	0	532	25	28	21	24	1.99
7282464--7282609	37	3.9	37	93	0	229	25	32	19	22	1.98
7282772--7283628	143	6.0	143	90	4	1259	27	28	10	33	1.90
7286544--7286620	38	2.0	39	92	2	129	35	7	20	36	1.82
7286912--7287034	55	2.2	55	79	2	131	29	24	27	18	1.98
7290952--7291052	52	2.0	51	84	5	132	27	28	26	16	1.97
7297660--7298073	48	8.6	48	86	1	508	29	17	27	25	1.98
7299293--7299334	21	2.0	21	86	9	59	14	38	23	23	1.92
7304649--7304720	17	4.2	17	72	0	54	27	9	15	47	1.77
7304647--7304712	34	1.9	34	87	0	96	27	9	16	46	1.77
7308018--7308279	54	4.9	54	79	5	242	22	24	16	36	1.94
7308156--7308241	27	3.2	27	63	28	65	25	23	12	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7324544--7325136	246	2.4	246	98	0	1141	29	11	26	31	1.92
7329690--7329849	78	2.1	78	87	2	232	38	11	26	23	1.88
7330385--7330410	13	2.0	13	100	0	52	23	7	30	38	1.83
7332559--7332705	49	3.0	49	82	4	177	27	25	19	27	1.98
7334837--7334905	30	2.3	30	82	7	88	57	17	14	10	1.63
7334837--7334901	15	4.4	15	75	9	62	60	13	15	10	1.60
7337913--7338137	49	4.5	49	86	4	283	29	26	17	25	1.98
7337912--7338144	99	2.3	99	83	5	292	29	27	18	25	1.98
7353563--7353735	46	3.7	46	71	15	131	21	19	28	30	1.98
7353556--7353725	93	1.8	93	87	0	250	22	20	28	28	1.98
7360785--7360970	41	4.7	40	78	7	182	27	27	20	24	1.99
7360785--7360917	39	3.3	40	81	7	146	27	28	21	23	1.99
7360785--7360970	79	2.3	81	75	11	177	27	27	20	24	1.99
7366666--7366705	17	2.4	17	86	0	53	45	15	17	22	1.85
7372447--7372647	48	4.2	48	87	6	257	26	16	29	26	1.97
7372447--7372647	95	2.1	96	87	4	291	26	16	29	26	1.97
7372447--7372674	95	2.4	95	83	6	239	28	16	29	26	1.97
7374541--7374601	31	1.9	32	90	3	97	27	11	29	31	1.92
7378343--7378447	43	2.4	43	85	3	131	37	21	12	28	1.90
7381708--7381930	40	5.6	40	85	3	236	26	27	21	24	1.99
7381862--7381939	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
7393476--7393525	23	2.1	23	92	3	82	74	12	10	4	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7400251--7400343	46	2.0	47	97	2	179	32	17	29	21	1.96
7400591--7400768	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
7400592--7400747	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
7400588--7400768	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
7406218--7406317	50	2.0	50	98	0	191	18	15	30	37	1.91
7407233--7407355	61	2.0	61	98	0	237	48	6	20	24	1.73
7408831--7409007	27	6.5	26	82	6	158	25	15	29	28	1.96
7408831--7408986	82	1.9	81	85	3	215	26	16	30	27	1.96
7408827--7409007	82	2.2	81	81	2	211	26	16	29	28	1.96
7409965--7410186	109	2.0	109	94	0	390	29	21	22	26	1.99
7413134--7413166	15	2.1	17	88	11	52	27	0	15	57	1.38
7413231--7413284	27	2.0	27	96	0	99	18	9	14	57	1.64
7421715--7421979	47	5.6	47	70	11	159	23	28	20	28	1.98
7424807--7424859	27	2.0	27	80	0	61	41	22	7	28	1.81
7424837--7424967	27	4.9	27	89	0	181	28	19	9	41	1.83
7424945--7425219	27	10.2	27	78	7	220	40	21	8	29	1.83
7424869--7424994	54	2.3	54	79	0	135	32	19	8	38	1.83
7424945--7425297	54	6.5	54	75	6	239	39	19	9	30	1.84
7424959--7425191	27	8.7	26	80	5	241	41	20	8	29	1.82
7424959--7425193	81	2.9	81	88	4	341	41	20	8	29	1.82
7425336--7425427	27	3.4	27	86	8	125	34	20	26	18	1.96
7426227--7426310	25	3.4	25	83	6	109	29	20	23	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7426516--7426632	31	3.9	31	81	7	127	32	17	22	27	1.97
7430385--7430465	41	2.0	41	87	4	119	22	16	28	33	1.95
7430426--7430532	54	2.0	54	98	0	205	23	17	30	28	1.97
7430822--7430859	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
7434443--7434482	21	1.9	21	85	10	55	30	12	10	47	1.74
7436533--7436707	49	3.5	49	83	6	235	29	27	17	25	1.98
7436514--7436708	100	2.0	100	94	0	345	29	27	18	24	1.98
7437362--7437421	30	2.0	30	87	6	86	28	26	8	36	1.85
7444029--7444108	27	2.9	27	83	5	90	40	15	10	35	1.80
7444038--7444127	27	3.3	27	85	3	110	40	15	10	34	1.81
7444133--7444344	54	3.9	54	83	1	219	29	23	7	39	1.82
7444133--7444343	27	7.8	27	86	2	199	29	23	7	39	1.82
7444133--7444343	81	2.6	81	80	1	226	29	23	7	39	1.82
7444295--7444546	27	9.3	27	78	5	159	40	19	6	33	1.78
7444241--7444469	54	4.2	54	82	3	201	36	20	7	35	1.81
7444295--7444473	81	2.2	81	77	4	180	39	20	6	32	1.79
7444322--7444545	54	4.1	53	77	10	186	41	19	7	31	1.79
7444605--7444696	27	3.4	27	84	3	114	32	19	27	20	1.97
7445499--7445596	26	3.8	26	91	1	162	26	23	23	26	2.00
7445741--7445832	42	2.2	42	92	0	148	29	14	21	34	1.93
7445856--7445934	31	2.5	31	87	0	113	31	16	25	26	1.96
7462317--7462374	30	1.9	31	85	3	82	41	6	24	27	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7477966--7477995	15	2.0	15	100	0	60	33	13	13	40	1.83
7480094--7480204	56	2.0	55	91	3	170	36	11	18	32	1.87
7491174--7491379	53	3.8	54	80	4	227	37	17	24	19	1.94
7495075--7495311	48	4.8	50	93	2	383	36	6	24	31	1.82
7495460--7495531	37	1.9	37	94	0	126	22	19	30	27	1.98
7497863--7498035	43	4.0	42	77	10	161	28	25	20	24	1.99
7499162--7499190	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
7502676--7502736	27	2.3	27	85	5	79	14	19	26	39	1.90
7502676--7502763	27	3.2	26	78	10	70	15	19	23	40	1.90
7503642--7503749	56	1.9	56	92	0	180	18	19	26	35	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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