genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.47.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15805106--15805134	14	2.1	14	100	0	58	20	6	13	58	1.58
15811763--15811873	34	3.3	34	78	5	125	34	21	7	36	1.81
15818892--15819002	34	3.3	34	87	0	159	36	21	6	36	1.79
15820236--15820296	30	2.0	30	100	0	122	47	19	9	22	1.79
15821510--15821594	42	2.0	42	86	6	120	24	18	28	28	1.98
15821510--15821624	41	2.8	41	82	6	108	24	19	28	27	1.98
15821673--15821703	16	1.9	16	100	0	62	58	9	12	19	1.62
15826616--15826642	12	2.2	12	100	0	54	51	7	0	40	1.30
15827126--15827303	27	6.6	27	83	3	196	26	15	27	29	1.96
15827127--15827282	82	1.9	81	86	3	224	26	16	27	29	1.96
15827123--15827303	82	2.2	81	82	2	220	27	16	27	29	1.96
15835572--15835628	21	2.7	21	73	10	62	29	28	0	42	1.56
15836165--15836194	15	2.0	15	100	0	60	20	20	0	60	1.37
15837915--15838086	93	1.8	93	96	0	317	28	31	20	19	1.97
15837908--15838083	46	3.8	46	78	10	214	29	31	19	18	1.96
15844320--15844344	13	1.9	13	100	0	50	48	32	8	12	1.69
15848287--15848382	40	2.4	40	81	10	115	32	14	23	29	1.94
15849727--15849763	14	2.5	16	83	16	53	27	0	24	48	1.51
15853243--15853317	38	2.0	38	91	0	123	21	22	26	29	1.99
15853310--15853434	43	2.9	42	84	4	169	16	24	30	29	1.96
15853751--15853877	45	2.9	43	79	14	127	23	22	29	25	1.99
15858170--15858302	69	1.9	70	89	1	205	33	14	15	36	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15859689--15859905	47	4.6	47	88	2	317	33	7	30	28	1.85
15859689--15859905	96	2.3	96	92	3	352	33	7	30	28	1.85
15866268--15866310	19	2.3	19	95	0	77	32	20	4	41	1.73
15866490--15866592	41	2.4	43	76	9	122	29	20	19	31	1.97
15867564--15867825	131	2.0	131	94	0	461	38	15	11	34	1.83
15873405--15873483	41	1.9	42	81	2	97	31	22	16	29	1.96
15875076--15875616	271	2.0	271	95	0	985	35	22	6	36	1.79
15879345--15879476	32	4.1	32	70	10	99	48	10	11	29	1.73
15879851--15879915	19	3.4	19	73	14	62	61	4	1	32	1.26
15879869--15879998	28	4.6	28	73	14	97	60	6	2	31	1.34
15879869--15879998	29	4.6	27	72	15	102	60	6	2	31	1.34
15879970--15880019	10	5.0	10	80	7	57	60	4	2	34	1.27
15879967--15880019	20	2.7	20	82	5	63	62	3	1	32	1.24
15880372--15880596	29	8.0	27	69	18	122	32	2	5	60	1.33
15880372--15880604	10	24.8	9	69	13	116	31	2	5	60	1.34
15880526--15880608	18	4.5	18	76	11	71	34	2	6	56	1.37
15880372--15880600	122	1.9	122	80	10	272	31	2	5	59	1.34
15880784--15880842	26	2.3	25	80	13	66	30	1	3	64	1.20
15880753--15880950	9	21.4	9	72	16	113	32	1	4	62	1.20
15880824--15880957	46	2.8	47	77	14	139	34	0	5	60	1.19
15881355--15881399	15	2.9	15	86	3	54	31	2	0	66	1.04
15893055--15893210	43	3.7	42	80	7	172	31	24	16	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15897486--15897617	32	4.1	32	70	10	99	48	10	11	29	1.73
15897992--15898056	19	3.4	19	73	14	62	61	4	1	32	1.26
15898010--15898139	28	4.6	28	73	14	97	60	6	2	31	1.34
15898010--15898139	29	4.6	27	72	15	102	60	6	2	31	1.34
15898111--15898160	10	5.0	10	80	7	57	60	4	2	34	1.27
15898108--15898160	20	2.7	20	82	5	63	62	3	1	32	1.24
15898513--15898737	29	8.0	27	69	18	122	32	2	5	60	1.33
15898513--15898745	10	24.8	9	69	13	116	31	2	5	60	1.34
15898667--15898749	18	4.5	18	76	11	71	34	2	6	56	1.37
15898513--15898741	122	1.9	122	80	10	272	31	2	5	59	1.34
15898925--15898983	26	2.3	25	80	13	66	30	1	3	64	1.20
15898894--15899091	9	21.4	9	72	16	113	32	1	4	62	1.20
15898965--15899098	46	2.8	47	77	14	139	34	0	5	60	1.19
15899496--15899540	15	2.9	15	86	3	54	31	2	0	66	1.04
15910345--15910400	26	2.2	26	93	0	94	25	28	8	37	1.86
15914627--15914668	20	2.2	19	87	12	59	16	21	4	57	1.58
15916935--15917040	27	3.9	27	83	9	126	38	22	21	16	1.93
