genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.53.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   

This is table  53  of  279  ( 33431 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17684486--17684742	55	4.8	52	79	10	213	21	24	17	36	1.94
17694924--17694960	18	2.1	18	100	0	74	45	21	21	10	1.82
17704273--17704498	40	5.7	40	88	4	271	25	27	21	25	1.99
17705626--17705745	56	2.1	56	96	0	222	23	23	8	45	1.80
17706525--17706591	18	4.0	17	74	20	61	64	0	28	7	1.21
17713495--17714434	50	18.8	50	85	4	1270	27	16	25	31	1.96
17713495--17714437	100	9.4	100	97	0	1703	27	16	25	31	1.96
17716188--17716244	26	2.2	26	83	3	69	26	10	28	35	1.89
17717162--17717194	17	1.9	17	88	11	50	60	3	27	9	1.42
17723841--17723893	27	2.0	27	88	7	81	35	22	20	20	1.96
17723997--17724054	26	2.2	26	84	0	71	24	15	25	34	1.95
17724308--17724337	16	1.9	16	93	6	53	6	20	20	53	1.67
17724979--17725011	17	1.9	17	93	0	57	66	0	27	6	1.15
17731873--17732059	50	3.8	49	78	4	187	26	16	25	31	1.96
17731871--17732059	99	1.9	100	83	1	245	25	16	25	31	1.97
17735786--17735940	43	3.6	42	78	7	143	30	26	18	23	1.98
17739576--17739659	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
17749666--17749805	37	3.8	37	96	0	244	25	30	20	23	1.98
17749946--17750461	95	5.4	95	99	0	1005	31	26	6	35	1.82
17756048--17756108	30	2.0	30	87	0	86	31	22	6	39	1.80
17761912--17762136	40	5.6	40	83	8	246	23	22	27	27	1.99
17767562--17768451	24	37.1	24	100	0	1780	25	37	8	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17770943--17771055	49	2.3	49	83	4	129	27	19	30	23	1.98
17781319--17781360	22	1.9	22	95	0	75	45	2	19	33	1.63
17787798--17788019	49	4.7	50	76	12	195	27	18	29	25	1.98
17790785--17791012	49	4.6	49	77	5	233	28	25	19	27	1.99
17790785--17790910	50	2.6	49	85	1	153	29	26	18	25	1.98
17792443--17792705	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
17792482--17792740	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
17803591--17803762	79	2.2	79	84	3	220	25	21	27	25	1.99
17803538--17803760	40	5.6	39	81	8	209	25	21	27	25	1.99
17803618--17803795	79	2.2	80	80	3	191	25	21	28	24	1.99
17806496--17806535	20	2.0	20	95	0	71	32	25	12	30	1.92
17809153--17810097	40	23.6	40	98	0	1804	22	22	27	27	1.99
17810356--17810399	22	2.0	21	83	16	54	31	18	13	36	1.90
17815036--17815064	15	1.9	15	100	0	58	3	62	0	34	1.12
17820871--17821046	27	6.5	27	84	3	201	30	27	14	27	1.95
17820890--17821045	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
17826239--17826543	40	7.6	40	83	2	387	26	28	21	23	1.99
17834262--17834338	25	3.2	25	64	23	65	32	10	28	28	1.90
17834216--17834361	47	3.1	47	91	1	213	33	9	29	27	1.88
17834332--17834515	98	1.9	96	91	4	298	35	6	27	30	1.82
17834331--17834515	48	3.8	48	88	5	291	35	6	27	31	1.82
17834661--17834769	37	2.9	37	91	0	173	23	21	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17837311--17837594	43	6.7	43	91	5	420	25	28	24	21	1.99
17841511--17841730	40	5.5	40	90	1	318	24	23	26	25	2.00
17849437--17849618	40	4.6	40	90	2	260	25	24	25	24	2.00
17855446--17855617	93	1.8	93	96	0	317	28	29	20	20	1.98
17855439--17855614	46	3.8	46	79	12	216	29	29	20	20	1.98
17863972--17864022	20	2.5	21	73	20	54	37	15	11	35	1.84
17872177--17872221	16	2.9	16	83	12	58	48	15	0	35	1.45
17881808--17881878	31	2.3	31	95	0	133	32	25	14	28	1.94
17887439--17887642	40	5.2	40	82	4	236	26	26	21	25	1.99
17889518--17889615	49	2.0	49	95	0	178	16	25	19	38	1.92
17892598--17892818	40	5.6	40	85	3	232	24	21	28	25	1.99
17892673--17892855	79	2.3	80	81	3	210	25	20	27	25	1.99
17922046--17922165	63	1.9	64	86	3	172	45	6	22	25	1.77
17932864--17932951	46	1.9	46	88	0	131	35	21	14	28	1.93
17938995--17939034	21	2.0	21	90	5	64	22	30	37	10	1.87
17940298--17940463	48	3.5	46	76	6	154	25	24	18	31	1.98
17940298--17940469	94	1.8	94	86	2	247	24	25	19	31	1.98
17956486--17956547	10	5.9	10	74	10	52	33	32	3	30	1.74
17956486--17956548	21	3.0	21	88	2	90	33	33	3	30	1.74
17962529--17962590	10	5.9	10	74	10	52	33	32	3	30	1.74
17962529--17962591	21	3.0	21	88	2	90	33	33	3	30	1.74
17968154--17968261	5	21.6	5	100	0	216	39	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17975139--17975229	34	2.7	34	87	0	119	23	29	17	29	1.97
17986855--17986934	31	2.5	31	88	6	108	21	27	17	33	1.96
17990069--17990121	27	2.0	27	88	0	79	35	33	13	16	1.88
18004124--18004590	176	2.6	176	84	3	670	30	18	24	27	1.98
18004437--18004695	133	1.9	133	94	0	455	30	17	25	26	1.98
18004256--18004866	309	2.0	309	83	4	786	31	17	23	27	1.97
18005161--18005213	27	2.0	27	88	0	79	35	33	13	16	1.88
18007034--18007064	8	3.9	8	100	0	62	38	22	0	38	1.54
18013108--18013158	21	2.4	21	100	0	102	15	31	35	17	1.92
18017566--18017647	39	2.1	39	93	0	137	21	24	30	23	1.99
18020086--18020139	22	2.5	21	75	3	54	12	29	35	22	1.91
18024162--18024201	16	2.5	16	83	0	53	37	5	0	57	1.21
18026099--18026145	24	2.0	24	84	16	62	51	17	0	31	1.46
18031340--18031366	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
18032626--18032669	23	1.9	23	85	0	61	61	4	6	27	1.41
18035429--18035515	42	2.1	42	84	4	113	20	28	27	22	1.99
18037347--18037438	42	2.2	43	80	5	107	15	31	28	25	1.95
18043303--18043346	21	2.1	21	83	8	54	4	27	0	68	1.09
18049860--18050083	112	2.0	112	94	0	394	26	26	12	34	1.92
18054980--18055012	15	2.3	15	94	5	59	30	6	27	36	1.81
18056498--18056549	24	2.2	24	100	0	104	46	3	19	30	1.68
18056922--18057148	84	2.7	84	91	2	366	30	18	26	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18056954--18057085	42	3.1	42	65	20	103	30	17	25	26	1.97
18066453--18066651	67	3.0	67	95	0	362	35	12	29	23	1.91
18067581--18067781	47	4.2	47	80	2	188	23	16	27	31	1.96
18069713--18069753	11	3.8	10	87	12	55	82	0	0	17	0.66
18069713--18069753	17	2.5	16	92	4	64	82	0	0	17	0.66
18076463--18076680	46	4.7	46	98	0	382	28	28	22	20	1.98
18084221--18084271	21	2.5	20	87	9	75	19	11	47	21	1.81
18087274--18087451	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
18087295--18087450	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
18095337--18095514	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
18095358--18095513	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
18099197--18099237	18	2.3	18	95	0	73	26	0	12	60	1.31
18101704--18101759	16	3.4	16	78	9	60	19	1	1	76	0.96
18101707--18101760	15	3.5	15	80	14	65	20	1	1	75	0.98
18114267--18114306	21	1.9	21	89	0	62	25	7	42	25	1.80
18128468--18128502	17	2.1	17	88	0	52	57	0	2	40	1.14
18134932--18135456	41	12.8	41	97	1	973	29	21	22	27	1.99
18135673--18135736	33	2.0	32	90	3	101	26	9	25	39	1.86
18135680--18135753	33	2.3	33	80	2	87	28	8	25	37	1.84
18142496--18142561	27	2.4	27	97	0	123	40	12	27	19	1.87
18147334--18147379	23	2.0	23	83	12	58	45	0	4	50	1.21
18150298--18150339	3	14.7	3	85	14	54	66	2	0	30	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18150656--18150828	20	8.9	20	66	18	64	55	5	5	33	1.46
18150751--18150829	39	2.0	40	82	7	99	55	5	1	37	1.30
18151591--18151615	13	1.9	13	100	0	50	16	4	8	72	1.24
18151604--18151648	23	2.0	23	91	8	74	31	0	4	64	1.13
18152649--18152762	43	2.7	43	85	0	147	21	21	22	34	1.97
18153628--18153705	39	2.0	39	100	0	156	28	25	23	23	1.99
18157270--18157315	9	4.8	10	77	17	53	50	10	17	21	1.77
18157270--18157315	19	2.4	19	85	7	58	50	10	17	21	1.77
18159532--18159591	28	2.1	28	82	11	70	68	1	5	25	1.19
18159760--18159805	15	2.7	18	80	12	53	58	2	4	34	1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279