15916932--15917040	54	2.0	54	85	3	148	39	22	22	16	1.92
15918458--15918508	24	2.1	24	88	0	75	23	37	0	39	1.55
15920326--15920392	30	2.2	30	97	0	125	14	35	26	22	1.93
15925683--15926096	189	2.2	189	84	2	542	31	20	12	35	1.90
15925683--15926126	95	4.7	95	82	3	482	31	19	12	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15925683--15926126	190	2.3	189	82	4	543	31	19	12	36	1.89
15932660--15932697	14	2.7	14	91	0	58	36	18	7	36	1.80
15935689--15935826	60	2.3	60	82	8	165	27	26	18	27	1.98
15935686--15935787	28	3.5	27	69	19	71	25	28	19	26	1.99
15937652--15937832	40	4.6	40	80	6	181	25	27	22	24	2.00
15945014--15945428	47	8.7	47	94	2	704	31	7	30	29	1.86
15945014--15945428	96	4.4	94	93	4	555	31	7	30	29	1.86
15945014--15945428	143	2.9	141	93	2	704	31	7	30	29	1.86
15945014--15945428	190	2.2	190	95	0	731	31	7	30	29	1.86
15949360--15949390	13	2.4	13	94	0	53	9	3	0	87	0.66
15953788--15954127	173	2.0	174	85	0	466	34	17	14	33	1.90
15956477--15956541	32	2.0	32	90	0	103	20	21	7	50	1.72
15959738--15960125	194	2.0	194	100	0	776	39	9	20	29	1.85
15960740--15961021	47	6.1	45	74	8	145	35	17	23	24	1.95
15960977--15961171	54	3.6	53	80	4	194	35	16	25	22	1.95
15960985--15961208	108	2.1	108	84	5	283	37	16	25	21	1.94
15965159--15965235	39	2.0	39	100	0	154	33	9	18	38	1.82
15967617--15967738	47	2.6	47	94	0	208	37	12	24	25	1.90
15967717--15967913	55	3.6	55	84	4	240	37	17	24	21	1.94
15967717--15967934	54	4.0	54	83	4	233	38	16	24	21	1.92
15968697--15968785	40	2.2	41	81	2	108	41	21	15	21	1.90
15968786--15968893	41	2.6	41	88	0	162	31	25	22	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15969205--15969292	7	12.3	7	72	11	54	19	0	40	39	1.51
15971223--15971318	26	3.7	26	92	1	158	26	23	25	25	2.00
15971222--15971338	26	5.0	21	86	8	65	26	24	23	24	2.00
15971390--15971436	20	2.3	20	82	7	60	31	17	12	38	1.87
15971472--15971519	25	1.9	25	86	0	69	27	18	22	31	1.97
16001771--16001862	27	3.4	27	89	0	130	28	23	7	40	1.82
16001894--16001993	27	3.7	27	77	10	123	43	23	6	28	1.77
16001995--16002080	27	3.1	27	79	14	86	39	16	8	36	1.78
16003009--16003078	25	2.8	24	80	4	77	27	25	21	25	1.99
16003034--16003105	25	3.0	23	80	10	63	29	20	22	27	1.99
16003226--16003317	42	2.2	42	90	0	148	31	15	21	31	1.94
16003341--16003424	31	2.7	31	90	1	134	27	15	27	29	1.96
16006488--16006550	31	2.0	31	96	0	117	46	31	14	7	1.73
16013761--16013864	27	3.9	27	80	8	106	36	20	24	19	1.95
16013758--16013864	54	2.0	53	87	5	153	37	20	23	18	1.94
16015830--16016323	47	10.5	47	95	1	848	29	28	8	33	1.87
16017770--16017854	42	2.0	42	90	0	134	21	31	5	41	1.77
16021659--16021759	48	2.1	48	88	0	148	30	18	22	27	1.98
16024527--16024735	54	3.9	53	78	6	188	22	24	15	36	1.94
16024541--16024729	55	3.5	53	76	10	186	22	24	16	35	1.95
16024724--16025580	44	19.4	44	97	1	1621	25	26	15	32	1.96
16025552--16025671	47	2.5	48	72	9	111	23	20	20	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16031418--16031553	55	2.5	54	86	5	193	29	29	19	22	1.98
16032453--16032670	46	4.7	46	86	3	303	23	29	20	26	1.99
16033013--16033070	30	1.9	30	92	0	98	29	25	12	32	1.92
16038978--16039096	55	2.2	55	85	0	157	30	26	20	23	1.98
16040003--16040933	46	20.2	46	96	1	1663	23	28	21	25	1.99
16042283--16042460	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
16042304--16042459	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
16050472--16050649	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
16050493--16050648	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
16054696--16054853	55	2.9	56	78	8	166	24	22	16	36	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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